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金ナノロッドを用いた分子モーター構造ダイナミクスの高速1分子計測

Publicly Offered Research

Project AreaScience on Function of Soft Molecular Systems by Cooperation of Theory and Experiment
Project/Area Number 26104507
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionOkazaki Research Facilities, National Institutes of Natural Sciences

Principal Investigator

飯野 亮太  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 岡崎統合バイオサイエンスセンター, 教授 (70403003)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥7,020,000 (Direct Cost: ¥5,400,000、Indirect Cost: ¥1,620,000)
Fiscal Year 2015: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Fiscal Year 2014: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Keywords1分子計測 / 分子モーター
Outline of Annual Research Achievements

回転分子モーターF1-ATPaseは、固定子の3つの触媒サブユニットβが共同的に順番を守ってATPを加水分解して構造変化することで、回転子サブユニットγを一方向に回転させるトルクを発生する。結晶構造中では3つのβは“open”と“closed”の2つの状態を主にとることが知られている。本年度は、ATP加水分解の遅いβ(E190D)変異体の3つのβの1つに金ナノロッドを結合させ、ATP加水分解が律速となる条件下で構造変化をサブミリ秒で検出することに成功した。Open構造の持続時間の分布は指数関数的減衰でフィットされ、時定数は350 msであった。一方、closed構造の持続時間の分布はピークを持つ山形となり、2つの同一な時定数を持つ逐次反応で良くフィットされ、得られた時定数は321 msとopen構造の時定数とほぼ同程度であった。これらの結果は、ATP加水分解律速条件では3つのβのうち2つは常にclosed構造を取っているという従来のモデルとよく一致する。さらに、openとclosedの中間状態である一過的なhalf-closed構造の検出にも成功した。Half-closed構造はopen-to-closed、closed-to-openの両方の遷移で観察された。それぞれの持続時間の分布は指数関数的減衰でフィットされ時定数として6 ms、21 msが得られた。また、金ナノロッドの角速度と粘性係数から、個々のβが発生するトルクの値を求めることにも成功した。

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2015 Annual Research Report
  • 2014 Annual Research Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2016 2015 2014 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 6 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Direct observation of intermediate states during the stepping motion of kinesin-12016

    • Author(s)
      Isojima H, Iino R, Niitani Y, Noji H, Tomishige M
    • Journal Title

      Nat Chem Biol

      Volume: 12 Issue: 4 Pages: 290-297

    • DOI

      10.1038/nchembio.2028

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] High-speed angle-resolved imaging of single gold nanorod with microsecond temporal resolution and one degree angle precision2015

    • Author(s)
      S. Enoki, R. Iino, Y. Niitani, Y. Minagawa, M. Tomishige, H. Noji
    • Journal Title

      Anal. Chem.

      Volume: 87 Issue: 4 Pages: 2079-2086

    • DOI

      10.1021/ac502408c

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 金ナノプローブでタンパク質分子モーターのダイナミクスを観る2016

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      新学術領域研究「柔らかな分子系」第15回ワークショップ『ダイナミクス観測からタンパク質の「柔らかさ」を観る』
    • Place of Presentation
      大阪府池田市(不死王閣)
    • Year and Date
      2016-03-01
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Dynamics of linear and rotary molecular motors revealed by gold nanoprobes2015

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      Pacifichem 2015. Technical Symposia. Physical, Theoretical & Computational: Interplay between Chemistry and Dynamics in Biomolecular Machines
    • Place of Presentation
      Honolulu, Hawaii (Hawaii Convention Center)
    • Year and Date
      2015-12-16
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] High speed single-molecule measurement of conformational dynamics of molecular motors probed by gold nanorod2015

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      KAKENHI International Symposium on "Studying the Function of Soft Molecular Systems"
    • Place of Presentation
      お台場、東京(未来館)
    • Year and Date
      2015-07-10
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 金ナノプローブで探る生体分子モーターのダイナミクス2015

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      日本化学会 第95春季年会
    • Place of Presentation
      千葉県船橋市(日本大学)
    • Year and Date
      2015-03-26
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 金ナノ粒子、金ナノロッドを用いた生体分子モーターのマイクロ秒1分子計測2014

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      新学術領域「柔らかな分子系」第7回ワークショップ
    • Place of Presentation
      愛知県岡崎市(岡崎コンファレンスセンター)
    • Year and Date
      2014-12-12
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 1分子計測技術で生体分子マシン、人工分子マシンの“動き”を調べる・考える2014

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      第63回高分子討論会
    • Place of Presentation
      長崎県長崎市(長崎大学)
    • Year and Date
      2014-09-24
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Remarks] 自然科学研究機構 岡崎統合バイオサイエンスセンター 飯野グループホームページ

    • URL

      https://groups.ims.ac.jp/organization/iino_g/index.html

    • Related Report
      2015 Annual Research Report

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Published: 2014-04-04   Modified: 2018-03-28  

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