植物オミックス情報の統合解析によるゲノム・遺伝子相関機構の解明とデータベース構築

• Project Area: Correlative gene system: establishing next-generation genetics
• Project/Area Number: 26113716
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: Meiji University
• Principal Investigator: 矢野 健太郎 明治大学, 農学部, 准教授 (00446543)
• Project Period (FY): 2014-04-01 – 2016-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2015)
• Budget Amount: ¥10,790,000 (Direct Cost: ¥8,300,000、Indirect Cost: ¥2,490,000); Fiscal Year 2015: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000); Fiscal Year 2014: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
• Keywords: バイオインフォマティクス / データベース / オミックス / 遺伝子発現ネットワーク / 自然言語処理 / 知識情報 / ゲノム / 遺伝子 / 植物

Outline of Annual Research Achievements

植物界の様々なオミックス情報を比較することにより、種や環境条件、生育ステージ・器官における固有の生物学的プロセスや特異的な発現遺伝子群を網羅的・効率的に抽出し、ゲノム・遺伝子相関機構の共通機構・原理を解明できる。そこで、本研究課題では、ゲノム・遺伝子相関機構に関わる遺伝子群などをより高精度に同定するために、オミックス情報と高信頼度機能アノテーション情報の統合解析を実施した。
これまでに、シロイヌナズナ、イネ、トマト、ソルガム、ブドウなどの８種の植物種の網羅的な遺伝子発現ネットワークの大規模情報解析を実施している。そして、遺伝子発現ネットワークの網羅的な種間比較を可能とするデータベースPODCを構築・運営している。PODC を活用することで、進化的に保存されているネットワークや種固有のネットワーク、すなわち、ゲノム・遺伝子相関に関わる遺伝子発現制御機構や生物学的プロセスの同定が促進される。
データベースPODCは、植物のオミックス情報と知識情報の融合データベースである。デジタル遺伝子発現データは、NCBI SRAより高速シーケンサー・データ（RNA-Seq）を取得し、前処理とマッピング処理により算出している。次に、遺伝子発現プロファイルが有意に類似する遺伝子群を選抜し、遺伝子発現ネットワークを構築している。そして、配列比較解析から得たオーソログ情報を用い、遺伝子発現ネットワークの種間比較を可能とした。知識情報は、学術論文テキスト情報に対する自然言語処理とマニュアル・キュレーションにより整備している。今後、解析対象とする植物種や知識情報を拡張するとともに、データベース機能の強化を進める。

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Research Products

• [Journal Article] Pleurochrysome: A web-database of Pleurochrysis transcripts and orthologues among heterogeneous algae. (2016)
  • Author(s): Yamamoto N, Kudo T, Fujiwara S, Takatsuka Y, Hirokawa Y, Tsuzuki M, Takano T, Kobayashi M, Suda K, Asamizu E, Yokoyama K, Shibata D, Tabata S, Yano K
  • Journal Title: Plant Cell Physiol. Volume: 57 Issue: 1 Pages: e6-e6
  • DOI: 10.1093/pcp/pcv195
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Identification of reference genes for quantitative expression analysis using large-scale RNA-seq data of <i>Arabidopsis thaliana</i> and model crop plants (2016)
  • Author(s): Toru Kudo, Yohei Sasaki, Shin Terashima, Noriko Matsuda-Imai, Tomoyuki Takano, Misa Saito, Maasa Kanno, Soichi Ozaki, Keita Suwabe, Go Suzuki, Masao Watanabe, Makoto Matsuoka, Seiji Takayama, Kentaro Yano
  • Journal Title: Genes & Genetic Systems Volume: 91 Issue: 2 Pages: 111-125
  • DOI: 10.1266/ggs.15-00065
  • NAID: 130005421205
  • ISSN: 1341-7568, 1880-5779
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Comparative analysis of microRNA profiles of rice anthers between cool-sensitive and cool-tolerant cultivars under cool-temperature stress (2016)
  • Author(s): Shunsuke Maeda, Satomi Sakazono, Hiromi Masuko-Suzuki, Midori Taguchi, Kaori Yamamura, Kuniaki Nagano, Takashi Endo, Kenichi Saeki, Masaaki Osaka, Moe Nabemoto, Kana Ito, Toru Kudo, Masaaki Kobayashi, Mizuho Kawagishi, Kotomi Fujita, Hikaru Nanjo, Tomoe Shindo, Kentaro Yano, Go Suzuki, Keita Suwabe, and Masao Watanabe
  • Journal Title: Genes & Genetic Systems Volume: 91 Issue: 2 Pages: 97-109
  • DOI: 10.1266/ggs.15-00056
  • NAID: 130005421208
  • ISSN: 1341-7568, 1880-5779
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] The Arabidopsis TAC Position Viewer: a high-resolution map of transformation-competent artificial chromosome (TAC) clones aligned with the Arabidopsis thaliana Columbia-0 genome. (2015)
  • Author(s): Yoshitsugu Hirose, Kunihiro Suda, Yao-Guang Liu, Shusei Sato, Yukino Nakamura, Koji Yokoyama, Naoki Yamamoto, Shigeru Hanano, Eiji Takita, Nozomu Sakurai, Hideyuki Suzuki, Yasukazu Nakamura, Takakazu Kaneko, Kentaro Yano, Satoshi Tabata and Daisuke Shibata
  • Journal Title: The Plant Journal Volume: 83 Issue: 6 Pages: 1114-1122
  • DOI: 10.1111/tpj.12949
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Comprehensive analysis of transcriptome response to salinity stress in the halophytic turf grass Sporobolus virginicus. (2015)
  • Author(s): Yamamoto N., Takano T., Tanaka K., Ishige T., Terashima S., Endo C., Kurusu T., Yajima S., Yano K., Tada Y.
  • Journal Title: Frontiers in Plant Science Volume: 6 Pages: 241-241
  • DOI: 10.3389/fpls.2015.00241
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] 統合オミックス情報解析と作物育種への利用 (2015)
  • Author(s): 工藤徹, 寺島伸, 矢野健太郎
  • Journal Title: 月刊バイオインダストリー Volume: 2015年12月 Pages: 10-16
• [Journal Article] Introduction of NIG supercomputer with command line-based NGS analysis (2015)
  • Author(s): 神沼英里, 望月孝子, 門田有希, 小林正明, 大柳一, 矢野健太郎
  • Journal Title: Breeding Research Volume: 17 Issue: 2 Pages: 88-93
  • DOI: 10.1270/jsbbr.17.88
  • NAID: 130005085096
  • ISSN: 1344-7629, 1348-1290
  • Open Access
• [Journal Article] Plant omics data center: an integrated web repository for interspecies gene expression networks with NLP-based curation. (2015)
  • Author(s): Ohyanagi, H., Takano, T., Terashima, S., Kobayashi, M., Kanno, M., Morimoto, K., Matsumura, H., Sasaki, Y., Aya, K., Suwabe, K., Suzuki, G., Watanabe, M., Matsuoka, M., Yokoyama, K., Yano, K.
  • Journal Title: Plant and Cell Physiology Volume: 56 Issue: 1 Pages: 1-8
  • DOI: 10.1093/pcp/pcu188
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] De Novo Transcriptome Assembly of a Fern, Lygodium japonicum, and a Web Resource Database, Ljtrans DB (2014)
  • Author(s): Koichiro Aya, Masaaki Kobayashi, Junmu Tanaka, Hajime Ohyanagi, Takayuki Suzuki, Kenji Yano, Tomoyuki Takano, Kentaro Yano and Makoto Matsuoka
  • Journal Title: Plant Cell Physiology Volume: 56 Issue: 1 Pages: e5-e5
  • DOI: 10.1093/pcp/pcu184
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] A-WINGS: an integrated genome database for Pleurocybella porrigens (Angel’s wing oyster mushroom, Sugihiratake) (2014)
  • Author(s): Naoki Yamamoto, Tomohiro Suzuki, Masaaki Kobayashi, Hideo Dohra, Yohei Sasaki, Hirofumi Hirai, Koji Yokoyama, Hirokazu Kawagishi and Kentaro Yano
  • Journal Title: BMC Research Notes Volume: 7 Issue: 1 Pages: 866-866
  • DOI: 10.1186/1756-0500-7-866
  • NAID: 120005575802
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Presentation] Transcriptome analysis for Abies sachalinensis (2016)
  • Author(s): 上野真義, 中村幸乃, 小林正明, 石塚航, 内山憲太郎, 津村義彦, 矢野健太郎, 後藤晋
  • Organizer: 第127回日本森林学会大会
  • Place of Presentation: 日本大学
  • Year and Date: 2016-03-27
• [Presentation] ニホンナシの果肉障害「みつ症」感受性系統に特徴的な遺伝子のマイクロアレイ解析 (2016)
  • Author(s): 西谷千佳子, 井上栄一, 奈島賢児, 尾形夏海, 喜多晃一, 郷内武, 石井亮二, 中村幸乃, 小林正明, 矢野健太郎, 山本俊哉
  • Organizer: 園芸学会平成28年度春季大会
  • Place of Presentation: 東京農業大学
  • Year and Date: 2016-03-26
• [Presentation] 高速シーケンサー・データからSSRマーカーを探索するバイオインフォマティクス・ツールの開発 (2016)
  • Author(s): 小林正明, 矢野健太郎
  • Organizer: 日本育種学会129回講演会
  • Place of Presentation: 横浜市立大学
  • Year and Date: 2016-03-21
• [Presentation] 複数植物種の遺伝子発現ネットワーク情報と高信頼度アノテーション情報を搭載したWebデータベースPODC (2016)
  • Author(s): 寺島伸, 工藤徹, 髙野知之, 菅野真麻, 齋藤美沙, 浅野さとみ, 佐々木陽平, 横山幸治,小林正明, 大柳一, 矢野健太郎
  • Organizer: 日本育種学会129回講演会
  • Place of Presentation: 横浜市立大学
  • Year and Date: 2016-03-21
• [Presentation] イネのマイクロアレイ遺伝子発現データベースOryzaExpress (2016)
  • Author(s): 工藤徹, 寺島伸, 高木諭乃, 菅野真麻, 横山幸治, 矢野健太郎
  • Organizer: 日本育種学会129回講演会
  • Place of Presentation: 横浜市立大学
  • Year and Date: 2016-03-21
• [Presentation] CATchUP: 時空間特異的に発現する遺伝子の網羅的探索とデータベースの構築 (2016)
  • Author(s): 中村幸乃, 工藤徹, 寺島伸, 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田典子, 浅野さとみ, 矢野健太郎
  • Organizer: 日本育種学会129回講演会
  • Place of Presentation: 横浜市立大学
  • Year and Date: 2016-03-21
• [Presentation] 高速シークエンサー・データからSSRマーカを作成するためのバイオインフォマティクス・ツール開発 (2016)
  • Author(s): 小林正明, 矢野健太郎
  • Organizer: 第57回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 岩手大学
  • Year and Date: 2016-03-18
• [Presentation] 複数植物種の遺伝子発現ネットワークと知識情報をを統合したWebデータベースPODC (2016)
  • Author(s): 寺島伸，工藤徹，髙野知之，菅野真麻，齋藤美沙，松田典子，浅野さとみ，佐々木陽平，横山幸治，小林正明，大柳一，矢野健太郎
  • Organizer: 第57回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 岩手大学
  • Year and Date: 2016-03-18
• [Presentation] シロイヌナズナおよび作物植物のRNA-seqデータを用いた遺伝子発現解析用リファレンス遺伝子の探索 (2016)
  • Author(s): 工藤徹，佐々木陽平，寺島伸，松田(今井)典子，高野知之，齋藤美沙，菅野真麻，諏訪部圭太，鈴木剛，渡辺正夫，松岡誠，高山誠司，矢野健太郎
  • Organizer: 第57回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 岩手大学
  • Year and Date: 2016-03-18
• [Presentation] CATchUP: 大規模遺伝子発現データに基づく特異的発現遺伝子の網羅的探索とデータベース構築 (2016)
  • Author(s): 中村幸乃，工藤徹，寺島伸，菅野真麻，齋藤美沙，松田典子，浅野さとみ，矢野健太郎
  • Organizer: 第57回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 岩手大学
  • Year and Date: 2016-03-18
• [Presentation] トマトにおけるステロイドグルコアルカロイド生合成の転写制御 (2016)
  • Author(s): Chonprakun Thagun，今西俊介，工藤徹，中林亮，大山清，森哲哉，河本晃一，佐々木陽平，中村雪乃，野中聡子，松倉千昭，矢野健太郎，江面浩，斉藤和季，橋本隆，庄司翼
  • Organizer: 第57回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 岩手大学
  • Year and Date: 2016-03-18
• [Presentation] 京野菜であるミズナとミブナに見られる葉形変異のQTL解析 (2016)
  • Author(s): 川勝弥一，中山北斗，上ノ山華織，五十嵐香理，八杉公基，工藤洋，永野惇，矢野健太郎，久保中央，木村成介
  • Organizer: 第57回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 岩手大学
  • Year and Date: 2016-03-18
• [Presentation] A GUI Application 'CA Plot Viewer' for Large-Scale Gene Expression Analysis and Databases for Gene Expression Networks. (2016)
  • Author(s): Kentaro Yano, Shin Terashima, Yukino Nakamura, Minami Katayama, Yuno Takaki, Kataru Onosato, Tomoyuki Takano, Yohei Sasak, Maasa Kanno, Misa Saito, Noriko Matsuda, Satomi Asano, Koji Yokoyama, Yoshifumi Tada, Hiroshi Chiba, Hajime Ohyanagi, Toru Kudo, Masaaki Kobayashi
  • Organizer: International Plant and Animal Genome XXIV
  • Place of Presentation: San Diego, CA, USA
  • Year and Date: 2016-01-09
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Identification of Reference Genes for Quantitative Expression Analysis Using Large-scale RNA-seq Data of Arabidopsis thaliana and Model Crop Plants. (2016)
  • Author(s): Toru Kudo, Yohei Sasaki, Shin Terashima, Noriko Matsuda, Tomoyuki Takano, Misa Saito, Maasa Kanno, Keita Suwabe, Go Suzuki, Masao Watanabe, Makoto Matsuoka, Seiji Takayama, Kentaro Yano
  • Organizer: International Plant and Animal Genome XXIV
  • Place of Presentation: San Diego, CA, USA
  • Year and Date: 2016-01-09
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Plant Omics Data Center: An Integrated Web Repository for Interspecies Gene Expression Networks with NLP-based Curation. (2016)
  • Author(s): Shin Terashima, Toru Kudo, Tomoyuki Takano, Maasa Kanno, Misa Saito, Noriko Matsuda, Satomi Asano, Yohei Sasaki, Koji Yokoyama, Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano
  • Organizer: International Plant and Animal Genome XXIV
  • Place of Presentation: San Diego, CA, USA
  • Year and Date: 2016-01-09
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] A Bioinformatics Tool Searching for Genome-Wide SSR Markers by Using High-Throughput Sequencing Data. (2016)
  • Author(s): Masaaki Kobayashi, Kentaro Yano
  • Organizer: International Plant and Animal Genome XXIV
  • Place of Presentation: San Diego, CA, USA
  • Year and Date: 2016-01-09
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Web-databases podc and tomatomics for the seamless integration of large-scale omics and knowledge-based information. (2015)
  • Author(s): Kentaro Yano, Shin Terashima, Minami Katayama, Tomoyuki Takano, Toru Kudo, Maasa Kanno, Misa Saito, Noriko Matsuda-Imai, Satomi Asano, Koji Yokoyama, Koh Aoki, Hajime Ohyanagi
  • Organizer: The 12th Solanaceae Conference
  • Place of Presentation: France, Bordeaux, ENSEIRB conference hall
  • Year and Date: 2015-10-25
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 次世代シークエンサーを利用した配列解読と遺伝子発現ネットワーク解析 (2015)
  • Author(s): 矢野健太郎
  • Organizer: 平成27年度園芸学会秋季大会
  • Place of Presentation: 徳島大学
  • Year and Date: 2015-09-26
  • Invited
• [Presentation] Perl講習会 Be happy with your Perl scripts (2015)
  • Author(s): 矢野健太郎
  • Organizer: 日本育種学会・第128回講演会 第57回シンポジウム (シンポジウム・ワークショップ)
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2015-09-11
• [Presentation] 野生イネOryza属200ゲノムの解読と多様性・系統関係の解析 (2015)
  • Author(s): 倉田のり, 豊田敦, Shenton Matt, 藤田雅丈, 大柳一, 伊川浩司, 小林正明, 高野知之, 寺島伸, 矢野健太郎, 久保貴彦, 古海弘康, 新濱充, 野々村賢一, Copetti Dario, RodWing, 藤山秋佐夫
  • Organizer: 日本育種学会第128回講演会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2015-09-11
• [Presentation] 野生イネOryza officinalisゲノムのde novoアセンブル (2015)
  • Author(s): 小林正明, 大柳一, 倉田のり, 藤田雅丈, 豊田敦, 藤山秋佐夫, Copetti Dario, Wing Rod, 矢野健太郎
  • Organizer: 日本育種学会第128回講演会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2015-09-11
• [Presentation] Oryza o cinalis complexについての遺伝的多様性の解析 (2015)
  • Author(s): Shenton Matt, 藤田雅丈, 大柳一, 小林正明, 高野知之, 寺島伸, 矢野健太郎, 豊田敦, 藤山秋佐男, Copetti Dario, Wing Rod, 倉田のり
  • Organizer: 日本育種学会第128回講演会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2015-09-11
• [Presentation] 複数植物種の遺伝子発現ネットワーク情報と高信頼度機能アノテーション情報を搭載したWebデータベースPODC (2015)
  • Author(s): 寺島伸, 高野智之, 工藤徹, 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田典子, 浅野さとみ, 尾崎崇一, 佐々木陽平, 小林正明, 横山幸治, 諏訪部圭太, 鈴木剛, 渡辺正夫, 松岡信, 大柳一, 矢野健太郎
  • Organizer: 日本育種学会第128回講演会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2015-09-11
• [Presentation] 高精度なシス配列予測ツール"COMET"の開発およびその活用法 (2015)
  • Author(s): 佐々木陽平, 寺島伸, 大柳一, 山本直樹, 小林正明, 高野知之, 大谷征史, 南原英司, 矢野健太郎
  • Organizer: 日本育種学会第128回講演会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2015-09-11
• [Presentation] シロイヌナズナおよびモデル農作物の大規模RNA-seqデータを用いたリファレンス遺伝子候補の網羅的選抜 (2015)
  • Author(s): 工藤徹, 寺島伸, 佐々木陽平, 高野知之, 松田(今井)典子, 菅野真麻, 齋藤美沙, 尾崎崇一, 浅野さとみ, 横山幸治, 矢野健太郎
  • Organizer: 日本育種学会第128回講演会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2015-09-11
• [Presentation] 形質調査およびジェノタイピングの大規模情報を統合した圃場情報管理システム整備 (2015)
  • Author(s): 浅野さとみ，釜付香，大柳一, 小林正明，鐘ケ江弘美，高梨秀樹，徳永毅，佐塚隆志，岩田洋佳，堤伸浩，矢野健太郎
  • Organizer: 日本育種学会第128回講演会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2015-09-11
• [Presentation] TOMATOMICS:トマト統合オミックス情報データベース (2015)
  • Author(s): 矢野健太郎，尾崎崇一，寺島伸，片山南美，菅野真麻，浅野さとみ，齋藤美沙，小林正明，大柳一，青木考
  • Organizer: 日本育種学会第128回講演会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2015-09-11
• [Presentation] ソナレシバのglycine-rich RNA-binding proteinを発現するシロイヌナズナの耐塩性と遺伝子発現解析 (2015)
  • Author(s): 多田雄一，且原真木，尾崎崇一，寺島伸，遠藤千里，矢野健太郎，来須孝光
  • Organizer: 日本育種学会第128回講演会
  • Place of Presentation: 新潟大学
  • Year and Date: 2015-09-11
• [Presentation] Diverse physiological functions of plant non-coding RNA, Analysis of gene expression changes in two Arabidopsis accessions and their reciprocal hybrids. (2015)
  • Author(s): Hiroshi Shiba, Takuya Shimura, Yutaka Taono, Takashi Yamaguchi, Yutaka Suzuki, Kentaro Yano, Akira Isogai, Seiji Takayama
  • Organizer: 日本植物学会・第79回大会 シンポジウム
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ
  • Year and Date: 2015-09-06
• [Presentation] 京野菜であるミズナとミブナに見られる葉形変異のQTL解析 (2015)
  • Author(s): 川勝弥一, 上ノ山華織, 五十嵐香理, 中山北斗, 八杉公基, 工藤洋, 永野惇, 矢野健太郎, 久保中央, 木村成介
  • Organizer: 日本植物学会・第79回大会
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ
  • Year and Date: 2015-09-06
• [Presentation] ダイコンの品種間に見られる葉形の変異に寄与する遺伝子の同定 (2015)
  • Author(s): 久保俊彰, 上ノ山華織, 川勝弥一, 五十嵐香理, 矢野健太郎, 木村成介
  • Organizer: 日本植物学会・第79回大会
  • Place of Presentation: 朱鷺メッセ
  • Year and Date: 2015-09-06
• [Presentation] Development of strategies for the seamless integration of large-scale omics and knowledge-based information. (2015)
  • Author(s): 矢野健太郎
  • Organizer: 第12回 日本ナス科コンソーシアム年会
  • Place of Presentation: 明治大学生田キャンパス
  • Year and Date: 2015-09-04
  • Invited
• [Presentation] 複数植物種の遺伝子発現ネットワーク情報と高信頼度アノテーション情報を搭載したWeb データベースPODC (2015)
  • Author(s): 寺島伸, 高野智之, 工藤徹, 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田(今井)典子, 浅野さとみ, 佐々木陽平, 小林正明, 横山幸治, 諏訪部圭太, 鈴木剛, 渡辺正夫, 松岡信, 大柳一, 矢野健太郎
  • Organizer: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • Place of Presentation: 明治大学
  • Year and Date: 2015-09-04
• [Presentation] 自然言語処理とマニュアル・キュレーションを併用した高信頼度機能アノテーションの作成 (2015)
  • Author(s): 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田(今井)典子, 寺島伸, 矢野健太郎
  • Organizer: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • Place of Presentation: 明治大学
  • Year and Date: 2015-09-04
• [Presentation] トマト（Solanum lycopersicum）の高信頼度機能アノテーション情報整備 (2015)
  • Author(s): 齋藤美沙, 菅野真麻, 松田(今井)典子, 寺島伸, 工藤徹, 矢野健太郎
  • Organizer: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • Place of Presentation: 明治大学
  • Year and Date: 2015-09-04
• [Presentation] PODCにおける高信頼度機能アノテーションの意義と展望 (2015)
  • Author(s): 松田(今井)典子, 菅野真麻, 齋藤美沙, 寺島伸, 矢野健太郎
  • Organizer: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • Place of Presentation: 明治大学
  • Year and Date: 2015-09-04
• [Presentation] 植物オミックスデータベースPODC(Plant Omics Data Center)を用いた環境応答遺伝子の解析事例 (2015)
  • Author(s): 浅野さとみ, 高野知之, 寺島伸, 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田(今井)典子, 工藤徹, 佐々木陽平, 横山幸治, 小林正明, 久保康隆, 矢野健太郎
  • Organizer: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • Place of Presentation: 明治大学
  • Year and Date: 2015-09-04
• [Presentation] TOMATOMICS:トマトのオミックス統合データベース (2015)
  • Author(s): 片山南美, 尾崎崇一, 寺島伸, 菅野真麻, 浅野さとみ, 斉藤美沙, 小林正明, 大柳一, 青木考, 矢野健太郎
  • Organizer: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • Place of Presentation: 明治大学
  • Year and Date: 2015-09-04
• [Presentation] NGSデータを用いた野生植物種ゲノムのde novoアセンブル (2015)
  • Author(s): 小林正明, 大柳一, 倉田のり, 藤田雅丈, 豊田敦, 藤山秋佐夫, Copetti Dario, Wing Rod, 矢野健太郎
  • Organizer: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • Place of Presentation: 明治大学
  • Year and Date: 2015-09-04
• [Presentation] 高速シークエンサー・データに基づくゲノム配列解読のためのバイオインフォマティクス解析基盤整備 (2015)
  • Author(s): 髙野知之, 山本直樹, 鈴木智大, 矢野健太郎
  • Organizer: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • Place of Presentation: 明治大学
  • Year and Date: 2015-09-04
• [Presentation] Identification of Reference Genes for Quantitative Expression Analysis in Broad Experimental Conditions Using Large-scale RNA-seq Data of Arabidopsis thaliana and Model Crop Plants (2015)
  • Author(s): Toru Kudo, Yohei Sasaki, Shin Terashima, Noriko Matsuda-Imai, Tomoyuki Takano, Misa Saito, Maasa Kanno, Soichi Ozaki, Suwabe Keita, Go Suzuki, Masao Watanabe, Matsuoka Makoto, Takayama Seiji, Kentaro Yano
  • Organizer: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • Place of Presentation: 明治大学
  • Year and Date: 2015-09-04
• [Presentation] COMET:大規模塩基配列情報に基づく高精度なシス配列予測ツール (2015)
  • Author(s): 佐々木陽平, 寺島伸, 大柳一, 山本直樹, 小林正明, 高野知之, 大谷征史, 南原英司, 矢野健太郎
  • Organizer: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • Place of Presentation: 明治大学
  • Year and Date: 2015-09-04
• [Presentation] DNAアレイによるトマト果実成熟関連遺伝子のエチレン，RIN, NOR 依存性の解析 (2015)
  • Author(s): 久保康隆, 閻瑞, 青木考, 矢野健太郎, 牛島幸一郎, 中野龍平
  • Organizer: 第12回 日本ナス科コンソシアム(JSOL)年会
  • Place of Presentation: 明治大学
  • Year and Date: 2015-09-04
• [Presentation] 植物オミックスデータベースPODC （Plant Omics Data Center）を用いた環境応答遺伝子の解析事例 (2015)
  • Author(s): 浅野さとみ, 高野知之, 寺島伸, 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田典子, 工藤徹, 尾崎崇一, 佐々木陽平, 横山幸治, 小林正明, 大柳一, 矢野健太郎
  • Organizer: 第33回日本植物細胞分子生物学会
  • Place of Presentation: 東京大学
  • Year and Date: 2015-08-10
• [Presentation] 植物オミクス統合データベースPODCに搭載された遺伝子発現ネットワーク情報からのデータマイニング例 (2015)
  • Author(s): 工藤徹, 高野知之, 寺島伸, 菅野真麻, 齋藤美沙, 浅野さとみ, 松田典子, 尾崎崇一, 佐々木陽平, 横山幸治, 小林正明, 大柳一, 矢野 健太郎
  • Organizer: 第33回日本植物細胞分子生物学会
  • Place of Presentation: 東京大学
  • Year and Date: 2015-08-10
• [Presentation] TOMATOMICS:トマトのオミックス統合データベース (2015)
  • Author(s): 尾崎崇一, 寺島伸, 菅野真麻, 浅野さとみ, 齋藤美沙, 小林正明, 大柳一, 青木考, 矢野健太郎
  • Organizer: 第33回日本植物細胞分子生物学会
  • Place of Presentation: 東京大学
  • Year and Date: 2015-08-10
• [Presentation] Heap: 低depthの高速シーケンスデータから高感度にSNPを検出するツール (2015)
  • Author(s): 小林正明, 大柳一, 浅野さとみ, 工藤徹, 尾崎崇一, 高梨秀樹, 鐘ヶ江弘美, 永野惇, 田井中均, 徳永毅, 佐塚隆志, 岩田洋佳, 堤伸浩, 矢野健太郎
  • Organizer: 第33回日本植物細胞分子生物学会
  • Place of Presentation: 東京大学
  • Year and Date: 2015-08-10
• [Presentation] 複数植物種の遺伝子発現ネットワーク情報と高信頼度アノテーション情報を搭載したWebデータベースPODC (2015)
  • Author(s): 寺島伸, 高野知之, 工藤徹, 菅野真麻, 齋藤美沙, 松田典子, 浅野さとみ, 尾崎崇一, 佐々木陽平, 横山幸治, 小林正明, 大柳一, 矢野健太郎
  • Organizer: 第33回日本植物細胞分子生物学会
  • Place of Presentation: 東京大学
  • Year and Date: 2015-08-10
• [Presentation] Plant Omics Data Center: An Integrated Web Repository for Interspecies Gene Expression Networks with NLP-based Curation (2015)
  • Author(s): Hajime Ohyanagi, Tomoyuki Takano, Shin Terashima, Maasa Kanno, Misa Saito, Noriko Matsuda, Toru Kudo, Satomi Asano, Yohei Sasaki, Soichi Ozaki, Masaaki Kobayashi, Koji Yokoyama, Kentaro Yano
  • Organizer: Plant and Animal Genome ASIA 2015
  • Place of Presentation: SINGAPORE
  • Year and Date: 2015-07-13
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Data Mining in Plant Omics Data Center Suggests Conserved Gene Expression Networks of Molecular Chaperone and Protein (2015)
  • Author(s): Toru Kudo, Tomoyuki Takano, Shin Terashima, Masaaki Kobayashi, Maasa Kanno, Kyoko Morimoto, Hiromi Kanegae, Soichi Ozaki, Yohei Sasaki, Misa Saito, Satomi Asano, Koji Yokoyama, Koichiro Aya, Keita Suwabe, Go Suzuki, Masao Watanabe, Makoto Matsuoka, Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano
  • Organizer: International Plant and Animal Genome XXIII
  • Place of Presentation: San Diego, CA, USA
  • Year and Date: 2015-01-10 – 2015-01-14
• [Presentation] Plant Omics Data Center (PODC) : The Integrated Web Repository for Intra- and Interspecies Gene Expression Networks. (2015)
  • Author(s): Tomoyuki Takano, Shin Terashima, Hajime Ohyanagi, Maasa Kanno, Yohei Sasaki, Koji Yokoyama, Koichiro Aya, Keita Suwabe, Go Suzuki, Masao Watanabe, Makoto Matsuoka, Kentaro Yano
  • Organizer: International Plant and Animal Genome XXIII
  • Place of Presentation: San Diego, CA, USA
  • Year and Date: 2015-01-10 – 2015-01-14
• [Presentation] A Comprehensive Method and Tool for Identifying Conserved Cis-Element Motifs on the Basis of Large-Scale Gene Expression and Sequence Data. (2015)
  • Author(s): Yohei Sasaki, Kentaro Yano, Hajime Ohyanagi, Tomoyuki Takano, Masaaki Kobayashi, Shin Terashima, Naoki Yamamoto, Masato Otani, Eiji Nambara
  • Organizer: International Plant and Animal Genome XXIII
  • Place of Presentation: San Diego, CA, USA
  • Year and Date: 2015-01-10 – 2015-01-14
• [Presentation] A GUI Application ”CA Plot Viewer” for Large-Scale Gene Expression Analysis with Next-Generation Sequencing Technology. (2015)
  • Author(s): Kentaro Yano, Tomoyuki Takano, Shin Terashima, Yukino Nakamura
  • Organizer: International Plant and Animal Genome XXIII
  • Place of Presentation: San Diego, CA, USA
  • Year and Date: 2015-01-10 – 2015-01-14
• [Presentation] システムズ・バイオロジー研究に向けた大規模オミックス情報解析とWebデータベース (2014)
  • Author(s): 矢野 健太郎
  • Organizer: 日本遺伝学会第86回大会
  • Place of Presentation: 長浜バイオ大学
  • Year and Date: 2014-09-17 – 2014-09-19
  • Invited
• [Book] Functional Genomics and Biotechnology in Solanaceae and Cucurbitaceae Crops. (2016)
  • Author(s): Masaaki Kobayashi, Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano (Editors: Ezura H., Ariizumi T., Garcia-Mas J., Rose J.)
  • Total Pages: 265
  • Publisher: Springer
• [Book] Advances in the Understanding of Biological Sciences Using Next Generation Sequencing (NGS) Approaches. (2015)
  • Author(s): Masaaki Kobayashi, Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano (Editors: Sablok, G. etal.)
  • Total Pages: 653
  • Publisher: Springer
• [Book] Genomics, Proteomics and Metabolomics in Nutraceuticals and Functional Foods, Second Edition. (2015)
  • Author(s): Masaaki Kobayashi, Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano (Editors: Debasis Bagchi, Anand Swaroop, Manashi Bagchi.)
  • Total Pages: 653
  • Publisher: John Wiley & Sons, Ltd.
• [Book] Omics databases and gene expression networks in plant sciences. (2014)
  • Author(s): Masaaki Kobayashi, Hajime Ohyanagi, Kentaro Yano
  • Total Pages: 392
  • Publisher: CRC Press
• [Book] 遺伝子治療・診断の最先端技術と新しい医薬品・診断薬の開発 (2014)
  • Author(s): 小林正明, 大柳一, 矢野健太郎
  • Total Pages: 566
  • Publisher: 技術情報協会
• [Remarks] データベースPODC
  • URL: http://plantomics.mind.meiji.ac.jp/podc/
• [Remarks] Plant Omics Data Center
  • URL: http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/podc/
• [Remarks] 明治大学農学部バイオインフォマティクス研究室
  • URL: http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/lab/