変数選択安定性を重視した変数選択を用いたオミックス疾患バイオマーカー探索
Publicly Offered Research
| Project Area | Initiative for High-Dimensional Data-Driven Science through Deepening of Sparse Modeling |
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| Project/Area Number |
26120528
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Complex systems
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| Research Institution | Chuo University |
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Principal Investigator |
田口 善弘 中央大学, 理工学部, 教授 (30206932)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2016-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2015)
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| Budget Amount *help |
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2015: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2014: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
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| Keywords | 心的外傷後ストレス障害 / 筋萎縮性側索硬化症 / 世代間エピジェネティックス / mRNA-miRNA相互作用 / 出芽酵母の細胞分裂周期遺伝子 / 心筋細胞の成熟プロセス遺伝子 / 非小細胞肺がんのエピジェネティック療法 / デング出血熱 / マイクロRNA / 普遍疾患バイオマーカー / 遺伝子発現解析 / 自己免疫疾患 / 非小細胞肺がん |
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| Outline of Annual Research Achievements |
主成分分析を用いた教師なし学習による変数選択法をいろいろな問題に適用した。
1) PTSD(心的外傷後ストレス障害)由来の心臓病原因遺伝子の解析：miRNAとmRNAの心臓の発現プロファイルの解析からFABP3を原因遺伝子として同定し、インシリコ創薬で治療薬の提案を行った。２）ALS（筋萎縮性側索硬化症）の原因遺伝子の解析：ALSの患者の皮膚の培養細胞の遺伝子発現プロファイルの統合解析から原因遺伝子を同定し、インシリコ創薬で治療薬の提案を行った。３）世代間エピジェネティックスの原因遺伝子の推定：エピジェネティックマーカーの遺伝機構の解明のため、胎児の遺伝子発現プロファイル、プロモーターメチル化の統合解析から、原因遺伝子の推定を行った。４）複数のがんのmRNA-miRNA相互作用の推定：mRNA/miRNA発現プロファイルの統合解析から、複数種のがんに対して。統一的な基準から相互作用しているペアの道程を行った。５）出芽酵母の細胞分裂周期遺伝子の推定：出芽酵母の細胞分裂プロセスの遺伝子発現プロファイルを解析して細胞分裂プロセスに寄与する遺伝子を推定し、従来法よりよい結果を得た。６）心筋細胞の成熟プロセス遺伝子の同定：心筋細胞成熟プロセスにおける遺伝子発現プロファイルをヒトとマウスで比較し、重要遺伝子を推定した。７）非小細胞肺がんのエピジェネティック療法の標的遺伝子の推定：非小細胞肺がんのリプログラミング実験の遺伝子発現ポロファイルとプロモーターメチル化プロファイルを統合解析し、SFRP1をエピジェネティック療法の標的遺伝子として同定した。８）恐怖記憶療法標的遺伝子：ヒストン脱アセチル化阻害剤によつ恐怖記憶消去加速の機構を複数の阻害剤の効果の統合解析から解明した。９）デング熱：デング出血熱の原因遺伝子の推定を複数の患者の血液遺伝子発現プロファイルの解析から行った。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(2 results)
Research Products
(28 results)
