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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Integrative understanding of biological signaling networks based on mathematical science

Administrative Group

Project AreaIntegrative understanding of biological signaling networks based on mathematical science
Project/Area Number 16H06573
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

武川 睦寛  東京大学, 医科学研究所, 教授 (30322332)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 鈴木 貴  大阪大学, 数理・データ科学教育研究センター, 特任教授(常勤) (40114516)
井上 純一郎  東京大学, 医科学研究所, 教授 (70176428)
Project Period (FY) 2016-06-30 – 2021-03-31
Keywordsシグナル伝達 / 数理科学 / システムズバイオロジー / 応用数学 / オミクス
Outline of Annual Research Achievements

本領域では、生命科学および数理科学研究者が連携して、実験と理論を融合させる事により、細胞内シグナル伝達ネットワークと生命機能制御の基本原理、及びその破綻がもたらす疾患を統合的に解き明かす新たな学術分野「数理シグナル」を創出する事を目標としている。総括班が推進する本研究課題では、異分野連携を促進し、領域内の協働研究を効率よく生み出し、深化させる為のシステムを構築した。具体的には、以下の施策を実施した。【計画班合同会議・領域推進会議】計画班員・公募班員が一堂に会し、各自の研究成果・方法を共有すると共に、研究の進捗状況を確認して領域の運営方針を周知した。また、若手研究者を各研究室間で相互派遣し、共同研究を深化させた。【国際シンポジウム】米国、欧州、アジアから、第一線の研究者を招聘し、2日間に渡る国際シンポジウムを開催した。国内外、領域内外の研究成果を広く共有すると共に、以降の研究の進展に役立てた。【若手ワークショップ】次世代研究者の育成を目的とし、若手研究者を対象とした合宿形式のワークショップを開催した。【若手研究交流会】若手研究者がポスター発表を通して自由に討論する場を設け、人脈形成と若手育成を図った。【異分野相談窓口】数理解析、質量分析、プロテインアレイ・分子間相互作用、システム生物学・数理モデル、構造解析の各相談窓口を設置し、班員が学際的研究を遂行しやすい体制を構築した。【Web討論・情報交換】ホームページ上に、班員間の自由な討論や情報交換の場を設定し、恒常的な研究者間の連携を図った。【広報活動】Webサイトの構築やニュースレターの配布等により、領域の研究成果を広く発信し、広範な分野の研究者と意見交換を行って領域運営に反映した。【数理解析ワーキンググループ研修会】生物系研究者および数理科学者が共同して、シグナル伝達の数理解析を実際に体験し、その活用法を学ぶ機会を設けた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初計画に従い、計画班合同会議・領域推進会議による研究進捗状況の確認および今後の研究計画の策定、研究者の相互派遣による共同研究の深化、公開国際シンポジウムの開催、若手研究交流会および若手ワークショップ(合宿形式)による若手研究者育成および領域のボトムアップ、異分野連携相談窓口設置や数理解析ワーキンググループ研修会の実施による領域内共同研究・異分野連携の推進、ニュースレターの作成・アウトリーチなどの広報活動を積極的かつ着実に実行した。

Strategy for Future Research Activity

今後も、領域推進会議、国際・国内シンポジウム、若手研究交流会、若手ワークショップ、数理解析ワーキンググループ講習会や技術講習会を積極的に開催し、領域内の異分野連携および共同研究を深化させる。

  • Research Products

    (42 results)

All 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (33 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 4 results) Funded Workshop (1 results)

  • [Int'l Joint Research] German Cancer Research Center(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      German Cancer Research Center
  • [Int'l Joint Research] Johns Hopkins School of Medicine/MD Anderson Cancer Center/Vanderbilt University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Johns Hopkins School of Medicine/MD Anderson Cancer Center/Vanderbilt University
  • [Int'l Joint Research] セントアンドリューズ大学(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      セントアンドリューズ大学
  • [Int'l Joint Research] INRIAボルドー南西研究センター(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      INRIAボルドー南西研究センター
  • [Journal Article] O-GlcNAc化蛋白質の検出と定量的解析を可能にするレクチン親和性ゲル電気泳動法の開発と応用2019

    • Author(s)
      久保田 裕二、藤岡 興、武川 睦寛
    • Journal Title

      生物物理化学

      Volume: in press Pages: -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Critical roles of IκBα and RelA phosphorylation in transitional oscillation in NF-κB signaling module2019

    • Author(s)
      Hatanaka Naoya、Seki Takao、Inoue Jun-ichiro、Tero Atsushi、Suzuki Takashi
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology

      Volume: 462 Pages: 479~489

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2018.11.023

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Wheat Germ Agglutinin (WGA)-SDS-PAGE: A Novel Method for the Detection of O-GlcNAc-modified Proteins by Lectin Affinity Gel Electrophoresis2018

    • Author(s)
      Fujioka Ko、Kubota Yuji、Takekawa Mutsuhiro
    • Journal Title

      BIO-PROTOCOL

      Volume: 8 Pages: -

    • DOI

      10.21769/BioProtoc.3098

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Downregulation of dual-specificity phosphatase 4 enhances cell proliferation and invasiveness in colorectal carcinomas2018

    • Author(s)
      Ichimanda Michihiro、Hijiya Naoki、Tsukamoto Yoshiyuki、Uchida Tomohisa、Nakada Chisato、Akagi Tomonori、Etoh Tsuyoshi、Iha Hidekatsu、Inomata Masafumi、Takekawa Mutsuhiro、Moriyama Masatsugu
    • Journal Title

      Cancer Science

      Volume: 109 Pages: 250~258

    • DOI

      10.1111/cas.13444

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Spatio-temporal dynamics of SAPKK regulates cell fate decisions under stress conditions.2019

    • Author(s)
      Takekawa M
    • Organizer
      OIST seminar
    • Invited
  • [Presentation] Spatio-temporal regulation of JNK signaling during cell fate decisions.2019

    • Author(s)
      Takekawa M
    • Organizer
      1st International symposium on Interdisciplinary Approaches to Integrative Understanding of Biological Signaling Networks.
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Mathematical modeling of the recruitment of centriole biogenesis regulators to mother centrioles in centriole duplication phase.2019

    • Author(s)
      Nakamura T, Nishizumi-Tokai N, Nakazawa T, Mori T, Suzuki T and Takekawa M
    • Organizer
      Core-to-core meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mathematical analysis of the spatio-temporal regulation of SAPK pathway.2019

    • Author(s)
      Moriizumi H, Nakamura T, Youngmin C, Suzuki T and Takekawa M.
    • Organizer
      Core-to-core meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Quantitative gene expression analysis in cells that express cancer- or congential Ras/MAPK syndrome-derived MEK mutants2019

    • Author(s)
      Kubota Y, Takagi Y and Takekawa M
    • Organizer
      1st International symposium on Interdisciplinary Approaches to Integrative Understanding of Biological Signaling Networks.
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The molecular mechanism that recruits centriole biogenesis regulators to mother centrioles in centriole duplication phase.2019

    • Author(s)
      Nakamura T, Nishizumi-Tokai N, Nakazawa T, Mori T, Suzuki T and Takekawa M.
    • Organizer
      1st International symposium on Interdisciplinary Approaches to Integrative Understanding of Biological Signaling Networks.
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 数理解析を活用したSAPKシグナル時空間制御機構の解明2019

    • Author(s)
      森泉 寿士、中村 貴紀、曺 永旻、鈴木 貴、武川 睦寛
    • Organizer
      応用数理学会2019年研究部会連合発表会
  • [Presentation] Regulation of cell-fate decisions by stress-responsive p38/JNK MAPK signaling pathways2018

    • Author(s)
      Takekawa M.
    • Organizer
      OIST seminar
    • Invited
  • [Presentation] 新規ストレス・センサーによるストレス応答MAPKシグナルとサイトカイン産生の制御2018

    • Author(s)
      武川 睦寛
    • Organizer
      第91回日本生化学会シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 数理解析を用いた中心体複製の開始制御機構の解明2018

    • Author(s)
      中村 貴紀、西住 紀子、中澤 嵩、森 竜樹、鈴木 貴、武川 睦寛
    • Organizer
      日本応用数理学会
  • [Presentation] O-GlcNAc化蛋白質の検出と定量解析を可能にするレクチン親和性ゲル電気泳動法の開発と応用2018

    • Author(s)
      久保田 裕二、藤岡 興、武川 睦寛
    • Organizer
      第69回日本電気泳動学会総会シンポジウム
  • [Presentation] 数理解析を活用したSAPKシグナル時空間制御機構の解明2018

    • Author(s)
      森泉 寿士、中村 貴紀、曺 永旻、鈴木 貴、武川 睦寛
    • Organizer
      新学術領域「数理シグナル」第2回若手ワークショップ
  • [Presentation] 数理解析を用いた中心体複製の開始制御機構の解明2018

    • Author(s)
      中村 貴紀、西住 紀子、中澤 嵩、森 竜樹、鈴木 貴、武川 睦寛
    • Organizer
      新学術領域「数理シグナル」第2回若手ワークショップ
  • [Presentation] Identification of exosomal microRNAs induced by oncogenic activation of the ERK pathway2018

    • Author(s)
      Shiho Hirose、Yuji Kubota, Zhang Yao-zhong, Seiya Imoto, Mutsuhiro Takekawa
    • Organizer
      G2 plusリトリート
  • [Presentation] Formation of stress granules suppresses apoptosis by sequestering proapoptotic proteins2018

    • Author(s)
      Daichi Fujikawa、Takanori Nakamura, Mutsuhiro Takekawa
    • Organizer
      G2 plusリトリート
  • [Presentation] Oncogenic activation of the ERK pathway alters miRNA expression profiles in exosomes2018

    • Author(s)
      Shiho Hirose, Yuji Kubota, Zhang Yao-zhong, Seiya Imoto, Mutsuhiro Takekawa
    • Organizer
      東京大学医科学研究所 研究成果発表会
  • [Presentation] Formation of stress granules suppresses apoptosis by sequestering proapoptotic proteins2018

    • Author(s)
      Daichi Fujikawa, Takanori Nakamura, Mutsuhiro Takekawa
    • Organizer
      東京大学医科学研究所 研究成果発表会
  • [Presentation] 数理解析を活用したSAPKシグナル時空間制御機構の解明2018

    • Author(s)
      森泉 寿士、中村 貴紀、武川 睦寛
    • Organizer
      第18回東京大学 生命科学シンポジウム
  • [Presentation] O-GlcNAc化蛋白質の検出と定量解析を可能にするレクチン親和性ゲル電気泳動法の開発と応用2018

    • Author(s)
      久保田 裕二、藤岡 興、武川 睦寛
    • Organizer
      第91回日本生化学会大会
  • [Presentation] ストレス応答MAPキナーゼp38, JNKによるアポトーシス関連miRNAの発現抑制2018

    • Author(s)
      渡海 紀子、中村 貴紀、武川 睦寛
    • Organizer
      第77回日本癌学会学術総会
  • [Presentation] 癌および先天性Ras/MAPK症候群で見出されるMEK突然変異体の解析2018

    • Author(s)
      久保田 裕二、高木 祐輔、松原 大祐、Ashwini Patil、木下 英司、中井 謙太、武川 睦寛
    • Organizer
      第77回日本癌学会学術総会
  • [Presentation] ERK経路の異常活性化により発現誘導される遺伝子の同定と機能解析2018

    • Author(s)
      高木 祐輔、久保田 裕二、武川 睦寛
    • Organizer
      第77回日本癌学会学術総会
  • [Presentation] ERK経路の異常活性化に伴いエクソソームに蓄積するmiRNAの解析、および早期がん診断マーカーへの応用2018

    • Author(s)
      広瀬 思帆、久保田 裕二、武川 睦寛
    • Organizer
      第77回日本癌学会学術総会
  • [Presentation] 数理解析を活用したSAPKシグナル時空間制御機構の解明2018

    • Author(s)
      森泉 寿士、中村 貴紀、曺 永旻、鈴木 貴、武川 睦寛
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ERK新規基質分子による転写伸長反応制御機構の解明2018

    • Author(s)
      大江 星菜、久保田 裕二、武川 睦寛
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ERK経路の異常活性化により発現が亢進する新規遺伝子の同定と機能解析2018

    • Author(s)
      高木 祐輔、久保田 裕二、高橋 宏隆、澤崎 達也、武川 睦寛
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ストレス応答MAPキナーゼによるアポトーシス抑制性miRNAの発現制御2018

    • Author(s)
      渡海 紀子、中村 貴紀、武川 睦寛
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 数理解析を駆使した中心体複製開始を制御する分子機構の解明2018

    • Author(s)
      中村 貴紀、西住 紀子、中澤 嵩、森 竜樹、鈴木 貴、武川 睦寛
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ストレス顆粒形成によるアポトーシス抑制機構の解明2018

    • Author(s)
      藤川 大地、中村 貴紀、武川 睦寛
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ERK経路の活性化依存的にエクソソームに蓄積する癌関連miRNAの網羅的探索2018

    • Author(s)
      広瀬 思帆、久保田 裕二、武川 睦寛
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 炎症性サイトカインによるMTK1活性化機構の解析2018

    • Author(s)
      小森 満美子、久保田 裕二、武川 睦寛
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ストレス顆粒を構成する新規因子の同定とその機能解析2018

    • Author(s)
      田口 真梨、中村 貴紀、武川 睦寛
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ERK経路の異常活性化により誘発される新規癌増殖シグナル機構の解明2018

    • Author(s)
      久保田 裕二、武川 睦寛
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Funded Workshop] 1st International symposium on Interdisciplinary Approaches to Integrative Understanding of Biological Signaling Networks2019

URL: 

Published: 2019-12-27  

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