2015 Fiscal Year Annual Research Report
| Project Area | Plant cell wall as information-processing system |
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24114001
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
西谷 和彦 東北大学, 生命科学研究科, 教授 (60164555)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
出村 拓 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (40272009)
澤 進一郎 熊本大学, 自然科学研究科, 教授 (00315748)
大林 武 東北大学, 情報科学研究科, 准教授 (50397048)
工藤 光子 立教大学, 理学部, 准教授 (90594078)
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| Project Period (FY) |
2012-06-28 – 2017-03-31
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| Keywords | 植物細胞壁 / 糖質分析 / オミクス / イメージング / 共発現データベース |
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| Outline of Annual Research Achievements |
新学術領域研究「植物細胞壁の情報処理システム」の班員の研究推進、研究コミュニティーへの成果の発信，並びに一般社会への成果を還元するのが本研究の目的である。そのために研究連携促進のための解析支援センター、オミクス支援室、イメージング解析支援室を組織運営し、同時に、研究成果をデータベースやプロトコルとしてウェブサイトより世界に発信する。更に、若手育成やアウトリーチ活動などの広報活動や一般社会へ向けた啓発活動を展開する。解析支援センターは西谷が代表となり，細胞壁の免疫組織学および糖質分析，植物ホルモンの定量，細胞壁関連酵素反応の解析，細胞・組織内の糖質の局在解析などを通して、他の班員との共同研究および研究協力を推進した。オミクス支援室は奈良先端大に拠点を置き，出村が代表となり次世代シクエンサーを活用して班員にオミクス解析の支援を行う。オミクスのデータベースの構築・発信は、生命情報科学の専門家である大林が担当し，植物細胞壁の情報処理空間のオミクスに特化した独自の公的データベースの構築を開始し、順次、世界に発信している。イメージング解析支援室は東大に拠点を置き細胞壁動態に関わる高分解の単分子リアルタイム計測から網羅的・定量的イメージング解析までの幅広い可視化技術を支援する。更に可視化用の汎用性の高い解析ソフトウェアを開発し、班員に提供すると同時に，世界の研究者の利用に供している。広報活動は工藤、大林、澤が中心となり、ウェブサイトを整備・更新し，専門家に向けたデータベース公開をつづけている。一般用のアウトリーチ活動として，工藤が中心となり細胞壁の拡大モデルや細胞壁機能をテーマとしたアプリを作成し、国内の主要な大学，研究所などで児童生徒一般人を対象にした公開展示および啓発イベントを実施した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
支援センターによる班員間の共同研究はその件数の増加や研究成果の発表件数からみて，当初の予想以上の効果があがっていると判断できる。社会への研究成果の還元のための啓発活動は，各大学・公的研究機関での細胞壁モデルなどの公開展示が大きな反響を得ていることから判断し，当初計画以上に成果が上がっている。共発現データベースはそのアクセス数から判断し，研究者コミュニティーに予想以上に貢献していると考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
次年度は最終年度であるので，これまでの活動の総括を含める必要があるが，それ以外は，当初の計画が予想以上に成果を上げているので，計画通りに推進する。
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Research Products
(51 results)
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[Journal Article] Protein ligand-tethered synthetic calcium indicator for localization control and spatiotemporal calcium imaging in plant cells2016
Author(s)
Takaoka,Y., Shigenaga,M., Shigenaga,M., Nukadzuka,Y., Ishimaru,Y., Saito,K., Yokoyama,R., Nishitani, K., Ueda,M.
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Journal Title
Bioorganic & medicinal chemistry letters
Volume: 26
Pages: 9-14
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Immunogold Labeling Analysis of (1;3, 1;4)-β-D-glucan in Rice Cell Walls2016
Author(s)
Yokoyama, R., Kido, N., Yamamoto, T., Furukawa, J., Iwai, H., Satoh, S., Nishitani, K.
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Journal Title
Bio-protocol
Volume: 6
Pages: e1748.
Peer Reviewed
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[Journal Article] Three-dimensional Imaging of Plant Organs Using a Simple and Rapid Transparency Technique.2016
Author(s)
Hasegawa, J., Sakamoto, Y., Nakagami, S., Aida, M., Sawa, S., Matsunaga, S.
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Journal Title
Plant Cell Physiol.
Volume: 57
Pages: 462-472
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Affinity purification and characterization of functional tubulin from cell suspension cultures of Arabidopsis and tobacco2016
Author(s)
Hotta,T., Fujita,S., Uchimura,S., Noguchi,M., Demura, T. Muto,E., Hashimoto, T.
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Journal Title
Plant Physiol.
Volume: 170
Pages: 1189-1205
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] The matrix polysaccharide (1;3，1;4)-β-D-glucan is involved in silicon-dependent strengthening of rice cell wall2015
Author(s)
Kido, N., Yokoyama, R., Yamamoto, T., Furukawa, J., Iwai, H., Satoh, S., Nishitani, K.
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Journal Title
Plant Cell Physiol.
Volume: 56
Pages: 268-276
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Histochemical staining of silica body in rice leaf blades.2015
Author(s)
Yokoyama, R., Kido, N., Yamamoto, T., Furukawa, J., Iwai, H., Satoh, S., Nishitani, K.
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Journal Title
Bio-protocol
Volume: 5
Pages: e1609.
Peer Reviewed
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[Journal Article] Protocol of root-knot nematode culture by hydroponic system and nematode inoculation to Arabidopsis.2015
Author(s)
Nishiyama, H., Ngan, B. T., Nagakami, S., Ejima, C., Ishida, T., Sawa, S.
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Journal Title
Nematological research
Volume: 45
Pages: 45-49
DOI
Peer Reviewed
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[Book] 化学と生物2015
Author(s)
光増 可奈子, 川崎 努, 澤 進一郎
Total Pages
136(535 - 541)
Publisher
日本農芸科学会
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