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2015 Fiscal Year Annual Research Report

染色体3D構造の複製を基盤とした染色体動態の連携

Planned Research

Project AreaChromosome Orchestration System
Project/Area Number 15H05975
Research InstitutionNational Institute of Genetics

Principal Investigator

荒木 弘之  国立遺伝学研究所, 細胞遺伝研究系, 教授 (20151160)

Project Period (FY) 2015-06-29 – 2020-03-31
KeywordsDNA複製 / in vitro系 / クロマチン
Outline of Annual Research Achievements

遺伝情報を担う染色体では様々な反応が調和して起こることにより、染色体が安定に維持され、倍加し、娘細胞へと分配されていく。しかしその詳細は未だ分からない部分が多く、染色体がその構造を維持しながらどのように倍加して行くのか、そして他の染色体動態とどのように連携するのかを解明することを本研究の目的としている。この目的を達成するため主として出芽酵母のin vitro DNA複製系を用いるが、最近報告されたばかりで、複製効率が低く、今後の解析には十分な改良を施す必要がある。そのため本研究期間においては、複製系の確立とそれを用いた解析を行った。
まず、精製タンパク質から効率のよい複製反応を再構成するため、必要なタンパク質の精製を行った。当初、DNAヘリカーゼコアであるMcm2-7の複製開始領域へのローディング効率が悪かったが、精製法を工夫することにより改善することができた。そして、DNA上にローディングしたMcm2-7を原子間力顕微鏡で観察し、その像からこれまでのローディングモデルの修正を提案している。また、DNAポリメラーゼα、δ、εについても精製しDNA合成反応を可能としている。特に、DNAポリメラーゼαについては、十分量の精製に時間を要したが、発現法と精製法を工夫することにより、解析に必要な量を確保できるようになった。
さらにMcm2-7を含む活性型ヘリカーゼであるCdc45-Mcm2-7-GINS (CMG)複合体を精製するとともに、このヘリカーゼ活性を簡単に測定できる系も確立した。この系を用いて、クロマチンDNAと裸のDNAのヘリカーゼの働き方を比較したが、短いDNAを用いる限り大きな違いはないことが分かった。今後、種々のクロマチンDNAについて同様の解析を行う予定である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究期間においては、効率的複製を行うための因子について、DNAポリメラーゼαとMcm2-7において、その精製が遅れたが現在は既に追いついている。一方で、当初予定より早く、クロマチン構造とヘリカーゼの関係の研究を開始することができた。従って、全体では順調であると考えている。

Strategy for Future Research Activity

活性ヘリカーゼを用いた系を立ち上げることができたが、驚くことにクロマチンは大きな影響を与えなかった。そこで、より積極的に複製フォークを停止させる系を用いて、解析を進めていく予定である。

  • Research Products

    (18 results)

All 2017 2016 2015

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 6 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] New insights into the GINS complex explain the cntroversy between existing structural models.2017

    • Author(s)
      Carroni, M., March, M. D., Medagli, B., Krastanova, I., Taylor I. A., Amenitsch, H., Araki, H., Pisani, F. M., Patwardhan, A. and Onesti, S.
    • Journal Title

      Sci. Rep.

      Volume: 7 Pages: 40188

    • DOI

      10.1038/srep40188

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Flexible DNA path in the MCM double hexamer loaded on DNA2017

    • Author(s)
      Hizume, K., Kominami, H., Kobayashi, K., Yamada, H. and Araki, H.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 印刷中 Pages: 印刷中

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.6b00922

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Conserved interaction of Ctf18-RFC with DNA polymerase ε is critical for maintenance of genome stability in Saccharomyces cerevisiae.2016

    • Author(s)
      Okimoto, H., Tanaka, S., Araki, H., Ohashi, E. and Tsurimoto, T.
    • Journal Title

      Genes Cells

      Volume: 21 Pages: 482-491

    • DOI

      10.1111/gtc.12356

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Elucidating the DDK‐dependent step in replication initiation.2016

    • Author(s)
      Araki, H.
    • Journal Title

      EMBO J.

      Volume: 35 Pages: 907-908

    • DOI

      10.15252/embj.201694227

  • [Journal Article] The quaternary structure of the eukaryotic DNA replication proteins Sld7 and Sld3.2015

    • Author(s)
      Itou, H., Shirakihara, Y. and Araki, H.
    • Journal Title

      Acta Cryst.

      Volume: D71 Pages: 1649-1656

    • DOI

      10.1107/S1399004715010457

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 真核生物複製ヘリカーゼCMG複合体の進行阻害に関する生化学的研究2016

    • Author(s)
      日詰 光治、遠藤 静子、小林 武彦、荒木 弘之
    • Organizer
      第39回 日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2016-11-30 – 2016-12-02
  • [Presentation] Molecular mechanism of chromosomal DNA replication in eukaryotes2016

    • Author(s)
      Hiroyuki Araki, Nishiho Makino, Masaru Yagura, Shizuko Endo, Sachiko Muramatsu, Hiroshi Itou, Kohji Hizume, Seiji Tanaka
    • Organizer
      The 39th Annual Meeting of the Molecular Biology society of Japan
    • Place of Presentation
      Yokohama
    • Year and Date
      2016-11-29 – 2016-12-02
    • Invited
  • [Presentation] he initiation mechanism of chromosomal DNA replication ensuring bidirectional DNA synthesis in budding yeast2016

    • Author(s)
      Hiroyuki Araki, Nishiho Makino, Masaru Yagura, Shizuko Endo, Sachiko Muramatsu, Hiroshi Itou
    • Organizer
      10th 3R international symposium
    • Place of Presentation
      Matsue, Japan
    • Year and Date
      2016-11-13 – 2016-11-17
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Biochemical analysis of the pausing of the eukaryotic replicative helices, CMG complex2016

    • Author(s)
      HIZUME, Kohji, Endo, Shizuko, Muramatsu, Ikuko, Kobayashi, Takehiko, ARAKI Hiroyuki
    • Organizer
      10th 3R International Symposium
    • Place of Presentation
      Matsue, Japan
    • Year and Date
      2016-11-13 – 2016-11-17
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 出芽酵母のDNA複製開始複合体の形成機構2016

    • Author(s)
      荒木弘之、矢倉勝、牧野仁志穂、遠藤静子、村松佐知子、日詰光治、田中誠司
    • Organizer
      第89回日本生化学会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2016-09-25 – 2016-09-27
    • Invited
  • [Presentation] Molecular mechanism of eukaryotic DNA replication2016

    • Author(s)
      Araki, H.
    • Organizer
      Gordon Research Conference: Genomic instability
    • Place of Presentation
      Hongkong
    • Year and Date
      2016-07-24 – 2016-07-29
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Bidirectional initiation of chromosomal DNA replication in budding yeast2016

    • Author(s)
      Hiroyuki Araki, Nishiho Makino, Masaru Yagura, Sachiko Muramatsu, Shizuko Endo, Hiroshi Itou
    • Organizer
      The 2016 Cold Spring Harbor Asia Conference: DNA metabolism, genomic stability and diseases
    • Place of Presentation
      Suzhou, China
    • Year and Date
      2016-06-13 – 2016-06-17
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 真核生物複製ヘリカーゼCMG複合体のクロマチン基質に対する活性2015

    • Author(s)
      日詰光治、矢倉勝、遠藤静子、荒木 弘之
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] 出芽酵母の複製開始複合体の形成機構2015

    • Author(s)
      矢倉勝、牧野仁志穂、伊藤啓、村松佐知子、日詰光治、田中尚美、田中誠司、荒木弘之
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
    • Invited
  • [Presentation] Bidirectional initiation of chromosomal DNA replication in budding yeast2015

    • Author(s)
      Hiroyuki Araki, Hiroshi Itou, Nishiho Makino, Masaru Yagura, Shizuko Endo, Sachiko Muramatsu
    • Organizer
      2015 Cold Spring Harbor Meeting on "Eukaryotic DNA replication & genome maintenance"
    • Place of Presentation
      Cold Spring Harbor, NY, USA
    • Year and Date
      2015-09-01 – 2015-09-05
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Nucleosome on helices activity of CMG complex2015

    • Author(s)
      Kohji Hizume, Shizuko Endo, Hiroyuki Araki
    • Organizer
      2015 Cold Spring Harbor Meeting on "Eukaryotic DNA replication & genome maintenance"
    • Place of Presentation
      Cold Spring Harbor, NY, USA
    • Year and Date
      2015-09-01 – 2015-09-05
    • Int'l Joint Research
  • [Book] DNA replication, recombination, and repair2016

    • Author(s)
      Araki H. Hanaoka F, Sugasawa, K. 他
    • Total Pages
      555 (3-22)
    • Publisher
      Springer Japan
  • [Book] The initiation of DNA replication in eukaryotes2016

    • Author(s)
      Tanaka S, Araki, H, Kaplan, DL. 他
    • Total Pages
      563 (263-278)
    • Publisher
      Springer International Publishing

URL: 

Published: 2018-01-16  

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