2018 Fiscal Year Annual Research Report
Preventive medicine through inflammation cellular sociology
| Project Area | Preventive medicine through inflammation cellular sociology |
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| Project/Area Number |
17H06391
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| Research Institution | Tokyo University of Science |
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Principal Investigator |
松島 綱治 東京理科大学, 研究推進機構生命医科学研究所, 教授 (50222427)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
橋本 真一 金沢大学, 医薬保健学総合研究科, 特任教授 (00313099)
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| Project Period (FY) |
2017-06-30 – 2022-03-31
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| Keywords | 免疫 / 遺伝子 / 情報工学 / モデル化 / 病理学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本総括班研究では、包括的single-cell transcriptome、遺伝子発現データ解析、エピゲノム解析、プロテオーム解析、リピドーム解析、マイクロバイオーム解析、遺伝子組換え動物作製を支援する炎症細胞社会解析センターを設置し、領域横断で使用可能な炎症細胞社会の解析プラットフォームを整備し、環境 ストレス、ゲノム社会予防医学、脂質代謝生化学、循環器・肝臓・腎臓臨床医学、分子標的予防医学、計算生物学など多様なバックグランドを持つ研究者の連携を強力に促進することを目的としている。今年度は、オンラインコラボレーションソフトウェアSLACKを通じて情報解析支援チームと計画研究班、公募研究班の連携体制を強化した。また、各計画研究班、公募研究班の疾患モデル解析について、解析対象の設定から単細胞懸濁液の調製、調整した細胞サンプルのquality controlを含めた支援体制を構築し、包括的single-cell transcriptome支援をすすめた。これまでに肺、肝臓、腎臓、膵臓、腸管などの炎症疾患モデルについて包括的single-cell transcriptomeを行い、データを取得している。班会議や共同研究推進委員会などを通じて領域内での情報交換や共同研究を推進するとともに、公開シンポジウムや一般向けの科学コミュニケーション活動「免疫ふしぎ未来」を通じて本学術領域の広報活動を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
昨年度構築した様々なオミックス解析支援体制を強化し、また単一細胞懸濁液の調製が困難な臓器の炎症疾患モデル解析については、細胞調製の段階から支援する体制を整えた。これにより、領域内で取得する炎症細胞社会データの質が安定し、疾患横断的な議論が可能になった。
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| Strategy for Future Research Activity |
引き続き、各計画研究、公募研究を支援する。領域の運営方針、研究支援内容は、年2回開催する班会議にて主に策定するが、必要に応じて随時委員会を開催し、領域代表(総括班研究代表者)の承認のもと、柔軟に対応する。1) Single-cell transcriptome: Nx-1マイクロウェルデバイスおよびRhapsodyシステムを用い、固有のバーコードを持つ1細胞由来cDNA libraryを数千個の細胞について作成し、次世代シーケンサーを用いて各細胞の遺伝子発現情報を取得する。2） 遺伝子発現データ解析: 発現変動遺伝子抽出、GO解析、クラスター解析、パスウェイ解析などを支援する。3） エピゲノム解析: MSD-AFLP法などを用いたDNAメチル化解析、ChIP-seqなどによるヒストン修飾解析を支援する。4) プロテオーム解析: 蛍光標識2次元ディファレンスゲル電気泳動解析システムと質量分析装置(TOF-MS)を用いて標的タンパク質の同定を支援する。 5) リピドーム解析: 液体クロマトグラフィーと三連四重極型質量分析計(TripleQ)を組み合わせたLC-MS/MS、ならびに四重極飛行時間型質量分析計(Q-TOF)を用いて、リピドーム解析を支援する。6) マイクロバイオーム解析: 次世代シーケンサーを用いて、細菌叢の16S rRNA遺伝子配列に基づく網羅的解析を行い、腸内 細菌叢遺伝子情報解析を支援する。7) 遺伝子組換え動物作製支援: CRISPR/Cas9などの遺伝子編集技術を用いて、ノックアウトマウス、レポーターマウスの作製を支援する。
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Research Products
(109 results)
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[Journal Article] Myeloid-derived interleukin-1β drives oncogenic KRAS-NF-κΒ addiction in malignant pleural effusion2018
Author(s)
Marazioti A, Lilis I, Vreka M, Apostolopoulou H, Kalogeropoulou A, Giopanou I, Giotopoulou GA, Krontira AC, Iliopoulou M, Kanellakis NI, Agalioti T, Giannou AD, Jones-Paris C, Iwakura Y, Kardamakis D, Blackwell TS, Taraviras S, Spella M, Stathopoulos GT.
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Journal Title
Nature Communications
Volume: 9
Pages: 672
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] MAIT cells protect against pulmonary Legionella longbeachae infection2018
Author(s)
Wang H, D'Souza C, Lim XY, Kostenko L, Pediongco TJ, Eckle SBG, Meehan BS, Shi M, Wang N, Li S, Liu L, Mak JYW, Fairlie DP, Iwakura Y, Gunnersen JM, Stent AW, Godfrey DI, Rossjohn J, Westall GP, Kjer-Nielsen L, Strugnell RA, McCluskey J, Corbett AJ, Hinks TSC, Chen Z.
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Journal Title
Nature Communications
Volume: 9
Pages: 3350
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] The ATP Transporter VNUT Mediates Induction of Dectin-1-Triggered Candida Nociception2018
Author(s)
Maruyama K, Takayama Y, Sugisawa E, Yamanoi Y, Yokawa T, Kondo T, Ishibashi KI, Sahoo BR, Takemura N, Mori Y, Kanemaru H, Kumagai Y, Martino MM, Yoshioka Y, Nishijo H, Tanaka H, Sasaki A, Ohno N, Iwakura Y, Moriyama Y, Nomura M, Akira S, Tominaga M.
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Journal Title
iScience
Volume: 6
Pages: 306～318
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Electrophilic properties of itaconate and derivatives regulate the?IκBζ?ATF3 inflammatory axis2018
Author(s)
Bambouskova M, Gorvel L, Lampropoulou V, Sergushichev A, Loginicheva E, Johnson K, Korenfeld D, Mathyer ME, Kim H, Huang LH, Duncan D, Bregman H, Keskin A, Santeford A, Apte RS, Sehgal R, Johnson B, Amarasinghe GK, Soares MP, Satoh T.
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Journal Title
Nature
Volume: 556
Pages: 501～504
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Occupational Exposure Limits for ethylidene norbornene, ethyleneimine, benomyl, and 2,3-epoxypropyl methacrylate, and classifications on carcinogenicity2018
Author(s)
Committee for Recommendation of Occupational Exposure Limits, Japan Society for Occupational Health, Araki A, Azuma K, Endo G, Endo Y, Fukushima T, Hara K, Hori H, Horie S, Horiguchi H, Ichiba M, Ichihara G, Ikeda M, Ishitake T, Ito A, Ito Y, Iwasawa S, Kakumu T, Kamijima M, Karita K.
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Journal Title
Journal of Occupational Health
Volume: 60
Pages: 333～335
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Carcinogenicity of isobutyl nitrite, β-picoline, and some acrylates2018
Author(s)
Kromhout H, Friesen M, Marques MM, Sergi CM, Abdallah M, Benke G, Cesta M, Germolec D, Houck K, Ichihara G, Jameson CW, Kanno J, Pogribny I, Svendsen C, Benbrahim-Tallaa L, Guyton KZ, Grosse Y, El Ghissassi F, Bouvard V, Hall A.
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Journal Title
The Lancet Oncology
Volume: 19
Pages: 1020～1022
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Familial episodic limb pain in kindreds with novel Nav1.9 mutations2018
Author(s)
Kabata R, Okuda H, Noguchi A, Kondo D, Fujiwara M, Hata K, Kato Y, Ishikawa K, Tanaka M, Sekine Y, Hishikawa N, Mizukami T, Ito J, Akasaka M, Sakurai K, Yoshida T, Minoura H, Hayashi T, Inoshita K, Matsuyama M, Kinjo N, Cao Y, Inoue S, Kobayashi H, Harada KH, Youssefian S, Takahashi T, Koizumi A.
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Journal Title
PLOS ONE
Volume: 13
Pages: e0208516
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] A candidate functional SNP rs7074440 in TCF7L2 alters gene expression through C-FOS in hepatocytes2018
Author(s)
Piao X, Yahagi N, Takeuchi Y, Aita Y, Murayama Y, Sawada Y, Shikama A, Masuda Y, Nishi-Tatsumi M, Kubota M, Izumida Y, Sekiya M, Matsuzaka T, Nakagawa Y, Sugano Y, Iwasaki H, Kobayashi K, Yatoh S, Suzuki H, Yagyu H, Kawakami Y, Shimano H.
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Journal Title
FEBS Letters
Volume: 592
Pages: 422～433
DOI
Peer Reviewed
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