2020 Fiscal Year Research-status Report
システム癌新次元国際連携支援
International Activities Supporting Group
| Project Area | Conquering cancer through neo-dimensional systems understanding |
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| Project/Area Number |
15K21741
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
宮野 悟 東京医科歯科大学, M&Dデータ科学センター, 特任教授 (50128104)
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| Project Period (FY) |
2015-11-06 – 2022-03-31
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| Keywords | がん / システム生物学 / ゲノム科学 / バイオインフォマティクス / 人工知能 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
COVID-19が想定外に収束せず、フェイス・ツー・フェイスの交流はできなかったが、小川誠司等のカロリンスカ研究所との交流は、データ解析を通じてほぼ順調に行われた。また、台湾、ドイツがん研究コンソーシアム、German Cancer Research Center、ヘルシンキ大学、米国Memorial Sloan Kettering Cancer Center等、共同研究の成果に到達できた。データ解析は、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータSHIROKANEこれまでと同様に活用した。また、これまでに構築したオンライン形式でのコミュニケーション設備等は有効にはたらき、その総合的研究成果を国際会議Recomb2020 Computational Molecular Biology Conference (2020年6月22日 – 2020年6月25日)では、基調講演として発表した（Miyano S: Cancer Big Data Challenges from Genomes to Networks）。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
2020年度に延期予定であったネットワーク構築のための国際会議等が最終的に中止にせざるを得なくなる中、これまでの活動で構築した研究者ネットワークはよりしっかりとしたものになった。特に、国際がんゲノムコンソーシアム関係者は、その研究成果の発表とともに強くつながった。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでに構築した研究者ネットワークを若い世代へと継承していく。
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| Causes of Carryover |
国際共同研究はデータ解析が進行中のもの、およびデータの一時解析の結果でてきた二次データの整理ができていないものがあり、それらのデータを整理・解析して保存するとともに、未解析のデータ解析を東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータSHIROKANEをう計画である。そのためにSHIROKANEの利用課金とPC関連消耗品として経費を使用する計画である。
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Research Products
(20 results)
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[Journal Article] Co-mutation pattern, clonal hierarchy, and clone size concur to determine disease phenotype of SRSF2P95-mutated neoplasms2021
Author(s)
Todisco G, Creignou M, Guglielmelli P, Rumi E, Roncador M, Rizzo E, Nannya Y, Pietra D, Elena C, Bono E, Molteni E, Rosti V, Catricalá S, Sarchi M, Dimitriou M, Ungerstedt J, Vannucchi AM, Hellström-Lindberg E, Ogawa S, Cazzola M, Malcovati L
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Journal Title
Leukemia
Volume: 35(8)
Pages: 2371-2381
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Clonal evolution and clinical implications of genetic abnormalities in blastic transformation of chronic myeloid leukaemia2021
Author(s)
Ochi Y, Yoshida K, Huang YJ, Kuo MC, Nannya Y, Sasaki K, Mitani K, Hosoya N, Hiramoto N, Ishikawa T, Branford S, Shanmuganathan N, Bera R, Shiozawa Y, Zhao L, Takeda J, Watatani Y, Okuda R, Makishima H, Shiraishi Y, Sanada M, Takaori-Kondo A, Miyano S, Ogawa S, Shih LY
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Journal Title
Nat Commun
Volume: 12(1)
Pages: 2833
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Somatic mutations in lymphocytes in patients with immune-mediated aplastic anemia2021
Author(s)
Lundgren S, Kankainen M, Huuhtanen J, Walldin G, Kerr CM, Clemente M, Ebeling F, Rajala H, Brück O, Lähdesmäki H, Hannula S, Hannunen T, Ellonen P, Young NS, Ogawa S, Maciejewski JP, Hellström-Lindberg E, Mustjoki S
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Journal Title
Leukemia
Volume: 35(5)
Pages: 1365-1379
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] A genetically defined signature of responsiveness to erlotinib in early-stage pancreatic cancer patients: Results from the CONKO-005 trial2021
Author(s)
Hoyer K, Hablesreiter R, Inoue Y, Yoshida K, Briest F, Christen F, Kakiuchi N, Yoshizato T, Shiozawa Y, Shiraishi Y, Striefler JK, Bischoff S, Lohneis P, Putter H, Blau O, Keilholz U, Bullinger L, Pelzer U, Hummel M, Riess H, Ogawa S, Sinn M, Damm F
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Journal Title
EBioMedicine
Volume: 66
Pages: 103327
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Discovery of Functional Alternatively Spliced PKM Transcripts in Human Cancers2021
Author(s)
Li X, Kim W, Arif M, Gao C, Hober A, Kotol D, Strandberg L, Forsström B, Sivertsson Å, Oksvold P, Turkez H, Grøtli M, Sato Y, Kume H, Ogawa S, Boren J, Nielsen J, Uhlen M, Zhang C, Mardinoglu A
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Journal Title
Cancers (Basel)
Volume: 13(2)
Pages: 348-348
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Frequent mutations in HLA and related genes in extranodal NK/T cell lymphomas. Leuk Lymphoma2021
Author(s)
Polprasert C, Takeuchi Y, Makishima H, Wudhikarn K, Kakiuchi N, Tangnuntachai N, Assanasen T, Sitthi W, Muhamad H, Lawasut P, Kongkiatkamon S, Bunworasate U, Izutsu K, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, Ogawa S, Yoshida K, Rojnuckarin P
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Journal Title
Leuk Lymphoma
Volume: 62(1)
Pages: 95-103
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Two Aldehyde Clearance Systems Are Essential to Prevent Lethal Formaldehyde Accumulation in Mice and Humans2020
Author(s)
Dingler FA, Wang M, Mu A, Millington CL, Monks PS, Yu R, Wilson NK, Hira A, Yoshida K, Mori M, Okamoto Y, Okuno Y, Muramatsu H, Shiraishi Y, Kobayashi M, Moriguchi T, Osumi T, Kato M, Miyano S, Ito E, Kojima S, Yabe H, Yabe M, Matsuo K, Ogawa S, Hodskinson MRG, Takata M, Patel KJ
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Journal Title
Mol Cell
Volume: 80(6)
Pages: 996-1012
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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