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2017 Fiscal Year Annual Research Report

構造を基盤としたプロトン排出の戦略的分子設計

Planned Research

Project AreaNew Photosynthesis : Reoptimization of the solar energy conversion system
Project/Area Number 16H06560
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

栗栖 源嗣  大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (90294131)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 斉藤 圭亮  東京大学, 先端科学技術研究センター, 講師 (20514516)
Project Period (FY) 2016-06-30 – 2021-03-31
Keywords光合成 / 電子伝達 / 立体構造 / 生物物理
Outline of Annual Research Achievements

光合成機能再最適化の鍵を握るのは「プロトン駆動力の制御」と「還元力の効率的分配」である.各班による機能解析実験と密接に連携することをめざし,光化学系IIの水分解に伴うプロトン排出経路と,シトクロムb6f複合体の還元型キノンの酸化に伴うプロトン排出経路に着目して研究を進めた.実験的には,b6f複合体でpHをセンスしていると考えられるpetCの可溶性領域の高精度構造解析を進めた.次に,強い還元力を漏らさず伝える高効率電子伝達複合体の形成,さらに光合成蛋白質のレドックス制御の観点からもTrx:FTRの複合体構造解析をすすめて,一部に結晶を得る事ができている.理論的には,次の以下の3つの課題について解析を行った。
(1)光合成で水分解を行う光化学系IIの触媒部位である「MnCa錯体」における酸素発生反応の分子機構の調べた。分子構造とエネルギーの2つの観点から合理的な反応機構を特定した。
(2)「MnCa錯体」付近のアミノ酸残基の変異体構造を理論的に予測し、酸素発生反応に伴うプロトン放出の解析を行った。この結果を野生型と比較したところ、変異体で光合成活性が落ちるのはMnCa錯体近傍に存在するアスパラギン酸が担っていたプロトン移動能の低下に起因することが明らかになった。
(3)シトクロムb6f複合体では、強光下条件を検出するために、膜の片側(ルーメン側)のpH変化をモニターする機構が存在すると考えられる。そのしくみを明らかにするために他班で計画されている変異実験において、どのアミノ酸残基を変異すれば効果的かを理論的に予測した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

<A01><A02>の各班からの機能解析データを基に進める構造解析としては,鹿内班と連携してシトクロムb6f複合体でプロトン排出の鍵を握るPetC蛋白質の組換え体調整と構造解析を完了することができた.久堀班とは電子キャリア蛋白質周辺での電子伝達反応の構造基盤解明
に向けて一部結晶化に成功し,レドックス制御系の構造・機能解析をより一層進める事ができ,これらの成果の一部は学術論文として国際誌に発表している.理論解析においても,光化学系IIの研究で最も重要とみなされているMnCa錯体における水分解・酸素発生の機構について新たな知見を得ることができた。この成果は学術論文として国際誌に発表している。また、各班による変異体実験と連携した理論研究についても、複数の課題に取り組んでおり結果が得られている。以上のことより、おおむね順調に進展しているといえる。

Strategy for Future Research Activity

今後は,さらに各班から報告される変異体の機能解析実験と密接に連携することをめざし、次のような理論・実験を併用した構造解析を行う予定である。
理論に関しては,昨年度に引き続き2つの課題(1)(2)と、新たな2つの課題(3)(4)について理論解析を行う。そこでは、各班から報告される変異体の機能解析実験とさらなる密接な連携を計る。
(1)光化学系II触媒部位「MnCa錯体」付近のアミノ酸残基の変異体実験と連携した理論解析。(2)シトクロムb6f複合体のpH変化検出機構の解明に向けた変異アミノ酸のin silico予測。(3)植物の持つ光合成アンテナ系のひとつであるLHCIIは、弱光下では光エネル ギーを効率的に捕集する働きをするのに対し、強光下では逆に余ったエネルギー を捨てる光保護作用の働きをする。LHCIIに含むクロロフィルの吸収エネルギー を計算することで、光保護作用のしくみを明らかにする。(4)光化学系IIの反応中心を構成するD1サブユニットは一定時間経つと光によ りダメージを受けその機能が失われ、分解・再生される。このしくみを調べるために他班で計画されている変異体実験に対する理論解析を行う。
実験に関しては,次の(5),(6)について重点的に進める予定である.
(5)シトクロムb6f複合体の全体構造解析を進める上で重要な好熱性藻類からのb6f複合体の調製と結晶構造解析(6)TrxとFTRの複合体構造解析を進め,FTRによるTrxの個別的な分子認識機構の構造基盤解明を進める.

  • Research Products

    (28 results)

All 2018 2017

All Journal Article (12 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 12 results,  Open Access: 2 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 9 results)

  • [Journal Article] O2 evolution and recovery of the water-oxidizing enzyme2018

    • Author(s)
      Kawashima Keisuke、Takaoka Tomohiro、Kimura Hiroki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: 1247

    • DOI

      10.1038/s41467-018-03545-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] X-ray crystallographic and high-speed AFM studies of peroxiredoxin 1 from Chlamydomonas reinhardtii.2018

    • Author(s)
      Charoenwattanasatien R, Tanaka H, Zinzius K, Hochmal AK, Mutoh R, Yamamoto D, Hippler M, Kurisu G.
    • Journal Title

      Acta Crystallogr F Struct Biol Commun.

      Volume: 74 Pages: 86-91

    • DOI

      10.1107/S2053230X17018507

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Absorption-energy calculations of chlorophyll a and b with an explicit solvent model2018

    • Author(s)
      K. Saito, T. Suzuki, H. Ishikita
    • Journal Title

      J. Photochem. Photobiol. A

      Volume: 358 Pages: 422-431

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Energetic insights into two electron transfer pathways in light-driven energy-converting enzymes2018

    • Author(s)
      K. Kawashima, H. Ishikita
    • Journal Title

      Chem. Sci.

      Volume: 9 Pages: 4083-4092

    • DOI

      10.1039/C8SC00424B

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamics and energetics of cyanobacterial photosystem I:ferredoxin complexes in different redox states.2017

    • Author(s)
      Setif P, Mutoh R, Kurisu G
    • Journal Title

      Biochim Biophys Acta.

      Volume: 1858 Pages: 483-496

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2017.04.001.

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Association of Ferredoxin:NADP+ oxidoreductase with the photosynthetic apparatus modulates electron transfer in Chlamydomonas reinhardtii.2017

    • Author(s)
      Mosebach L, Heilmann C, Mutoh R, Gabelein P, Steinbeck J, Happe T, Ikegami T, Hanke G, Kurisu G, Hippler M.
    • Journal Title

      Photosynth Res.

      Volume: 134 Pages: 291-306

    • DOI

      10.1007/s11120-017-0408-5

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural factors that alter the redox potential of quinones in cyanobacterial and plant photosystem I2017

    • Author(s)
      K. Kawashima H. Ishikita
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 56 Pages: 3019-3028

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.7b00082

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Origins of Water Molecules in the Photosystem II Crystal Structure.2017

    • Author(s)
      N. Sakashita, H. C. Watanabe, T. Ikeda, K. Saito, H. Ishikita
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 56 Pages: 3049-3057

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.7b00220

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Existence of isolated H3O+ in the protein interior,2017

    • Author(s)
      T. Ikeda, K. Saito, R. Hasegawa, H. Ishikita
    • Journal Title

      Angew. Chem. Int. Ed. Engl.

      Volume: 56 Pages: 9151-9154

    • DOI

      10.1002/anie.201705512.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cation solvation with quantum chemical effects modeled by size-consistent multi-partitioning quantum mechanics/molecular mechanics method,2017

    • Author(s)
      H. C. Watanabe, M. Kubillus, T. Kubar, R. Stach, B. Mizaikoff, H. Ishikita
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 19 Pages: 17985-17997

    • DOI

      10.1039/C7CP01708A

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Redox potentials of ubiquinone, menaquinone, phylloquinone, and plastoquinone in aqueous solution2017

    • Author(s)
      Kishi, K. Saito, Y. Kato, H. Ishikita
    • Journal Title

      Photosynth. Res

      Volume: 134 Pages: 193-200

    • DOI

      10.1007/s11120-017-0433-4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular dynamics simulations do not provide functionally relevant values of redox potential in MtrF2017

    • Author(s)
      H. C. Watanabe, Y. Yamashita, and H. Ishikita
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.

      Volume: 114 Pages: E10029-E10030

    • DOI

      10.1073/pnas.1717048114

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Proton release, O2 evolution, water incorporation, and recovery of the water-oxidizing enzyme2018

    • Author(s)
      Hiroshi Ishikita
    • Organizer
      5th International Workshop on Solar Energy for Sustainability、Nanyang Technological University, Singapore
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] X-ray Structure and NMR analysis of the electron transfer complex between Ferredoxin and Photosystem I2017

    • Author(s)
      Tanaka, H
    • Organizer
      2nd Molecular and Cellular Life Sciences (MCLS), Surabaya (Indonesia)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] X-Ray Structure of the Type-1 Reaction Center from Heliobacterium modesticaldum at 3.2 A2017

    • Author(s)
      Kurisu, G
    • Organizer
      Gordon Research Conference, ME(USA)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] X-ray structure and NMR analysis of the electron transfer complex between Photosystem I and Ferredoxin2017

    • Author(s)
      Tanaka H, Kubota-Kawai H, Mutoh R, Shinmura K, Setif P, Nowaczyk M, Roegner M, Ikegami T, Kurisu G
    • Organizer
      The 55th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光化学系I-フェレドキシン電子伝達複合体のX線構造およびNMR解析2017

    • Author(s)
      田中秀明、河合寿子、武藤梨沙、ピエール セティフ、ノヴァチク マーク、レグナー マティアス、栗栖源嗣
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] ヘリオバクテリア反応中心の初期電荷分離スピン相関解析ラジカル対の捕捉2017

    • Author(s)
      Hiroyuki Tsukuno, Risa Mutoh, Hiroki Nagashima, Yasuhiro Kobori, Genji Kurisu, Hirozo Oh-oka
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 時間分解EPRでとらえる光合成反応中心初期電荷分離の制御機構2017

    • Author(s)
      三野 広幸, 佃野 弘幸, 武藤 理沙, 長嶋 宏樹, 小堀 康博, 栗栖 源嗣, 大岡 宏造
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 酸化型フェレドキシン結晶の X 線回折実験における還元損傷の確認と評価2017

    • Author(s)
      大西裕介、田中秀明、奥村英夫、馬場清喜、河野能顕、熊坂崇、栗栖源嗣
    • Organizer
      平成29年度日本結晶学会年会
  • [Presentation] 根型フェレドキシン- +レドクターゼ結晶 線結晶構 解析2017

    • Author(s)
      伊勢茜,大西裕介, Kim Yu Jaen,田中秀明,栗栖源嗣
    • Organizer
      第31回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
  • [Presentation] 酸化型フェレドキシンの精密な結晶構造解析に向けた、X 線損傷 の分光学的評価2017

    • Author(s)
      大西 裕介,田中 秀明,奥 村 英夫,馬場 清喜,河野 能顕,熊坂 崇,栗栖源嗣
    • Organizer
      日本化学会
  • [Presentation] Electron transfer and proton transfer in proteins2017

    • Author(s)
      Hiroshi Ishikita
    • Organizer
      Frontier Forum on Nanoscience, Dubrovnik, Croatia
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 電子伝達蛋白質がつないだもの2017

    • Author(s)
      石北 央
    • Organizer
      2017年 バイオ工学シンポジウム、大和屋本店、松山市
    • Invited
  • [Presentation] 光合成蛋白質の理論解析で知るプロトンと水の移動経路2017

    • Author(s)
      斉藤圭亮
    • Organizer
      平成29年度ラン藻ゲノム交流会, 東京大学
    • Invited
  • [Presentation] 生体分子活性サイトの構造機能相関解明への新規アプローチ2017

    • Author(s)
      Hiroshi Ishikita
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会、熊本大学
    • Invited
  • [Presentation] Theoretical investigation based on molecular structures reveals reaction mechanisms in photosynthetic membrane proteins2017

    • Author(s)
      Keisuke Saito
    • Organizer
      第55回生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 光合成蛋白質内の水分子のシミュレーション2017

    • Author(s)
      斉藤圭亮
    • Organizer
      第5回JCAHPCセミナー、東京大学
    • Invited

URL: 

Published: 2018-12-17  

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