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長鎖ノンコーディングRNAのクロマチンターゲティング

Publicly Offered Research

Project AreaDynamic chromatin structure and function
Project/Area Number 26116515
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionKinki University

Principal Investigator

佐渡 敬  近畿大学, 農学部, 教授 (70321601)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥10,400,000 (Direct Cost: ¥8,000,000、Indirect Cost: ¥2,400,000)
Fiscal Year 2015: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2014: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Keywordsクロマチン / ノンコーディングRNA
Outline of Annual Research Achievements

当該研究ではクロマチンのエピジェネティック制御に重要な役割を果たすと考えられるlncRNAがどのように標的クロマチン領域をターゲティングし,その効果を発揮するのかを理解することを目的とした.具体的には,哺乳類のメスの細胞でX染色体を覆い,そのヘテロクロマチン化を引き起こすXist RNAとその局在制御に関与することが示されたhnRNP Uに着目して解析を行ってきた.hnRNP Uの完全機能欠損マウスは報告されていなかったので,条件的ノックアウトマウスを作製した.完全機能欠損アレルへ変換後,ヘテロ接合体同士を交配し,ホモ接合体の表現型を解析した.その結果,ホモ接合体は着床前後の時期に致死となることがわかった.また,分離比からヘテロ接合体のうち離乳に達するものは期待される頻度の20%程度であることが示唆された.
胚発生に重篤な影響をもたらす単純な機能阻害では解析が困難と思われたので,タモキシフェン投与により条件的にhnRNP Uの機能を阻害できるコンディショナルアレルを持つメスの胚線維芽細胞(MEF)あるいはメスのES細胞を胚盤胞から樹立し,胚に代わる解析系を確立することを試みた.その結果得られたこれらの細胞で, hnRNP Uの機能を条件的に阻害してみると,いずれの場合も雌雄の別なく細胞は数日で死ぬことから,hnRNP Uは細胞の生存に不可欠であることがわかった.メスの細胞でhnRNP Uを阻害した後,細胞が死ぬまでの間に免疫RNA-FISHを行うと,不活性X染色体に局在するXist RNAは失われ,H3K27me3の集積も観察されなくなったことから,hnRNP UがXist RNAのクロマチンターゲティングに不可欠であることが確認された.hnRNP Uが他のlncRNAのクロマチンターゲティングにも関与するかについては,解析中のため現時点では不明である

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2015 Annual Research Report
  • 2014 Annual Research Report
  • Research Products

    (29 results)

All 2015 2014

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (25 results) (of which Invited: 5 results)

  • [Journal Article] A new Xist allele driven by a constitutively active promoter is dominated by Xist locus environment and exhibits the parent-of-origin effects.2015

    • Author(s)
      Amakawa Y, Sakata Y, Hoki Y, Arata S, Shioda S, Fukagawa T, Sasaki H, Sado T.
    • Journal Title

      Development.

      Volume: 142 Pages: 4299-4308

    • DOI

      10.1242/dev.128819

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      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] An Xist Activating Antisense RNA Required for X-chromosome Inactivation.2015

    • Author(s)
      Sarkar, M., Gayen, S., Kumar, S., Maclary, E., Buttigieg, E., Hinten, M., Kumari, A., Harris, C., Sado, T., and *Kalantry, S.
    • Journal Title

      Nature comm.

      Volume: 6 Issue: 1 Pages: 8564-8564

    • DOI

      10.1038/ncomms9564

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Current view of the potential roles of proteins enriched on the inactive X chromosome2014

    • Author(s)
      Nakajima, T., Sado, T.
    • Journal Title

      Genes & Genetic Systems

      Volume: 89 Issue: 4 Pages: 151-157

    • DOI

      10.1266/ggs.89.151

    • NAID

      130004750052

    • ISSN
      1341-7568, 1880-5779
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      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] X Chromosome Reactivation Dynamics Reveal Stages of Reprogramming to Pluripotency2014

    • Author(s)
      Pasque, V., Tchieu, J., Karnik, R., Uyeda, M., Dimashkie, M.S., Case, D., Papp, B., Bonora, G., Patel, S., Ho, R., Schmidt, R., McKee, R., Sado, T., Tada, T., Meissner, A. and Plath, K.
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 159 Issue: 7 Pages: 1681-1697

    • DOI

      10.1016/j.cell.2014.11.040

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      2014 Annual Research Report
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  • [Presentation] 哺乳類X染色体のエピジェネティクス2015

    • Author(s)
      佐渡 敬
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 合同年会
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      兵庫県神戸市(神戸ポートアイランド)
    • Year and Date
      2015-12-01
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      榊原 祐樹,佐々木 裕之,Blewitt Marnie,佐渡 敬
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 合同年会
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      兵庫県神戸市(神戸ポートアイランド)
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      2015-12-01
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      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 合同年会
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      兵庫県神戸市(神戸ポートアイランド)
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      2015-12-01
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      中島達郎,保木裕子,佐々木裕之,佐渡 敬
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      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 合同年会
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      兵庫県神戸市(神戸ポートアイランド)
    • Year and Date
      2015-12-01
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 機能欠損型Xist RNAによって構築される偽ヘテロクロマチン2015

    • Author(s)
      佐渡 敬
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 合同年会
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      兵庫県神戸市(神戸ポートアイランド)
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      2015-12-01
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  • [Presentation] アレル特異的chIP-seqによるマウス不活性X染色体のクロマチン動態の解析2015

    • Author(s)
      長尾恒治,榊原祐樹,柴田幸子,野澤竜介,坂口武久,木村宏,佐渡敬,小布施力史
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 合同年会
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市(神戸ポートアイランド)
    • Year and Date
      2015-12-01
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      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 胚性幹細胞における単アレル性発現遺伝子の由来とその転写制御2015

    • Author(s)
      大石裕晃,鵜木元香,福田渓,堀恭平,前之原章司,千葉初音,佐渡敬,佐々木裕之
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学大会 合同年会
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市(神戸ポートアイランド)
    • Year and Date
      2015-12-01
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 部分的機能欠損Xist アレルによるX染 色体不活性化の異常2015

    • Author(s)
      中島達郎,保木裕子,佐々木裕之,佐渡 敬
    • Organizer
      日本遺伝学会第87回大会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市(東北大学)
    • Year and Date
      2015-09-24
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] マウス着床前胚におけるXist の差次的発現2015

    • Author(s)
      佐渡 敬,酒田祐佳,尼川裕 子,保木裕子,深川竜郎,佐々 木裕之
    • Organizer
      日本遺伝学会第87回大会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市(東北大学)
    • Year and Date
      2015-09-24
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 部分的機能欠損Xistアレルからの発現様式の組織差2015

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      中島達郎,保木裕子,佐々木裕之,佐渡 敬
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      第9回日本エピジェネティクス研究会
    • Place of Presentation
      東京都千代田区(学術総合センター)
    • Year and Date
      2015-05-25
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] SmcHD1機能欠損マウス胚における X染色体不活性化2015

    • Author(s)
      榊原祐樹,Blewitt Marnie,佐々 木裕之,佐渡 敬
    • Organizer
      第9回日本エピジェネティクス研究会
    • Place of Presentation
      東京都千代田区(学術総合センター)
    • Year and Date
      2015-05-25
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] アリル特異的ChIP-seq法によるマウス不活性X染色体のクロマチン動態の解明2014

    • Author(s)
      長尾恒治,柴田幸子,野澤竜介,木村 宏,佐渡 敬,小布施力史
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川(パシフィコ横浜)
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
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      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] ZFP57による単アレル性遺伝子発現の制御機構2014

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      大石裕晃,鵜木元香,福田 渓,佐渡 敬,佐々木裕之
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川(パシフィコ横浜)
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
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  • [Presentation] ほ乳類X染色体のヘテロクロマチン化機構の理解へ向けて2014

    • Author(s)
      佐渡 敬
    • Organizer
      第1回北陸エピジェネティクス研究会
    • Place of Presentation
      石川(金沢大学)
    • Year and Date
      2014-11-18
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      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 変異Xist RNAがつくるヘテロクロマチン様構造の詳細2014

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      酒田祐佳,保木裕子,佐々木裕之,佐渡 敬
    • Organizer
      ワークショップ「マウス遺伝学が牽引する最先端生命科学」,日本遺伝学会第85回大会
    • Place of Presentation
      滋賀(長浜バイオ大学)
    • Year and Date
      2014-09-19
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      千木雄太,佐々木裕之,佐渡 敬
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      日本遺伝学会第86回大会
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      滋賀(長浜バイオ大学)
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      2014-09-17 – 2014-09-19
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  • [Presentation] 部分的機能欠損XistアレルによるX染色体不活性化の異常2014

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      中島達郎,保木裕子,佐々木裕之,佐渡 敬
    • Organizer
      日本遺伝学会第86回大会
    • Place of Presentation
      滋賀(長浜バイオ大学)
    • Year and Date
      2014-09-17 – 2014-09-19
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  • [Presentation] SmcHD1機能欠損マウス胚におけるX染色体不活性化2014

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      榊原祐樹,佐々木裕之,Marnie Blewitt,佐渡 敬
    • Organizer
      日本遺伝学会第86回大会
    • Place of Presentation
      滋賀(長浜バイオ大学)
    • Year and Date
      2014-09-17 – 2014-09-19
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  • [Presentation] ZFP57による単アレル性遺伝子発現の制御機構2014

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      大石裕晃,鵜木元香,福田 渓,佐渡 敬,佐々木裕之
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      滋賀(長浜バイオ大学)
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      2014-09-17 – 2014-09-19
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      中島達郎,保木裕子,佐々木裕之,佐渡 敬
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      第8回日本エピジェネティクス研究会年会
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      東京(東京大学)
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      2014-05-25 – 2014-05-27
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      第8回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      東京(東京大学)
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      2014-05-25 – 2014-05-27
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      千木雄太,佐々木裕之,佐渡 敬
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      東京(東京大学)
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      2014-05-25 – 2014-05-27
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      小布施力史,長尾恒治,野澤竜介,磯部真也,佐渡 敬,木村 宏
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      第8回日本エピジェネティクス研究会年会
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      東京(東京大学)
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      2014-05-25 – 2014-05-27
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  • [Presentation] マウスES細胞においてZfp57が単アレル性遺伝子発現制御に果たす役割の解析2014

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      大石裕晃,鵜木元香,福田 渓,前之原章司,伊川正人,佐渡 敬,佐々木裕之
    • Organizer
      第8回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      東京(東京大学)
    • Year and Date
      2014-05-25 – 2014-05-27
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      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] SmcHD1機能欠損マウス胚におけるX染色体不活性化2014

    • Author(s)
      榊原祐樹,佐々木裕之,Marnie Blewitt,佐渡 敬
    • Organizer
      第8回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      東京(東京大学)
    • Year and Date
      2014-05-25 – 2014-05-27
    • Related Report
      2014 Annual Research Report

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Published: 2014-04-04   Modified: 2018-03-28  

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