2020 Fiscal Year Annual Research Report
Preventive medicine through inflammation cellular sociology
Project Area | Preventive medicine through inflammation cellular sociology |
Project/Area Number |
17H06391
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Research Institution | Tokyo University of Science |
Principal Investigator |
松島 綱治 東京理科大学, 研究推進機構生命医科学研究所, 教授 (50222427)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
橋本 真一 和歌山県立医科大学, 先端医学研究所, 教授 (00313099)
藤渕 航 京都大学, iPS細胞研究所, 教授 (60273512)
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Project Period (FY) |
2017-06-30 – 2022-03-31
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Keywords | 免疫 / 遺伝子 / モデル化 / 情報工学 / 病理学 |
Outline of Annual Research Achievements |
本総括班研究では、包括的single-cell transcriptome、遺伝子発現データ解析、エピゲノム解析、プロテオーム解析、リピドーム解析、マイクロバイオーム解析、遺伝子組換え動物作製を支援する炎症細胞社会解析センターを設置し、領域横断で使用可能な炎症細胞社会の解析プラットフォームを整備し、環境 ストレス、ゲノム社会予防医学、脂質代謝生化学、循環器・肝臓・腎臓臨床医学、分子標的予防医学、計算生物学など多様なバックグランドを持つ研究者の連携を強力に促進することを目的としている。2020年度は、オンラインコラボレーションソフトウェアSLACK、オンラインミーティングシステムZoomを通じて情報解析支援チームと計画研究班、公募研究班の連携を深めた。また、各計画研究班、公募研究班の疾患モデル解析について、解析対象の設定から単細胞懸濁液の調製、調整した細胞サンプルのquality controlを含めた支援を行い、包括的single-cell transcriptomeをすすめた。1細胞のT cell receptor alpha/beta遺伝子の配列決定とtranscriptome解析を同時に行うSingle-cell TCR/RNA seq技術を確立した。Single-cell transcriptomeデータの基本的な解析結果をwetの研究者が簡便に確認するための自動レポート作成プログラムを作成した。COVID19の影響もあり、班会議はZoomを用いたwebミーティング形式とした。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
2020年度は、計画班、公募班のsingle-cell transcriptome解析のニーズが増加し、これに対応するため総括班が中心となって単一細胞懸濁液の調製が困難な臓器の細胞調製指導・支援を積極的に行った。また、凍結保存検体を用いたSCT解析を検討し、臓器ごとに凍結・解凍により頻度が変わる細胞群が存在するものの、実用的なデータが取得出来ることを化確認し、凍結保存検体を用いた支援を開始した。当初の計画を超えて、scTCR/RNA seqの実用化は本領域の推進に大きく貢献するものであり、また自動レポート作成プログラムの作成により総括班支援の省力化が可能になった。
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Strategy for Future Research Activity |
引き続き、各計画研究、公募研究を支援する。領域の運営方針、研究支援内容は、年2回開催する班会議にて主に策定するが、必要に応じて随時委員会を開催し、領域代表(総括班研究代表者)の承認のもと、柔軟に対応する。1) Single-cell transcriptome: Nx-1マイクロウェルデバイスおよびRhapsodyシステムを用い、固有のバーコードを持つ1細胞由来cDNA libraryを数千個の細胞について作成し、次世代シーケンサーを用いて各細胞の遺伝子発現情報を取得する。2) Rhapsodyシステムを用いscTCR/RNA seq解析支援を行う。3)細胞核を用いた1細胞遺伝子発現解析支援を行う。5)計画班・公募班の支援ニーズに合わせて臓器からの細胞調製支援をおこなう。5)遺伝子発現データ解析: 発現変動遺伝子抽出、GO解析、クラスター解析、パスウェイ解析、SeqGeqによるWet研究者自身によるSCTデータ解析などを支援する。COVID19が収束しない場合、班会議および国際シンポジウムはWeb開催とする。研究成果はホームページを通じて積極的に発信する。
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Research Products
(47 results)
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[Journal Article] D-Serine inhibits the attachment and biofilm formation of methicillin-resistant Staphylococcus aureus.2021
Author(s)
Iwata Y, Sakai N, Yoneda I, Senda Y, Sakai-Takemori Y, Oshima M, Nakagawa-Yoneda S, Ogura H, Sato K, Minami T, Kitajima S, Toyama T, Yamamura Y, Miyagawa T, Hara A, Shimizu M, Furuichi K, Matsushima K, Wada T.
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Journal Title
Biochem Biophys Res Commun.
Volume: 537
Pages: 50-56
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] TP53/p53-FBXO22-TFEB controls basal autophagy to govern hormesis.2021
Author(s)
Suzuki N, Johmura Y, Wang TW, Migita T, Wu W, Noguchi R, Yamaguchi K, Furukawa Y, Nakamura S, Miyoshi I, Yoshimori T, Ohta T, Nakanishi M.
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Journal Title
Autophagy.
Volume: -
Pages: 1-18
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Senolysis by glutaminolysis inhibition ameliorates various age-associated disorders.2021
Author(s)
Johmura Y, Yamanaka T, Omori S, Wang TW, Sugiura Y, Matsumoto M, Suzuki N, Kumamoto S, Yamaguchi K, Hatakeyama S, Takami T, Yamaguchi R, Shimizu E, Ikeda K, Okahashi N, Mikawa R, Suematsu M, Arita M, Sugimoto M, Nakayama KI, Furukawa Y, Imoto S, Nakanishi M.
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Journal Title
Science.
Volume: 371
Pages: 265-270
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Cardiac macrophages prevent sudden death during heart stress.2021
Author(s)
Sugita J, Fujiu K, Nakayama Y, Matsubara T, Matsuda J, Oshima T, Liu Y, Maru Y, Hasumi E, Kojima T, Seno H, Asano K, Ishijima A, Tomii N, Yamazaki M, Kudo F, Sakuma I, Nagai R, Manabe I, Komuro I.
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Journal Title
Nat Commun.
Volume: 12
Pages: 1910-1910
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] LECT2 as a hepatokine links liver steatosis to inflammation via activating tissue macrophages in NASH.2021
Author(s)
Takata N, Ishii K, Takayama H, Nagashimada M, Kamoshita K, Tanaka T, Kikuchi A, Takeshita Y, Matsumoto Y, Ota T, Yamamoto Y, SYamagoe S, Seki A, Sakai Y, Kaneko S, Takamura T.
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Journal Title
Sci Rep.
Volume: 11
Pages: 555-555
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Chemoprevention with low-dose aspirin, mesalazine, or both in patients with familial adenomatous polyposis without previous colectomy (J-FAPP Study IV): a multicentre, double-blind, randomised, two-by-two factorial design trial.2021
Author(s)
Ishikawa H, Mutoh M, Sato Y, Doyama H, Tajika M, Tanaka S, Horimatsu T, Takeuchi Y, Kashida H, Tashiro J, Ezoe Y, Nakajima T, Ikematsu H, Hori S, Suzuki S, Otani T, Takayama T, Ohda Y, Mure K, Wakabayashi K, Sakai T.
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Journal Title
Lancet Gastroenterol Hepatol.
Volume: 6
Pages: 474-481
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Artesunate inhibits intestinal tumorigenesis through inhibiting wnt signaling2021
Author(s)
Hamoya T, Fujii G, Iizumi Y, Narita T, Komiya M, Matsuzawa Y, Miki K, Kondo T, Kishimoto S, Watanabe K, Wakabayashi K, Sakai T, Toshima J, Mutoh M.
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Journal Title
Carcinogenesis.
Volume: 42
Pages: 148-158
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] γ-Glutamylcyclotransferase, a novel regulator of HIF-1α expression, triggers aerobic glycolysis.2021
Author(s)
Taniguchi K, Kageyama S, Moyama C, Ando S, Ii H, Ashihara E, Horinaka M, Sakai T, Kubota S, Kawauchi A, Nakata S.
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Journal Title
Cancer Gene Ther.
Volume: -
Pages: -
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Rabdosianone I, a Bitter Diterpene from an Oriental Herb, Suppresses Thymidylate Synthase Expression by Directly Binding to ANT2 and PHB22021
Author(s)
Watanabe M, Yamada Y, Kurumida Y, Kameda T, Sukeno M, Iizuka-Ohashi M, Sowa Y, Iizumi Y, Takakura H, Miyamoto S, Sakai T, Mutoh M.
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Journal Title
Cancers.
Volume: 13
Pages: 982-982
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Transient Depletion of CD4 + Cells Induces Remodeling of the TCR Repertoire in Gastrointestinal Cancer.2021
Author(s)
Aoki H, Ueha S, Shichino S, Ogiwara H, Shitara K, Shimomura M, Suzuki T, Nakatsura T, Yamashita M, Kitano S, Kuroda S, Wakabayashi M, Kurachi M, Ito S, Doi T, Matsushima K.
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Journal Title
Cancer Immunol Res.
Volume: -
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Generation of a p16 Reporter Mouse and Its Use to Characterize and Target p16high Cells In Vivo.2020
Author(s)
Omori S, Wang TW, Johmura Y, Kanai T, Nakano Y, Kido T, Susaki EA, Nakajima T, Shichino S, Ueha S, Ozawa M, Yokote K, Kumamoto S, Nishiyama A, .…..., Iwasaki K, Miyoshi C, Funato H, Yanagisawa M, Ueno H, Imoto S, Furukawa Y, Yoshida N, Matsushima K, Ueda HR, Miyajima A, Nakanishi M.
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Journal Title
Cell Metab.
Volume: 32
Pages: 814-828
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] A long noncoding RNA regulates inflammation resolution by mouse macrophages through fatty acid oxidation activation.2020
Author(s)
Nakayama Y, Fujiu K, Yuki R, Oishi Y, Morioka MS, Isagawa T, Matsuda J, Oshima T, Matsubara T, Sugita J, Kudo F, Kaneda A, Endo Y, Nakayama T, Nagai R, Komuro I, Manabe I.
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Journal Title
Proc Natl Acad Sci USA.
Volume: 117
Pages: 14365-14375
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Proteomic analysis of liver proteins of mice exposed to 1,2-dichloropropane.2020
Author(s)
Zhang X, Morikawa K, Mori Y, Zong C, Zhang L, Garner E, Huang C, Wu W, Chang J, Nagashima D, Sakurai T, Ichihara S, Oikawa S, Ichihara G.
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Journal Title
Arch Toxicol.
Volume: 94
Pages: 2691-2705
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] C-type lectin Mincle mediates cell death-triggered inflammation in acute kidney injury.2020
Author(s)
Tanaka M, Saka-Tanaka M, Ochi K, Fujieda K, Sugiura Y, Miyamoto T, Kohda H, Ito A, Miyazawa T, Matsumoto A, Aoe S, Miyamoto Y, Tsuboi N, Maruyama S, Suematsu M, Yamasaki S, Ogawa Y, Suganami T.
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Journal Title
J Exp Med.
Volume: 217
Pages: e20192230
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] The increased frequency of methicillin-resistant Staphylococcus aureus with low MIC of beta-lactam antibiotics isolated from hospitalized patients.2020
Author(s)
Iwata Y, Sakai N, Yoneda I, Satou K, Furuichi K, Senda Y, Sakai-Takemori Y, Wada T, Fujita S, Ogura H, ......, Miyagawa T, Hara A, Shimizu M, Sakai Y, Ikeo K, Shichino S, Ueha S, Nakajima T, Matsushima K, Wada T.
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Journal Title
J Infect Chemother.
Volume: 26
Pages: 604-610
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Hepatocyte ELOVL Fatty Acid Elongase 6 Determines Ceramide Acyl-Chain Length and Hepatic Insulin Sensitivity in Mice.2020
Author(s)
Matsuzaka T, Kuba M, Koyasu S, Yamamoto Y, Motomura K, Arulmozhiraja S, Ohno H, Sharma R, Shimura T, Okajima Y, Han SI, ....., Suzuki H, Sone H, Takeuchi Y, Yahagi N, Miyamoto T, Sekiya M, Nakagawa Y, Ema M, Takahashi S, Tokiwa H, Shimano H.
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Journal Title
Hepatology.
Volume: 71
Pages: 1609-1625
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Enterohepatic Transcription Factor CREB3L3 Protects Atherosclerosis via SREBP Competitive Inhibition.2020
Author(s)
Nakagawa Y, Wang Y, Han SI, Okuda K, Oishi A, Yagishita Y, Kumagai K, Ohno H, Osaki Y, Mizunoe Y, Araki M, Murayama Y, Iwasaki H, Konishi M, Itoh N, Matsuzaka T, Sone H, Yamada N, Shimano H.
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Journal Title
Cell Mol Gastroenterol Hepatol.
Volume: 11
Pages: 949-971
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] CREBH Improves Diet-Induced Obesity, Insulin Resistance, and Metabolic Disturbances by FGF21-Dependent and FGF21-Independent Mechanisms.2020
Author(s)
Satoh A, Han SI, Araki M, Nakagawa Y, Ohno H, Mizunoe Y, Kumagai K, Murayama Y, Osaki Y, Iwasaki H, Sekiya M, Konishi M, Itoh N, Matsuzaka T, Sone H, Shimano H.
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Journal Title
iScience.
Volume: 23
Pages: 100930-100930
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] The Novel Histone Deacetylase Inhibitor, OBP-801, Induces Apoptosis in Rhabdoid Tumors by Releasing the Silencing of NOXA.2020
Author(s)
Sugimoto Y, Katsumi Y, Iehara T, Kaneda D, Tomoyasu C, Ouchi K, Yoshida H, Miyachi M, Yagyu S, Kikuchi K, Tsuchiya K, Kuwahara Y, Sakai T, Hosoi H.
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Journal Title
Mol Cancer Ther.
Volume: 19
Pages: 1992-2000
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Tracking and Analysis of FUCCI-Labeled Cells Based on Particle Filters and Time-to-Event Analysis.2020
Author(s)
Fujimoto, K., Seno, S., Shigeta, H., Mashita, T., Ishii, M., Matsuda, H.
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Journal Title
Int J Biosci Biochem Bioinforma.
Volume: 10
Pages: 94-109
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] T cell-specific deletion of Pgam1 reveals a critical role for glycolysis in T cell responses.2020
Author(s)
Toriyama K, Kuwahara M, Kondoh H, Mikawa T, Takemori N, Konishi A, Yorozuya T, Yamada T, Soga T, Shiraishi A, Yamashita M.
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Journal Title
Commun Biol.
Volume: 3
Pages: 394-394
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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