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2021 Fiscal Year Annual Research Report

脊索動物胚発生の分子発生システムゆらぎ測定と進化的保存性

Planned Research

Project AreaEvolutionary theory for constrained and directional diversities
Project/Area Number 17H06387
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

入江 直樹  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (10536121)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 上坂 将弘  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 研究員 (20756499)
Project Period (FY) 2017-06-30 – 2022-03-31
Keywords進化生物学 / 発生生物学 / 頑健性 / 安定性
Outline of Annual Research Achievements

本課題は、脊索動物の発生過程における揺らぎが、進化的保存性(制約や方向性)に寄与しているとする理論予測を、実験的に裏付けることができるかどうかを検証したものである。
脊椎動物胚を用いた詳細な解析の結果、脊椎動物の基本構造が構築される発生段階(ファイロティピック段階)は、遺伝子発現プロファイル上の揺らぎが小さく発生学的に安定であること、さらにそれがこの発生段階の進化的保存性に寄与している可能性が、メダカ近交系の解析および、異なる系統の掛け合わせ実験などから示唆された。また、遺伝子の使いまわしがボディプラン構築期の進化的保存に寄与している可能性を実験データから初めて示すことにも成功し、新しい形質を獲得する上で遺伝子の使い回しが、同時に表現型の多様化を制限する要因にもなっている可能性が示唆された。従来、遺伝子の使いまわし(gene co-option)は新規形質の獲得に寄与する多様化の促進因子だと考えられてきたが、本発見は、同時に多様化を制限する諸刃の剣である可能性を強く示唆するものである。
これまでの進化生物学は、遺伝的変異や環境の影響で出現した多用な特徴(表現型)が選択されたり、偶発的に集団内にひろがることで起こると説明されてきた。一方で、今回の一連の研究は、生物そのものにどの程度特徴を変えられるかという多様化のポテンシャルが備わっていることを示すものであり、その具体的実態(揺らぎ、遺伝子の使いまわしなど)を解明した研究と考えている。様々な表現型のバリエーションを生み出すポテンシャルが低いと結果的に多様化する機会が減るというのは自然な考えであるものの、具体的にこうしたメカニズムまで明らかとなったのは、今後の進化生物学にとって大きな成果だと考えている。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (13 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 5 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 5 results)

  • [Journal Article] Stability in gene expression and body-plan development leads to evolutionary conservation.2023

    • Author(s)
      Yui Uchida*, Hiroyuki Takeda, Chikara Furusawa & Naoki Irie*
    • Journal Title

      EvoDevo

      Volume: vol. 14, no.4 Pages: -

    • DOI

      10.1186/s13227-023-00208-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The pentameric hydrocoel lobes organize adult pentameral structures in a sea cucumber, Apostichopus japonicus.2022

    • Author(s)
      Sumio Udagawa, Akiko Nagai, Mani Kikuchi, Akihito Omori, Atsushi Tajika, Mieko Saito, Toru Miura, Naoki Irie, Yasuhiro Kamei, Mariko Kondo
    • Journal Title

      Developmental Biology

      Volume: 492 Pages: 71-87

    • DOI

      10.1016/j.ydbio.2022.09.002

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Potential contribution of intrinsic developmental stability toward body plan conservation2022

    • Author(s)
      Yui Uchida*, Shuji Shigenobu, Hiroyuki Takeda, Chikara Furusawa & Naoki Irie*
    • Journal Title

      BMC Biology

      Volume: 20, 82 Pages: -

    • DOI

      10.1186/s12915-022-01276-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Distinguishing Evolutionary Conservation from Derivedness.2022

    • Author(s)
      Jason Cheok Kuan Leong*, Masahiro Uesaka, Naoki Irie*
    • Journal Title

      Life

      Volume: 12(3), 440 Pages: -

    • DOI

      10.3390/life12030440

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Measuring potential effects of the developmental burden associated with the vertebrate notochord.2022

    • Author(s)
      Satoko Fujimoto Kaori Yamanaka Chiharu Tanegashima Osamu Nishimura Shigehiro Kuraku Shigeru Kuratani Naoki Irie*
    • Journal Title

      Journal of Experimental Zoology, part B

      Volume: 338(1-2) Pages: 76-78

    • DOI

      10.1002/jez.b.23032

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The developmental hourglass model and recapitulation: An attempt to integrate the two models2022

    • Author(s)
      Masahiro Uesaka, Shigeru Kuratani, Naoki Irie
    • Journal Title

      Journal of Experimental Zoology, part B

      Volume: Volume338, Issue1-2 Pages: -

    • DOI

      10.1002/jez.b.23027

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] How can recapitulation be reconciled with modern concepts of evolution?2022

    • Author(s)
      Shigeru Kuratani, Masahiro Uesaka, Naoki Irie
    • Journal Title

      Journal of Experimental Zoology, part B

      Volume: Volume338, Issue1-2 Pages: 28-35

    • DOI

      10.1002/jez.b.23020

  • [Journal Article] Derivedness Index for Estimating Degree of Phenotypic Evolution of Embryos: A Study of Comparative Transcriptomic Analyses of Chordates and Echinoderms2021

    • Author(s)
      Jason Cheok Kuan Leong*, Yongxin Li, Masahiro Uesaka, Yui Uchida, Akihito Omori, Meng Hao, Wenting Wan, Yang Dong, Yandong RenSi Zhang, Tao Zeng, Fayou Wang, Luonan Chen, Gary Wessel, Brian T. Livingston, Cynthia Bradham, Wen Wang, Naoki Irie*
    • Journal Title

      Front. Cell Dev. Biol.

      Volume: 26 Pages: -

    • DOI

      10.3389/fcell.2021.749963

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 動物の解剖学的基本パターンはなぜ進化的に保守的なのか2022

    • Author(s)
      入江直樹
    • Organizer
      第127 回日本解剖学会総会・全国学術集会
    • Invited
  • [Presentation] Can we predict evolutionary outcome of animal body plan?2021

    • Author(s)
      Naoki Irie
    • Organizer
      International Congress of Zoology Cape Town
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Internal factors of biological system that biases evolutionary outcome2021

    • Author(s)
      Naoki Irie
    • Organizer
      ICG-16, Qindao
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Possible constraints by developmental robustness2021

    • Author(s)
      Naoki Irie
    • Organizer
      2nd AsiaEvo
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 発生頑健性による進化の慣性力2021

    • Author(s)
      入江直樹
    • Organizer
      日本分子生物学会
    • Invited

URL: 

Published: 2023-12-25  

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