2012 Fiscal Year Annual Research Report
| Project Area | Establishment of Integrative Multi-level Systems Biology and its Applications |
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| Project/Area Number |
22136001
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
倉智 嘉久 大阪大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30142011)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
井上 隆司 福岡大学, 医学部, 教授 (30232573)
鈴木 洋史 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80206523)
北野 宏明 沖縄科学技術大学院大学, その他の研究科, 教授 (80500256)
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| Project Period (FY) |
2010-06-23 – 2015-03-31
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| Keywords | システム生物学 / 生理学 / 生物物理 / 心臓 / 不整脈 / 薬物動態 / 全身循環 / 代謝 |
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| Research Abstract |
三年目である本年度も領域代表者を中心とする総括班で、領域全体の統括と運営を実施した。本領域の研究インフラであるオープンプラットフォーム開発の順調な進展を受け、全身薬物動態と心臓の電気活動の統合モデルの構築を推進し、多階層生体システムの本格的な解析が領域をあげて実施された。
総括班会議は計8回開催し、領域運営や共同研究の推進の方策を議論した。喫緊の課題に対し、領域内から選抜した班員によるタスクフォースを結成し、総括班統括の下、プロジェクトを進めた。例えば、モデルの多階層化に伴う計算量の増加を見越して、研究プラットフォームの「京」を含むハイパフォーマンスコンピューティング(HPC)システム対応に着手した。年度の前期と後期に領域全体会議を開催し、領域全体の研究状況把握、短期・中期的な問題意識の発掘と共有、そして本年度実施された中間外部審査に向けた成果の取りまとめを行った。領域全体会議に連携させて、若手中心の研究成果発表会も実施し、若手研究者のスキルアップと人脈作りのサポートを行った。
領域主催の第二回の多階層生体機能学国際シンポジウムを開催した。この国際シンポジウムでは、統合的生命科学の国際的リーダーを招聘し、当該研究分野の現状や課題、方法論の統一化やコラボレーションの可能性について議論した。また、心臓の電気的興奮活動の制御と破綻（不整脈）、および小分子体内動態の最新の研究成果を報告し、生命の多階層性の統合的理解に向けた議論をおこなった。海外からゲスト講演者を招聘し、計8題の特別講演を実施した。彼らとはシンポジウム後も連携をとっている。またさらに班員が中心となるシンポジウムを関連学会で計3回実施し、研究成果の発信に努めた。
領域ホームページにおいて領域メンバーによる最新の研究成果や関連学会の近状を報告し、またニューズレターを発行し領域の成果の解説を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当該領域は、「5年以内に心臓/循環器系の電気現象の分子から生体レベルまでの垂直統合モデルと全身薬物動態の分子レベルモデルを統合した、創薬ならびに臨床への応用が期待できる統合モデルの構築と解析を可能にするプラットフォームを実現する」ことをコミットメントしている。領域総括班である本課題の研究目的は、領域目標を達成するために三つの研究項目からなる領域を運営することにある。年次計画3年目の到達目標である「構築されたプラットフォームでの多階層生体システムの解析」は完全に達成し、4年目の到達目標である「研究プラットフォーム標準化に向けた普及活動の本格化」は次年度開始後直ちに実施出来る状況にある。また外部評価委員による本領域に対する中間評価によっても、A（研究領域の設定目的に照らして、期待どおりの進展が認められる）と判断された。従って、本課題は「おおむね順調に進展している」と考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
おおむね順調に進展している本課題では、研究を推進する上での重大な問題点は認められない。当初の計画以上の進展を目指し、シミュレーションプラットフォームの普及戦略、デベロッパーズミーティングの実施や研究成果のより積極的な発信に努める。また多階層生体システムにおけるシステム理論に関する議論を行い、本研究領域で取り上げている心臓や薬物動態以外の研究者にも波及するような汎用性のある成果の発信を目指す。さらに、これまでも成果の発表、HP上での成果の解説、公開シンポジウムの開催などを行なってきたが、より平易な言葉での領域の研究がもたらす未来を説明する書籍の執筆や高校生など一般向けの出張講義等を実施し、より一層社会への貢献に努めていく。
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[Journal Article] Adding Protein Context to the Human Protein-Protein Interaction Network to Reveal Meaningful Interactions2013
Author(s)
Martin H. Schaefer, Tiago J. S. Lopes, Nancy Mah, Jason E. Shoemaker, Yukiko Matsuoka, Jean-Fred Fontaine, Caroline Louis-Jeune, Amie J. Eisfeld, Gabriele Neumann, Carol Perez-Iratxeta, Yoshihiro Kawaoka, Hiroaki Kitano, Miguel A. Andrade-Navarro
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Journal Title
PLOS Computational Biology
Volume: 9
Pages: 1
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Software support for SBGN maps: SBGN-ML and LibSBGN2012
Author(s)
Martijn P. van Iersel, Alice C. Villéger, Tobias Czauderna, Sarah E. Boyd, Frank T. Bergmann, Augustin Luna, Emek Demir, Anatoly Sorokin, Ugur Dogrusoz, Yukiko Matsuoka, Akira Funahashi, Mirit I. Aladjem, Huaiyu Mi, Stuart L. Moodie, Hiroaki Kitano, Nicolas Le Novère, and Falk Schreiber
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Journal Title
Bioinformatics
Volume: 28(15)
Pages: 2016-2021
DOI
Peer Reviewed
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[Book] Software Platform for Metabolic Network Reconstruction of Mycobacterium tuberculosis. Systems Biology of Tuberculosis.2013
Author(s)
Samik Ghosh, Yukiko Matsuoka, Yoshiyuki Asai, Hiroaki Kitano, Anshu Bhardwaj, Vinod Scaria, Rohit Vashisht, Anup Shah, Anupam Kumar Mondal, Priti Vishnoi, Kumari Sonal, Akanksha Jain, Priyanka Priyadarshini, Kausik Bhattacharyya, Vikas Kumar, Anurag Passi, Pratibha Sharma, Samir Brahmachari
Total Pages
226
Publisher
Springer
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