バイオインフォマティクスを活用したp53ネットワーク探索と癌治療への応用
Publicly Offered Research
Project Area | Integrative Systems Understanding of Cancer for Advanced Diagnosis, Therapy and Prevention |
Project/Area Number |
25134715
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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Allocation Type | Single-year Grants |
Review Section |
Complex systems
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Research Institution | Sapporo Medical University |
Principal Investigator |
時野 隆至 札幌医科大学, 医学部, 教授 (40202197)
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Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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Project Status |
Completed (Fiscal Year 2014)
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Budget Amount *help |
¥5,720,000 (Direct Cost: ¥4,400,000、Indirect Cost: ¥1,320,000)
Fiscal Year 2014: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2013: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
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Keywords | p53 / ゲノム / バイオインフォマティクス / がん抑制遺伝子 / 転写因子 / 非コードRNA |
Outline of Annual Research Achievements |
p53結合モチーフ認識アルゴリズムを利用して,全ヒトゲノム配列探索により約64万のp53モチーフを同定した。アデノウイルスベクターでp53を発現させた肺がん細胞H1299における次世代シーケンサーを用いたクロマチン免疫沈降解析(ChIP-seq)によるピークと重複するものが20.0%であった。その内約半数は遺伝子間に存在することから,遺伝子介在性非コードRNA (lincRNA) がp53の標的となっている可能性が高いと考えられた。データベースに登録されている約14,000のヒト lincRNA のうち,その上下流10kbにp53モチーフと重複するChIP-seqピークを持つlincRNAを抽出した。qRT-PCRにより発現解析を行ったところ,23個のlincRNAがp53によって転写誘導されることを確認した。 さらに機能的解析により,このうち特定のp53標的lincRNAの発現抑制がp53関連アポトーシス誘導を調整したり,特定の遺伝子群の発現を促進したりする結果を得ることができた。この結果は,腫瘍抑制を含めた多様な生理的機能においてp53とlincRNAが複雑な転写ネットワークを形成していることを示唆している。今後はこのようなp53の基礎的研究から新たな診断法やがん治療開発への臨床応用につながる研究をめざしたい。
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Research Progress Status |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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Strategy for Future Research Activity |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(14 results)
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[Journal Article] Methylation of a panel of microRNA genes is a novel biomarker for detection of bladder cancer2013
Author(s)
Shimizu T, Suzuki H, Nojima M, Kitamura H, Yamamoto E, Maruyama R, Ashida M, Hatahira T, Kai M, Masumori N, Tokino T, Imai K, Tsukamoto T, Toyota M
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Journal Title
Eur Urol
Volume: 63
Issue: 6
Pages: 1091-1100
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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[Presentation] p53 family network and tumor suppression.2014
Author(s)
Sasaki Y, Tamura, M, Takeda K, Idogawa M, Maruyama R, Suzuki H, Shinomura Y, Tokino T
Organizer
The 3rd International Symposium on Genetic Regulation and Targeted Therapy of Cancer and 5th Symposium of A3 Foresight Program
Place of Presentation
Zhangjiajie, China.
Year and Date
2014-06-13
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