全ゲノム・トランスクリプトームのシステム的統合解析による肝癌の非コード領域の理解
Publicly Offered Research
Project Area | Integrative Systems Understanding of Cancer for Advanced Diagnosis, Therapy and Prevention |
Project/Area Number |
25134717
|
Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
|
Allocation Type | Single-year Grants |
Review Section |
Complex systems
|
Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
Principal Investigator |
中川 英刀 独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
|
Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
|
Project Status |
Completed (Fiscal Year 2014)
|
Budget Amount *help |
¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
|
Keywords | ゲノム / がん / トランスクリプトーム / 非コード領域 |
Outline of Annual Research Achievements |
肝癌270症例の全ゲノムシークエンス(WGS)と、対応する凍結標本のうち高品質のRNAが抽出できた200症例以上のRNA-Seqを完了した。WGS解析によって体細胞点突然変異 (SNV)、挿入・欠失(indel)、構造異常(SV)、コピー数変化(CNA)をそれぞれ独自の解析パイプラインにて検出した。特に、非コード領域に注目し、データベースにて登録されている非コードRNA、プロモーター領域、3'および 5'-UTR領域中で、変異が集積している領域を多数同定した。その中には、すでに報告されているTERET遺伝子の上流プロモーター領域の変異が含まれていた。また、全ゲノムを500 baseの領域に区切り(bin)その中に含まれる体細胞変異の個数を集計し、周辺の前後500kb、合計1 Mbの背景的変異率を計算し、背景変異率に比べて有意に変異率が高い500kbのbin領域を100箇所以上同定し、更なるフィルタリングを行い、87箇所に変異が集積するゲノム部位を同定した。その中には、TP53、CTNNB1、およびALB遺伝子領域が含まれていた。そのうち32箇所は、遺伝子間領域にあり、周囲の遺伝子との発現との関連が見られるものもあった。3%以上の肝がんで変異が検出された領域については、Sanger法によって、体細胞変異の確認を行った。また、transcription factorとの結合が予測される領域もあり、EMSA法やluciferase法による実験も行い、その機能的意義についても確認ができた。
|
Research Progress Status |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
|
Strategy for Future Research Activity |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
|
Report
(2 results)
Research Products
(14 results)
-
[Journal Article] Whole-genome mutational landscape of liver cancers displaying biliary phenotype reveals hepatitis impact and molecular diversity2015
Author(s)
Fujimoto A, Furuta M, Shiraishi Y, Shigemizu D, Abe T, Boroevich KA, Nakano K, Yamamoto Y, Tanaka H, Shibuya T, Shibata T, Kubo M, Chayama K, Miyano S, Tsunoda T, Nakagawa H, 他
-
Journal Title
Nature Communications
Volume: 6
Issue: 1
Pages: 6120-6120
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-