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2020 Fiscal Year Annual Research Report

線虫の全脳イメージングによる探索型ナビゲーション神経基盤の解明

Planned Research

Project AreaSystems Science of Bio-navigation
Project/Area Number 16H06545
Research InstitutionNagoya City University

Principal Investigator

木村 幸太郎  名古屋市立大学, 大学院理学研究科, 教授 (20370116)

Project Period (FY) 2016-06-30 – 2021-03-31
Keywords脳・神経 / ナビゲーション / 行動 / イメージング
Outline of Annual Research Achievements

探索型ナビゲーションは、環境からの乏しい情報を元に目的地にたどり着くための手段であり、これには効率的な情報の抽出や蓄積、判断、行動の制御など、様々な脳活動が必要である。本研究では、探索型ナビゲーションに関わる神経活動の全貌を解明するために、「課題1 刺激-行動対応解明のための半自動分析方法の確立」「課題2 全脳神経活動の同時イメージング」「課題3 刺激と行動を結ぶ脳機能のモデル化とシステム同定」「課題4 フィードバック介入実験によるモデルの検証」を目指した。
課題1:A02前川との共同研究をさらに発展させて、ドーパミン伝達が欠損したヒト(パーキンソン病患者)と線虫に共通する行動異常を抽出する人工知能技術に関する論文を発表した。
課題2:世界で初めて深層学習技術を用いて三次元時系列画像データ中の多数の細胞核を追跡する技術3DeeCellTrackerの論文をeLifeに発表した。論文執筆の過程で米国コロンビア大学・Hillman教授らおよび自然科学研究機構生理学研究所・根本教授らとの共同研究として、拍動するゼブラフィッシュ幼魚の心筋細胞や三次元培養されたスフェロイド中の多数の癌細胞の追跡にも成功した。この技術の開発により、全脳神経活動の画像データから神経活動データを抽出することが従来よりも大幅に信頼性高くかつ容易に行えるようになった。
課題3:これまでに抽出された線虫全脳神経活動をデータ駆動型動的モデルによって 表現する手法の論文発表の準備を進めた。
課題4:光遺伝学的手法によってフィードバック介入を行うためには、全脳神経活動データにおいて神経細胞同定を行うことが必要である。多色蛍光によって細胞同定する技術NeuroPALを高速三次元カルシウムイメージングと統合し、特徴的な活動を行う神経細胞を容易に同定することが可能になった。この技術を用いた研究成果の投稿準備を進めている。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (9 results)

All 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] コロンビア大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      コロンビア大学
  • [Journal Article] Calcium Imaging of Neuronal Activity under Gradually Changing Odor Stimulation in Caenorhabditis elegans2021

    • Author(s)
      Tanimoto Yuki、Kimura Koutarou
    • Journal Title

      BIO-PROTOCOL

      Volume: 11 Pages: e3866

    • DOI

      10.21769/BioProtoc.3866

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 3DeeCellTracker, a deep learning-based pipeline for segmenting and tracking cells in 3D time lapse images2021

    • Author(s)
      Wen Chentao、Miura Takuya、Voleti Venkatakaushik、Yamaguchi Kazushi、Tsutsumi Motosuke、Yamamoto Kei、Otomo Kohei、Fujie Yukako、Teramoto Takayuki、Ishihara Takeshi、Aoki Kazuhiro、Nemoto Tomomi、Hillman Elizabeth MC、Kimura Koutarou D
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 10 Pages: e59187

    • DOI

      10.7554/eLife.59187

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cross-species behavior analysis with attention-based domain-adversarial deep neural networks2021

    • Author(s)
      Maekawa Takuya、Higashide Daiki、Hara Takahiro、Matsumura Kentarou、Ide Kaoru、Miyatake Takahisa、Kimura Koutarou D.、Takahashi Susumu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Pages: 5519

    • DOI

      10.1038/S41467-021-25636-X

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] クローズアップ実験法 series 338 三次元自動細胞追跡ツール:3DeeCellTrackerで解析できることと使い方2021

    • Author(s)
      Wen Chentao, 木村幸太郎
    • Journal Title

      実験医学

      Volume: 39 Pages: 2264-2272

  • [Journal Article] Deep learning-assisted comparative analysis of animal trajectories with DeepHL2020

    • Author(s)
      Maekawa Takuya、Ohara Kazuya、Zhang Yizhe、Fukutomi Matasaburo、Matsumoto Sakiko、Matsumura Kentarou、Shidara Hisashi、Yamazaki Shuhei J.、Fujisawa Ryusuke、Ide Kaoru、Nagaya Naohisa、Yamazaki Koji、Koike Shinsuke、Miyatake Takahisa、Kimura Koutarou D.、Ogawa Hiroto、Takahashi Susumu、Yoda Ken
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: 743

    • DOI

      10.1038/s41467-020-19105-0

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 機械学習による移動行動解析の考え方2020

    • Author(s)
      木村幸太郎
    • Journal Title

      実験医学増刊「機械学習を生命科学に使う!」

      Volume: 38 Pages: 3501-3507

  • [Presentation] 3DeeCellTracker: a deep learning-based method for tracking cells in 3D time lapse images2021

    • Author(s)
      Wen C, Kimura K
    • Organizer
      The 15th IEEE International Conference on Nano/Molecular Medicine & Engineering (IEEE-NANOMED 2021)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 木村研究室HP

    • URL

      https://www.kokimura-lab.org

URL: 

Published: 2022-12-28  

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