2021 Fiscal Year Annual Research Report
Preventive medicine through inflammation cellular sociology
| Project Area | Preventive medicine through inflammation cellular sociology |
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| Project/Area Number |
17H06391
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| Research Institution | Tokyo University of Science |
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Principal Investigator |
松島 綱治 東京理科大学, 研究推進機構生命医科学研究所, 教授 (50222427)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
橋本 真一 和歌山県立医科大学, 先端医学研究所, 教授 (00313099)
藤渕 航 京都大学, iPS細胞研究所, 教授 (60273512)
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| Project Period (FY) |
2017-06-30 – 2022-03-31
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| Keywords | 免疫 / 遺伝子 / モデル化 / 情報工学 / 病理学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本総括班研究では、包括的single-cell transcriptome、遺伝子発現データ解析、エピゲノム解析、プロテオーム解析、リピドーム解析、マイクロバイオーム解析、遺伝子組換え動物作製を支援する炎症細胞社会解析センターを設置し、領域横断で使用可能な炎症細胞社会の解析プラットフォームを整備し、環境ストレス、ゲノム社会予防医学、脂質代謝生化学、循環器・肝臓・腎臓臨床医学、分子標的予防医学、計算生物学など多様なバックグランドを持つ研究者の連携を強力に促進することを目的としている。2021年度は、オンラインコラボレーションソフトウェアSLACK、オンラインミーティングシステムZoomを通じて情報解析支援チームと計画研究班、公募研究班の連携を深めた。各計画研究班、公募研究班の疾患モデル解析について、解析対象の設定から単細胞懸濁液の調製、調整した細胞サンプルのquality controlを含めた支援を行い、包括的single-cell transcriptomeをすすめた。複数の細胞サンプルを同時に解析するmultiplex解析において、抗体によるサンプルのバーコーディングが困難なケースに対応するため、細胞のビオチン化とDNA標識streptavidinを用いた細胞のバーコーディング手法を確立した。また、比重分離を用いた精製が困難な細胞サンプルに対応するため、高精度ステンレスメッシュを用いた細胞精製法を確立した。様々な情報解析手法にwetの研究者が簡便にアクセスするための自動レポート作成プログラムを作成した。COVID19の影響もあり、シンポジウムはZoomを用いたwebミーティング形式とした。
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| Research Progress Status |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Intestinal Bacterial Translocation Contributes to Diabetic Kidney Disease.2022
Author(s)
Linh HT, Iwata Y, Senda Y, Sakai-Takemori Y, Nakade Y, Oshima M, Nakagawa-Yoneda S, Ogura H, Sato K, Minami T, Kitajima S, Toyama T, Yamamura Y, Miyagawa T, Hara A, Shimizu M, Furuichi K, Sakai N, Yamada H, Asanuma K, Matsushima K, Wada T.
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Journal Title
J Am Soc Nephrol.
Volume: -
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Rare toxin A-negative and toxin B-positive strain of Clostridioides difficile from Japan lacking a complete tcdA gene.2022
Author(s)
Takemori-Sakai Y, Satou K, Senda Y, Nakamura Y, Otani H, Maekawa A, Oe H, Oshima M, Yoneda-Nakagawa S, Miyagawa T, Sato K, Ogura H, Mori M, Wada T, Sakai Y, Yutani M, Matsumura T, Fujinaga Y, Gabata T, Wada T, Iwata Y.
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Journal Title
J Infect Chemother.
Volume: 28
Pages: 651-656
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Protective Effect of D-Alanine Against Acute Kidney Injury.2022
Author(s)
Iwata Y, Nakade Y, Kitajima S, Yoneda-Nakagawa S, Oshima M, Sakai N, Ogura H, Sato K, Toyama T, Yamamura Y, Miyagawa T,Yamazaki H, Hara A, Shimizu M, Furuichi K, Mita M, Hamase K, Tanaka T, Nishida M, Muramatsu W, Yamamoto H, Shichino S, Ueha S, Matsushima K, Wada T.
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Journal Title
Am J Physiol Renal Physiol.
Volume: 322
Pages: F667-F679
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Moyamoya disease: diagnosis and interventions.2022
Author(s)
Ihara M, Yamamoto Y, Hattori Y, Liu W, Kobayashi H, Ishiyama H, Yoshimoto T, Miyawaki S, Clausen T, Bang OY, Steinberg GK, Tournier-Lasserve E, Koizumi A.
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Journal Title
Lancet Neurology.
Volume: -
Pages: -
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Essential Roles of the Transcription Factor NR4A1 in Regulatory T Cell Differentiation under the Influence of Immunosuppressants.2022
Author(s)
Sekiya T, Kasahara H, Takemura R, Fujita S, Kato J, Doki N, Katayama Y, Ozawa Y, Takada S, Eto T, Fukuda T, Ichinohe T, Takanashi M, Onizuka M, Atsuta Y, Okamoto S, Yoshimura A, Takaki S, Mori T.
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Journal Title
J Immunol.
Volume: 208
Pages: 2122-2130
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] TAS-Seq is a robust and sensitive amplification method for bead-based scRNA-seq.2022
Author(s)
Shichino S, Ueha S, Hashimoto S, Ogawa T, Aoki H, Wu B, Chen CY, Kitabatake M, Ouji-Sageshima N, Sawabata N, Kawaguchi T, Okayama T, Sugihara E, Hontsu S, Ito T, Iwata Y, Wada T, Ikeo K, Sato T, Matsushima K.
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Journal Title
Communications Biology
Volume: -
Pages: -
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Combining an alarmin HMGN1 peptide with PD-L1 blockade results in robust antitumor effects with a concomitant increase of stem-like/progenitor exhausted CD8+ T cells.2021
Author(s)
Chen CY, Ueha S, Ishiwata Y, Shichino S, Yokochi S, Yang D, Oppenheim JJ, Ogiwara H, Deshimaru S, Kanno Y, Aoki H, Ogawa T, Shibayama S, Matsushima K.
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Journal Title
Cancer Immunol Res.
Volume: 9
Pages: 1214-1228
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Transient depletion of CD4+ cells induces drastic remodeling of the repertoire of T-cell receptors in gastrointestinal cancer.2021
Author(s)
Aoki H, Ueha S, Shichino S, Ogiwara H, Shitara K, Shimomura M, Suzuki T, Nakatsura T, Yamashita M, Kitano S, Kuroda S, Wakabayashi M, Kurachi M, Ito S, Doi T, Matsushima K.
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Journal Title
Cancer Immunol Res.
Volume: 9
Pages: 624-636
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] D-Serine inhibits the attachment and biofilm formation of methicillin-resistant Staphylococcus aureus.2021
Author(s)
Iwata Y, Sakai N, Yoneda I, Senda Y, Sakai-Takemori Y, Oshima M, Nakagawa-Yoneda S, Ogura H, Sato K, Minami T, Kitajima S, Toyama T, Yamamura Y, Miyagawa T, Hara A, Shimizu M, Furuichi K, Matsushima K, Wada T.
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Journal Title
Biochem Biophys Res Commun.
Volume: 537
Pages: 50-56
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Cardiac macrophages prevent sudden death during heart stress2021
Author(s)
Sugita Junichi、Fujiu Katsuhito、Nakayama Yukiteru、Matsubara Takumi、Matsuda Jun、Oshima Tsukasa、Liu Yuxiang、Maru Yujin、Hasumi Eriko、Kojima Toshiya、Seno Hiroshi、Asano Keisuke、Ishijima Ayumu、Tomii Naoki、Yamazaki Masatoshi、Kudo Fujimi、Sakuma Ichiro、Nagai Ryozo、Manabe Ichiro、Komuro Issei
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Journal Title
Nature Communications
Volume: 12
Pages: 1910-1910
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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