「転写サイクル」領域の総括

2014 Fiscal Year Annual Research Report

• Project Area: Integral understanding of the mechanism of transcription cycle through quantitative, high-resolution approaches
• Project/Area Number: 24118001
• Research Institution: Tokyo Institute of Technology
• Principal Investigator: 山口 雄輝 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (50345360)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 十川 久美子 東京工業大学, 生命理工学研究科, 准教授 (20291073) ; 中村 春木 大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (80134485) ; 松本 直通 横浜市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (80325638) ; 高橋 陽介 広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (90183855) ; 緒方 一博 横浜市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (90260330) ; 伊藤 敬 長崎大学, 医歯(薬)学総合研究科, 教授 (90306275)
• Project Period (FY): 2012-06-28 – 2017-03-31
• Keywords: 遺伝子

Outline of Annual Research Achievements

本領域では、先端的な解析技術の開発・導入、および、ウェットとドライ（情報科学・計算科学）の融合、という2つをドラインビングフォースとして、転写制御の全体像を定量的に明らかにすることを目指している。総括班は、開発された技術を領域内外に普及させる活動や、ウェットとドライの融合を促進する場の醸成等を通じて、転写サイクル研究を推進する。研究支援の具体的な活動内容は以下のとおりである。
（1）先端的技術の領域内共同システムの構築と運用。H25年度までに次世代シーケンサー、１分子蛍光顕微鏡、構造解析装置の領域内共同利用システムを確立したので、H26年度はその利用率の向上を図るためチュートリアルの整備等を行った。
（2）トレーニングワークショップ（TWS）の開催。H26年度は実施しなかったが、その代わり、ウェットとドライの融合を図る試みとして、全体班会議（下記）でパネルディスカッションを実施した。
（3）領域内の研究交流ならびに若手支援。H26年度は当初計画に従い、H26年8月に第3回全体班会議を磯部（群馬県）で開催した。また、H26年11月には国際シンポジウムを東京で開催し、領域の内外から約200名の聴衆を集めた。国際シンポジウムにはRobert G. Roeder先生をはじめとする6名の著名な研究者を講演者として領域外から招いた。さらに、若手中心の研究発表の場として、転写研究会ならびに新学術「転写代謝」領域との共催で「冬の若手ワークショップ」をH27年2月に伊香保（群馬県）で開催した。また「若手海外派遣」を今年度も実施し、領域内公募を経て大学院生1名がドイツの国際会議に参加し発表するのを支援した。
（4）広報活動。領域ウェブサイトを通じて、引き続き積極的な情報発信を行った。また、H27年1月にはニュースレターを発刊した。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

H26年度は国際シンポジウムを開催したのをはじめ、班会議や若手主体のワークショップの開催、その他研究会の共催、国内外研究者によるセミナーの開催支援等を積極的に行ない、班員間での融合的研究の促進や領域内外の情報交換を昨年度、一昨年度以上に行うことができた。先端的技術の領域内共同システムの構築と運用や若手支援、若手支援、広報活動も計画通りに進めることができた。

Strategy for Future Research Activity

総括班が担う研究支援活動を以下に列挙する。
1．先端的技術の領域内共同利用システムの構築。本領域では、次世代シーケンサーや１分子顕微鏡、構造解析用の装置を総括班の経費で購入し、各分野に習熟した松本、十川、緒方がそれぞれの機器の管理・運用を技術支援を行っている。H24年度に機器を導入し、H25年度に運用を開始、H26年度にはその利用率の向上を図るためチュートリアルの整備等を行った。H27年度は、広報や講習会等の開催を通じて、機器の利用率をさらに高めていく。
2．トレーニングワークショップや講習会の開催。革新的な技術をいち早く導入し、従来の方法では解析不能な対象に挑むためには、その技術の原理を理解する必要がある。しかしバイオインフォマティクスや計算科学等は、生物分野の多くの研究者にとってなじみが薄いので、これらの手法に関する原理やテクニックを学ぶためのトレーニングワークショップや講習会を今年度も開催する予定である。
3．若手研究者育成のための情報交換の機会の提供。通常の全体班会議を年１回開催するほか、若手主体のワークショップを開催し、若手に発表の機会を与える。さらに、領域の若手研究者が海外で研究発表を行う際の旅費の支援も引き続き行う。
4．広報活動。領域のウェブサイトを通じて研究者のみならず一般社会に向けて、領域の活動内容を発信してきた。H27年度も引き続き、領域ウェブサイトを頻繁に更新して情報発信に務める。さらにニュースレターも発行して、領域の諸活動や研究成果の広報に務める。

Research Products

• [Journal Article] A novel allosteric mechanism on protein-DNA interactions underlying the phosphorylation-dependent regulation of Ets1 target gene expressions (2015)
  • Author(s): Shiina M, Hamada K, Inoue-Bungo T, Shimamura M, Uchiyama A, Baba S, Sato K, Yamamoto M, Ogata K
  • Journal Title: J Mol Biol Volume: 427(8) Pages: 1655-1669
  • DOI: 10.1016/j.jmb.2014.07.020
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Identification and in vivo functional characterization of novel compound heterozygous BMP1 variants in osteogenesis imperfecta (2015)
  • Author(s): Cho SY, Asharani PV, Kim OH, Iida A, Miyake N, Matsumoto N, Nishimura G, Ki CS, Hong G, Kim SJ, Sohn YB, Park SW, Lee J, Kwun Y, Carney TJ, Huh R, Ikegawa S, Jin DK
  • Journal Title: Human Mutation Volume: 36(2) Pages: 191-195
  • DOI: 10.1002/humu.22731
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Phosphatase protection assay: 14-3-3 binding protects the phosphate group of RSG from λ protein phosphatase (2015)
  • Author(s): Ito, T. and Takahashi, Y.
  • Journal Title: Bio-Protocol Volume: 5 Pages: e1395
  • DOI: bio-protocol.org/e1395
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] GRIN1 mutations cause encephalopathy with infantile-onset epilepsy, and hyperkinetic and stereotyped movement disorders (2015)
  • Author(s): Ohba C, Shiina M, Tohyama J, Haginoya K, Lerman-Sagie T, Okamoto N, Blumkin L, Lev D, Mukaida S, Nozaki F, Uematsu M, Onuma A, Kodera H, Nakashima M, Tsurusaki Y, Miyake N, Tanaka F, Kato M, Ogata K, Saitsu H, Matsumoto N
  • Journal Title: Epilepsia Volume: 印刷中 Pages: 印刷中
  • DOI: 10.1111/epi.12987
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Identification of diphtheria toxin R domain mutants with enhanced inhibitory activity against HB-EGF (2015)
  • Author(s): Keisuke Suzuki, Hiroto Mizushima, Hiroyyki Abe, Ryo Iwamoto, Haruki Nakamura, Eisuke Mekada
  • Journal Title: Journal of Biochemistry Volume: 157 Pages: 331-343
  • DOI: 10.1093/jb/mvu079
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] SV40 VP1 major capsid protein in its self-assembled form allows VP1 pentamers to coat various types of artificial beads in vitro regardless of their sizes and shapes (2014)
  • Author(s): Kawano, M., Doi, K., Fukuda, H., Kita, Y., Imai, K., Inoue, T., Enomoto, T., Matsui, M., Hatakeyama, M., Yamaguchi, Y., and Handa, H.
  • Journal Title: Biotechnol. Rep. Volume: 5 Pages: 105-111
  • DOI: 10.1016/j.btre.2014.12.008
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] DSIF and NELF interact with Integrator to specify the correct post-transcriptional fate of snRNA genes (2014)
  • Author(s): Yamamoto, J., Hagiwara, Y., Chiba, K., Isobe, T., Narita, T., Handa, H., and Yamaguchi, Y.
  • Journal Title: Nat. Commun. Volume: 5 Pages: 4263
  • DOI: 10.1038/ncomms5263
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Inhibition of protein SUMOylation by davidiin, an ellagitannin from Davidia involucrata (2014)
  • Author(s): Takemoto, M., Kawamura, Y., Hirohama, M., Yamaguchi, Y., Handa, H., Saitoh, H., Nakao, Y., Kawada, M., Khalid, K., Koshino, H., Kimura, K., Ito, A., and Yoshida, M.
  • Journal Title: J. Antibiot. Volume: 67 Pages: 335-338
  • DOI: 10.1038/ja.2013.142
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Magnetically-promoted rapid immunoreactions using functionalized fluorescent magnetic beads (2014)
  • Author(s): Sakamoto, S., Omagari, K., Kita, Y., Mochizuki, Y., Naito, Y., Kawata, S., Matsuda, S., Itano, O., Jinno, H., Takeuchi, H., Yamaguchi, Y., Kitagawa, Y., and Handa, H.
  • Journal Title: Clin. Chem. Volume: 60 Pages: 610-620
  • DOI: 10.1373/clinchem.2013.211433
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Scaffold function of Ca2+-dependent protein kinase: NtCDPK1 transfers 14-3-3 to the substrate RSG after phosphorylation (2014)
  • Author(s): Ito T, Nakata M, Fukazawa J, Ishida S, Takahashi Y.
  • Journal Title: Plant Physiol. Volume: 165 Pages: 1737-1750
  • DOI: 10.1104/pp.114.236448
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] DELLAs function as coactivators of GAI ASSOCIATED FACTOR1 in regulation of GA homeostasis and signaling in Arabidopsis (2014)
  • Author(s): Fukazawa J, Teramura H, Murakoshi S, Nasuno K, Nishida N, Ito T, Yoshida M, Kamiya Y, Yamaguchi S, Takahashi Y.
  • Journal Title: Plant Cell Volume: 26 Pages: 2920-2938
  • DOI: 10.1105/tpc.114.125690
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Phosphorylation-independent binding of 14-3-3 to NtCDPK1 by a new mode (2014)
  • Author(s): Ito T, Nakata M, Fukazawa J, Ishida S, Takahashi Y.
  • Journal Title: Plant Signal Behav. Volume: 9 Pages: e977721
  • DOI: 10.4161/15592324.2014.977721
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Crystallization of the Ets1-Runx1-CBFβ-DNA complex formed on the TCRα gene enhancer (2014)
  • Author(s): Shiina M, Hamada K, Inoue-Bungo T, Shimamura M, Baba S, Sato K, Ogata K
  • Journal Title: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun Volume: 70 Pages: 1380-1384
  • DOI: 10.1107/S2053230X14018470
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] A hemizygous GYG2 mutation and Leigh syndrome: a possible link? (2014)
  • Author(s): Imagawa E, Osaka H, Yamashita A, Shiina M, Takahashi E, Sugie H, Nakashima M, Tsurusaki Y, Saitsu H, Ogata K, Matsumoto N, Miyake N
  • Journal Title: Hum Genet Volume: 133 Pages: 225-234
  • DOI: 10.1007/s00439-013-1372-6
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Regulation of RNA polymerase II activation by histone acetylation in single living cells (2014)
  • Author(s): Stasevich TJ, Hayashi-Takanaka Y, Sato Y, Maehara K, Ohkawa Y, Sakata-Sogawa K, Tokunaga M, Nagase T, Nozaki N, McNally JG, Kimura H
  • Journal Title: Nature Volume: 516 Pages: 272-275
  • DOI: 10.1038/nature13714
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] A Facile Preparation of Glass-supported Lipid Bilayers for Analyzing Molecular Dynamics (2014)
  • Author(s): Ito Y, Sakata-Sogawa K, Tokunaga M
  • Journal Title: Anal Sci Volume: 30 Pages: 1103-1106
  • DOI: 10.2116/analsci.30.1103
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Nuclear actin activates human transcription factor genes including the OCT4 gene (2014)
  • Author(s): Yamazaki S., Yamamoto K., Tokunaga M., Sakata-Sogawa K., Harata M.
  • Journal Title: Biosci Biotechnol Biochem Volume: 79 Pages: 242-246
  • DOI: 10.1080/09168451
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Clinical exome sequencing in neurology practice (2014)
  • Author(s): Miyatake S,Matsumoto N.
  • Journal Title: Nat Rev Neurol Volume: 10（12） Pages: 676-678
  • DOI: 10.1038/nrneurol.2014.213
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] De novo SOX11 mutations cause Coffin-Siris syndrome (2014)
  • Author(s): Tsurusaki Y, Ohashi H, Phadke S, Koshimizu E, Kou I, Shiina M, Suzuki T, Okamoto N, Imamura S, Yamashita M, Watanabe S, Yoshiura K-i, Kodera H, Miyatake S, Nakashima N, Saitsu H, Ogata K, Ikegawa S, Miyake N, and Matsumoto N.
  • Journal Title: Nat Commun Volume: 5 Pages: 4011
  • DOI: 10.1038/ncomms5011
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Expanding the phenotypic spectrum of TUBB4A-associated hypomyelinating leukoencephalopathies (2014)
  • Author(s): Miyatake S, Osaka H, Shiina M, Sasaki M, Takanashi J, Haginoya K, Wada T, Morimoto M, Ando N, Ikuta Y, Nakashima N, Tsurusaki Y, Miyake N, Ogata K, Matsumoto N, Saitsu H .
  • Journal Title: Neurology Volume: 82(24) Pages: 2230-2237
  • DOI: 10.1212/WNL.0000000000000535
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] PIGA mutations cause early-onset epileptic encephalopathies and distinctive features (2014)
  • Author(s): Kato M, Saitsu H, Murakami Y , Kikuchi K, Watanabe S, Iai M, Miya K, Matsuura R, Takayama R, Ohba C, Nakashima M, Tsurusaki Y, Miyake N, Hamano S, Osaka H, Hayasaka K, Kinoshita T, Matsumoto N.
  • Journal Title: Neurology Volume: 82（18） Pages: 1587-1596
  • DOI: 10.1212/WNL.0000000000000389
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] AKT3 and PIK3R2 mutations in two patients with megalencephaly-related syndromes (2014)
  • Author(s): Nakamura K, Kato M, Tohyama J, Shiohama T, Hayasaka K, Nishiyama K, Kodera H, Nakashima M, Tsurusaki Y, Miyake N, Matsumoto N, Saitsu H.
  • Journal Title: Clin Genet Volume: 85（4） Pages: 396-398
  • DOI: 10.1111/cge.12188
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] PIGN mutations cause congenital anomalies, developmental delay, hypotonia, epilepsy, and progressive cerebellar atrophy (2014)
  • Author(s): Ohba C, Okamoto N, Murakami Y, Kawato K, Suzuki Y, Ikeda T, Tsurusaki Y, Nakashima M, Miyake N, Tanaka F, Kinoshita T, Matsumoto N, Saitsu H .
  • Journal Title: Neurogenet Volume: 15（2） Pages: 85-92
  • DOI: 10.1007/s10048-013-0384-7
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Early onset epileptic encephalopathy caused by de novo SCN8A mutations (2014)
  • Author(s): Ohba C, MD, Kato M, Takahashi S, Lerman-Sagie T, Lev D, Terashima H, Kubota M, Kawawaki H, Matsufuji M, Kojima Y, Tateno A, Goldberg-Stern H, Straussberg R, MD, Marom D, Leshinsky-Silver E, Nakashima M, Nishiyama K, Tsurusaki T, Miyake N, Tanaka F, Matsumoto N, Saitsu H .
  • Journal Title: Epilepsia Volume: 55（7） Pages: 994-1000
  • DOI: 10.1111/epi.12668
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] De novo WDR45 mutation in a patient showing clinically Rett syndrome with childhood iron deposition in brain (2014)
  • Author(s): Ohba C, Nabatame S, Iijima Y, Nishiyama K, Tsurusaki Y, Nakashima M, Miyake N, Tanaka F, Ozono K, Saitsu H, Matsumoto N.
  • Journal Title: J Hum Genet Volume: 59（5） Pages: 292-295
  • DOI: 10.1038/jhg.2014.18
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Deep sequencing detects very low-grade somatic mosaicism in the unaffected mother of siblings with nemaline myopathy (2014)
  • Author(s): Miyatake S, Koshimizu E, Hayashi YK, Miya K, Shiina M, Nakashima M, Tsurusaki Y, Miyake N, Saitsu H, Ogata K, Nishino I, Matsumoto N.
  • Journal Title: Neuromuscul Disord Volume: 24（7） Pages: 642-647
  • DOI: 10.1016/j.nmd.2014.04.002
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Novel compound heterozygous PIGT mutations caused multiple congenital anomalies-hypotonia-seizures syndrome 3 (2014)
  • Author(s): Nakashima M, Kashii H, Murakami Y, Kato M, Tsurusaki Y, Miyake N, Kubota M, Kinoshita T, Saitsu H, Matsumoto N.
  • Journal Title: Neurogenet Volume: 15（3） Pages: 193-200
  • DOI: 10.1007/s10048-014-0408-y
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Numerous BAF complex genes are mutated in Coffin-Siris syndrome (2014)
  • Author(s): Miyake N, Tsurusaki Y, Matsumoto N.
  • Journal Title: Am J Med Genet Part C Volume: 166c（3） Pages: 257-261
  • DOI: 10.1002/ajmg.c.31406
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Causative novel PNKP mutations and concomitant PCDH15 mutations in a patient with microcephaly with early-onset seizures and developmental delay syndrome and hearing loss (2014)
  • Author(s): Nakashima M, Takano K, Osaka H, Aida N, Tsurusaki Y, Miyake N, Saitsu H, Matsumoto N.
  • Journal Title: J Hum Genet Volume: 59（8） Pages: 471-474
  • DOI: 10.1038/jhg.2014.51
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Whole exome analysis identifies frequent CNGA1 mutations in Japanese population with autosomal recessive retinitis pigmentosa (2014)
  • Author(s): Katagiri S, Akahori M, Sergeev Y, Yoshitake K, Ikeo K, Furuno M, Hayashi T, Kondo M, Ueno S, Tsunoda K, Shinoda K, Kuniyoshi K, Tsurusaki Y, Matsumoto N, Tsuneoka H, Iwata T.
  • Journal Title: Plos One Volume: 9（9） Pages: e108721
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0108721
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Whole exome sequencing revealed causative biallelic IFT122 mutations in a family with CED1 and recurrent pregnancy loss (2014)
  • Author(s): Tsurusaki Y, Yonezawa R, Furuya M, Nishimura G, Pooh RK, Nakashima M, Saitsu H, Miyake N, Saito S, *Matsumoto N.
  • Journal Title: Clin Genet Volume: 85（6） Pages: 592-594
  • DOI: 10.1111/cge.12215
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Coffin-Siris syndrome is a SWI/SNF complex disorder (2014)
  • Author(s): Tsurusaki Y, Okamoto N, Ohashi H, Mizuno S, Matsumoto N, Makita Y, Fukuda M, Isidor B, Perrier J, Aggarwal S, Al-Kindy A, Liebelt J, Mowat D, Nakashima M, Saitsu H, Miyake N, Matsumoto N.
  • Journal Title: Clin Genet Volume: 85（6） Pages: 548-554
  • DOI: 10.1111/cge.12225
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] De novo EEF1A2 mutations in patients with characteristic facial features, intellectual disability and, autistic behaviors and epilepsy (2014)
  • Author(s): Nakajima J, Okamoto N, Tohyama J, Kato M, Arai H, Funahashi O, Tsurusakia Y, Nakashima M, Kawashima H, Saitsu H, Matsumoto N, Miyake N.
  • Journal Title: Clin Genet Volume: 87(4) Pages: 356-361
  • DOI: 10.1111/cge.12394
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Dominant mutations in ORAI1 cause tubular-aggregate-myopathy with hypocalcemia by constitutive activation of store-operated Ca2+ channel (2014)
  • Author(s): Endo Y, Noguchi S, Hara Y, Hayashi YK, Motomura K, Murakami N, Tanaka S, Yamashita S, Kizu R, Bamba M, Goto Y, Matsumoto N, Nonaka I, Nishino I.
  • Journal Title: Hum Mol Genet Volume: 24（3） Pages: 637-648
  • DOI: 10.1093/hmg/ddu477
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Late-onset spastic ataxia phenotype in a patient with a homozygous DDHD2 mutation (2014)
  • Author(s): Doi H, Ushiyama M, Baba T, Tani K, Shiina M, Ogata K, Miyatake S, Fukuda-Yuzawa Y, Tsuji S, Nakashima M, Tsurusaki Y, Miyake N, Saitsu H, Ikeda S, Tanaka F, Matsumoto N, Yoshida K.
  • Journal Title: Sci Rep Volume: 24（4） Pages: 7132
  • DOI: 10.1038/srep07132
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Atypical giant axonal neuropathy arising from a homozygous mutation by uniparental isodisomy (2014)
  • Author(s): Miyatake S, Koshimizu E, Tada H, Satoshi Moriya S, Takanashi J, Hirano Y, Hayashi M, Nakashima M, Tsurusaki Y, Miyake N, Matsumoto N, Saitsu H.
  • Journal Title: Clin Genet Volume: 87（4） Pages: 395-397
  • DOI: 10.1111/cge.12455
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] High-resolution modeling of antibody structures by a combination of bioinformatics, expert knowledge, and molecular simulations (2014)
  • Author(s): Hiroki Shirai, Kazuyoshi Ikeda, Kazuo Yamashita, Yuko Tsuchiya, Jamica Sarmiento, Shide Liang, Tatsuaki Morokata, Kenji Mizuguchi, Junichi Higo, Daron M. Standley, Haruki Nakamura
  • Journal Title: Proteins Volume: 82 (8) Pages: 1624-1635
  • DOI: 10.1002/prot.24591
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The Zero-multipole summation method for estimating electrostatic interactions in molecular dynamics: analysis of the accuracy and application to liquid systems (2014)
  • Author(s): Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura
  • Journal Title: Journal of Chemical Physics Volume: 140 Pages: 194307
  • DOI: 10.1063/1.4875693
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] 3D flexible alignment using 2D maximum common substructure: dependence of prediction accuracy on target-reference chemical similarity (2014)
  • Author(s): Takeshi Kawabata, Haruki Nakamura
  • Journal Title: Journal of Chemical Information and Modeling Volume: 54 (7) Pages: 1850-1863
  • DOI: 10.1021/ci500006d
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structure of the entire stalk region of the dynein motor domain (2014)
  • Author(s): Yosuke Nishikawa, Takuji Oyama, Narutoshi Kamiya, Takahide Kon, Yoko Y. Toyoshima, Haruki Nakamura, Genji Kurisu
  • Journal Title: Journal of Molecular Biology Volume: 426 Pages: 3232-3245
  • DOI: 10.1016/j.jmb.2014.06.023
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Kotai Antibody Builder: Automated, high-resolution structural modeling of antibodies (2014)
  • Author(s): Kazuo Yamashita, Kazuyoshi Ikeda, Karlou Amada, Shide Liang, Yuko Tsuchiya,Haruki Nakamura, Hiroki Shirai, Daron M Standley
  • Journal Title: Bioinformatics Volume: 30 (22) Pages: 3279-3280
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/510
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A Novel Approach of Dynamic Cross Correlation Analysis on Molecular Dynamics Simulations and its Application to Ets1 dimer–DNA Complex (2014)
  • Author(s): Kota Kasahara, Ikuo Fukuda, Haruki Nakamura
  • Journal Title: PLoS One Volume: 9 (11) Pages: e112419
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0112419
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] The specification and global reprogramming of histone epigenetic marks during gamete formation and early embryo development in C. elegans (2014)
  • Author(s): Samson M, Jow MM, Wong CC, Fitzpatrick C, Aslanian A, Saucedo I, Estrada R, Ito T, Park SK, Yates JR, Chu, DS
  • Journal Title: PLoS Genet Volume: 10 Pages: e1004588
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1004588
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Presentation] アフィニティビーズを利用した生物活性物質標的タンパク質の単離・同定・評価 (2015)
  • Author(s): 坂本 聡、山口 雄輝、半田 宏
  • Organizer: 日本薬学会第135年会
  • Place of Presentation: 神戸学院大学（兵庫県神戸市）
  • Year and Date: 2015-03-28
• [Presentation] DELLA-GAF1/IDD2複合体によるGA信号伝達とフィードバック制御機構 (2015)
  • Author(s): 深澤壽太郎、高橋陽介
  • Organizer: 第56回日本植物生理学会
  • Place of Presentation: 東京農業大学（東京都世田谷区）
  • Year and Date: 2015-03-18
• [Presentation] EPR1の新奇転写抑制モチーフの機能解析 (2015)
  • Author(s): 伊藤岳、高橋陽介
  • Organizer: 第56回日本植物生理学会
  • Place of Presentation: 東京農業大学（東京都世田谷区）
  • Year and Date: 2015-03-17
• [Presentation] 転写因子Ets1の天然変性領域によるDNA認識調節メカニズムに関する計算化学的検討 (2015)
  • Author(s): 笠原浩太
  • Organizer: 第3回天然変性蛋白質計算科学セミナー
  • Place of Presentation: 御殿場高原時之栖（静岡県御殿場市）
  • Year and Date: 2015-03-11
• [Presentation] DSIF and NELF interact with Integrator to specify the correct post-transcriptional fate of snRNA genes (2015)
  • Author(s): 山本 淳一、半田 宏、山口 雄輝
  • Organizer: 冬の若手ワークショップ2015
  • Place of Presentation: ホテル松本楼（群馬県渋川市）
  • Year and Date: 2015-02-06
• [Presentation] 転写伸長因子DSIFのリン酸化の転写伸長反応への寄与の解析 (2015)
  • Author(s): 磯部 智康、千葉 国俊、山口 雄輝
  • Organizer: 冬の若手ワークショップ2015
  • Place of Presentation: ホテル松本楼（群馬県渋川市）
  • Year and Date: 2015-02-06
• [Presentation] 核内アクチンフィラメントの転写制御への関与とその分子機構の解析 (2014)
  • Author(s): 山崎 祥他, 山本 浩二、十川 久美子, 徳永 万喜洋, 原田 昌彦
  • Organizer: 第32回染色体ワークショップ・第13回核ダイナミクス研究会
  • Place of Presentation: 安芸グランドホテル(広島県廿日市市)
  • Year and Date: 2014-12-15 – 2014-12-17
• [Presentation] 個別化医療を進めるために (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: 日本遺伝子診療学会：遺伝子診断・検査技術推進フォーラム公開シンポジウム2014）
  • Place of Presentation: コクヨホール（東京都港区）
  • Year and Date: 2014-12-12
• [Presentation] Coffin-Siris症候群の新規遺伝子探索 (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: NCNP（精神・神経疾患研究開発費（後藤班）平成26年度報告会
  • Place of Presentation: ＮＣＮＰ（東京都小平市）
  • Year and Date: 2014-12-09
  • Invited
• [Presentation] TUBB4A変異による先天性白質形成不全症 (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: NCNP（精神・神経疾患研究開発費（佐々木班）平成26年度報告会
  • Place of Presentation: ＮＣＮＰ（東京都小平市）
  • Year and Date: 2014-11-30
  • Invited
• [Presentation] “Congenital intellectual disability syndromes arising from mutations of epigenetic regulators”in the symposium for epigenetic dysregulation and disease (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: The 37th annual meeting of the molecular biology society of Japan
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-11-27
• [Presentation] 発癌誘導に関与するヒストンH2A変異体の解析 (2014)
  • Author(s): 相原 仁, 水崎 博文, 中川 武弥, 伊藤 敬
  • Organizer: 第37回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-11-27
• [Presentation] ジベレリン信号伝達に関与するカルシウム依存性タンパク質リン酸化酵素NtCDPK1の自己リン酸化による機能制御の解析 (2014)
  • Author(s): 伊藤岳、高橋陽介
  • Organizer: 第37回日本分子生物学会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [Presentation] Kinetic characterization of a DNA binding activity of the transcription factor Ets1 and its regulation by phosphorylation at an intrinsically disordered region (2014)
  • Author(s): Shiina M, Hamada K, Bungo-Inoue T, Shimamura M, Uchiyama A, Baba S, Sato K, Suzuki K, Yamamoto M, Ogata K
  • Organizer: 第37回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • Year and Date: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [Presentation] Orientation of Ets1 and Runx1 binding sites on enhancers and their cooperative regulation (2014)
  • Author(s): Uchiyama A, Shiina M, Hamada K, Bungo T, Shimamura M, Ogata K
  • Organizer: 第37回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • Year and Date: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [Presentation] Structure-based analysis for DNA recognition mechanism of the Nrf2-containing transcription factor heterodimer (2014)
  • Author(s): Suzuki K, Shiina M, Hamada K, Bungo T, Okada C, Baba S, Ohta T, Ogata K
  • Organizer: 第37回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • Year and Date: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [Presentation] Microtubules Instability and Dynamics Mediated by CLIP-170 in T Cells (2014)
  • Author(s): Wei Ming Lim,伊藤 由馬, 十川 久美子, 徳永 万喜洋
  • Organizer: 第37回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [Presentation] Live cell single-molecule imaging of T cell receptor and microcluster with planar lipid bilayers (2014)
  • Author(s): 伊藤 由馬, 十川 久美子, 徳永 万喜洋
  • Organizer: 第37回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [Presentation] E3ユビキチンリガーゼの基質認識レセプター CRBNとポマリドマイド依存的な基質Aiolosの生化学的解析 (2014)
  • Author(s): 片山 美樹,伊藤 拓水,安藤 秀樹,山口 雄輝,半田 宏
  • Organizer: 第３７回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-11-25
• [Presentation] Histone H2A Thr 120 phosphorylation results in cancer via up regulation of Cyclin D1 (2014)
  • Author(s): Hirofumi Mizusaki, Hitoshi Aihara, Takashi Ito
  • Organizer: 第37回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-11-25
• [Presentation] Dzip3はマウスES細胞において分化に関与する様々な遺伝子を調節する (2014)
  • Author(s): 井上 大嗣, 相原 仁, 水崎 博文, 土井口 真康, 中山 敏幸, 中川 武弥, 伊藤 敬
  • Organizer: 第37回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-11-25
• [Presentation] Regulatory Mechanisms for Pol II Termination Sites and 3' Processing Pathways in Higher Eukaryotes (2014)
  • Author(s): 山口雄輝、山本淳一
  • Organizer: 転写サイクル国際シンポジウム2014
  • Place of Presentation: 東工大蔵前会館（東京都目黒区）
  • Year and Date: 2014-11-24
• [Presentation] 人類遺伝学研究におけるデータベースの重要性 (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第59回大会・松本直通・NPGランチョンセミナー
  • Place of Presentation: タワーホール船堀・東京（東京都江戸川区）
  • Year and Date: 2014-11-22
• [Presentation] 次世代シーケンサーを用いた染色体・ゲノム構造異常解析 (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: 日本人類遺伝学会第59回大会
  • Place of Presentation: タワーホール船堀・東京（東京都江戸川区）
  • Year and Date: 2014-11-21
  • Invited
• [Presentation] 次世代シーケンサーによる遺伝子解析 (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: 第56回日本先天代謝異常学会総会
  • Place of Presentation: 江陽グランドホテル・仙台（宮城県仙台市）
  • Year and Date: 2014-11-14
• [Presentation] 次世代シーケンサーの活用法 (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: 第17回胎児遺伝子診断研究会
  • Place of Presentation: 長崎ハウステンボス（長崎県佐世保市）
  • Year and Date: 2014-11-07
• [Presentation] Zero-dipole summation法を用いたエンハンソソーム制御メカニズムの分子動力学的解析 (2014)
  • Author(s): 笠原浩太、福田育夫
  • Organizer: 第1回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会
  • Place of Presentation: コクヨホール（東京都港区）
  • Year and Date: 2014-10-31
• [Presentation] DELLA-GAF1複合体によるGA信号伝達とフィードバック制御機構の解析 (2014)
  • Author(s): 深澤壽太郎、高橋陽介
  • Organizer: 第49回植物化学調節学会
  • Place of Presentation: 京都大学（京都府京都市）
  • Year and Date: 2014-10-19
• [Presentation] ヒストンシャペロンNap1の構造解析 (2014)
  • Author(s): 浜田恵輔，椎名政昭，中島理沙，斎藤 誠，伊藤 敬，緒方一博
  • Organizer: 第87回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館（京都府京都市）
  • Year and Date: 2014-10-15 – 2014-10-18
• [Presentation] Analysis of the function of nuclear actin in cell differentiation (2014)
  • Author(s): 山本 浩志, 山崎 祥他, 十川 久美子, 徳永 万喜洋, 原田 昌彦
  • Organizer: 第87回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館・グランドプリンスホテル京都(京都府京都市）
  • Year and Date: 2014-10-15 – 2014-10-18
• [Presentation] Functional regulation of the dynamics of actin in the nucleus (2014)
  • Author(s): 山崎 祥他, 十川 久美子, 徳永 万喜洋, 原田 昌彦
  • Organizer: 第87回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館・グランドプリンスホテル京都(京都府京都市）
  • Year and Date: 2014-10-15 – 2014-10-18
• [Presentation] 分子動力学シミュレーション解析のためのMulti-modal Dynamic Cross Correlation法の開発と応用 (2014)
  • Author(s): 笠原浩太、福田育夫、中村春木
  • Organizer: 第3回生命医薬情報学連合大会
  • Place of Presentation: 仙台国際センター（宮城県仙台市）
  • Year and Date: 2014-10-02
• [Presentation] Segmentation & fitting algorithm for multiple submit fitting into a low resolution density map (2014)
  • Author(s): Takeshi Kawabata, Hirofumi Suzuki, Haruki Nakamura
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-27
• [Presentation] Theoretical analysis of molecular interactions in secondary structures of proteins (2014)
  • Author(s): Yu Takano, Ayumi Kusaka, Haruki Nakamura
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-27
• [Presentation] Contact number diffusion model for the normal mode analysis of protein structure (2014)
  • Author(s): Bhaskar Dasgupta, Kota Kasahara, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura, Akira Kinjo
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-26
• [Presentation] Formation of microclusters of receptor molecules improves signal/noise ratio in cellular signal transduction (2014)
  • Author(s): 深川 暁宏, 十川 久美子, 徳永 万喜洋
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [Presentation] Single molecule imaging and quantitative analysis of dynamics of negative elongation factor NELF (2014)
  • Author(s): 池田 大地, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋, 十川 久美子
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [Presentation] Studies of dynamic chromatin structure and function to understand fundamentals of life (2014)
  • Author(s): 十川 久美子, 伊藤 由馬, 深川 暁宏, 原田 昌彦, 木村 宏, 徳永 万喜洋
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-25 – 2014-09-27
  • Invited
• [Presentation] The elucidation of the molecular mechanism of PDLIM2 activation (2014)
  • Author(s): 鳥山 悟, 伊藤 由馬, 田中 貴志, 徳永 万喜洋, 十川 久美子
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [Presentation] A series of GECO mutants suitable for calcium imaging in a wide range of calcium concentration (2014)
  • Author(s): 大木 杜生, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋, 十川 久美子
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [Presentation] T cell receptor on the surface of living cells changes in the dynamics inside microclusters revealed by single-molecule imaging analysis (2014)
  • Author(s): 伊藤 由馬, 十川 久美子, 徳永 万喜洋
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [Presentation] Free-energy landscape of C-terminal negative regulatory domain of p53 (2014)
  • Author(s): Shinji Iida, Haruki Nakamura, Junini Higo
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-25
• [Presentation] Computational study of the electronic structures of hemes in cytochrome c3 (2014)
  • Author(s): Yasuhiro Imada, Haruki Nakamura, Yu Takano
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-25
• [Presentation] Elastic properties of dynein motor domain obatined from all-atom molecular dynamics simulations in explicit water (2014)
  • Author(s): Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-25
• [Presentation] Molecular dynamics study on cooperative binding of Ets1 and partner transcription factors on regulatory elements (2014)
  • Author(s): Kota Kasahara, Ikuo Fukuda, Haruki Nakamura
  • Organizer: 第52回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター（北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-25
• [Presentation] Histone H2A Thr 120 phosphorylation results in cancer via up regulation of Cyclin D1 (2014)
  • Author(s): Hirofumi Mizusaki, Hitoshi Aihara, Takashi Ito
  • Organizer: Cold Spring Harbor Laboratory Meeting & Courses Epigenetics & Chromatin
  • Place of Presentation: コールドスプリングハーバー（アメリカ）
  • Year and Date: 2014-09-10
• [Presentation] Histone H2A Mutation Might Play Roles in Carcinogenesis (2014)
  • Author(s): Hitoshi Aihara, Hirofumi Mizusaki, Takeya Nakagawa, Takashi Ito
  • Organizer: Cold Spring Harbor Laboratory Meeting & Courses Epigenetics & Chromatin
  • Place of Presentation: コールドスプリングハーバー（アメリカ）
  • Year and Date: 2014-09-10
• [Presentation] ゲノム解析と医療--1000ドルゲノム時代を迎えて-- (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: KOBE内分泌・代謝スキルアップセミナー特別講演
  • Place of Presentation: ホテルクラウンパレス神戸（兵庫県神戸市）
  • Year and Date: 2014-08-23
• [Presentation] A new non-Ewald scheme for molecular dynamics simulation and its application to a free energy landscape for protein-protein interaction (2014)
  • Author(s): Haruki Nakamura
  • Organizer: 2nd International Conference on Computational Science and Engineering (ICCSE 2014)
  • Place of Presentation: ホーチミン（ベトナム）
  • Year and Date: 2014-08-23
  • Invited
• [Presentation] ヒト発生・発達異常の分子探索と診断法の開発 (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: 文部科学省イノベーションシステム整備事業先端融合領域イノベーション創出拠点形成プログラム「翻訳後修飾プロテオミクス医療研究拠点の形成」第5回公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 県民共済みなとみらいホール（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-08-19
  • Invited
• [Presentation] 難病を解き明かすヒト全遺伝子・全ゲノム解析 (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: 横浜市立大学先端医科学研究センター市民講座
  • Place of Presentation: ウイング横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-08-07
  • Invited
• [Presentation] 転写伸長因子DSIFにリン酸化依存的に相互作用する因子の機能解析 (2014)
  • Author(s): 磯部 智康、千葉 国俊、山口 雄輝
  • Organizer: 転写サイクル班会議2014
  • Place of Presentation: 慶山（山梨県笛吹市）
  • Year and Date: 2014-08-05
• [Presentation] DSIF and NELF interact with Integrator to specify the correct post-transcriptional fate of snRNA genes (2014)
  • Author(s): 山本淳一、半田宏、山口雄輝
  • Organizer: 転写サイクル班会議2014
  • Place of Presentation: 慶山（山梨県笛吹市）
  • Year and Date: 2014-08-05
• [Presentation] 転写伸長因子DSIFおよびNELFがES細胞の多分化能維持に果たす役割 (2014)
  • Author(s): 柴田 紘孝、半田 宏、山口 雄輝
  • Organizer: 転写サイクル班会議2014
  • Place of Presentation: 慶山（山梨県笛吹市）
  • Year and Date: 2014-08-05
• [Presentation] 新規転写伸長因子ヒトRtf1が関与する転写制御の分子機構 (2014)
  • Author(s): 曹 青福、陳 業熹、半田 宏、山口 雄輝
  • Organizer: 転写サイクル班会議2014
  • Place of Presentation: 慶山（山梨県笛吹市）
  • Year and Date: 2014-08-05
• [Presentation] ヒトRNA ポリメラーゼII 転写産物のプロセシング経路の選択機構 (2014)
  • Author(s): 山口 雄輝、山本 淳一、半田 宏
  • Organizer: 転写サイクル班会議2014
  • Place of Presentation: 慶山（山梨県笛吹市）
  • Year and Date: 2014-08-04
• [Presentation] GAF1, A DELLA INTERACTING PROTEIN, REGULATES GIBBERELLIN HOMEOSTASIS AND SIGNALING (2014)
  • Author(s): Fukazawa, J., Takahasi, Y.
  • Organizer: 25th International Conference on Arabidopsis Research
  • Place of Presentation: バンクーバー（カナダ）
  • Year and Date: 2014-07-28 – 2014-08-01
• [Presentation] 共用スパコンを用いた分子動力学シミュレーション研究 (2014)
  • Author(s): 笠原浩太
  • Organizer: 国立遺伝学研究所スーパーコンピュータユーザ会
  • Place of Presentation: 国立遺伝学研究所（静岡県三島市）
  • Year and Date: 2014-07-22
• [Presentation] Scaffold function of Ca2+-dependent protein kinase: NtCDPK1 transfers 14-3-3 to the substrate RSG after phosphorylation (2014)
  • Author(s): Ito, T., Takahashi, Y.
  • Organizer: Plant Biology 2014
  • Place of Presentation: ポートランド（アメリカ）
  • Year and Date: 2014-07-12 – 2014-07-16
• [Presentation] 遺伝性疾患のゲノム解析---1000ドルゲノム時代を迎えて--- (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: がん研臨床試験・研究センター 第12回臨床研究セミナー
  • Place of Presentation: がん研究会（東京都江東区）
  • Year and Date: 2014-07-03
• [Presentation] 発達障害のゲノム解析 (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: 第110回日本精神神経学会学術総会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-06-27
• [Presentation] fkcombu：2D-MCSを用いた鋳型ベースの低分子化合物ドッキング法の開発 (2014)
  • Author(s): 川端猛、中村春木
  • Organizer: 第14回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: ワークピア横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-06-27
• [Presentation] 抗原抗体ドッキングのデコイセット評価法 (2014)
  • Author(s): 榛葉教子、神谷成敏、中村春木
  • Organizer: 第14回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: ワークピア横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-06-26
• [Presentation] Cytochrome c3中のヘムの電子構造制御に関する計算科学的研究 (2014)
  • Author(s): 今田康博、中村春木、鷹野優
  • Organizer: 第14回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: ワークピア横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-06-26
• [Presentation] Regulation of DNA binding of Ets1 by phosphorylation in an intrinsic disordered region (2014)
  • Author(s): 椎名政昭，浜田恵輔，井上－豊後泰子，嶋村麻利子，馬場しほ，内山晃子，鈴木香絵，タヒロフ タヒール，緒方一博
  • Organizer: 第14回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: ワークピア横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-06-25 – 2014-06-27
  • Invited
• [Presentation] 蛋白質の二次構造形成に関わる相互作用に関する理論的研究 (2014)
  • Author(s): 鷹野優、中村春木
  • Organizer: 第14回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: ワークピア横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-06-25
  • Invited
• [Presentation] Free-energy landscape of the C-terminal negative regulatory domain of p53 (2014)
  • Author(s): Sinji Iida, Haruki Nakamura, Junichi Higo
  • Organizer: 第14回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: ワークピア横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-06-25
• [Presentation] 分子動力学法に基づいた新しい動的相関解析手法の開発と転写因子Ets-1-DNA結合機構解析への応用 (2014)
  • Author(s): 笠原浩太、福田育夫、中村春木
  • Organizer: 第14回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: ワークピア横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-06-25
• [Presentation] ゲノム解析と医療：1000ドルゲノム時代を迎えて (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: 藤田保健衛生大学遺伝子網羅的解析センター開所記念セミナー・特別講演
  • Place of Presentation: 藤田保健衛生大学（愛知県豊明市）
  • Year and Date: 2014-06-21
• [Presentation] New Non-Ewald Scheme for Molecular Dynamics Simulation and Application to Free Energy Calculation (2014)
  • Author(s): Haruki Nakamura
  • Organizer: Bioinformatics in Torun 2014 (BIT14)
  • Place of Presentation: Torun(Poland)
  • Year and Date: 2014-06-12
  • Invited
• [Presentation] 抗炎症薬サリチル酸の生体内作用機構の解析 (2014)
  • Author(s): 坂本 聡、Vipul Gupta、劉 舒捷、安藤 秀樹、舘野 峻平、金子 裕生、湯上 真人、石井 亮平、濡木 理、山口 雄輝、半田 宏
  • Organizer: 日本ケミカルバイオロジー学会第９回年会
  • Place of Presentation: 大阪大学（大阪府豊中市）
  • Year and Date: 2014-06-11
• [Presentation] Neurodegeneration with Brain Iron Accumulation (NBIA): 急速に広がる疾患概念 (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: 第55回日本神経病理学会総会学術集会
  • Place of Presentation: 学術総合センター（東京都千代田区）
  • Year and Date: 2014-06-07
• [Presentation] ゲノム解析と医療：1000ドルゲノムシーケンス時代を迎えて (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: 信州大学先鋭領域融合研究群バイオメディカル研究所設立記念講演会・記念講演会
  • Place of Presentation: 信州大学医学部（長野県松本市）
  • Year and Date: 2014-05-25
• [Presentation] ゲノム解析と医療：1000ドルゲノム時代を迎えて (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: 九州大学産婦人科セミナー
  • Place of Presentation: 第二博多偕成ビルアイクレオ（福岡県福岡市）
  • Year and Date: 2014-05-21
• [Presentation] New Approach to Electrostatic Properties of Proteins and Protein-Protein Interactions (2014)
  • Author(s): Haruki Nakamura
  • Organizer: The 4th Asia Pacific Protein Association (APPA 2014)
  • Place of Presentation: 済州島（韓国）
  • Year and Date: 2014-05-18
  • Invited
• [Presentation] Molecular dynamics study on enhancer recognitions by cooperative binding of Ets1 and partner transcription factors (2014)
  • Author(s): 笠原浩太、福田育夫、中村春木
  • Organizer: The 4th Asia Pacific Protein Association (APPA 2014)
  • Place of Presentation: 済州島（韓国）
  • Year and Date: 2014-05-18
• [Presentation] 植物の新奇転写抑制モチーフ –真核生物に保存された転写抑制機構の解析 (2014)
  • Author(s): 岡村僚太、高橋陽介
  • Organizer: 第71回中国四国植物学会
  • Place of Presentation: 岡山理科大学（岡山県岡山市）
  • Year and Date: 2014-05-10
• [Presentation] 翻訳後修飾によるジベレリン信号伝達制御の解析 (2014)
  • Author(s): 三島由佳、高橋陽介
  • Organizer: 第71回中国四国植物学会
  • Place of Presentation: 岡山理科大学（岡山県岡山市）
  • Year and Date: 2014-05-10
• [Presentation] 遺伝性疾患におけるエクソーム解析の有用性 (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: 第382回医学研究の基礎を語り合う集い
  • Place of Presentation: 東京慈恵医科大学（東京都港区）
  • Year and Date: 2014-04-21
• [Presentation] Next generation sequencing dissecting human genetic diseases (2014)
  • Author(s): 松本 直道
  • Organizer: The 9th Cherry Blossom Symposium
  • Place of Presentation: 横浜赤レンガ倉庫（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-04-19
• [Presentation] 次世代シーケンサー解析のポテンシャルと小児医療 (2014)
  • Author(s): 松本 直通
  • Organizer: 第37回日本小児遺伝学会学術集会・シンポジウム
  • Place of Presentation: 名古屋市立大学桜山キャンパス(愛知県名古屋市）
  • Year and Date: 2014-04-10
• [Book] 生命のメカニズム - 美しいイメージで学ぶ構造生命科学入門 (2015)
  • Author(s): 中村春木（監訳）、工藤高裕、西川建、中村春木（訳）
  • Total Pages: 168
  • Publisher: シナジー
• [Book] １分子生物学 (2014)
  • Author(s): 原田 慶恵、石渡 信一、宝谷 紘一、船津 高志、城口 克之、吉田 賢右、上村 想太郎、井出 徹、佐甲 靖志、上田 昌宏、十川 久美子、樋口 秀男、多田隈 尚史、渡邉 朋信、徳永 万喜洋、石島 秋彦、安藤 敏夫、岡田 康志、他
  • Total Pages: 7
  • Publisher: 化学同人
• [Book] 見てわかる構造生命科学 - 生命科学研究へのタンパク質構造の利用 - (2014)
  • Author(s): 椎名政昭，緒方一博
  • Total Pages: 28
  • Publisher: 化学同人
• [Book] 見てわかる構造生命科学 - 生命科学研究へのタンパク質構造の利用 - (2014)
  • Author(s): 中村春木（編）、中村春木他9名
  • Total Pages: 326
  • Publisher: 化学同人
• [Book] 生命科学から創薬へのイノベーション (2014)
  • Author(s): 米田悦啓、堤康央、石井健（編）、中村春木他45名
  • Total Pages: 202
  • Publisher: 南山堂
• [Book] 基礎からしっかり学ぶ生化学 (2014)
  • Author(s): 山口雄輝、成田央
  • Total Pages: 245
  • Publisher: 羊土社
• [Remarks] 新学術領域研究「転写サイクル」
  • URL: http://transcriptioncycle.org/
• [Patent(Industrial Property Rights)] 重度の知的障害及び運動発達遅滞を伴う難治性てんかんの検出方法 (2014)
  • Inventor(s): 松本直通・才津浩智
  • Industrial Property Rights Holder: 横浜市立大学
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Industrial Property Number: PCT/JP2014/065217
  • Filing Date: 2014-06-09
  • Overseas
• [Patent(Industrial Property Rights)] コフィン－シリス症候群の検出方法 (2014)
  • Inventor(s): 松本直通・三宅紀子・鶴崎美徳
  • Industrial Property Rights Holder: 横浜市立大学
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Industrial Property Number: 2013-552406
  • Filing Date: 2014-07-14
• [Patent(Industrial Property Rights)] 孔脳症又は脳出血のリスクを予測する方法 (2014)
  • Inventor(s): 松本直通・才津浩智
  • Industrial Property Rights Holder: 横浜市立大学
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Industrial Property Number: 14/357,373
  • Filing Date: 2014-05-09
  • Overseas