肝臓構築過程における細胞間相互作用ネットワーク解析
Publicly Offered Research
| Project Area | Synthetic biology for the comprehension of biomolecular networks |
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| Project/Area Number |
26119706
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Complex systems
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| Research Institution | Shizuoka University |
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Principal Investigator |
塩尻 信義 静岡大学, 理学部, 教授 (70162568)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2016-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2015)
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| Budget Amount *help |
¥6,630,000 (Direct Cost: ¥5,100,000、Indirect Cost: ¥1,530,000)
Fiscal Year 2015: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2014: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
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| Keywords | 肝臓構築 / 人工遺伝子回路 / 数理モデル / マイクロアレイ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
マウス胎生期肝臓構築における細胞間相互作用ネットワークの探索と解明、そして数理モデル構築を通して、肝臓の人工遺伝子回路の探索・設計を行うため、胎生期肝臓発生ならびに肝臓オルガノイド形成系における遺伝子発現をマイクロアレイ法で経時的に解析した。結果として、GOエンリッチメント解析、Pathwayエンリッチメント解析では、肝発生過程ならびにインビトロ培養系ともに肝機能に関与する因子の発現上昇が認められ、かつこれに種々の細胞増殖・分化誘導シグナルや細胞外マトリックス等を介したシグナルが作用するデータを得た。特にインビトロ培養系では、細胞外マトリクスや細胞接着を介したシグナル系の活性化が著しいことがわかった。次に、タンパク質間相互作用（Protein-Protein Interaction）解析を行ったところ、肝発生過程では、オンコスタチンM、FGF、EGF、NGEF、インテグリン、核ホルモン受容体等などに加え、これまで報告のないシグナル（chemokine receptor、Eph シグナルなど）がネットワークを形成して肝成熟化に働くことが推定された。インビトロ培養系でも同様のネットワークが形成されていることを確認した。他方、S-systemによる解析に向けて、アレイデータの角度分類、UpDown分類などにより遺伝子のクラスタリングを試みたがうまくいかなかった。次に、同時刻相互相関とS-systemを併用したネットワーク推定を試みたところ、上皮成長因子受容体(Egfr)などいくつかの遺伝子について相互作用を推定できた。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(10 results)
