ノンコーディングRNAネオタクソノミの実現を加速する国際活動支援

2016 Fiscal Year Research-status Report

• Project Area: Neo-taxonomy of noncoding RNAs
• Project/Area Number: 15K21720
• Research Institution: Hokkaido University
• Principal Investigator: 廣瀬 哲郎 北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 教授 (30273220)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 中川 真一 北海道大学, 薬学研究院, 教授 (50324679) ; 淺原 弘嗣 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 教授 (70294460) ; 泊 幸秀 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90447368) ; 鈴木 勉 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (20292782) ; 塩見 美喜子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (20322745) ; 影山 裕二 神戸大学, バイオシグナル総合研究センター, 准教授 (90335480)
• Project Period (FY): 2015-11-06 – 2019-03-31
• Keywords: 国際活動 / 国際共同研究 / ノンコーディングRNA

Outline of Annual Research Achievements

本年度は各国際活動支援班員が、それぞれの国際活動を精力的に展開し、その結果数多くの国際共著論文の発表をはじめ多彩な活動成果を上げることができた。以下に主な活動を紹介する。領域代表の廣瀬は、arcRNAによって形成される核内構造体微細構造の電子顕微鏡観察をフランスCNRSとの共同研究で実施、またarcRNA-タンパク質相互作用解析をオーストラリアの西オーストラリア大との共同研究で実施した（論文執筆中）。またサウジアラビアのKAUSTとの共同研究でarcRNAとクロマチン相互作用のゲノムワイドな解析を実施した。中川は、arcRNAのKOマウスを米国、ベルギー、カナダ、ドイツなど７つの国際共同研究先に分与、また必要なサンプル採取を実施し、様々な生理条件でのarcRNA機能解析の共同研究を行なった。鈴木は、米国、ポーランド、中国など6カ国の共同研究者とRNA修飾に関する共同研究を実施した。影山はフランス、アメリカの２研究者とショウジョウバエlncRNAに関する共同研究を行なった。浅原は、米国、英国の6研究者とmiRNA標的に関する共同研究を実施した。このほかに、廣瀬、泊、浅原及びその関連研究者が、9箇所の海外共同研究先を訪問して直接共同研究打ち合わせ、または研究室に短期滞在して実験技術の習得を行った。一方で6名の海外共同研究者を班員研究室に招聘して研究打ち合わせを行ったり、研究室への短期滞在による実験技術習得の場を提供した。こうした活動を通して17報もの国際共同研究論文を発表するに至った。

Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

各国際活動支援班員が、精力的に国際活動を行い、数多くの国際共著論文に結びついたことは予想以上の成果であると言える。また領域関連の若手研究者を海外研究者に短期滞在する機会を与えたり、逆に海外共同研究室の若手研究者を班員研究室に滞在してもらい技術習得する場を複数件設けることができたことは、実質的な国際活動として重要な成果であると考えられる。上記の実績の中には、年度途中で計画実現された案件も複数あるため、当初の計画以上の進展と評価することができる。

Strategy for Future Research Activity

今年度実施した国際活動支援を通して、継続中の国際共同研究をさらに発展させ、高品質な論文として成果に結びつけることを支援したい。また国際共同研究によって生まれた画期的な成果を国際会議などの場で積極的に発表すること、また日本において国際シンポジウムを積極的に開催することによって、本領域の成果を国際的に認知させる活動を積極的に行っていきたいと考えている。

Causes of Carryover

今年度は精力的に国際活動を展開し、予定以上の活動を行うことができたが、前年度の未使用分がかなりの額あったため、その分が次年度以降に使用する分として持ち越された。

Expenditure Plan for Carryover Budget

年々、各班員の国際活動が増加している現状を考えると、持ち越された分の予算は次年度以降の国際活動の成果発表やそのための海外渡航費として使用することができると考えられる。

Research Products

• [Int'l Joint Research] ソーク研究所/ハーバード医大/オハイオ州立大(米国)
  • Country Name: U.S.A.
  • Counterpart Institution: ソーク研究所/ハーバード医大/オハイオ州立大
  • # of Other Institutions: 4
• [Int'l Joint Research] 西オーストラリア大(オーストラリア)
  • Country Name: AUSTRALIA
  • Counterpart Institution: 西オーストラリア大
• [Int'l Joint Research] CNRS/トールーズ大(フランス)
  • Country Name: FRANCE
  • Counterpart Institution: CNRS/トールーズ大
• [Int'l Joint Research] トロント大/クイーンズ大(カナダ)
  • Country Name: CANADA
  • Counterpart Institution: トロント大/クイーンズ大
• [Int'l Joint Research] KAUST(サウジアラビア)
  • Country Name: SAUDI ARABIA
  • Counterpart Institution: KAUST
• [Int'l Joint Research]
  • # of Other Countries: 7
• [Journal Article] Structural and functional characterization of the TYW3/Taw3 class of SAM-dependent methyltransferases (2017)
  • Author(s): Currie, M. A., Brown, G., Wong, A., Ohira, T., Sugiyama, K., Suzuki, T.,Yakunin, A. F., and Jia, Z
  • Journal Title: RNA Volume: 23 Pages: 346-354
  • DOI: 10.1261/rna.057943.116
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Identification of 2-methylthio cyclic N6-threonylcarbamoyladenosine (ms2ct6A) as a novel RNA modification at position 37 of tRNAs (2017)
  • Author(s): Kang, B.+, Miyauchi, K.+, Matuszewski, M., D’Almeida, G. S., Rubio, M., Alfonzo, J. D., Inoue, K., Sakaguchi, Y., Suzuki, T., Sochacka, E. and Suzuki, T
  • Journal Title: Nucleic Acids Res Volume: 45 Pages: 2124-2136
  • DOI: 10.1093/nar/gkw1120
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] A hydantoin isoform of cyclic N6-threonylcarbamoyladenosine (ct6A) is present in tRNAs (2017)
  • Author(s): Matuszewski, M., Wojciechowski, J., Miyauchi, K., Gdaniec, Z., Wolf, W. M., Suzuki, T. and Sochacka, E
  • Journal Title: Nucleic Acids Res Volume: 45 Pages: 2137-2149
  • DOI: 10.1093/nar/gkw1189
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Analysis of transcription factors expressed at the anterior mouse limb bud (2017)
  • Author(s): Yokoyama S#, Furukawa S#, Kitada S#, Mori M, Saito T, Kawakami K, Izpisua Belmonte JC, Kawakami Y, Ito Y, Sato T, AsaharaH
  • Journal Title: PLoS One Volume: - Pages: -
  • DOI: -
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Identification of targets of tumor suppressor microRNA-34a using a reporter library system (2017)
  • Author(s): Ito Y, Inoue A, Seers T, Hato Y, Igarashi A, Toyama T, Taganov K, Boldin M, AsaharaH
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci U S A Volume: - Pages: 印刷中
  • DOI: -
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] TWIST1 induces MMP3 expression through up-regulating DNA hydroxymethylation and promotes catabolic responses in human chondrocytes (2017)
  • Author(s): Hasei J, Teramura T, Takehara T, Onodera Y, Horii T, Olmer M, Hatada I, Fukuda K, Ozaki T, Lotz M, Asahara H
  • Journal Title: Sci Rep Volume: 7 Pages: 42990
  • DOI: 10.1038/srep42990
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Paraspeckles modulate the intranuclear distribution of paraspeckle-associated Ctn RNA (2016)
  • Author(s): Anantharaman A, Jadaliha M, Tripathi V, Nakagawa S, Hirose T, Jantsch MF, Prasanth SG, Prasanth KV
  • Journal Title: Sci Rep Volume: 6 Pages: 34043
  • DOI: 10.1038/srep34043
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Structural, super-resolution microscopy analysis of paraspeckle nuclear body organization (2016)
  • Author(s): West JA, Mito M, Kurosaka S, Takumi T, Tanegashima C, Chujo T, Yanaka K, Kingston RE, Hirose T, Bond C, Fox A, Nakagawa S
  • Journal Title: J Cell Biol Volume: 214 Pages: 817-830
  • DOI: 10.1083/jcb.201601071
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] p53 induces formation of NEAT1 lncRNA-containing paraspeckles that modulate replication stress response and chemosensitivity (2016)
  • Author(s): Adriaens C, Standaert L, Barra J, Latil M, Verfaillie A, Kalev P, Boeckx B, Wijnhoven PW, Radaelli E, Vermi W, Leucci E, Lapouge G, Beck B, van den Oord J, Nakagawa S, Hirose T, Sablina AA, Lambrechts D, Aerts S, Blanpain C, Marine JC
  • Journal Title: Nat Med Volume: 22 Pages: 861-868
  • DOI: 10.1038/nm.4135
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Gomafu lncRNA knockout mice exhibit mild hyperactivity with enhanced responsiveness to the psychostimulant methamphetamine (2016)
  • Author(s): Ip JY, Sone M, Nashiki C, Pan Q, Kitaichi K, Yanaka K, Abe T, Takao K, Miyakawa T, Blencowe BJ, Nakagawa S
  • Journal Title: Sci Rep Volume: 6 Pages: 27204
  • DOI: 10.1038/srep27204
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Long Non-Coding RNA Malat-1 Is Dispensable during Pressure Overload-Induced Cardiac Remodeling and Failure in Mice (2016)
  • Author(s): Peters T, Hermans-Beijnsberger S, Beqqali A, Bitsch N, Nakagawa S, Prasanth KV, de Windt LJ, van Oort RJ, Heymans S, Schroen B
  • Journal Title: PLoS One Volume: 11 Pages: e0150236
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0150236
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Natural antisense RNA promotes 3' end processing and maturation of MALAT1 lncRNA (2016)
  • Author(s): Zong X, Nakagawa S, Freier SM, Fei J, Ha T, Prasanth SG, Prasanth KV.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res Volume: 44 Pages: 2898-2908
  • DOI: 10.1093/nar/gkw047
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Long noncoding RNA MALAT1-derived mascRNA is involved in cardiovascular innate immunity (2016)
  • Author(s): Gast M, Schroen B, Voigt A, Haas J, Kuehl U, Lassner D, Skurk C, Escher F, Wang X, Kratzer A, Michalik K, Papageorgiou A, Peters T, Loebel M, Wilk S, Althof N, Prasanth KV, Katus H, Meder B, Nakagawa S, Scheibenbogen C, Schultheiss HP, Landmesser U, Dimmeler S, Heymans S, Poller W
  • Journal Title: J Mol Cell Biol Volume: 8 Pages: 178-181
  • DOI: 10.1093/jmcb/mjw003
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Mitochondrial 16S rRNA is methylated by tRNA methyltransferase TRMT61B in all vertebrates (2016)
  • Author(s): Bar-Yaacov, D., Frumkin, I., Yashiro, Y., Chujo, T., Ishigami, Y., Chemla, Y., Blumberg, A., Schlesinger, O., Bieri, P., Greber, B., Ban, N., Zarivach, R., Alfonta, L., Pilpel, Y., Suzuki, T. and Mishmar, D
  • Journal Title: PLOS Biol Volume: 14 Pages: e1002557
  • DOI: 10.1371/journal.pbio.1002557
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Mohawk promotes the maintenance and regeneration of the outer annulus fibrosus of intervertebral discs (2016)
  • Author(s): Nakamichi R, Ito Y, Inui M, Onizuka N, Kayama T, Kataoka K, Suzuki H, Mori M, Inagawa M, Ichinose S, Lotz M, Sakai D, Masuda K, Ozaki T, Asahara H
  • Journal Title: Nat Commun Volume: 7 Pages: 12503
  • DOI: 10.1038/ncomms12503
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Gene targeting of the transcription factor Mohawk in rats causes heterotopic ossification of Achilles tendon via failed tenogenesis (2016)
  • Author(s): Suzuki H, Ito Y, Shinohara M, Yamashita S, Ichinose S, Kishida A, Oyaizu T, Kayama T, Nakamichi R, Koda N, Yagishita K, Lotz M, Okawa A, Asahara H
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci U S A Volume: 113 Pages: 7840-7845
  • DOI: 10.1073/pnas.1522054113
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant