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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Unified comprehension of chemical communication by natural PKC ligands and development of new medicinal seeds

Planned Research

Project AreaFrontier research of chemical communications
Project/Area Number 17H06405
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

入江 一浩  京都大学, 農学研究科, 教授 (00168535)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 柳田 亮  香川大学, 農学部, 准教授 (10598121)
Project Period (FY) 2017-06-30 – 2022-03-31
KeywordsプロテインキナーゼC / アプリシアトキシン / HIV / 機械学習 / アロタケタール
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、炎症作用を抑えたアプリシアトキシン(ATX)単純化アナログである10-Me-Aplog-1のプロテインキナーゼC(PKC)アイソザイムを介した化学シグナルを分子レベルで解析することにより、難治性疾患(がん、アルツハイマー病、HIV感染症)の治療薬としての構造最適化を行うことを目的としている。さらに、ATX以外の新規PKCリガンドを機械学習により探索し、これらの全合成研究を行い、同様の医薬品シーズとしての展開を目指している。
まず、10-Me-Aplog-1のHIV感染症に対する医薬品シーズに関する基礎研究を完結した。具体的には、10-Me-Aplog-1をBET阻害剤JQ1と組み合わせることにより相乗的に潜伏HIVを再活性化することを見いだした。同時に、望ましくない作用(炎症性サイトカインの産生)を軽減させることが判明し、HIVのshock & kill療法に使用可能なPKCリガンドであることが示唆された。さらに、in vivoでの投与実験を行うため、10-Me-Aplog-1の側鎖のフェノール性水酸基を溶解性の高いリン酸化体に誘導し、それをマウスに静脈注射することによって血中で速やかに10-Me-Aplog-1に代謝されることを確認した。
一方、A03班の榊原教授、斎藤博士と共同で、機械学習モデルを利用して複数の新規PKCリガンド候補化合物を同定した。候補化合物のうち海綿由来のアロタケタール類の単純化アナログを、PKCδ-C1Bドメインとのドッキングシミュレーションに基づいて数種類設計・合成したところ、これらのうちいくつかの化合物は、PKCδ-C1Bに結合することが明らかになった。特に、母核構造の縮環部が非天然型であるトランス体アナログが、カルシウム依存性PKCアイソザイムに対して選択的に結合したことは興味深く、アイソザイム選択的なリガンドの設計につながるものである。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (12 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Analysis of binding mode of vibsanin A with protein kinase C C1 domains: An experimental and molecular dynamics simulation study2022

    • Author(s)
      Yanagita Ryo C.、Otani Mao、Hatanaka Satoshi、Nishi Hiroto、Miyake Shota、Hanaki Yusuke、Sato Masashi、Kawanami Yasuhiro、Irie Kazuhiro
    • Journal Title

      Journal of Molecular Structure

      Volume: 1260 Pages: 132866

    • DOI

      10.1016/j.molstruc.2022.132866

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] AI and computational chemistry-accelerated development of an alotaketal analogue with conventional PKC selectivity2022

    • Author(s)
      Maki Jumpei、Oshimura Asami、Tsukano Chihiro、Yanagita Ryo C、Saito Yutaka、Sakakibara Yasubumi、Irie Kazuhiro
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 58 Pages: in press

    • DOI

      10.1039/D2CC01759H

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Design, synthesis, and biological activity of a synthetically accessible analog of aplysiatoxin with an (R)-(-)-carvone-based conformation-controlling unit2022

    • Author(s)
      Suzuki Yoshiyuki、Moritoki Keiichi、Kajiwara Mizuki、Yanagita Ryo C.、Kawanami Yasuhiro、Hanaki Yusuke、Irie Kazuhiro
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 86 Pages: in press

    • DOI

      10.1093/bbb/zbac084

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Novel PKC Activator 10-Methyl-Aplog-1 Combined with JQ1 Induced Strong and Synergistic HIV Reactivation with Tolerable Global T Cell Activation2021

    • Author(s)
      Washizaki Ayaka、Murata Megumi、Seki Yohei、Kikumori Masayuki、Tang Yinpui、Tan Weikeat、Wardani Nadita P.、Irie Kazuhiro、Akari Hirofumi
    • Journal Title

      Viruses

      Volume: 13 Pages: 2037

    • DOI

      10.3390/v13102037

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] アロタケタール類のトランスデカリン型単純化アナログの合成とPKC結合活性2022

    • Author(s)
      眞木準平、押村亜沙美、塚野千尋、柳田 亮、入江一浩
    • Organizer
      2022年度日本農芸化学会大会(京都)オンライン開催
  • [Presentation] アロタケタール類のシスピラン環型単純化アナログの合成とPKC結合活性2022

    • Author(s)
      奥田創元、塚野千尋、柳田 亮、入江一浩
    • Organizer
      2022年度日本農芸化学会大会(京都)オンライン開催
  • [Presentation] B環を除去したAplysiatoxin単純化アナログの合成と生物活性2022

    • Author(s)
      関戸智紀、山本剛史、柳田 亮、花木祐輔、川浪康弘、入江一浩
    • Organizer
      2022年度日本農芸化学会大会(京都)オンライン開催
  • [Presentation] (-)-Carvoneを用いるAplysiatoxin単純化アナログの合成と活性評価2022

    • Author(s)
      鈴木芳幸、守時恵一、梶原瑞生、柳田 亮、川浪康弘、花木祐輔、入江一浩
    • Organizer
      2022年度日本農芸化学会大会(京都)オンライン開催
  • [Presentation] Development of new protein kinase C ligands using a machine learning model2021

    • Author(s)
      Irie Kazuhiro、Tsukano Chihiro、Maki Jumpei、Oshimura Asami、Okuda Sogen、Gonda Atsuko、Yanagita Ryo C.、Saito Yutaka、Sakakibara Yasubumi
    • Organizer
      2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM 2021) virtual
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Synthesis and biological activities of des-A-ring analog of 18-deoxy-aplog-1, a simplified analog of debromoaplysiatoxin2021

    • Author(s)
      Yanagita Ryo C.、Ashida Yoshiki、Kawanami Yasuhiro、Okamoto Mutsumi、Dan Shingo、Irie Kazuhiro
    • Organizer
      2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM 2021) virtual
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Suppression of toxic amyloid β42 oligomers in rat primary cerebral cortex cells and human iPS-derived neurons treated with 10-Me-Aplog-1, a new PKC activator2021

    • Author(s)
      Murakami Kazuma、Yoshimura Mayuko、Nakagawa Shota、Kume Toshiaki、Kondo Takayuki、Inoue Haruhisa、Irie Kazuhiro
    • Organizer
      2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM 2021) virtual
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 生命有機化学分野

    • URL

      https://www.orgchem.kais.kyoto-u.ac.jp

URL: 

Published: 2022-12-28  

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