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2019 Fiscal Year Annual Research Report

構造を基盤としたプロトン排出の戦略的分子設計

Planned Research

Project AreaNew Photosynthesis : Reoptimization of the solar energy conversion system
Project/Area Number 16H06560
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

栗栖 源嗣  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (90294131)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 斉藤 圭亮  東京大学, 先端科学技術研究センター, 准教授 (20514516)
Project Period (FY) 2016-06-30 – 2021-03-31
Keywords光合成 / 構造生物学 / 生体エネルギー変換
Outline of Annual Research Achievements

PSIIの研究で最も重要とみなされているMnCa錯体における水分解・酸素発生の機構について、理論計算の手法を用いて更に新たな知見を得ることに成功した。各班による実験と連携した理論研究についても、須藤班をはじめ複数の課題に積極的に取り組んで着実に結果が得られた。PSIからの還元力供給口であるフェレドキシン(Fd)については、回折実験中の放射線損傷と結晶構造変化の関係に初めて定量的に切り込むことに成功した。高橋班と連携して、Cyt b6f複合体からのプロトン排出の鍵を握る組換え体を調製して、X線結晶構造に道筋をつけることができた。本研究課題で最も重要な反応と言っても過言ではない循環電子伝達を制御する新しい制御因子カルレドキシン(CRX)の環境に依存した構造変化に着目し、X線結晶構造解析、X線溶液散乱、NMR分光法そしてクロスリンクを併用した質量分析のすべての手法を相補的に適用することで、その構造基盤を示すことができた。久堀班で進められている酸化還元状態をモニターする新規蛍光タンパク質(Oba-Q、Re-Q)の構造ー機能相関の論文発表と、Fd:Trx reductaseとTrxの複合体構造解析も進めた。公募班である松村班との共同研究では、清水班とも共同でPEPCの点変異が及ぼす影響をX線結晶構造解析、分子動力学計算そしてフラックス代謝計算の全ての結果をベースに議論し、新しい光合成システムの理解を進めることができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

光合成機能再最適化の鍵を握る「プロトン駆動力の制御」、「強い還元力を漏らさず伝える高効率電子伝達」、そして「レドックス制御」に着目して研究を進め、各班との共同研究も積極的に進めた。その過程で少なからず問題点が発生したが、様々な努力により概ね問題点は解決される方向であり、現在までの研究は順調に推移していると評価できる。

Strategy for Future Research Activity

精密な分子構造を記述するX線構造解析の高分解能化と、構造情報に基づいた理論化学計算を併用することにより、各光合成分子装置のボトルネックを規定している構造要因を検証する。研究目的を達成するため、これまで通りの体制に加えて、クライオ電子顕微鏡による構造研究も加えて構造研究を加速する。各班から報告される変異体の機能解析と密接に連携することは勿論であるが、それに加えて、好熱性シアノバクテリアの専門家であるドイツ・Ruhr大学BochumのMatthias Roegner教授、Cyt b6f複合体の専門家である米国Purdue大学のWilliam A. Cramer教授、そしての緑藻Chmamydomonas専門家であるドイツ・Muenster大学のMichael Hippler教授と連携し研究を加速的に進めていく。

  • Research Products

    (20 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 1 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Ruhr University Bochum/Max Planck Institute of Biochemistry(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Ruhr University Bochum/Max Planck Institute of Biochemistry
  • [Int'l Joint Research] University of Muenster(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      University of Muenster
  • [Int'l Joint Research] Queen Mary University of London(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      Queen Mary University of London
  • [Int'l Joint Research] Purdue University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Purdue University
  • [Journal Article] Chlorophyllide a oxidoreductase preferentially catalyzes 8‐vinyl reduction over B‐ring reduction of 8‐vinyl chlorophyllide a in late steps of bacteriochlorophyll biosynthesis2020

    • Author(s)
      Yamamoto Haruki、Mizoguchi Tadashi、Tsukatani Yusuke、Tamiaki Hitoshi、Kurisu Genji、Fujita Yuichi
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: - Pages: in press

    • DOI

      10.1002/cbic.201900785

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] X-ray dose-dependent structural changes of the [2Fe-2S] ferredoxin from Chlamydomonas reinhardtii2020

    • Author(s)
      Ohnishi Yusuke、Muraki Norifumi、Kiyota Daiki、Okumura Hideo、Baba Seiki、Kawano Yoshiaki、Kumasaka Takashi、Tanaka Hideaki、Kurisu Genji
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: - Pages: in press

    • DOI

      10.1093/jb/mvaa045

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Redox-coupled proton pumping drives carbon concentration in the photosynthetic complex I2020

    • Author(s)
      Schuller Jan M.、Saura Patricia、Thiemann Jacqueline、Schuller Sandra K.、Gamiz-Hernandez Ana P.、Kurisu Genji、Nowaczyk Marc M.、Kaila Ville R. I.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: 494

    • DOI

      10.1038/s41467-020-14347-4

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Vectorial Proton Transport Mechanism of RxR, a Phylogenetically Distinct and Thermally Stable Microbial Rhodopsin2020

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、Ueta Tetsuya、Noji Tomoyasu、Saito Keisuke、Kanehara Kanae、Yoshizawa Susumu、Ishikita Hiroshi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 282

    • DOI

      10.1038/s41598-019-57122-2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Kinetic and structural insight into a role of the re-face Tyr328 residue of the homodimer type ferredoxin-NADP+ oxidoreductase from Rhodopseudomonas palustris in the reaction with NADP+/NADPH2020

    • Author(s)
      Seo Daisuke、Muraki Norifumi、Kurisu Genji
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      Volume: 1861 Pages: 148140~148140

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2019.148140

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Redox Potential of the Oxygen-Evolving Complex in the Electron Transfer Cascade of Photosystem II2019

    • Author(s)
      Mandal Manoj、Kawashima Keisuke、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 11 Pages: 249~255

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.9b02831

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of protonation of the over-reduced Mn4CaO5 cluster in photosystem II2019

    • Author(s)
      Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      Volume: 1860 Pages: 148059~148059

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2019.148059

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Calcium sensing via EF-hand 4 enables thioredoxin activity in the sensor-responder protein calredoxin in the green alga Chlamydomonas reinhardtii2019

    • Author(s)
      Charoenwattanasatien Ratana、Zinzius Karen、Scholz Martin、Wicke Susann、Tanaka Hideaki、Brandenburg Johann S.、Marchetti Giulia M.、Ikegami Takahisa、Matsumoto Takashi、Oda Takashi、Sato Mamoru、Hippler Michael、Kurisu Genji
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 295 Pages: 170~180

    • DOI

      10.1074/jbc.RA119.008735

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Multicolor redox sensor proteins can visualize redox changes in various compartments of the living cell2019

    • Author(s)
      Sugiura Kazunori、Tanaka Hideaki、Kurisu Genji、Wakabayashi Ken-ichi、Hisabori Toru
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      Volume: 1863 Pages: 1098~1107

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.01.016

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Electron transport pathways in isolated chromoplasts from Narcissus pseudonarcissus L.2019

    • Author(s)
      Grabsztunowicz Magda、Mulo Paula、Baymann Frauke、Mutoh Risa、Kurisu Genji、Setif Pierre、Beyer Peter、Krieger‐Liszkay Anja
    • Journal Title

      The Plant Journal

      Volume: 99 Pages: 245~256

    • DOI

      10.1111/tpj.14319

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 電子伝達タンパク質フェレドキシンと膜タンパク質との相互作用様式2019

    • Author(s)
      栗栖源嗣
    • Organizer
      2019年度日本生化学会九州支部例会
    • Invited
  • [Presentation] Updated X-ray structure of the Type-I Reaction Center from Heliobacterium modesticaldum at 2.28 A resolution2019

    • Author(s)
      Kurisu, Genji
    • Organizer
      Gordon Research Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 光合成型複合体Iがフェレドキシン依存性を示す構造基盤2019

    • Author(s)
      栗栖源嗣
    • Organizer
      第92回日本生化学会大会
  • [Presentation] Structural basis for the ferredoxin-dependency of NADH dehydrogenase-like complex I2019

    • Author(s)
      Kurisu, Genji
    • Organizer
      16th Conference of the Asian Crystallographic Association
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In and out of the membrane: cryo-EM of membrane proteins2019

    • Author(s)
      Gerle, Christoph
    • Organizer
      16th Conference of the Asian Crystallographic Association
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 蛋白質結晶学研究室ホームページ

    • URL

      http://www.protein.osaka-u.ac.jp/crystallography/

URL: 

Published: 2021-01-27  

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