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生体分子集合体が形成する動的平衡の中性子小角散乱による研究

Publicly Offered Research

Project AreaDynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
Project/Area Number 26102524
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

杉山 正明  京都大学, 原子炉実験所, 教授 (10253395)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2015: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Fiscal Year 2014: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Keywords重水素化 / 中性子小角散乱 / 無変性質量分析 / クリスタリン / サブユニット交換 / 熱ショックシャペロン / SANS / サブユニットt交換
Outline of Annual Research Achievements

多くのタンパク質は何本かのポリペプチド鎖が会合して形成されている。会合体中で各ポリペプチド鎖はそのアミノ酸の1次構造に応じた立体構造(3次構造)を持っており、サブユニットとして見なされる。タンパク質会合体はサブユニットが特定の位置に配置された固有構造(4次構造)を持ち、その構造が静的・動的に変調することで機能を発現することが多い。一方、杉山らはある種のタンパク質会合体間ではサブユニットが交換という「より高次の動的な性質を持つ可能性」がある事を指摘している。本研究ではタンパク質重水素化と中性子小角散乱法を組み合わせる事でタンパク質会合体間における動的な構造を解明する新たな手法を確立する共にその手法を適用し現実の系での動的構造の解明を目的とする。
本年度は水晶体内タンパク質αクリスタリンに注目し、このタンパク質複合体が水溶液中で形成している動的な秩序構造の解明を行った。αクリスタリンはαAとαBと呼ばれるサブユニットのヘテロ会合体であり、熱ショックシャペロンとして機能している。また、αAまたはαBのみだけもホモ会合体を形成し、これらもシャペロンとして機能することが知られている。先述の通りタンパク質会合体は固有の会合体を持つため、当然そのサブユニット会合数は一定値に固定される。一方、興味深い事にαクリスタリン会合体の会合数は、(ヘテロ・ホモ共に)20-30の間で様々な値が報告されており未だに確定値が存在しない。杉山らはこれはαクリスタリン会合体間にはサブユニット交換機構が存在し、そのために会合体数が一定値を取らない事が原因であると考えた。そこで、これまでの重水素化+中性子小角散乱法に加え無変性質量分析法も用いて、サブユニットが交換している事とその交換速度が温度に強く依存していることを始めた明らかにした。特に交換速度はシャペロン活性が上がる45度以上非常に高速化することも示した。

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2015 Annual Research Report
  • 2014 Annual Research Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2016 2015 2014

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 6 results) Funded Workshop (1 results)

  • [Journal Article] Solution structure of variant H2A.Z.1 nucleosome investigated by small-angle X-ray and neutron scatterings2015

    • Author(s)
      M. Sugiyama, N. Horikoshi, Y. Suzuki, H. Taguchi, T. Kujirai, R. Inoue, Y. Oba, N. Sato, A. Martel, L. Porcar, and H. Kurumizaka
    • Journal Title

      Biochemistry and Biophysics Reports

      Volume: 4 Pages: 28-32

    • DOI

      10.1016/j.bbrep.2015.08.019

    • NAID

      120005893550

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Early aggregation preceding the nucleation of insulin amyloid fibrils as monitored by small angle X-ray scattering2015

    • Author(s)
      61.E. Chatani, R. Inoue, H. Imamura, M. Sugiyama, M. Kato, M. Yamamoto, K. Nishida and T. Kanaya
    • Journal Title

      Scientific Report

      Volume: 5 Issue: 1 Pages: 15485-15498

    • DOI

      10.1038/srep15485

    • NAID

      120005672389

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Preparation, characterization and magnetic behavior of a spin-labelled physical hydrogel containing a chiral cyclic nitroxide radical unit fixed inside the gelator molecule2015

    • Author(s)
      Y. Takemoto, T. Yamamoto, N. Ikuma, Y. Uchida, K. Suzuki, S. Shimono, H. Takahashi, N. Sato, Y. Oba, R. Inoue, M. Sugiyama, H. Tsue, T. Kato, J. Yamauchi, and R. Tamura
    • Journal Title

      Soft Matter

      Volume: 11 Issue: 27 Pages: 5563-5570

    • DOI

      10.1039/c5sm01216c

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Subunit Kinetics in Dynamical Protein2016

    • Author(s)
      Masaaki Sugiyama and Rintaro Inoue
    • Organizer
      The 15th Japan-Korea meeting on Neutron Science
    • Place of Presentation
      Busan, Korea
    • Year and Date
      2016-01-06
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Dynamical feature of huge aggregated protein,αB-crystallin2015

    • Author(s)
      Masaaki Sugiyama, Rintaro Inoue, Noriko Fujii, Kentaro Ishii, Susumu Uchiyama
    • Organizer
      The 4th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      Fukuoka
    • Year and Date
      2015-11-22
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] KINETICS OF SUBUNITS IN α-CRYSTALLIN AS STUDIED BY SMALL-ANGLE NEUTRON SCATTERING2015

    • Author(s)
      R. Inoue, T. Takata, N. Fujii, N. Sato, Y. Oba, S. Takata, N. Fujii and M. Sugiyama
    • Organizer
      16th Conference on Small Angle Scattering
    • Place of Presentation
      Berlin, Germany
    • Year and Date
      2015-09-14
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 中性子小角散乱だから見える溶液中のタンパク質の構造2015

    • Author(s)
      杉山正明
    • Organizer
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      2015-06-24
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 中性子小角散乱の基礎と応用2015

    • Author(s)
      杉山正明
    • Organizer
      第3回Neutrons in Biology Japan研究会
    • Place of Presentation
      日本原子力研究所(茨城県那珂郡東海村)
    • Year and Date
      2015-03-31
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 中性子小角散乱の基礎と応用2015

    • Author(s)
      杉山正明
    • Organizer
      日本化学会 第95春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学 理工学部船橋キャンパス(千葉県船橋市)
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 中性子の中性子による中性子のための生物溶液散乱2015

    • Author(s)
      杉山正明
    • Organizer
      第6回MLFシンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(つくば市)
    • Year and Date
      2015-03-18
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] コントラスト変調及び重水素化で見るタンパク質の溶液中の静的・動的構造2014

    • Author(s)
      杉山正明
    • Organizer
      第37回溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      佐賀県立男女共同参画センター・佐賀県立生涯学習センター(佐賀市)
    • Year and Date
      2014-11-12 – 2014-11-14
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Funded Workshop] 第7回日台中性子・X線散乱会議2016

    • Place of Presentation
      京都大学原子炉実験所
    • Year and Date
      2016-03-10
    • Related Report
      2015 Annual Research Report

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Published: 2014-04-04   Modified: 2018-03-28  

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