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生体高分子が化学反応ネットワークに与える微小空間効果の解明

Publicly Offered Research

Project AreaSpying minority in biological phenomena -Toward bridging dynamics between individual and ensemble processes-
Project/Area Number 26115709
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

市川 正敏  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 講師 (40403919)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥12,090,000 (Direct Cost: ¥9,300,000、Indirect Cost: ¥2,790,000)
Fiscal Year 2015: ¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000)
Fiscal Year 2014: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Keywordsナノバイオ / 微小空間効果 / 非線形 / 非平衡 / 細胞サイズリポソーム
Outline of Annual Research Achievements

本年度はX線小角散乱を用いて水和初期過程の測定を行い、微小空間にDNAが取り込まれるダイナミクスを明らかにする事を試みた。初年度において、脂質膜堆積フィルムからの再水和の際にDNAドメインを核としてリポソームの成長が起きる事を明らかにした。ここでは、高濃度高分子の知見を生かして封入効率を劇的に高める事が出来きたが、水和直後の数秒~十数秒は対象の揺動が激しく、水和の初期段階の動態を明らかにする事が出来ていなかった。これを解決する為に、X線小角散乱を用いて水和初期過程のアンサンブル測定を行った。散乱測定であるため、空間平均ではあるものの、ナノメータースケールでミリ秒というダイナミクスに迫れる十分な空間解像度と時間解像度で水和初期過程のダイナミクスを明らかにすることが出来た。以上の結果をまとめ、詳細な議論を加えた論文を準備中である。この知見を活かすことで、封入分子の種類に応じてより効率的に封入する条件の提案や設計が行えるようになると考えている。

一方で、微小空間が持つ特異性に着目し、運動タンパク質を用いて動態を解析する実験も行った。初年度の研究で、液滴の内部にアクチンとミオシンからなる運動タンパク質を液滴に封入したとき、膜界面との相互作用によって、自発的な変形運動が顕れる事を発見した。本年度は、この実験系の再現性を高めて系統的な実験結果を取得した。アクチン繊維とミオシン束が自発的に作るネットワーク構造が膜界面に力を伝達することや、液滴サイズ依存的な応答が明らかになった。これらの挙動を数理的に解析、その性質を議論して2報の論文として報告した。

以上の様に、生体高分子を細胞サイズの微小空間に閉じ込めた時に起きる特異的な動態を明らかにすることが出来た。

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2015 Annual Research Report
  • 2014 Annual Research Report
  • Research Products

    (23 results)

All 2016 2015 2014 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Acknowledgement Compliant: 5 results,  Open Access: 2 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Invited: 4 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Non-periodic oscillatory deformation of an actomyosin microdroplet encapsulated within a lipid interface2016

    • Author(s)
      Yukinori Nishigami, Hiroaki Ito, Seiji Sonobe & Masatoshi Ichikawa
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 6 Issue: 1

    • DOI

      10.1038/srep18964

    • NAID

      120005758237

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Direct observations of transition dynamics from macro- to micro-phase separation in asymmetric lipid bilayers induced by externally added glycolipids2016

    • Author(s)
      Shunsuke F. Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa and Takashi Taniguchi
    • Journal Title

      Europhysics Letters

      Volume: 113 Issue: 5 Pages: 56005-56005

    • DOI

      10.1209/0295-5075/113/56005

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Wrinkling of a spherical lipid interface induced by actomyosin cortex2015

    • Author(s)
      Hiroaki Ito, Yukinori Nishigami, Seiji Sonobe and Masatoshi Ichikawa
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 92 Issue: 6

    • DOI

      10.1103/physreve.92.062711

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Molecular behavior of DNA in a cell-sized compartment coated by lipids2015

    • Author(s)
      Tsutomu Hamada, Rie Fujimoto, Shunsuke F. Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa, Masahiro Takagi
    • Journal Title

      Phys. Rev. E

      Volume: 91 Issue: 6 Pages: 62717-62717

    • DOI

      10.1103/physreve.91.062717

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 試験管内再構築系を用いたブレブ駆動型アメーバ運動機構の研究2015

    • Author(s)
      西上 幸範,伊藤 弘明,市川 正敏
    • Journal Title

      植物科学最前線 6:82 (2015)

      Volume: 6 Pages: 82-91

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Emergence of DNA-Encapsulating Liposomes from a DNA-Lipid Blend Film2014

    • Author(s)
      S. F. Shimobayashi and M. Ichikawa
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 118 Issue: 36 Pages: 10688-10694

    • DOI

      10.1021/jp506096h

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 人工細胞システムの創成と構造制御2014

    • Author(s)
      濱田勉、市川正敏
    • Journal Title

      生化学

      Volume: 86 Pages: 209-213

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Celluar shape deformation and locomotion of free-living amoeba, Amoeba proteus2015

    • Author(s)
      Yukinori Nishigami
    • Organizer
      第48回日本原生生物学会大会 日韓合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      国立感染症研究所
    • Year and Date
      2015-11-06
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Active shape fluctuations of an actomyosin droplet2015

    • Author(s)
      Masatoshi Ichikawa, Yukinori Nishigami, Hiroaki Ito, Seiji Sonobe
    • Organizer
      Hierarchical Dynamics in Soft Materials and Biological Matter
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2015-09-23
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 試験管内再構築系を用いた細胞膜-アクチンコーテックス複合体変形機構の解明2015

    • Author(s)
      西上幸範、伊藤弘明、園部誠司、市川正敏
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学角間キャンパス
    • Year and Date
      2015-09-13
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Transformation of Vesicles at Various Speed of Osmotic Pressure Increase: from Quasi-static to Non-equilibrium2015

    • Author(s)
      Masaki Konosu, Hiroaki Ito, Miho Yanagisawa, Masatoshi Ichikawa
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2015-08-20
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Phase-Separation Transitions in Asymmetric Lipid Bilayers2015

    • Author(s)
      Shunsuke Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa, Takashi Taniguchi
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2015-08-20
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dynamic fluctuation and deformation of lipid interface induced by actomyosin contractility2015

    • Author(s)
      Hiroaki Ito, Yukinori Nishigami, Seiji Sonobe, and Masatoshi Ichikawa
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2015-08-20
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Reconstitution of contractile actomyosin cortex inside a cell-sized lipid interface2015

    • Author(s)
      Hiroaki Ito, Yukinori Nishigami, Seiji Sonobe, and Masatoshi Ichikawa
    • Organizer
      Engineering of Chemical Complexity 2015
    • Place of Presentation
      ミュンヘン、ドイツ
    • Year and Date
      2015-06-22
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Speed of the Osmotic Pressure Increase Changes a Pathway of the Vesicle Deformation2015

    • Author(s)
      Masaki Konosu, Hiroaki Ito, Miho Yanagisawa, Masatoshi Ichikawa
    • Organizer
      15th Conference of the International Association of Colloid and Interface Scientists
    • Place of Presentation
      マインツ、ドイツ
    • Year and Date
      2015-05-24
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mimicking contractile cortex: Dynamics of actomyosin inside a cell-sized sphere2015

    • Author(s)
      Masatoshi Ichikawa, Yukinori Nishigami, Hiroaki Ito, Seiji Sonobe
    • Organizer
      Hierarchical Structures and Dynamics at Soft Interfaces - from surfactants, cells to peacock's train -
    • Place of Presentation
      Kyoto University
    • Year and Date
      2015-05-14
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 非平衡界面のダイナミクス:コーヒーの湯気から細胞まで2015

    • Author(s)
      市川正敏、西上幸範、伊藤弘明、園部誠司
    • Organizer
      第14回光科学若手研究会
    • Place of Presentation
      京都大学吉田キャンパス
    • Year and Date
      2015-04-18
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 再構成アメーバ液滴の自律変形と運動2015

    • Author(s)
      市川正敏、西上幸範、伊藤弘明、園部誠司
    • Organizer
      機能物性融合科学研究会シリーズ(2)「ソフトダイナミクス」
    • Place of Presentation
      東京大学柏キャンパス物性研究所
    • Year and Date
      2015-04-02
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 自由生活型アメーバAmoeba proteusの運動機構2015

    • Author(s)
      西上幸範
    • Organizer
      第84回日本寄生虫学会大会
    • Place of Presentation
      杏林大学三鷹キャンパス
    • Year and Date
      2015-03-21 – 2015-03-22
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] アクトミオシン液滴が示す表層コーテックス構造と動的変形2015

    • Author(s)
      西上幸範
    • Organizer
      生体運動合同班会議2015
    • Place of Presentation
      学習院大学目白キャンパス
    • Year and Date
      2015-01-07 – 2015-01-09
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Amoeba proteusの単離細胞膜が示す自発曲率と生細胞三次元曲率に関する研究2014

    • Author(s)
      西上幸範
    • Organizer
      第47回日本原生生物学会大会
    • Place of Presentation
      宮城教育大学 青葉山地区
    • Year and Date
      2014-10-31 – 2014-11-02
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Book] 原生生物フロンティア2014

    • Author(s)
      洲崎敏伸 編 (分担執筆)
    • Publisher
      化学同人
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Remarks] 論文とその概要

    • URL

      http://www.chem.scphys.kyoto-u.ac.jp/nonnonWWW/ichikawa/index.html#review

    • Related Report
      2015 Annual Research Report 2014 Annual Research Report

URL: 

Published: 2014-04-04   Modified: 2018-03-28  

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