2017 Fiscal Year Annual Research Report
| Project Area | Transomic Analysis of Metabolic Adaptation |
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| Project/Area Number |
17H06305
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
伊藤 隆司 九州大学, 医学研究院, 教授 (90201326)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
梅山 大地 国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 研究員 (30706370)
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| Project Period (FY) |
2017-06-30 – 2022-03-31
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| Keywords | エピゲノム / クロマチン / DNAメチル化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
次世代メチローム解析技術の開発：次世代型PBATの基盤技術として開発中であった独自の一本鎖DNA連結法TACSライゲーションの最適化を更に進めた。バイサルファイト処理DNAにTACSライゲーションを適用すると通常のssDNAに適用した場合よりも効率が低い点が問題となったが、その原因はバイサルファイト変換による3'切断端が通常の水酸基やリン酸基ではない構造を有するためと考えられた。そこで、考えられるいくつかの構造を解消できる可能性を有する酵素を発現精製して使用したところ、末端修復反応の効果が認められた。これと平行してTACSライゲーションを適用した後の相補鎖合成反応の最適化を中心に進めた。一方、ランダムプライミングで伸長した相補鎖に対してTACSライゲーションを適用する方法も試みて有用性が確認されたため、この方法をHiSeqX10を利用して行うことで領域内の支援を行うこととした。また、進展の著しいナノポアシーケンサーにも着目し、長鎖エピゲノム解析への応用についても予備的検討に着手した。
次世代ゲノムフットプリント解析技術の開発：DMS-seqの成果を取りまとめて論文を発表した。詳細なプロトコルについても論文が受理された。ChIPデータの活用についても上記論文中に盛り込んだ。またDamメチレースによる人工的メチル化を用いたゲノムフットプリンティングの可能性についても検討を行い、DamID-seq変法を開発した。
次世代エピゲノム解析技術の応用：オンコメタボライト2HG添加によるヒト正常アストロサイトの解析を進めている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
次世代メチローム解析技術については、要素技術TACSライゲーションの開発が順調に進んでおり、その成果を早期に領域内支援を行うための体制も整備された。また、進展の著しいナノポアシーケンサーに着目して、その長鎖エピゲノム解析への応用についても予備的検討を開始した。
次世代ゲノムフットプリント解析技術については、DMS-seqに関する論文を発表し、更に詳細なプロトコルも受理された。iDMS-seqについては原理的な有効性を上記論文に盛り込むことも出来た。
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| Strategy for Future Research Activity |
次世代メチローム解析技術については、完全にランダムプライミングを排した方法の確立を急ぐとともに、長鎖DNAへの応用を検討する。また、進展の著しいナノポアシーケンサーの長鎖エピゲノム解析への応用を本格化する。
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Research Products
(5 results)
