生細胞内の秩序構造が誘起する蛋白質立体構造の安定性
Publicly Offered Research
Project Area | Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions |
Project/Area Number |
26102538
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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Allocation Type | Single-year Grants |
Review Section |
Science and Engineering
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Research Institution | Tokyo Metropolitan University |
Principal Investigator |
池谷 鉄兵 首都大学東京, 理工学研究科, 助教 (30457840)
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Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2016-03-31
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Project Status |
Completed (Fiscal Year 2015)
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Budget Amount *help |
¥7,020,000 (Direct Cost: ¥5,400,000、Indirect Cost: ¥1,620,000)
Fiscal Year 2015: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Fiscal Year 2014: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
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Keywords | in-cell NMR / NMR立体構造解析 / PCS / In-cell NMR / 分子クラウディング / 天然変性蛋白質 / 蛋白質のダイナミクス / NMR緩和解析 |
Outline of Annual Research Achievements |
蛋白質の細胞内ダイナミクス解析では,TTHA1718とGB1蛋白質について,T1, T2, DESTのモデル解析を行った.解析の結果,細胞内では100msec程度の交換速度で,TTHA1718とGB1蛋白質の数%が細胞内の超巨大分子と相互作用していることが示唆された.特定の相互作用部位の存在は示唆されなかった.現在,人工の分子クラウダーでも同様な解析を行い,細胞内環境のデータとの比較を進めている. 不安定構造を有する蛋白質の細胞内解析では,pH 6.0の通常の緩衝液下でフォールドとアンフォールド構造が1:1で存在することが明らかになっているDrk蛋白質の構造解析を進めている.これまで,アンフォールド状態を持つと知られている蛋白質N末端側のSH3ドメインのみの解析を行ってきたが,本年度は,Drk蛋白質全長の構造解析を行った.全長の解析から,二状態存在する機構の解明と,この蛋白質の本来持つ特性を理解することを目指す.Drk蛋白質全長の試料は,cell freeのシステムを用いることで,大量発現と精製に成功した.3D 3重共鳴スペクトルの測定にも成功し,現在,蛋白質主鎖連鎖帰属の解析を進めている. 大腸菌を用いた蛋白質の立体構造決定では,QME(Quantitative Maximum Entropy)によるNMR信号の再構成,FLYAによる蛋白質側鎖の共鳴信号の自動帰属,ベイズ推定を用いた立体構造計算の3つの新規手法を組み合わせることで,従来よりもはるかに高精度に立体構造が決定できることを示した.
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Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(36 results)
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[Journal Article] Evaluation of the reliability of the maximum entropy method for reconstructing 3D and 4D NOESY-type NMR spectra of proteins.2015
Author(s)
Shigemitsu, Y., Ikeya, T., Yamamoto, A., Tsuchie, Y., Mishima, M., Smith, B. O., Guentert, P. & Ito, Y.
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Journal Title
Biochem. Biophys. Res. Commun.
Volume: 457
Issue: 2
Pages: 200-205
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Automated resonance assignment of the 21 kDa stereo-array isotope labeled thioldisulfide oxidoreductase DsbA.2014
Author(s)
Schmidt, E., Ikeya, T., Takeda, M., Loehr, F., Buchner, L., Ito, Y., Kainosho, M., Guentert, P.
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Journal Title
J. Magn. Reson.
Volume: 249
Pages: 88-93
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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