「転写サイクル」領域の総括

2013 Fiscal Year Annual Research Report

• Project Area: Integral understanding of the mechanism of transcription cycle through quantitative, high-resolution approaches
• Project/Area Number: 24118001
• Research Institution: Tokyo Institute of Technology
• Principal Investigator: 山口 雄輝 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50345360)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 十川 久美子 東京工業大学, 生命理工学研究科, 准教授 (20291073) ; 中村 春木 大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (80134485) ; 松本 直通 横浜市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (80325638) ; 高橋 陽介 広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (90183855) ; 緒方 一博 横浜市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (90260330) ; 伊藤 敬 長崎大学, 医歯(薬)学総合研究科, 教授 (90306275)
• Project Period (FY): 2012-06-28 – 2017-03-31
• Keywords: 遺伝子

Research Abstract

本領域では、先端的な解析技術の開発・導入、および、ウェットとドライ（情報科学・計算科学）の融合、という2つをドライビングフォースとして、転写制御の全体像を定量的に明らかにすることを目指している。総括班は、開発された技術を領域内外に普及させる活動や、ウェットとドライの融合を促進する場の醸成等を通じて、転写サイクル研究を推進する。今年度は以下の研究支援活動を行った。
（1）先端的技術の領域内共同利用システムの構築と運用。当初計画に従ってH24年度に松本、十川、緒方の各研究室に導入した次世代シーケンサー、1分子蛍光顕微鏡、構造解析用装置を用いて領域内共同利用システムの本格運用を開始した。
（2）トレーニングワークショップ（TWS）の開催。班員のニーズを踏まえつつ、5年の期間内に複数回のTWSを開催する予定である。今年度はH25年12月に1分子イメージングに関するTWSを東工大で開催した。さらに、H26年3月にChIP-seqの情報解析に関するTWSを九工大で開催した。
（3）領域内の研究交流ならびに若手支援。今年度は当初計画に従い、H25年8月に第2回班会議を箱根（神奈川県）で開催した。また、若手中心の研究発表の場として、転写研究会ならびに新学術「転写代謝」領域との共催で「冬の若手ワークショップ」をH26年1月に磯部（群馬県）で開催した。さらに、若手支援の一環として「若手海外派遣」を今年度も実施し、領域内公募を経て2名の大学院生の海外旅費と学会参加費をサポートした。
（4）広報活動。H24年度に立ち上げた領域ホームページを通じて、領域内外に情報発信した。また、H25年12月に第一回ニュースレターを発刊した。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

（1）先端的技術の領域内共同利用システムの構築と運用、（2）トレーニングワークショップの開催、（3）領域内の研究交流ならびに若手支援、（4）広報活動、の4点を総括班の研究支援活動として掲げている。これらを当初の計画どおりに進めることができた。現時点での課題の1つとして、共同利用システムの利用率の改善が挙げられる。また、広報活動を一層、強化する必要がある。

Strategy for Future Research Activity

（1）先端的技術の領域内共同利用システムの構築と運用。H26年度は、共同利用システムの利用率の改善を目指して、利用法の周知を図っていくとともに、トレーニングワークショップを通じて先端的技術の普及に務める。（2）トレーニングワークショップや講習会の開催。引き続き班員の要望も聞きながら、次世代シーケンシングや構造生物学等のウェット実験ならびにドライ解析に関するトレーニングワークショップを実施していく。（3）領域内の研究交流ならびに若手支援。H26年度以降は、班会議と若手主体の研究会に加え，国際シンポジウムを秋に開催する予定である。「若手海外派遣」も継続する。（4）広報活動。領域ホームページやニュースレターに掲載する情報の収集をより強化し、情報発信を強めていく。

Research Products

• [Journal Article] Magnetically-promoted rapid immunoreactions using functionalized fluorescent magnetic beads (2014)
  • Author(s): Sakamoto, S., Omagari, K., Kita, Y., Mochizuki, Y., Naito, Y., Kawata, S., Matsuda, S., Itano, O., Jinno, H., Takeuchi, H., Yamaguchi, Y., Kitagawa, Y., and Handa, H.
  • Journal Title: Clin. Chem. Volume: 60 Pages: 610-620
  • DOI: 10.1373/clinchem.2013.211433
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] A hemizygous GYG2 mutation and Leigh syndrome: a possible link? (2014)
  • Author(s): Imagawa E, Osaka H, Yamashita A, Shiina M, Takahashi E, Sugie H, Nakashima M, Tsurusaki Y, Saitsu H, Ogata K, Matsumoto N, Miyake N
  • Journal Title: Hum Genet Volume: 133 Pages: 225-234
  • DOI: 10.1007/s00439-013-1372-6
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Characterization of nuclear pore complex components in fission yeast Schizosaccharomyces pombe (2014)
  • Author(s): Asakawa H, Yang HJ, Yamamoto TG, Ohtsuki C, Chikashige Y, Sakata-Sogawa K, Tokunaga M, Iwamoto M, Hiraoka Y, Haraguchi T
  • Journal Title: Nucleus Volume: 5 Pages: 1-14
  • DOI: 10.4161/nucl.28487
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Scaffold function of Ca2+-dependent protein kinase: NtCDPK1 transfers 14-3-3 to the substrate RSG after phosphorylation (2014)
  • Author(s): Ito, T., Nakata, M., Fukazawa, J., Ishida, S. and Takahashi, Y.
  • Journal Title: Plant Physiol. Volume: in press Pages: in press
  • DOI: in press
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Vesnarinone suppresses TNFalpha mRNA expression by inhibiting valosin-containing protein (2013)
  • Author(s): Hotta, K., Nashimoto, A., Yasumura, E., Suzuki, M., Azuma, M., Iizumi, Y., Shima, D., Nabeshima, R., Hiramoto, M., Okada, A., Sakata-Sogawa, K., Tokunaga, M., Ito, T., Ando, H., Sakamoto, S., Kabe, Y., Aizawa, S., Imai, T., Yamaguchi, Y., Watanabe, H., and Handa, H.
  • Journal Title: Mol. Pharmacol. Volume: 83 Pages: 930-938
  • DOI: 10.1124/mol.112.081935
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Viral protein-coating of magnetic nanoparticles using simian virus 40 VP1 (2013)
  • Author(s): Enomoto, T., Kawano, M., Fukuda, M., Sawada, W., Inoue, T., Haw, K.C., Kita, Y., Sakamoto, S., Yamaguchi, Y., Imai, T., Hatakeyama, M., Saito, S., Sandhu, A., Matsui, M., Aoki, I., and Handa, H.
  • Journal Title: J. Biotechnol. Volume: 167 Pages: 8-15
  • DOI: 10.1016/j.jbiotec.2013.06.005
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Activation-induced cytidine deaminase auto-activates and triggers aberrant gene expression (2013)
  • Author(s): Isobe, T., Song, S.-N. J., Tiwari, P., Ito, H., Yamaguchi, Y., and Yoshizaki, K.
  • Journal Title: FEBS Letters Volume: 587 Pages: 2487-2492
  • DOI: 10.1016/j.febslet.2013.06.028
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Salicylic acid induces mitochondrial injury by inhibiting ferrochelatase heme biosynthesis activity (2013)
  • Author(s): Gupta, V., Liu, S., Ando, H., Ishii, R., Tateno, S., Kaneko, Y., Yugami, M., Sakamoto, S., Yamaguchi, Y., Nureki, O., and Handa, H.
  • Journal Title: Mol. Pharmacol. Volume: 84 Pages: 824-833
  • DOI: 10.1124/mol.113.087940
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] KDM6A point mutations cause Kabuki syndrome (2013)
  • Author(s): Miyake N, Mizuno S, Okamoto N, Ohashi H, Shiina M, Ogata K, Tsurusaki Y, Nakashima M, Saitsu H, Niikawa N, Matsumoto N
  • Journal Title: Hum Mutat Volume: 34 Pages: 108-110
  • DOI: 10.1002/humu.22229
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mitochondrial complex III deficiency caused by a homozygous UQCRC2 mutation presenting with neonatal-onset recurrent metabolic decompensation (2013)
  • Author(s): Miyake N, Yano S, Sakai C, Hatakeyama H, Matsushima Y, Shiina M, Watanabe Y, Bartley J, Abdenur JE, Wang RY, Chang R, Tsurusaki Y, Doi H, Nakashima M, Saitsu H, Ogata K, Goto Y, Matsumoto N
  • Journal Title: Hum Mutat Volume: 34 Pages: 446-452
  • DOI: 10.1002/humu.22257
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Exome sequencing identifies a novel INPPL1 mutation in opsismodysplasia (2013)
  • Author(s): Iida A, Okamoto N, Miyake N, Nishimura G, Minami S, Sugimoto T, Nakashima M, Tsurusaki Y, Saitsu H, Shiina M, Ogata K, Watanabe S, Ohashi H, Matsumoto N, Ikegawa S
  • Journal Title: J Hum Genet Volume: 58 Pages: 391-394
  • DOI: 10.1038/jhg.2013.25
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of KLHL41 mutations implicates BTB-Kelch-mediated ubiquitination as an alternate pathway to myofibrillar disruption in nemaline myopathy (2013)
  • Author(s): Gupta V, Shiina M, Ogata K, Matsumoto N, Beggs N et al.
  • Journal Title: Am J Hum Genet Volume: 93 Pages: 1108-1117
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2013.10.020
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mutations in KLHL40 are a frequent cause of severe autosomal-recessive nemaline myopathy (2013)
  • Author(s): Ravenscroft G, Ogata K, Shiina M, Matsumoto N, Laing NG et al.
  • Journal Title: Am J Hum Genet Volume: 93 Pages: 6-18
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2013.05.004
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] De Novo mutations in GNAO1, encoding a Gαo subunit of heterotrimeric G proteins, cause epileptic encephalopathy (2013)
  • Author(s): Nakamura K, Kodera H, Akita T, Shiina M, Kato M, Hoshino H, Terashima H, Osaka H, Nakamura S, Tohyama J, Kumada T, Furukawa T, Iwata S, Shiihara T, Kubota M, Miyatake S, Koshimizu E, Nishiyama K, Nakashima M, Tsurusaki Y, Miyake N, Hayasaka K, Ogata K, Fukuda A, Matsumoto N, Saitsu H
  • Journal Title: Am J Hum Genet Volume: 93 Pages: 496-505
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2013.07.014
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] De novo mutations in the autophagy gene WDR45 cause static encephalopathy of childhood with neurodegeneration in adulthood (2013)
  • Author(s): Saitsu H, Nishimura T, Muramatsu K, Kodera H, Kumada S, Sugai K, Kasai-Yoshida E, Sawaura N, Nishida H, Hoshino A, Ryujin F, Yoshioka S, Nishiyama K, Kondo Y, Tsurusaki Y, Nakashima M, Miyake N, Arakawa H, Kato M, Mizushima, Matsumoto N
  • Journal Title: Nat Genet Volume: 45 Pages: 445-449
  • DOI: 10.1038/ng.2562
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Essential role of the IRF8-KLF4 transcription factor cascade in the monocyte differentiation program (2013)
  • Author(s): Kurotaki D, Osato N, Nishiyama A, Yamamoto M, Sato H, Nakabayashi J, Ban T, Miyake N, Matsumoto N, Nakazawa M, Ozato K, *Tamura T.
  • Journal Title: Blood Volume: 121 Pages: 1839-1849
  • DOI: 10.1182/blood-2012-06-437863
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mutations in B3GALT6, which encodes a glycosaminoglycan linker region enzyme, cause a spectrum of skeletal and connective tissue disorders (2013)
  • Author(s): Nakajima M, Mizumoto S, Miyake N, Kogawa R, Iida A, Ito H, Kitoh H, Hirayama A, Mitsubuchi H, Miyazaki O, Kosaki R, Horikawa R, Lai A, Mendoza-Londono R, Dupuis R, Chitayat D, Howard A, Ferraz-Leal G, Cavalcanti D, Tsurusaki Y, Saitsu H et al.
  • Journal Title: Am J Hum Genet Volume: 92 Pages: 927-934
  • DOI: 10.1038/ng.2562
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Whole genome sequencing in patients with retinitis pigmentosa reveals pathogenic DNA structural changes and NEK2 as a new disease gene (2013)
  • Author(s): Nishiguchi KM, Tearle RG, Liu Y, Oh EC, Miyake N, Benaglio P, Harper S, Koskiniemi-Kuendig H, Venturini G, Sharon D, Koenekoop RK, Nakamura M, Kondo M, Ueno S, Yasuma T, Beckmann JS, Ikegawa I, Matsumoto N, Terasaki H, Berson EL, Katsanis N, Rivolta C.
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci USA Volume: 110 Pages: 16139-16144
  • DOI: 10.1073/pnas.1308243110
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] MLL2 and KDM6A mutations and their clinical consequences in Kabuki syndrome (2013)
  • Author(s): Miyake N, Koshimizu E, Okamoto N, Mizuno S, Ogata T, Nagai T, Kosho T, Ohashi H, Kato M, Sasaki G, Mabe H, Watanabe Y, Yoshino M, Matsuishi T, Takanashi J, Shotelersuk V, Tekin M, Ochi N, Kubota M, Ito N, Ihara K, Hara T, Tonoki H, Ohta T, Saito K, Matsuo M, Urano M, Enokizono T, Sato A, Tanaka H, Ogawa A et al.
  • Journal Title: Am J Med Genet Part A Volume: 161 Pages: 2234-2243
  • DOI: 10.1002/ajmg.a.36072
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The USP21 short variant (USP21SV) lacking NES, located mostly in the nucleus in vivo, activates transcription by deubiquitylating ubH2A in vitro (2013)
  • Author(s): Okuda H, Ohdan H, Nakayama M, Koseki H, Nakagawa T, Ito T.
  • Journal Title: PLoS One Volume: 8 Pages: 1-9
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0079813
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A virtual-system coupled multicanonical molecular dynamics simulation: principles and applications to free-energy landscape of protein-protein interaction with an all-atom model in explicit solvent (2013)
  • Author(s): Junichi Higo, Koji Umezawa, Haruki Nakamura
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 138 Pages: 184106
  • DOI: 10.1063/1.4803468
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] LigandBox: a database for 3D structures of chemical compounds (2013)
  • Author(s): Takeshi Kawabata, Yusuke Sugihara, Yoshifumi Fukunishi, Haruki Nakamura
  • Journal Title: Biophysics Volume: 9 Pages: 113-121
  • DOI: 10.2142/biophysics.9.113
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Exhaustive comparison and classification of ligand-binding surfaces in proteins (2013)
  • Author(s): Yoichi Murakami, Kengo Kinoshita, Akira R. Kinjo, Haruki Nakamura
  • Journal Title: Protein Science Volume: 22 Pages: 1379-1391
  • DOI: 10.1002/pro.2329
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular dynamics simulations of a double-stranded DNA in an explicit solvent model with zero-dipole summation method (2013)
  • Author(s): Takamasa Arakawa, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura, Ikuo Fukuda
  • Journal Title: PLoS One Volume: 8 Pages: e76606
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0076606
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular dynamics simulations accelerated by GPU for biological macromolecules with a non-Ewald scheme for electrostatic interactions (2013)
  • Author(s): Tadaaki Mashimo, Yoshifumi Fukunishi, Narutoshi Kamiya, Yu Takano, Ikuo Fukuda, Haruki Nakamura
  • Journal Title: Journal of Chemical Theory and Computation Volume: 9 Pages: 5599-5609
  • DOI: 10.1002/pro.2329
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Transcriptome analysis of red seabream (Pagrus major) embryos treated with 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD) (2014)
  • Author(s): M. Iida, S. Fujii, M. Uchida, H. Nakamura, Y. Kagami, S.M. Bak, E.Y. Kim, Y. Shima, H. Iwata
  • Organizer: Society of Toxicology
  • Place of Presentation: Phoenix Convention Center（米国アリゾナ州）
  • Year and Date: 20140323-20140327
• [Presentation] 植物の新奇転写抑制モチーフ –真核生物に保存された転写抑制機構の解析– (2014)
  • Author(s): 伊藤岳，岡村僚太，佐久間哲史，山本卓，高橋陽介
  • Organizer: 第55回日本植物生理学会
  • Place of Presentation: 富山大学（富山県）
  • Year and Date: 20140319-20140319
• [Presentation] ジベレリン生合成酵素遺伝子 AtGA20ox2 のフィードバック制御機構の解析 (2014)
  • Author(s): 森雅彦，渡辺哲史，深沢寿太郎，伊藤岳，高橋陽介
  • Organizer: 第55回日本植物生理学会
  • Place of Presentation: 富山大学（富山県）
  • Year and Date: 20140318-20140318
• [Presentation] Quantitative imaging analysis of molecular dynamics of actin-related protein in the nucleus (2014)
  • Author(s): Yuma Ito, Naomichi Inaba, Masahiko Harata, Hiroshi Kimura, Makio Tokunaga, Kumiko Sakata-Sogawa
  • Organizer: 58th Annual Meeting of Biophysical Society
  • Place of Presentation: Moscone Center（米国カリフォルニア州）
  • Year and Date: 20140215-20140219
• [Presentation] Molecular imaging analysis of regulatory mechanism of inflammatory response (2014)
  • Author(s): Yuma Ito, Jun Takimoto, Takashi Tanaka, Tsuneyasu Kaisho, Makio Tokunaga, Kumiko Sakata-Sogawa
  • Organizer: 58th Annual Meeting of Biophysical Society
  • Place of Presentation: Moscone Center（米国カリフォルニア州）
  • Year and Date: 20140215-20140219
• [Presentation] ジベレリンの転写代謝システム及翻訳後修飾制御機構 (2014)
  • Author(s): 深澤壽太郎，森雅彦，増谷優次，宮本知佳，高橋陽介
  • Organizer: 冬の若手ワークショップ
  • Place of Presentation: 磯部ガーデン（群馬県）
  • Year and Date: 20140201-20140201
• [Presentation] 複数のChIP-Seqデータの統合解析手法の検討 (2014)
  • Author(s): 藤井 聡、西山 晃、田村 智彦
  • Organizer: 冬の若手ワークショップ2014
  • Place of Presentation: 舌切雀のお宿 磯部ガーデン（群馬県）
  • Year and Date: 20140130-20140201
• [Presentation] 転写因子Ets1のDNA結合制御に関する分子シミュレーション研究 (2014)
  • Author(s): 笠原 浩太，福田 育夫，中村 春木
  • Organizer: 冬の若手ワークショップ2014
  • Place of Presentation: 舌切雀のお宿 磯部ガーデン（群馬県）
  • Year and Date: 20140130-20140201
• [Presentation] Cellecta社製プール型レンチウイルスshRNAライブラリーを用いたスクリーニングデータ解析法の検討 (2014)
  • Author(s): 飯田 緑, 舘野 峻平, 山口 雄輝, 藤井 聡
  • Organizer: 冬の若手ワークショップ2014
  • Place of Presentation: 舌切雀のお宿 磯部ガーデン（群馬県）
  • Year and Date: 20140130-20140201
• [Presentation] Computational protein science: structural bioinformatics and molecular simulations (2013)
  • Author(s): Haruki Nakamura
  • Organizer: CDAST symposium
  • Place of Presentation: Jember University（インドネシア・ジャワ）
  • Year and Date: 20131214-20131214
  • Invited
• [Presentation] TCDD曝露したマダイ胚のトランスクリプトーム解析 (2013)
  • Author(s): 飯田 緑, 藤井 聡, 内田 雅也, 中村 浩, 鏡 良弘, Bak, Su-Min, 金 恩英, 島 康洋, 岩田久人
  • Organizer: 日本内分泌撹乱化学物質学会
  • Place of Presentation: 東京大学（東京都）
  • Year and Date: 20131212-20131213
• [Presentation] New approaches to dynamic properties of proteins and their applications to drug discovery of GPCR (2013)
  • Author(s): Haruki Nakamura
  • Organizer: CADD’13
  • Place of Presentation: Institut Teknologi Bandung（インドネシア・バンドン）
  • Year and Date: 20131212-20131212
  • Invited
• [Presentation] The cooperative activity of Ets1 and Runx1 on various target gene enhancers and the effect of phosphorylation of Ets1 on the cooperation (2013)
  • Author(s): Uchiyama A
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド（兵庫県）
  • Year and Date: 20131205-20131205
• [Presentation] PDBnet: Integration of Structural and Biochemical Information into Protein Interaction Network (2013)
  • Author(s): Satoshi Fujii, Yuji Kawakami, Satoshi komori, Akinori Sarai
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場（兵庫県）
  • Year and Date: 20131203-20131206
• [Presentation] 植物の新奇転写抑制ドメイン –真核生物に保存された転写抑制機構の解析– (2013)
  • Author(s): 伊藤岳, 岡村僚太, 高橋陽介
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場（兵庫県）
  • Year and Date: 20131203-20131206
• [Presentation] Allosteric Regulation of a Multiple Transcription Factor Assembly on an Enhancer DNA (2013)
  • Author(s): Shiina M
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド（兵庫県）
  • Year and Date: 20131203-20131203
• [Presentation] Mechanisms of DNA recognition by the Nrf2-containing transcription factor heterodimer (2013)
  • Author(s): Suzuki K
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド（兵庫県）
  • Year and Date: 20131203-20131203
• [Presentation] 希少疾患・難病の全エクソーム解析-現状と課題- (2013)
  • Author(s): 松本直通
  • Organizer: 日経バイオテク「希少疾患・難病の治療薬開発におけるゲノム活用」
  • Place of Presentation: 秋葉原コンベンションホ―ル（東京都）
  • Year and Date: 20131203-20131203
  • Invited
• [Presentation] ATP-Dependent Stimulator of Nucleosomal Histone Acetylation (ASNA) plays a role in transcriptional regulation together with CBP/p300. (2013)
  • Author(s): Takashi Ito
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場（兵庫県）
  • Year and Date: 20131203-20131203
• [Presentation] ヒト疾患エクソーム解析の現状と課題 (2013)
  • Author(s): 松本直通
  • Organizer: 第58回日本人類遺伝学会大会
  • Place of Presentation: 江陽グランドホテル仙台（宮城県）
  • Year and Date: 20131123-20131123
  • Invited
• [Presentation] Single molecule analysis of signaling membrane proteins in T cell microcluster by multicolor live cell imaging (2013)
  • Author(s): 伊藤由馬、十川久美子、徳永万喜洋
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 20131028-20131030
• [Presentation] FRET - based analysis of interactions between elongin B and elongin C (2013)
  • Author(s): 大山浩史、伊藤由馬、十川久美子、徳永万喜洋
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 20131028-20131030
• [Presentation] Quantification of calcium concentration in cells by imaging analysis using GEM-GECO. (2013)
  • Author(s): 大木杜生、伊藤由馬、十川久美子、徳永万喜洋
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 20131028-20131030
• [Presentation] Why do cells use signaling cascades with a variety of the number of steps? (2013)
  • Author(s): 深川暁弘、梶田真司、十川久美子、徳永万喜洋
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 20131028-20131030
• [Presentation] Quantitative molecular imaging analysis of molecular dynamics of Arp4β upon transcriptional activation. (2013)
  • Author(s): 稲葉直道、伊藤由馬、原田昌彦、木村宏、徳永万喜洋、十川久美子
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 20131028-20131030
• [Presentation] The elucidation of the mechanism of PDLIM2 localization regulation (2013)
  • Author(s): 鳥山悟、伊藤由馬、徳永万喜洋、十川久美子
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 20131028-20131030
• [Presentation] Zero-dipole summation method for evaluating eletrostatic interaction in molecular simulation of biomolecular system (2013)
  • Author(s): Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館（京都府）
  • Year and Date: 20131028-20131030
• [Presentation] The diverse pharmacological effects of thalidomide (2013)
  • Author(s): Yamaguchi, Y.
  • Organizer: BioJapan 2013 World Business Forum
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県）
  • Year and Date: 20131009-20131011
  • Invited
• [Presentation] 次世代シーケンス解析で分かってきたこと (2013)
  • Author(s): 松本直通
  • Organizer: 第18回山形小児神経研究会
  • Place of Presentation: パレスグランデール（山形県）
  • Year and Date: 20130927-20130927
  • Invited
• [Presentation] 分子動力学法を用いた転写因子アロステリック制御機構の検討 (2013)
  • Author(s): 笠原 浩太
  • Organizer: 計算タンパク質科学研究会
  • Place of Presentation: 鳴子観光ホテル（宮城県）
  • Year and Date: 20130918-20130920
• [Presentation] ゲノム情報（1D）から蛋白質の動的構造情報（4D）へ (2013)
  • Author(s): 中村 春木
  • Organizer: 日本学術会議公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 日本学術会議講堂（東京都）
  • Year and Date: 20130917-20130917
  • Invited
• [Presentation] Structural analyses for the effects of Ets1 phosphorylation on Ets1-containing TF-DNA assemblies (2013)
  • Author(s): Shiina M
  • Organizer: HUPO 2013（12th Human Proteome Organization Annual World Congress）
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県）
  • Year and Date: 20130916-20130916
• [Presentation] Cooperative Formation of a Multiple Transcription Factor Assembly on an Enhancer DNA and Its Regulation by Phosphorylation of a Transcription Factor via a Cell Signaling (2013)
  • Author(s): Shiina M
  • Organizer: HUPO 2013（12th Human Proteome Organization Annual World Congress）
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県）
  • Year and Date: 20130916-20130916
• [Presentation] 次世代シーケンサーを用いた疾患ゲノム解析：現状と限界 (2013)
  • Author(s): 松本直通
  • Organizer: 第22回発達腎研究会
  • Place of Presentation: 高槻市生涯学習センター（大阪府）
  • Year and Date: 20130913-20130913
  • Invited
• [Presentation] NGSがもたらしたヒト疾患ゲノム解析のパラダイムシフト (2013)
  • Author(s): 松本直通
  • Organizer: 現場の会第三回研究会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場（兵庫県）
  • Year and Date: 20130904-20130904
  • Invited
• [Presentation] DSIF and NELF interact with Integrator and participate in 3’ processing of snRNA genes: A possible mechanism controlling the fate of Pol II (2013)
  • Author(s): Yamaguchi, Y., Yamamoto, J., and Handa, H.
  • Organizer: CSHL Meeting on Mechanisms of Eukaryotic Transcription
  • Place of Presentation: Cold Spring Harbor Laboratory（米国ニューヨーク州）
  • Year and Date: 20130827-20130831
• [Presentation] 次世代シーケンサーを用いた疾患ゲノム解析 (2013)
  • Author(s): 松本直通
  • Organizer: CiRA genomics epigenomics and bioinformatics seminar series VIII
  • Place of Presentation: CiRA京都大学（京都府）
  • Year and Date: 20130823-20130823
  • Invited
• [Presentation] Gene Expression Changes Exposed to 2,3,7,8-Tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD) in Early Developmental Stage Embryos of Red Seabream (Pagrus major) (2013)
  • Author(s): M. Iida, Y. Murakami, Y. Shima, H. Nakamura, Y. Kagami, S. Fujii, A. Srai, H. Iwata
  • Organizer: 転写サイクル合同班会議
  • Place of Presentation: ホテルおかだ（神奈川県）
  • Year and Date: 20130805-20130807
• [Presentation] All-atom molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water (2013)
  • Author(s): Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
  • Organizer: Protein Society the 27th Annual Symposium
  • Place of Presentation: Boston Marriott, Copley Place（米国マサチューセッツ州）
  • Year and Date: 20130720-20130723
• [Presentation] 疾患ゲノム解析における次世代シーケンサーの有用性 (2013)
  • Author(s): 松本直通
  • Organizer: 第20回日本遺伝子診療学会大会
  • Place of Presentation: アクトシティ―浜松コングレスセンター（静岡県）
  • Year and Date: 20130719-20130719
  • Invited
• [Presentation] GIANT: a web-server for analyzing protein-small ligand interactions based on statistically preferred patterns of atomic contacts (2013)
  • Author(s): Kota Kasahara, Kengo Kinoshita
  • Organizer: ISMB/ECCB 2013
  • Place of Presentation: ICC Berlin（ドイツ・ベルリン）
  • Year and Date: 20130718-20130725
• [Presentation] The zero-dipole summation method and its application to molecular simulation with homogenous and inhomogeneous systems (2013)
  • Author(s): Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Kota Kasahara, Haruki Nakamura
  • Organizer: The 12th Asia Pacific Physics Conference (APPC12)
  • Place of Presentation: 幕張メッセ（千葉県）
  • Year and Date: 20130715-20130718
• [Presentation] 次世代シーケンサーを用いてわかってきたこと (2013)
  • Author(s): 松本直通
  • Organizer: 第17回小児分子内分泌研究会
  • Place of Presentation: 札幌北広島クラッセホテル（北海道）
  • Year and Date: 20130707-20130707
  • Invited
• [Presentation] Prediction of Protein-Protein Interactions: Structural Approaches (2013)
  • Author(s): Haruki Nakamura
  • Organizer: The 2nd HD Physiology International Symposium
  • Place of Presentation: 丸の内MY PLAZAホール（東京都）
  • Year and Date: 20130628-20130628
  • Invited
• [Presentation] GAF1, a DELLA interacting protein, regulates gibberellin signaling in Arabidopsis (2013)
  • Author(s): Fukazawa J, Fujiki T, Mori M, Miyamoto C, Kamiya Y, Yamaguchi S, Takahashi Y.
  • Organizer: 21th International Plant Growth Substances Association Conference
  • Place of Presentation: 中国・上海
  • Year and Date: 20130621-20130621
• [Presentation] All-atomic molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water (2013)
  • Author(s): Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
  • Organizer: 第13回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: とりぎん文化会館（鳥取県）
  • Year and Date: 20130612-20130614
• [Presentation] GIANT: a database for pattern analysis of protein-small ligand atomic contacts (2013)
  • Author(s): Kota Kasahara, Kengo Kinoshita
  • Organizer: 第13回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: とりぎん文化会館（鳥取県）
  • Year and Date: 20130612-20130614
• [Presentation] De novo mutations in the autophagy gene encoding WDR45 (WIPI4) cause static encephalopathy of childhood with neurodegeneration in adulthood (2013)
  • Author(s): N. Matsumoto, T. Nishimura, K. Muramatsu, H. Kodera, S. Kumada, K. Sugai, E. Kasai-Yoshida, N. Sawaura, H. Nishida, A. Hoshino, F. Ryujin, S. Yoshioka, H. Arakawa, M. Kato, N. Mizushima, H. Saitsu
  • Organizer: European Conference of Human Genetic 2013
  • Place of Presentation: Palais des Congres（フランス・パリ）
  • Year and Date: 20130609-20130609
• [Presentation] Measuring similarity of binding modes between 3D structures of protein-small ligand complexes (2013)
  • Author(s): 笠原 浩太
  • Organizer: JCUP IV
  • Place of Presentation: 大手町サンスカイルーム（東京都）
  • Year and Date: 20130606-20130607
• [Presentation] DNA-mediated allosteric regulation in a complex of multiple transcription factors with DNA (2013)
  • Author(s): Shiina M
  • Organizer: 4th International Symposium on Diffraction Structural Biology
  • Place of Presentation: 名古屋市中小企業振興会館（愛知県）
  • Year and Date: 20130528-20130528
• [Presentation] Crystal structural analysis of drosophila nucleosome assembly protein (2013)
  • Author(s): Hamada K
  • Organizer: 4th International Symposium on Diffraction Structural Biology
  • Place of Presentation: 名古屋市中小企業振興会館（愛知県）
  • Year and Date: 20130528-20130528
• [Presentation] Mendelian Exome Analysis (2013)
  • Author(s): Naomichi Matsumoto
  • Organizer: The 10th International Workshop on Advanced Genomics
  • Place of Presentation: National Center of Sciences（東京都）
  • Year and Date: 20130521-20130521
  • Invited
• [Presentation] １分子研究が明かす動的でエントロピー的な分子間・分子内相互作用 (2013)
  • Author(s): 徳永万喜洋、深川暁弘、十川久美子
  • Organizer: 日本顕微鏡学会第69回学術講演会・シンポジウム“超解像顕微鏡技術と生物応用”
  • Place of Presentation: ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
  • Year and Date: 20130520-20130522
• [Presentation] Ca2+を介する新しいGA 信号伝達経路の探索 (2013)
  • Author(s): 岡田佳那子, 伊藤岳, 高橋陽介
  • Organizer: 第70回中国四国植物学会
  • Place of Presentation: 徳島大学（徳島県）
  • Year and Date: 20130512-20130512
• [Presentation] ジベレリンによる転写制御に関与するGAF1の解析 (2013)
  • Author(s): 宮本知佳, 深澤壽太郎, 高橋陽介
  • Organizer: 第70回中国四国植物学会
  • Place of Presentation: 徳島大学（徳島県）
  • Year and Date: 20130511-20130511
• [Presentation] DELLA とSCL3 によるGA 生合成酵素遺伝子の転写制御機構の解析 (2013)
  • Author(s): 寺脇綾香, 伊藤岳, 高橋陽介
  • Organizer: 第70回中国四国植物学会
  • Place of Presentation: 徳島大学（徳島県）
  • Year and Date: 20130511-20130511
• [Book] Fundamentals of Chromatin (Chapter 8 Histone Phosphorylation and Chromatin Dynamics) (2014)
  • Author(s): Mizusaki H, Aihara H, Ito T.
  • Total Pages: 587 (341-354)
  • Publisher: Springer Science+Business Media New York
• [Remarks] 新学術領域「転写サイクル」
  • URL: http://transcriptioncycle.org
• [Patent(Industrial Property Rights)] Coffin-Siris症候群の新規遺伝子診断法 (2013)
  • Inventor(s): 鶴崎美徳、松本直通
  • Industrial Property Rights Holder: 鶴崎美徳、松本直通
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Industrial Property Number: 特願2013-252720
  • Filing Date: 2013-12-06