ノンコーディングRNA転写と共役したクロマチン構造変化の制御機構の解明
| Project Area | Dynamic chromatin structure and function |
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| Project/Area Number |
26116518
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Tokyo Metropolitan University |
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Principal Investigator |
廣田 耕志 首都大学東京, 理工学研究科, 教授 (00342840)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2016-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2015)
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| Budget Amount *help |
¥10,140,000 (Direct Cost: ¥7,800,000、Indirect Cost: ¥2,340,000)
Fiscal Year 2015: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2014: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
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| Keywords | 非コードRNA / クロマチン / 染色体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
申請者はこれまで、分裂酵母のfbp1と呼ばれるグルコース飢餓ストレスに応答する遺伝子の活性化機構の解析を行い発現誘導に先立って、この遺伝子上流領域からの非コードRNA転写と共役した、転写因子結合部位のクロマチン再編成機構を発見していた。申請者は、独自に発見した非コードRNA転写の新機能のさらなる理解のために、H27年度本領域の研究で、以下の研究成果を上げた。
１ fbp1の転写活性化にはAtf1, Rst2, Php5が必要であり、抑制にはTup11/12リプレッサーが関わるが、３種の活性化因子がTup11/12を段階的に阻害することでクロマチン再編成や転写基本因子の結合安定化をすることでfbp1の活性化を引き起こすことを報告した。
２ Tup11/12リプレッサーの欠損はストレスへの特異的対応が不良になったり、転写開始点の決定がぶれたりするなど、精密な転写の不良となることから、Tup11/12は抑制のみではなくむしろ制御的な働きを担っているのではないかと考えられるようになった。
３ fbp1遺伝子活性化過程において、fbp1遺伝子座において高次のゲノム3D構造の変換が起きていることを明らかにした。
４ fbp1遺伝子の10kb程度5’上流側のORFもグルコース応答性(Atf1依存)の反応をする。この領域もfbp1遺伝子上流と高次構造を形成していることが判明した。このことから、fbp1遺伝子の制御ユニット中の３D構造を他の遺伝子プロモーターが共有することで１種のオペロンのような働きをしていることがうかがわれた。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(39 results)
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[Journal Article] Abacavir, an anti-HIV-1 drug, targets TDP1-deficient adult T cell leukemia.2015
Author(s)
Tada K, Kobayashi M, Takiuchi Y, Iwai F, Sakamoto T, Nagata K, Shinohara M, Io K, Shirakawa K, Hishizawa M, Shindo K, Kadowaki N, Hirota K, Yamamoto J, Iwai S, Sasanuma H, Takeda S, Takaori-Kondo A.
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Journal Title
Sci Adv
Volume: 1(3)
Pages: -
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Relative contribution of four nucleases, CtIP, Dna2, Exo1 and Mre11, to the initial step of DNA double-strand break repair by homologous recombination in both the chicken DT40 and human TK6 cell lines.2015
Author(s)
Hoa NN, Akagawa R, Yamasaki T, Hirota K, Sasa K, Natsume T, Kobayashi J, Sakuma T, Yamamoto T, Komatsu K, Kanemaki MT, Pommier Y, Takeda S, Sasanuma H.
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Journal Title
Genes Cells
Volume: 20(12)
Pages: 1059-1076
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] The POLD3 subunit of DNA polymerase δ can promote translesion synthesis independently of DNA polymerase ζ.2015
Author(s)
Hirota K, Yoshikiyo K, Guilbaud G, Tsurimoto T, Murai J, Tsuda M, Phillips L, Narita T, Nishihara K, Kobayashi K, Yamada K, Nakamura J, Pommier Y, Lehmann A, Sale J, Takeda S.
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Journal Title
Nucleic Acids Res
Volume: 43(3)
Pages: 1671-83
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] SUMO-targeted ubiquitin ligase RNF4 plays a critical role in preventing chromosome loss.2014
Author(s)
Hirota, K., Tsuda, M., Murai, J., Takagi, T., Keka, I.S., Narita, T., Fujita, M., Sasanuma, H., Kobayashi, J., Takeda, S.
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Journal Title
Genes Cells
Volume: 19(10)
Pages: 743-754
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] RNA cytidine acetyltransferase of small-subunit ribosomal RNA: identification of acetylation sites and the responsible acetyltransferase in fission yeast, Schizosaccharomyces pombe.2014
Author(s)
Taoka, M., Ishikawa, D., Nobe, Y., Ishikawa, H., Yamauchi, Y., Terukina, G., Nakayama, H., Hirota, K., Takahashi, N., Isobe, T.
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Journal Title
PLoS One
Volume: 9(11)
Pages: e112156
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] RNase MRP cleaves pre-tRNASer-Met in the tRNA maturation pathway.2014
Author(s)
Saito, Y., Takeda, J., Adachi, K., Nobe, Y., Kobayashi, J., Hirota, K., Oliveira, D.V., Taoka, M., Isobe, T.
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Journal Title
PLoS One
Volume: 9(11)
Pages: e112488
DOI
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Peer Reviewed / Open Access
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