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2011 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノムアダプテーションのシステム的理解

Administrative Group

Project AreaSystematic study of chromosome adaptation
Project/Area Number 22125001
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

篠原 彰  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (00252578)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 岩崎 博史  東京工業大学, 生命理工, 教授 (60232659)
伊藤 武彦  東京工業大学, 生命理工, 教授 (90501106)
白髭 克彦  東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90273854)
石井 俊輔  独立行政法人理化学研究所, 石井分子遺伝学研究室, 主任研究員 (00124785)
石井 浩二郎  大阪大学, 生命機能研究科, 特任准教授 (40360276)
Keywords染色体 / 相同組換え / 減数分裂 / シナプトネマ複合体
Research Abstract

本領域研究において、異分野の研究者が十分な連携の元で研究を推進するために、総括班の役割は非常に重要となる。昨年に引き続き、本研究領域の効率的かつ効果的推進に必要な環境整備、情報収集、広報活動を積極的に行なった。本領域研究の基盤技術となるChIP-Seq、生物個体の高速DNA塩基配列、SNP配列決定法がある。この技術開発のため、最新の性能を持つ次世代DNAシークエンサ、Solid HQ(ABI社)を総括班で22年末にレンタルという形で、東大分生研に導入し、本年度に本格的に運用を始めた。すでに東工大で伊藤が運用しているシークエンサを含め,複数の次世代DNAシークエンサを平行運用することにより、それぞれの長所を生かし、迅速、かつ効率良く本領域の班員が必要とする解析、測定基盤が整備し、複数の共同研究が複数実施されている(計画班では石井、岡田、井澤、岩崎が伊藤、白髭と組んで共同研究を行っている)。さらに、公募班メンバーとの計画も進んでいる。
各計画研究と公募研究の統括、評価を行うため、班会議を平成23年8月30、31日に札幌で開催した、領域の研究の方向性の確認とそれぞれの研究の進捗状況について議論し,4名の評価委員から現状についての評価を受けた。また、国内の3つの会議(染色体ワークショップ、DNA複製、組換えワークショップ、核、クロマチンワークショップ)を支援した。広報活動の一環として、大型予算の社会還元を目指し、関連分野を含めライフサイエンスの普及を行うため、高等学校への出前講義を行う形態を模索し、班員全体で10回の出前講義を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

次世代DNAシークエンサによる共同研究が複数進行している。

Strategy for Future Research Activity

次世代DNAシークエンサによる共同研究をより積極的に増やす方策を講じる必要がある。具体的には研究の分担性を導入する。まあ、社会への還元事業として、高校への出前講義の回数を増やしたいが、そのためには高校教員とのネットワークを地道に組上げる必要がある。

  • Research Products

    (14 results)

All 2012 2011

All Journal Article (13 results) (of which Peer Reviewed: 13 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] Rif1 is a global regulator of timing of replication origin firing in fission yeast2012

    • Author(s)
      Hayano M, Kanoh Y, Matsumoto S, Renard-Guillet C, Shirahige K, Masai H
    • Journal Title

      Genes & Dev

      Volume: 25 Pages: 137-150

    • DOI

      10.1101/gad.178491.111

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] During replication stress Non-Smc-Element 5 is required for Smc5/6 complex functionality at stalled forks2012

    • Author(s)
      Bustard DE, Menolfi D, Jeppsson K, Ball LG, Dewey SC, Shirahige K, Sjogren C, Branzei D, Cobb JA
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 25 Pages: 11374-11383

    • DOI

      0.1074/jbc.M111.336263

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Inheritance of stress-induced, ATF-2-dependent epigenetic change2011

    • Author(s)
      Seong KH, Li D, Shimizu H, Nakamura R, Ishii S
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 145 Pages: 1049-1061

    • DOI

      10.1016/j.cell.2011.05.029

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ATP Hydrolysis Is Required for Relocating Cohesin from Sites Occupied by Its Scc2/4 Loading Complex2011

    • Author(s)
      B.Hu, T.Itoh, A.Mishra, Y.Katoh, K-L.Chan, W.Upcher, C.Godlee, M.B.Roig, K.Shirahige, K.Nasmyth
    • Journal Title

      Curr.Biol.

      Volume: 21 Pages: 12-24

    • DOI

      10.1016/j.cub.2010.12.004

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Replisome stability at defective DNA replication forks is independent of S phase checkpoint kinases2011

    • Author(s)
      De Piccoli G, Katou Y, Itoh T, Nakato R, Shirahige K, Labib K
    • Journal Title

      Mol Cell.

      Volume: 45 Pages: 696-704

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2012.01.007

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The fission yeast meiosis-specific Dmc1 recombinase mediates for mation and branch migration of Holliday junctions by preferentially promoting strand exchange in a direction opposite to that of Rad512011

    • Author(s)
      Murayama Y, Tsutsui Y, Iwasaki H
    • Journal Title

      Genes & Dev.

      Volume: 25 Pages: 516-527

    • DOI

      10.1101/gad.1997511

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Mps3 SUN domain is important for chromosome motion and juxtaposition of homologous chromosomes during meiosis2011

    • Author(s)
      Rao, H.B.D.P., Shinohara M., A.Shinohara
    • Journal Title

      Genes-to-Cells

      Volume: 16 Pages: 1081-1096

    • DOI

      10.1111/j.1365-2443.2011.01554.x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Chromosome length influences replication-induced topological stress2011

    • Author(s)
      A.Kegel, H.B.Lindroos, T.Kanno, K.Jeppsson, L.Strom, Y.Katou, T.Itoh, K.Shirahige, C.Sjogren
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 471 Pages: 391-394

    • DOI

      10.1038/nature09791

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Origin association of s1d3, s1d7, and cdc45 proteins is a key step for determination of origin-firing timing2011

    • Author(s)
      Tanaka S, Nakato R, Katou Y, Shirahige K, Araki H
    • Journal Title

      Curr.Biol.

      Volume: 21 Pages: 2055-2063

    • DOI

      10.1016/j.cub.2011.11.038

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spoll-accessory proteins link double-strand break sites to the chromosome axis in early meiotic recombination2011

    • Author(s)
      Panizza S, Mendoza MA, Berlinger M, Huang L, Nicolas A, Shirahige K, Klein F
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 146 Pages: 372-383

    • DOI

      10.1016/j.cell.2011.07.003

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The replication checkpoint protects fork stability by releasing trans cribed genes from nuclear pores2011

    • Author(s)
      Bermejo R, Capra T, Jossen R, Colosio A, Frattini C, Carotenuto W, Cocito A, Doksani Y, Klein H, Gomez-Gonzalez B, Aguilera A, Katou Y, Shirahige K, Foiani M
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 146 Pages: 233-246

    • DOI

      10.1016/j.cell.2011.06.033

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genome-wide function of THO/TREX in active genes prevents R-loop-dependent replication obstacles2011

    • Author(s)
      Gomez-Gonzalez B, Garcia-Rubio M, Bermejo R, Gaillard H, Shirahige K, Marin A, Foiani M, Aguilera A
    • Journal Title

      EMBO J

      Volume: 30 Pages: 3106-3119

    • DOI

      10.1038/emboj.2011.206

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rtt107 is required for recruitment of the SMC5/6 complex to DNA double strand breaks2011

    • Author(s)
      Leung GP, Lee L, Schmidt TI, Shirahige K, Kobor MS
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 286 Pages: 26250-26257

    • DOI

      10.1074/jbc.M111.235200

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] The PCSS (Psy3-Csm2-Shu1-Shu2) complex, a new Rad51 mediator in homologous recombination2011

    • Author(s)
      篠原彰
    • Organizer
      FASEB meeting on Recombination & Genome Rearrangement
    • Place of Presentation
      Steamboat, CO, USA(招待講演)
    • Year and Date
      20110724-20110729

URL: 

Published: 2013-06-26  

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