「動的構造生命科学を拓く新発想測定技術」の成果取りまとめを目指した組織活動

• Project Area: Novel measurement techniques for visualizing 'live' protein molecules at work
• Project/Area Number: 19H05452
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Complex systems
• Research Institution: Kyushu University
• Principal Investigator: 神田 大輔 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80186618)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 安藤 敏夫 金沢大学, ナノ生命科学研究所, 特任教授 (50184320) ; 白川 昌宏 京都大学, 工学研究科, 教授 (00202119) ; 西田 紀貴 千葉大学, 大学院薬学研究院, 教授 (50456183) ; 杉田 有治 国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 主任研究員 (80311190) ; 塚崎 智也 奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (80436716)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2020-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2019)
• Budget Amount: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000); Fiscal Year 2019: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
• Keywords: 動的構造 / 構造生命科学 / 新測定技術 / 蛋白質

Outline of Research at the Start

「動的構造生命科学を拓く新発想測定技術」の成果のとりまとめを行う。その目的は，直接的には「本新学術研究により開発・改良された新測定技術を実際の研究現場に取り入れてもらう」ことであり，広くには「生体高分子の動的な側面を多くの研究者が意識することがこれからの生物学研究に必要である」ことを啓蒙することにある．この実現のために活動で得られた成果を英文誌の特集号として外部に向けて発信し記録として残すことと、技術講習会を開催する。

Outline of Annual Research Achievements

新学術領域研究（平成26年度-30年度）「動的構造生命科学を拓く新発想測定技術」の成果のとりまとめ活動を行った。目的は「本新学術研究により開発・改良された新測定技術を実際の研究現場に取り入れてもらう」ことである。
この実現のために、領域全体の活動の記録を英文誌の特集号として英語で発表した。BBA General Subject誌は生化学・生物物理学分野の総説と一般研究論文を掲載する科学ジャーナルである。5年間の活動の研究成果を特集号”Novel measurement techniques for visualizing 'live' protein molecules” と題して公表した(BBAGS 1864, issue 2, February 2020)。ゲスト編集者として計画班員の3名が企画と編集（査読管理業務を含む）を担当した。執筆者は計画班員と第1期と第2期の公募班員の中から27人を選んだ。内訳は17編の総説と10編のオリジナル研究論文である。27編の内、計画班員が関与した6編の論文と特集号の序文1編を研究発表（雑誌論文）に記載した。
新学術領域研究「動的構造生命」では高速AFM、セミインタクト細胞リシール法、MD 計算プログラムGENESIS、動的解析のための新Ｘ線結晶解析技術、in cell NMR、Rheo-NMR、クライオ電子顕微鏡操作と解析プログラムについて技術講習会を開催してきた。今年度は金沢大学ナノ生命科学研究所（WPI-NanoLSI）において「第8回バイオAFM夏の学校」（2019年8月19日-24日）を共催し、Bio-AFM技術を一般に広めることに貢献した。12カ国から24名の若手研究者や学生が参加した。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Research Products

• [Journal Article] Preface to the special issue on novel measurement techniques for visualizing ‘live’ protein molecules at work (2020)
  • Author(s): Nishida Noritaka、Tsukazaki Tomoya、Kohda Daisuke
  • Journal Title: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects Volume: 1864 Issue: 2 Pages: 129421-129421
  • DOI: 10.1016/j.bbagen.2019.129421
• [Journal Article] Crystal contact-free conformation of an intrinsically flexible loop in protein crystal: Tim21 as the case study (2020)
  • Author(s): Bala Siqin、Shinya Shoko、Srivastava Arpita、Ishikawa Marie、Shimada Atsushi、Kobayashi Naohiro、Kojima Chojiro、Tama Florence、Miyashita Osamu、Kohda Daisuke
  • Journal Title: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects Volume: 1864 Issue: 2 Pages: 129418-129418
  • DOI: 10.1016/j.bbagen.2019.129418
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Conformational ensemble of an intrinsically flexible loop in mitochondrial import protein Tim21 studied by modeling and molecular dynamics simulations (2020)
  • Author(s): Srivastava Arpita、Bala Siqin、Motomura Hajime、Kohda Daisuke、Tama Florence、Miyashita Osamu
  • Journal Title: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects Volume: 1864 Issue: 2 Pages: 129417-129417
  • DOI: 10.1016/j.bbagen.2019.129417
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Nanodiamonds for bioapplications?specific targeting strategies (2020)
  • Author(s): Terada Daiki、Genjo Takuya、Segawa Takuya F.、Igarashi Ryuji、Shirakawa Masahiro
  • Journal Title: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects Volume: 1864 Issue: 2 Pages: 129354-129354
  • DOI: 10.1016/j.bbagen.2019.04.019
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] In situ structural biology using in-cell NMR (2020)
  • Author(s): Nishida Noritaka、Ito Yutaka、Shimada Ichio
  • Journal Title: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects Volume: 1864 Issue: 2 Pages: 129364-129364
  • DOI: 10.1016/j.bbagen.2019.05.007
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Visualizing protein motion in Couette flow by all-atom molecular dynamics (2020)
  • Author(s): Walinda Erik、Morimoto Daichi、Shirakawa Masahiro、Scheler Ulrich、Sugase Kenji
  • Journal Title: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects Volume: 1864 Issue: 2 Pages: 129383-129383
  • DOI: 10.1016/j.bbagen.2019.06.006
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] High-speed near-field fluorescence microscopy combined with high-speed atomic force microscopy for biological studies (2019)
  • Author(s): Takayuki Umakoshi, Shingo Fukuda, Ryota Iino, Takayuki Uchihashi, Toshio Ando*
  • Journal Title: BBA General Subjects Volume: 印刷中 Issue: 2 Pages: 129325-129325
  • DOI: 10.1016/j.bbagen.2019.03.011
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Direct Visualization of Avian Influenza H5N1 Hemagglutinin Precursor and its Conformational Change by High-Speed Atomic Force Microscopy (2019)
  • Author(s): Lim SK, Mohamed MS, Wang H, Hartono, Hazawa M, Kobayashi A, Voon DC, Kodera N, Ando T and Wong RW
  • Journal Title: BBA - General Subjects Volume: 印刷中 Issue: 2 Pages: 129313-129313
  • DOI: 10.1016/j.bbagen.2019.02.015
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] The lantibiotic nukacin ISK-1 exists in an equilibrium between active and inactive lipid-II binding states (2019)
  • Author(s): Daisuke Kohda
  • Organizer: 8th Asia-Pacific NMR Symposium 2019, Singapore
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Integrative Analysis Combining AFM, NMR, and EM Revealed Two-State Conformational Exchange of a Single-subunit Oligosaccharyltransferase from Archaeoglobus fulgidus (2019)
  • Author(s): Yuki Kawasaki, Hirotaka Ariyama, Daisuke Fujinami, Hajime Motomura, Ashutosh Srivastava, Florence Tama, Daisuke Noshiro, Toshio Ando, Kouta Mayanagi, Daisuke Kohda
  • Organizer: Thermophiles 2019, Fukuoka
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Multiple partial recognitions in dynamic equilibrium in the binding sites of proteins form the molecular basis of promiscuous recognition of structurally diverse ligands (2019)
  • Author(s): Daisuke Kohda
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会，福岡
• [Presentation] The lantibiotic nukacin ISK-1 exists in an equilibrium between active and inactive lipid-II binding states: Thermodynamic analysis using the NMR signals as residue-specific probes (2019)
  • Author(s): Daisuke Kohda
  • Organizer: Annual Taiwan Magnetic Resonance Society Meeting, Taipei
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Remarks] 動的構造生命 ホーム
  • URL: http://vsb.bmr.kyushu-u.ac.jp/Shingakujutsu/index.html