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高速AFMを用いたKaiタンパク質の複合体形成過程のダイナミクス観察

Publicly Offered Research

Project AreaDynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
Project/Area Number 26102515
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

内橋 貴之  金沢大学, 数物科学系, 教授 (30326300)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥7,020,000 (Direct Cost: ¥5,400,000、Indirect Cost: ¥1,620,000)
Fiscal Year 2015: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Fiscal Year 2014: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Keywords一分子計測(SMD) / 蛋白質 / 走査プローブ顕微鏡 / ナノバイオ / タンパク質 / 一分子イメージング / 走査型プローブ顕微鏡 / 高速原子間力顕微鏡
Outline of Annual Research Achievements

前年度までにKaiAはKaiCのCIIリング側のみに結合でき、リン酸化KaiCには結合解離を繰り返し、脱リン酸化KaiCには長時間結合することを明らかにした。本年度は、KaiC-KaiA間の相互作用をさらに詳細に調べため、試験管中にKaiA/KaiB/KaiCとATPを混合し、一定時間ごとに試験管から取り出して、KaiCを基板に吸着した状態でKaiAとの相互作用を観察した。その結果、KaiAがKaiCに結合した後に解離するまでの解離速度定数(Koff)がKaiCのリン酸化状態に同期して24時間周期で振動することを見出した。さらに、KaiCの二ヶ所のリン酸化部位(S431, T432)それぞれに対してリン酸化と脱リン酸化状態をミミックした変異体(KaiC-ST, KaiC-SpT, KaiC-pSpT, KaiC-pST)へのKaiAの結合解離を観察し、S431のリン酸化状態がKaiAとの相互作用に最も影響を及ぼしていることもわかった。
一方、 KaiBに関してはリン酸化KaiCのCIIリングにも結合することを前年度に明らかにしたが、これについても本年度さらに検討を進めた。リン酸化KaiCが自己脱リン酸化されていく過程で、KaiCに結合するKaiBの分子数を調べたところ、最初は結合分子数は脱リン酸化とともに増加し、約5時間後をピークに減少に転じることがわかった。電気泳動によるKaiCの二ヶ所のリン酸化部位における自己脱リン酸化過程と比較したところ、KaiBのKaiCへの親和性もS431のリン酸化状態に依存していることがわかった。また、KaiCと親和性を高くした変異体KaiBでの測定から、KaiBモノマーはKaiC六量体のサブユニットに協同的に結合することを明らかにした。
これらの成果はKaiタンパク質の分子間相互作用を一分子レベルで解析し、さらに、分子の結合と解離が概日周期と直接的に相関していることを示した初めての例であり、現在、国際共同研究を通じて数理計算による詳細な解析を進めており、高速AFM解析と合わせて概日周期の分子機構に迫れるものと期待される。

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2015 Annual Research Report
  • 2014 Annual Research Report
  • Research Products

    (30 results)

All 2016 2015 2014 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 18 results) Book (2 results)

  • [Int'l Joint Research] Vanderbilt University/Spring Hill College(米国)

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      Ultramicroscopy

      Volume: 160 Pages: 182-196

    • DOI

      10.1016/j.ultramic.2015.10.017

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    • Journal Title

      The Journal of Biological Chemistry

      Volume: 290 Issue: 34 Pages: 20793-20803

    • DOI

      10.1074/jbc.m114.627554

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      Fukuda S, Uchihashi T, Ando T.
    • Journal Title

      Rev Sci Instrum.

      Volume: 86 Issue: 6 Pages: 063703-063703

    • DOI

      10.1063/1.4922381

    • NAID

      120005647653

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      Volume: 15 Issue: 2 Pages: 1331-1335

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      Volume: 39 Pages: 322-328

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      130005069445

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    • Place of Presentation
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    • Year and Date
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      伊豆長岡温泉 天坊, 静岡県
    • Year and Date
      2015-01-25
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      The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      合歓の郷,三重県
    • Year and Date
      2015-01-10
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      Takayuki Uchihashi
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      16th International Conference on Retinal Proteins
    • Place of Presentation
      長浜ロイヤルホテル, 滋賀県
    • Year and Date
      2014-10-05
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  • [Presentation] Cooperative Conformational Change in Ring-Shaped ATPase Observed by High-Speed AFM2014

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      内橋貴之
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    • Place of Presentation
      札幌国際会議場, 北海道
    • Year and Date
      2014-09-26
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    • Year and Date
      2014-09-16
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    • Place of Presentation
      早稲田大学, 東京都
    • Year and Date
      2014-05-03
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      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      Single Protein Dynamics in Cellulo 2014: Spatio-Temporal, Structural and Quantitative Analyses
    • Place of Presentation
      沖縄科学技術大学院大学、沖縄県
    • Year and Date
      2014-04-23
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    • Author(s)
      内橋貴之
    • Total Pages
      436
    • Publisher
      朝倉書店
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  • [Book] “Development of high-speed AFM and its biological applications”, Chapter 8 in Atomic Force Microscopy in Nanobiology2014

    • Author(s)
      T. Uchihahsi, N. Kodera and T. Ando
    • Total Pages
      34
    • Publisher
      Pan Stanford Publishing
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Published: 2014-04-04   Modified: 2022-01-28  

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