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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Toward an integrative understanding of functional zones in organelles

Administrative Group

Project AreaToward an integrative understanding of functional zones in organelles
Project/Area Number 17H06413
Research InstitutionTokyo Medical and Dental University

Principal Investigator

清水 重臣  東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (70271020)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 花田 賢太郎  国立感染症研究所, 細胞化学部, 部長 (30192701)
新井 洋由  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 客員研究員 (40167987)
原田 彰宏  大阪大学, 医学系研究科, 教授 (40251441)
黒川 量雄  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 専任研究員 (40333504)
後藤 聡  立教大学, 理学部, 教授 (60280575)
齊藤 達哉  大阪大学, 薬学研究科, 教授 (60456936)
森 和俊  京都大学, 理学研究科, 教授 (70182194)
加藤 薫  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (80356782)
中野 明彦  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 副センター長 (90142140)
今泉 和則  広島大学, 医系科学研究科(医), 教授 (90332767)
Project Period (FY) 2017-06-30 – 2022-03-31
Keywordsミトコンドリア / ゴルジ体 / オルガネラ
Outline of Annual Research Achievements

オルガネラ・ゾーン研究を、領域全体で有機的に進めることができるように、様々な施策を行った。特に、公募班に対する支援体制の整備、情報の相互交換、共同研究の推進を図った。新型コロナ感染症が発生したために、対面式での会議を開催することは困難となったが、代替としてon lineでの会議を行った。具体的には、全体班会議を2回開催し、研究の進捗状況を班員全員で共有する場を、例年通りに設けた。また、班全体の運営を議論する総括班会議を2回開催し、コロナ禍の中でも滞りなく研究を進捗する体制を構築した。また、本領域では、若手研究者のプロモーションにも力を入れており、「第3回若手の会」も、同様にon lineで開催した。国際的な活動は大きく制限され、研究者派遣や研究者招聘はできなかったが、on line会議において、keynote talk/invited talkを、延べ11回行った。
技術支援部門では、イメージングやプロテオミクス、電子顕微鏡解析などの技術を、計画班、公募班に提供し、約19件の技術支援が行われた。また、62件の共同研究が為された(総括班員同士が48件、総括班と公募班で10件、公募班同士で4件)。さらに、ホームページやニュースレターを通して、領域の進捗を広く公開したほか、アウトリーチを29件、プレスリリースを27件行った。これらの成果として、国際論文に関しては、計画班126報、公募班57報の論文を公表し、教員のプロモーションは6名(うち、教授2名、准教授2名)の成果を上げた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

コロナ禍の中でも、当初予定していた、総括班会議、「全体班会議」などの開催を順調に行った。また、多くの共同研究を実施することができた。重要なことに、これらの研究を進める間に、領域内のメンバー間の信頼が深まり、領域一体となって研究を行う意識が涵養された。さらに、SCLIM顕微鏡、超解像顕微鏡、電子顕微鏡、糖鎖解析、リピドミクス、プロテオミクス、siRNAスクリーニングライブラリー、ケミカルバイオロジーなど、お互いの技術を班内で共有する技術支援も非常に有効に機能した。実際に、これらを活用した共同研究も多く進行している。若手育成に関しても、「オルガネラゾーン若手の会」を予定通り行なった。「オルガネラ・ゾーン統合解析プロジェクト」の研究も進みつつあるほか、領域内共同研究も進行している。以上のことから、総括班の活動は極めて順調に遂行されていると判断される。

Strategy for Future Research Activity

引き続き、コロナ禍の中でも、現在の管理体制、技術支援体制を継続して行う。また、コロナ禍を積極的に利用して、on lineを通じて頻回に議論する体制を構築する。班会議は、半年おきに、全体会議とプログレスレポートを開催し、お互いの研究成果や研究手法の共有、研究者間の情報交換、研究材料の相互活用などを行う。また本年も、若手育成に重点をおいた、若手のみからなる研究会を企画している。研究支援面では、さらに技術支援を相互利用するよう勧奨する。ホームページでは、引き続きオルガネラゾーンに関する情報を提供する。また、「オルガネラ・ゾーン統合解析プロジェクト」を遂行する。

  • Research Products

    (22 results)

All 2020 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (19 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results,  Peer Reviewed: 19 results,  Open Access: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] ペンシルベニヤ州立大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      ペンシルベニヤ州立大学
  • [Int'l Joint Research] バルセロナ大学(スペイン)

    • Country Name
      SPAIN
    • Counterpart Institution
      バルセロナ大学
  • [Journal Article] ER-resident sensor PERK is essential for mitochondrial thermogenesis in brown adipose tissue2020

    • Author(s)
      Kato Hironori、Okabe Kohki、Miyake Masato、Hattori Kazuki、Fukaya Tomohiro、Tanimoto Kousuke、Beini Shi、Mizuguchi Mariko、Torii Satoru、Arakawa Satoko、Ono Masaya、Saito Yusuke、Sugiyama Takashi、Funatsu Takashi、Sato Katsuaki、Shimizu Shigeomi、Oyadomari Seiichi、Ichijo Hidenori、Kadowaki Hisae、Nishitoh Hideki
    • Journal Title

      Life Science Alliance

      Volume: 3 Pages: 201900576

    • DOI

      10.26508/lsa.201900576

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of a phosphorylation site on Ulk1 required for genotoxic stress-induced alternative autophagy2020

    • Author(s)
      Torii Satoru、Yamaguchi Hirofumi、Nakanishi Akira、Arakawa Satoko、Honda Shinya、Moriwaki Kenta、Nakano Hiroyasu、Shimizu Shigeomi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41467-020-15577-2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sanguisorba officinalis L. derived from herbal medicine prevents intestinal inflammation by inducing autophagy in macrophages2020

    • Author(s)
      Yasueda Asuka、Kayama Hisako、Murohashi Michiko、Nishimura Junichi、Wakame Koji、Komatsu Ken-ichi、Ogino Takayuki、Miyoshi Norikatsu、Takahashi Hidekazu、Uemura Mamoru、Matsuda Chu、Kitagawa Toru、Takeda Kiyoshi、Ito Toshinori、Doki Yuichiro、Eguchi Hidetoshi、Shimizu Shigeomi、Mizushima Tsunekazu
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41598-020-65306-4

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Wipi3 is essential for alternative autophagy and its loss causes neurodegeneration2020

    • Author(s)
      Yamaguchi Hirofumi、Honda Shinya、Torii Satoru、Shimizu Kimiko、Katoh Kaoru、Miyake Koichi、Miyake Noriko、Fujikake Nobuhiro、Sakurai Hajime Tajima、Arakawa Satoko、Shimizu Shigeomi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41467-020-18892-w

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] SNAP23 deficiency causes severe brain dysplasia through the loss of radial glial cell polarity2020

    • Author(s)
      Kunii Masataka、Noguchi Yuria、Yoshimura Shin-ichiro、Kanda Satoshi、Iwano Tomohiko、Avriyanti Erda、Atik Nur、Sato Takashi、Sato Ken、Ogawa Masaharu、Harada Akihiro
    • Journal Title

      Journal of Cell Biology

      Volume: 220 Pages: -

    • DOI

      10.1083/jcb.201910080

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Palmitoylated CKAP4 regulates mitochondrial functions through an interaction with VDAC2 at ER?mitochondria contact sites2020

    • Author(s)
      Harada Takeshi、Sada Ryota、Osugi Yoshito、Matsumoto Shinji、Matsuda Tomoki、Hayashi-Nishino Mitsuko、Nagai Takeharu、Harada Akihiro、Kikuchi Akira
    • Journal Title

      Journal of Cell Science

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1242/jcs.249045

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] MYB‐like transcription factor NoPSR1 is crucial for membrane lipid remodeling under phosphate starvation in the oleaginous microalga <i>Nannochloropsis oceanica</i>2020

    • Author(s)
      Murakami Hiroki、Kakutani Natsue、Kuroyanagi Yunato、Iwai Masako、Hori Koichi、Shimojima Mie、Ohta Hiroyuki
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 594 Pages: 3384~3394

    • DOI

      10.1002/1873-3468.13902

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Lamin is essential for nuclear localization of the GPI synthesis enzyme PIG-B and GPI-AP production in <i>Drosophila</i>2020

    • Author(s)
      Yamamoto-Hino Miki、Kawaguchi Kohei、Ono Masaya、Furukawa Kazuhiro、Goto Satoshi
    • Journal Title

      Journal of Cell Science

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1242/jcs.238527

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Blood group P1 antigen?bearing glycoproteins are functional but less efficient receptors of Shiga toxin than conventional glycolipid-based receptors2020

    • Author(s)
      Morimoto Kanta、Suzuki Noriko、Tanida Isei、Kakuta Soichiro、Furuta Yoko、Uchiyama Yasuo、Hanada Kentaro、Suzuki Yusuke、Yamaji Toshiyuki
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 295 Pages: 9490~9501

    • DOI

      10.1074/jbc.RA120.013926

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protrudin and PDZD8 contribute to neuronal integrity by promoting lipid extraction required for endosome maturation2020

    • Author(s)
      Shirane Michiko、Wada Mariko、Morita Keiko、Hayashi Nahoki、Kunimatsu Reina、Matsumoto Yuki、Matsuzaki Fumiko、Nakatsumi Hirokazu、Ohta Keisuke、Tamura Yasushi、Nakayama Keiichi I.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41467-020-18413-9

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Organelle membrane-specific chemical labeling and dynamic imaging in living cells2020

    • Author(s)
      Tamura Tomonori、Fujisawa Alma、Tsuchiya Masaki、Shen Yuying、Nagao Kohjiro、Kawano Shin、Tamura Yasushi、Endo Toshiya、Umeda Masato、Hamachi Itaru
    • Journal Title

      Nature Chemical Biology

      Volume: 16 Pages: 1361~1367

    • DOI

      10.1038/s41589-020-00651-z

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Antipsychotic olanzapine-induced misfolding of proinsulin in the endoplasmic reticulum accounts for atypical development of diabetes2020

    • Author(s)
      Ninagawa Satoshi、Tada Seiichiro、Okumura Masaki、Inoguchi Kenta、Kinoshita Misaki、Kanemura Shingo、Imami Koshi、Umezawa Hajime、Ishikawa Tokiro、Mackin Robert B、Torii Seiji、Ishihama Yasushi、Inaba Kenji、Anazawa Takayuki、Nagamine Takahiko、Mori Kazutoshi
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 9 Pages: -

    • DOI

      10.7554/eLife.60970

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A defect in COPI-mediated transport of STING causes immune dysregulation in COPA syndrome2020

    • Author(s)
      Deng Zimu、Chong Zhenlu、Law Christopher S.、Mukai Kojiro、Ho Frances O.、Martinu Tereza、Backes Bradley J.、Eckalbar Walter L.、Taguchi Tomohiko、Shum Anthony K.
    • Journal Title

      Journal of Experimental Medicine

      Volume: 217 Pages: -

    • DOI

      10.1084/jem.20201045

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Tricalbins Are Required for Non-vesicular Ceramide Transport at ER-Golgi Contacts and Modulate Lipid Droplet Biogenesis2020

    • Author(s)
      Ikeda Atsuko、Schlarmann Philipp、Kurokawa Kazuo、Nakano Akihiko、Riezman Howard、Funato Kouichi
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 23 Pages: 101603~101603

    • DOI

      10.1016/j.isci.2020.101603

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Ceramide chain length?dependent protein sorting into selective endoplasmic reticulum exit sites2020

    • Author(s)
      Rodriguez-Gallardo Sofia、Kurokawa Kazuo、Sabido-Bozo Susana、Cortes-Gomez Alejandro、Ikeda Atsuko、Zoni Valeria、Aguilera-Romero Auxiliadora、Perez-Linero Ana Maria、Lopez Sergio、Waga Miho、Araki Misako、Nakano Miyako、Riezman Howard、Funato Kouichi、Vanni Stefano、Nakano Akihiko、Mu?iz Manuel
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 6 Pages: -

    • DOI

      10.1126/sciadv.aba8237

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The liverwort oil body is formed by redirection of the secretory pathway2020

    • Author(s)
      Kanazawa Takehiko、Morinaka Hatsune、Ebine Kazuo、Shimada Takashi L.、Ishida Sakiko、Minamino Naoki、Yamaguchi Katsushi、Shigenobu Shuji、Kohchi Takayuki、Nakano Akihiko、Ueda Takashi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41467-020-19978-1

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The Role of Tissue-Specific Ubiquitin Ligases, RNF183, RNF186, RNF182 and RNF152, in Disease and Biological Function2020

    • Author(s)
      Okamoto Takumi、Imaizumi Kazunori、Kaneko Masayuki
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 21 Pages: 3921~3921

    • DOI

      10.3390/ijms21113921

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Bi-allelic Variants in the GPI Transamidase Subunit PIGK Cause a Neurodevelopmental Syndrome with Hypotonia, Cerebellar Atrophy, and Epilepsy2020

    • Author(s)
      Nguyen Thi Tuyet Mai、Murakami Yoshiko、Mobilio Sabrina、Niceta Marcello、Zampino Giuseppe、Philippe Christophe、Moutton S?bastien、Zaki Maha S.、James Kiely N.、Musaev Damir、Mu Weiyi、Baranano Kristin、et al, Kinoshita Taroh、Campeau Philippe M.
    • Journal Title

      The American Journal of Human Genetics

      Volume: 106 Pages: 484~495

    • DOI

      10.1016/j.ajhg.2020.03.001

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] α2,3 linkage of sialic acid to a GPI anchor and an unpredicted GPI attachment site in human prion protein2020

    • Author(s)
      Kobayashi Atsushi、Hirata Tetsuya、Nishikaze Takashi、Ninomiya Akinori、Maki Yuta、Takada Yoko、Kitamoto Tetsuyuki、Kinoshita Taroh
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 295 Pages: 7789~7798

    • DOI

      10.1074/jbc.RA120.013444

    • Peer Reviewed
  • [Remarks] オルガネラゾーンホームページ

    • URL

      http://organellezone.org/

URL: 

Published: 2022-12-28  

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