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2019 Fiscal Year Research-status Report

「リポクオリティ」領域研究の国際連携

International Activities Supporting Group

Project AreaQuality of lipids in biological systems
Project/Area Number 15K21738
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

有田 誠  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (80292952)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 有田 正規  国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (10356389)
Project Period (FY) 2015-11-06 – 2021-03-31
Keywordsリピドミクス / 国際連携 / 国際標準 / データベース
Outline of Annual Research Achievements

前年度の計画どおり、第60回国際脂質生物学会議(ICBL2019, Tokyo, Japan)を主催し、その時期に合わせて第2回リポクオリティ国際シンポジウム、およびリピドミクス国際ワークショップを実施した。本国際ワークショップには、アジアのリピドミクス研究拠点であるシンガポール大学のSLINGグループをはじめ,8カ国から12名の若手研究者を日本に招聘し,国内からも参加者を募り,計34名の参加者で理化学研究所横浜キャンパスにて活発に研究発表および討論をおこなった。また,マレーシアのケバングサーン大学および中国四川省農産加工科学技術院との共同研究は別資金を用いて継続することができ,それぞれから研究者が数ヶ月間にわたり日本に滞在した。シンガポール大学のSLINGグループとは2020年3月に国際ワークショップの開催を計画していたが,コロナウィルス感染リスクの増大のために本年度の実現は見送らざるを得なかった。リポクオリティ・脂質データベース(LQDB)では、117種の脂質クラスに対応するスペクトルライブラリーを完成させ、論文発表を行った。脂質データベース会議を定期開催し、公開内容の検討を進めた。その他、国際的な脂質研究コンソーシアムであるLIPIDMAPSワーキンググループ(Babraham Institute, Cambridge, UK)に参加し、国際的な脂質データベースとの連携・維持・発展について議論した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

(1)コーディネータ室
領域ホームページの英語・日本語版を、8名の計画班と16名の公募班員について最新情報にアップデートした。国際連携オフィスの中国語版も公開した。ニュースレターは発行例年通り発行した。6月には理化学研究所横浜研究所で国際ワークショップを開催した。8カ国12名の若手研究者をこれにあわせて招聘し,国内の若手研究者と共同研究を見据えたグループディスカッションを実施した。また別に東フィンランド大学より2名の研究者を秋に招聘し,群馬大学を含めて共同研究を実施した。マレーシアのケバングサーン大学,東フィンランド大学とは,コーディネータ室が設置された国立遺伝学研究所とMOUを締結した。中国四川省農産加工科学技術院とは中国政府の国際研究資金を獲得でき,年末から現在も研究者が来日して研究を実施している。ただし,3月に実施を予定していたシンガポール大学のSLINGグループとの国際ワークショップは,コロナウィルスのために実現できなかった。2020年度に入りTV会議形式で進捗報告のみ実施している。
(2)データベース及び国際標準化
リポクオリティ・脂質データベース(LQDB)に3計画班の脂質データを国際標準に準拠した形式で揃えた。また117種の脂質クラスに対応する理論スペクトルを完成させ,誌上発表した。この理論スペクトルライブラリには,これまで知られていなかったアシルスフィンゴミエリン等の新規クラスも含まれており,これまでのリピドミクスでは測定できなかった分子も網羅的に測定できるようになった。本研究は誌上発表もおこなった(Nat Biotechnol 2020, in press)。

Strategy for Future Research Activity

(1)コーディネータ室
シンガポール大学と合同で計画してきた国際ワークショップがコロナウィルスのために実施できなかったため,TV会議等を利用した国際共同研究を継続する。領域ウェブサイトは少なくとも3年間は維持する予定だが,それ以降に脂質測定プロトコールやニュースレター等を維持公開するウェブサイトを検討する。
(2)データベース及び国際標準化
理論スペクトルライブラリをできるだけ多くの人に利用してもらうため,MS-DIALソフトウェアの開発を継続する。作成した117種の脂質スペクトルライブラリを国際的に普及させ,リピドミクスの手法や同定基準を揃えて国際標準づくりに貢献する。

Causes of Carryover

来日希望の技術研修者(英国1名)と渡米希望の技術研修者(若干名)について、受入れ側と日程調整ができず研修が2020年度に延期されたため。また国際連携拠点であるシンガポール大学との合同ワークショップ開催について日程調整があわず、2020年度に延期されたため。

  • Research Products

    (20 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (5 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 5 results) Remarks (4 results) Funded Workshop (1 results)

  • [Int'l Joint Research] National University of Singapore(シンガポール)

    • Country Name
      SINGAPORE
    • Counterpart Institution
      National University of Singapore
  • [Int'l Joint Research] Inst of Agro-Process Sci and Technol/Sichuan Academy of Agricultural Sciences/Chinese Acad of Agricult Sci(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      Inst of Agro-Process Sci and Technol/Sichuan Academy of Agricultural Sciences/Chinese Acad of Agricult Sci
  • [Int'l Joint Research] Karolinska Institutet(スウェーデン)

    • Country Name
      SWEDEN
    • Counterpart Institution
      Karolinska Institutet
  • [Int'l Joint Research] Universiti Kebangsaan Malaysia(マレーシア)

    • Country Name
      MALAYSIA
    • Counterpart Institution
      Universiti Kebangsaan Malaysia
  • [Int'l Joint Research] University of Eastern Finland(フィンランド)

    • Country Name
      FINLAND
    • Counterpart Institution
      University of Eastern Finland
  • [Journal Article] A lipidome atlas in MS-DIAL 42020

    • Author(s)
      Tsugawa H, Ikeda K, Takahashi M, Satoh A, Mori Y, Uchino H, Okahashi N, Yamada Y, Tada I, Bonini P, Higashi Y, Okazaki Y, Zhou Z, Zhu Z, Koelmel J, Cajka T, Fiehn O, Saito K, Arita M, Arita M.
    • Journal Title

      Nature Biotechnology

      Volume: in press Pages: in press

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms2019

    • Author(s)
      Tsugawa Hiroshi、Nakabayashi Ryo、Mori Tetsuya、Yamada Yutaka、Takahashi Mikiko、Rai Amit、Sugiyama Ryosuke、Yamamoto Hiroyuki、Nakaya Taiki、Yamazaki Mami、Kooke Rik、Bac-Molenaar Johanna A.、Oztolan-Erol Nihal、Keurentjes Joost J. B.、Arita Masanori、Saito Kazuki
    • Journal Title

      Nature Methods

      Volume: 16 Pages: 295~298

    • DOI

      10.1038/s41592-019-0358-2

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Lipidomics needs more standardization2019

    • Author(s)
      Lipidomics Standards Initiative Consortium
    • Journal Title

      Nature Metabolism

      Volume: 1 Pages: 745~747

    • DOI

      10.1038/s42255-019-0094-z

  • [Journal Article] Creating a Reliable Mass Spectral Retention Time Library for All Ion Fragmentation-Based Metabolomics2019

    • Author(s)
      Tada Ipputa、Tsugawa Hiroshi、Meister Isabel、Zhang Pei、Shu Rie、Katsumi Riho、Wheelock Craig E.、Arita Masanori、Chaleckis Romanas
    • Journal Title

      Metabolites

      Volume: 9 Pages: 251

    • DOI

      10.3390/metabo9110251

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Mass Spectrometry Data Repository Enhances Novel Metabolite Discoveries with Advances in Computational Metabolomics2019

    • Author(s)
      Tsugawa Hiroshi、Satoh Aya、Uchino Haruki、Cajka Tomas、Arita Makoto、Arita Masanori
    • Journal Title

      Metabolites

      Volume: 9 Pages: 119

    • DOI

      10.3390/metabo9060119

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cheminformatics for Predicting Structures from Mass Spectra2019

    • Author(s)
      Masanori Arita
    • Organizer
      1st Annual Conference of Chinese Society of Metabolomics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Data sharing and the power of omics integration2019

    • Author(s)
      Masanori Arita
    • Organizer
      6th Global Forum of Leaders for Agricultural Science and Technology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Biology of LipoQuality: omega-3 fatty acid cascade that controls inflammation and tissue homeostasis2019

    • Author(s)
      Makoto Arita
    • Organizer
      2nd International Conference on LipoQuality
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Database for understanding the quality of lipids2019

    • Author(s)
      Masanori Arita
    • Organizer
      2nd International Conference on LipoQuality
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] The importance of LipoQuality in biological systems2019

    • Author(s)
      Makoto Arita
    • Organizer
      William Harvey Research Institute Seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] リエゾンオフィス・ホームページ

    • URL

      https://sites.google.com/site/lipoqualityjpn/home/liaison-office

  • [Remarks] 国際連携支援・申請ページ

    • URL

      https://docs.google.com/a/nig.ac.jp/forms/d/1n3f_ozI5ICUJmFJZrGb9Ln1GsoHGZwSV1xly2M1tewA

  • [Remarks] 国際連携支援・報告書ページ

    • URL

      https://docs.google.com/forms/u/0/d/1juKXiLVPAuCmTwGt8LWOp1paaFarqS-71d7NR5G2BM0/viewform

  • [Remarks] リポクオリティ・データベース

    • URL

      http://jcbl.jp/wiki/Lipoquality:Search

  • [Funded Workshop] LipoQuality International Workshop on Lipidomics2019

URL: 

Published: 2021-01-27  

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