2016 Fiscal Year Annual Research Report
Genetic analysis of neo-self
| Project Area | Creation, function and structure of neo-self |
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| Project/Area Number |
16H06502
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| Research Institution | Tokai University |
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Principal Investigator |
椎名 隆 東海大学, 医学部, 准教授 (00317744)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
細道 一善 金沢大学, 医学系, 准教授 (50420948)
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| Project Period (FY) |
2016-06-30 – 2021-03-31
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| Keywords | 次世代シークエンサー / HLA / 多型 / 再生不良性貧血 / ハプロタイプ / アレル |
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| Outline of Annual Research Achievements |
次世代シークエンサーを用いてHLA 8座（HLA-A、-C、-B、-DRB1、-DQA1、-DQB1、-DPA1、-DPB1）における日本人に代表的なHLA遺伝子全領域の塩基配列を収集した。即ち、20種類のHLA-A、26種類のHLA-C、45種類のHLA-B、41種類のHLA-DRB1、36種類のHLA-DQA1、28種類のHLA-DQB1、15種類のHLA-DPA1、40種類のHLA-DPB1の計251種類の第4区域までのアレル配列を決定した。したがって、本研究にて収集したアレル配列はルーチンタイピングの際の良きレファレンスとして、また今後のHLA多型と疾患や移植成績との関連解析に有用であると考えられた。
再生不良性貧血(AA)を対象にNGSによるHLA対立遺伝子のゲノムDNAおよびRNAを解析した。6p染色体ヘテロ接合欠失(6pLOH)を有する43人の患者を含む312人のAA患者のHLA対立遺伝子喪失頻度を検討した。失われたハプロタイプに含まれるHLA対立遺伝子は、HLA -B * 40：02が最も高頻繁に欠失していた。また、B4002(- )、A(+)の顆粒球におけるHLA-B * 40：02のディープシーケンスの結果、15人の患者すべてにて、フレームシフト、ナンセンスおよびスプライス部位突然変異などの様々な体細胞突然変異を明らかにした。 さらに抗原提示に関与していないHLA-B * 40：02のα3領域におけるミスセンス変異は、B4002( - )顆粒球を有する3人の患者のB4002(+)顆粒球においてのみ検出された。 6pLOHまたは遺伝子突然変異のいずれかまたは両方の結果としてHLA-B * 40：02分子を欠く白血球の顕著に高い罹患率は、HLA-Bアレルを介した造血幹/前駆細胞による細胞傷害性T細胞への抗原提示がAAの発症機序となっている可能性を示唆した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
NGSによる疾患ゲノム解析のためのリソースを整備したこと、疾患ゲノム解析の手法を開発し、その有用性を実証したことからおおむね順調に進展していると考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
NGSによるHLA関連疾患を対象とした解析を推進する。ゲノムDNAおよびRNAの解析に加え、転写制御メカニズムを明らかにするためのエピジェネティック解析の手法も含めたネオ・セルフの理解を目指した手法の確立を目指す。
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Research Products
(38 results)
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[Journal Article] Identification of an HLA class I allele closely involved in the auto-antigen presentation in acquired aplastic anemia2017
Author(s)
Zaimoku Y, Takamatsu H, Hosomichi K, Ozawa T, Nakagawa N, Imi T, Maruyama H, Katagiri T, Kishi H, Tajima A, Muraguchi A, Kashiwase K, Nakao S
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Journal Title
Blood
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Comprehensive genetic exploration of selective tooth agenesis of mandibular incisors by exome sequencing2017
Author(s)
Yamaguchi T, Hosomichi K, Yano K, Kim Y, Nakaoka H, Kimura R, Otsuka H, Nonaka N, Haga S, Takahashi M, Shirota T, Kikkawa Y, Yamada A, Kamijo R, Park SB, Nakamura M, Maki K, Inoue I
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Journal Title
Hum Genome Variation
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Rapid and cost-effective high-throughput sequencing for identification of germline mutations of BRCA1 and BRCA22017
Author(s)
Ahmadloo S, Nakaoka H, Hayano T, Hosomichi K, You H, Utsuno E, Sangai T, Nishimura M, Matsushita K, Hata A, Nomura F, Inoue I
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Journal Title
J Hum Genetics
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Comprehensive microbiome analysis of tonsillar crypts in IgA nephropathy2017
Author(s)
Watanabe H, Goto S, Mori H, Higashi K, Hosomichi K, Aizawa N, Takahashi N, Tsuchida M, Suzuki Y, Yamada T, Horii A, Inoue I, Kurokawa K, Narita I
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Journal Title
ephrol Dial Transplant.
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] A partial nuclear genome of the Jomons who lived 3000 years ago in Fukushima, Japan.2017
Author(s)
Kanzawa-Kiriyama H, Kryukov K, Jinam TA, Hosomichi K, Saso A, Suwa G, Ueda S, Yoneda M, Tajima A, Shinoda KI, Inoue I, Saitou N. A partial nuclear genome of the Jomons who lived 3000 years ago in Fukushima, Japan
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Journal Title
J Hum Genetics
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Comprehensive genetic testing approach for major inherited kidney diseases, using next-generation sequencing with a custom panel2017
Author(s)
Mori T, Hosomichi K, Chiga M, Mandai S, Nakaoka H, Sohara E, Okado T, Rai T, Sasaki S, Inoue I, Uchida S.
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Journal Title
Clin Exp Nephrol.
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Clinical significance and origin of leukocytes that lack HLA-A allele expression in patients with acquired aplastic anemia2016
Author(s)
Maruyama H, Katagiri T, Kashiwase K, Shiina T, Sato-Otsubo A, Zaimoku Y, Maruyama K, Hosokawa K, Ishiyama K, Yamazaki H, Inoko H, Ogawa S, Nakao S
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Journal Title
Exp Hematol.
Volume: 44
Pages: 931-939
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Allogeneic transplantation of iPS cell-derived cardiomyocytes regenerates primate hearts2016
Author(s)
Shiba Y, Gomibuchi T, Seto T, Wada Y, Ichimura H, Tanaka Y, Ogasawara T, Okada K, Shiba N, Sakamoto K, Ido D, Shiina T, Ohkura M, Nakai J, Uno N, Kazuki Y, Oshimura M, Minami I, Ikeda U
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Journal Title
Nature
Volume: 538
Pages: 388-391
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Production of a Locus- and Allele-Specific Monoclonal Antibody for the Characterization of SLA-1*0401 mRNA and Protein Expression Levels in MHC-Defined Microminipigs2016
Author(s)
Kametani Y, Ohshima S, Miyamoto A, Shigenari A, Takasu M, Imaeda N, Matsubara T, Tanaka M, Shiina T, Kamiguchi H, Suzuki R, Kitagawa H, Kulski JK, Hirayama N, Inoko H, Ando A
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Journal Title
PLoS One
Volume: 11
Pages: e0164995
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Presentation] Evolutionary basis of HLA alleles affects acute GVHD in unrelated donor stem cell transplantation2016
Author(s)
Satoko Morishima, Takashi Shiina, Seishi Ogawa, Shingo Suzuki, Aiko Sato-Otsubo, Koichi Kashiwase, Fumihiro Azuma, Toshio Yabe, Keitaro Matsuo, Hiroh Saji, Shunichi Kato, Yoshihisa Kodera, Takehiko Sasazuki, Yasuo Morishima
Organizer
第78回日本血液学会学術集会
Place of Presentation
神奈川県横浜市
Year and Date
2016-10-13 – 2016-10-15
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