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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Dynamic conformation and domain structure of lipid molecules in model biomembranes

Planned Research

Project AreaFrontier research of chemical communications
Project/Area Number 17H06406
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

村田 道雄  大阪大学, 理学研究科, 教授 (40183652)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 土川 博史  大阪大学, 理学研究科, 助教 (30460992)
此木 敬一  東北大学, 農学研究科, 准教授 (40292825)
山下 まり  東北大学, 農学研究科, 教授 (50192430)
西川 俊夫  名古屋大学, 生命農学研究科, 教授 (90208158)
Project Period (FY) 2017-06-30 – 2022-03-31
Keywords天然物リガンド / 化学コミュニケーション / イオンチャネル / 膜貫通ドメイン / ATPアーゼ
Outline of Annual Research Achievements

天然物は強力な生物活性と高い特異性を有しているものが多く、歴史的には、Na+チャネルがテトロドトキシンの結合分子として精製されたように、タンパク質研究に重用されてきた。本計画研究では、膜タンパク質に特異的に結合する生物活性リガンドを創製し、物理化学・構造生物学的手法によって生体膜でのシグナル伝達の分子機構を原子分解能で解明することを目的とし、初年度である平成29年度は以下に示す成果を挙げることができた。
ナトリウムチャネルに作用するテトロドトキシンとサキシトキシン、クランべシンなどの誘導体の化学合成と生物活性について精査した。また、イオンチャネルに作用する天然物の探索研究を本格的に開始し、複数の候補化合物を得ることができた。さらに、膜脂質の生物活性発現における役割や膜タンパク質との相互作用を解明するために、天然リガンドを用いた研究を実施した。その結果、脂質二重膜に直接作用して生物活性を発揮するサポニン・OSW-1や環状ペプチド・セオネラミドについてステロールとの相互作用の詳細を解明することができた。この過程で固体NMRや親和性測定について研究手法を確立した。また、膜タンパク質に作用する梯子状ポリエーテル、バフィロマイシンやスピロライドなどの天然物リガンドについても合成化学的な構造修飾を介して、作用機構の解明を進めた。
これら成果をもとに研究を展開することによって、リガンドの生物活性とタンパク質の機能を正確に関連づけることが可能になる。さらに、理工学的アプローチによって新たな生物活性リガンドを創製することができれば、生物学・基礎医学分野への貢献が期待できる。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

初年度は、目的を達成するための研究基盤の確立を行った。
まず、強力な生物毒として注目されている膜貫通αヘリックスと相互作用する天然物リガンドとしては、梯子状ポリエーテル化合物に注目した。生体膜類似の環境下でαヘリックス構造を取るペプチドを用いた相互作用評価方法の確立を行った。また、イオンチャネルに特異的に作用するリガンドとして、クランべシンとサキシトキシンアナログの合成研究を進めた。新規様式でイオンチャネルに作用する天然物リガンドの探索研究においては、電気生理的手法を用いて簡便に検出する方法を確立することができた。
本新学術領域研究における3つの計画班の共同研究として、生体膜との相互作用を介して、真菌に対して増殖阻害活性を示す環状ペプチドであるセオナミド類に関して、膜脂質との相互作用を詳細に調べた。その結果、セオナミドは膜中でコレステロールと特異的に結合することが判明し、その結合によって脂質二重膜に対する親和性や膜透過化作用の分子機構を推定することに成功した。
このように、代表者と分担者が連携し、多様なアプローチによって生体膜作動性の天然リガンドを精査した。その結果、今後の本領域研究を進捗する上で必要な基盤的技術を確立することができたので、初年度としては顕著な進展があったと考える。

Strategy for Future Research Activity

今後の研究推進としては、イオンチャネル、ATPアーゼやポストシナプス受容体などの膜タンパク質との相互作用に重点を移し、天然リガンドと相互作用をさらに詳しく調べる予定である。具体的には、以下に示す研究を重点的に推進する予定である。
膜タンパク質として取り上げた、ATPアーゼとイオンチャネル・アセチルコリン受容体についても、合成化学的手法によって天然リガンドの強い生物活性の機構を解き明かす研究を本格化させる。海洋天然物クランべシンやテトロドトキシン生合成前駆体などもイオンチャネル作動性分子としての評価を詳細に行う。また、本年度確立した電気生理的手法を用いて、イオンチャネルに作用する新たな天然物リガンドの探索を本格化する。膜タンパク質などのαヘリックスと相互作用する梯子状ポリエーテル化合物については、天然物であるイェッソトキシンとその脱硫酸エステル体に焦点を当てて解析を進める。本年度は脂質二重膜中でαヘリックスを形成するアミロイドペプチドなどを用いて、αヘリックス構造との相互作用が評価できる系を確立したので、この手法を用いた構造活性相関研究に取りかかる予定である。
このように、本研究班の課題には、イオンチャネルを中心とした膜タンパク質の生物活性の評価が重要な役割を担っているので、研究分担者間の共同研究を推進することによって効率的に領域研究を推進する。

  • Research Products

    (53 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (12 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 2 results) Presentation (36 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 11 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Abo Akademi University(フィンランド)

    • Country Name
      FINLAND
    • Counterpart Institution
      Abo Akademi University
  • [Int'l Joint Research] Stony Brook University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Stony Brook University
  • [Int'l Joint Research] Pacific Adventist University(ソロモン)

    • Country Name
      SOLOMON ISLANDS
    • Counterpart Institution
      Pacific Adventist University
  • [Int'l Joint Research] フランクフルト大学/Trier University(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      フランクフルト大学/Trier University
  • [Journal Article] Six domoic acid related compounds from the red alga, Chondria armata.2018

    • Author(s)
      Yukari Maeno, Yuichi Kotaki, Ryuta Terada, Yuko Cho, Keiichi Konoki, Mari Yotsu-Yamashita.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 356

    • DOI

      10.1038/s41598-017-18651-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Synthesis of Dibromo Compounds Containing 2,6-Dioxabicyclo[3.1.1]heptane Similar to Core Moiety of Thromboxane A2.2018

    • Author(s)
      Nokura, Y.; Nakazaki, A.; Nishikawa, T.
    • Journal Title

      Heterocycles

      Volume: 96 Pages: 127-136

    • DOI

      10.3987/COM-17-13814

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Stable C-N axial chirality in 1-aryluracil scaffold and differences in in vitro metabolic clearance between atropisomers of PDE4 inhibitor.2017

    • Author(s)
      Futoshi Hasegawa, Kazushi Kawamura, Hiroshi Tsuchikawa, Michio Murata.
    • Journal Title

      Bioorg. Med Chem.

      Volume: 25 Pages: 4056-4511

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2017.06.042

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Efficient access to functionalized bicyclic pharmacophore of spirolide C via selective Diels-Alder reaction.2017

    • Author(s)
      Hiroshi Tsuchikawa, Kou Minamino, Sho Hayashi, Michio Murata.
    • Journal Title

      Asian J. Org. Chem.

      Volume: 6 Pages: 1322-1327

    • DOI

      10.1002/ajoc.201700164

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dietary administration of tetrodotoxin and its putative biosynthetic intermediates to the captive-reared non-toxic Japanese fire-bellied newt, Cynops pyrrhogaster.2017

    • Author(s)
      Yuta Kudo, Chikafumi Chiba, Keiichi Konoki, Yuko Cho, Mari Yotsu-Yamashita.
    • Journal Title

      Toxicon

      Volume: 137 Pages: 78-82

    • DOI

      10.1016/j.toxicon.2017.07.016

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Tetrodotoxin in Asian newts (Salamandridae)2017

    • Author(s)
      Yotsu-Yamashita, M., Toennes, S.W., Mebs, D.
    • Journal Title

      Toxicon

      Volume: 134 Pages: 14-17

    • DOI

      10.1016/j.toxicon.2017.05.014

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Synthesis and identification of key biosynthetic intermediates for the formation of the tricyclic skeleton of saxitoxin.2017

    • Author(s)
      Shigeki Tsuchiya, Yuko Cho, Renpei Yoshioka, Keiichi Konoki, Kazuo Nagasawa, Yasukatsu Oshima, and Mari Yotsu-Yamashita.
    • Journal Title

      Angew. Chem. Int. Ed

      Volume: 56 Pages: 5327-5331

    • DOI

      10.1002/anie.201612461/full

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A new sarasinoside congener, sarasinoside M2, from a marine sponge collected in the Solomon Islands.2017

    • Author(s)
      Clyde Gorapava Puilingi, Yuta Kudo, Yuko Cho, Keiichi Konoki, Mari Yotsu-Yamashita.
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 81 Pages: 222-225

    • DOI

      10.1080/09168451.2016.1246172

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Total Synthesis of Polycavernosides A and B, Two Lethal Toxins from Red Alga.2017

    • Author(s)
      Kotaro Iwasaki, Satori Sasaki, Yusuke Kasai, Yuki Kawashima, Shohei Sasaki, Takanori Ito, Mari Yotsu-Yamashita, Makoto Sasaki.
    • Journal Title

      The Journal of Organic Chemistry

      Volume: 82 Pages: 13201-13219

    • DOI

      10.1021/acs.joc.7b02293

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 貝毒、魚毒、腔腸動物の毒、神経毒とNeuroscience2017

    • Author(s)
      山下まり、此木敬一
    • Journal Title

      月刊 臨床神経科学、Clinical Neuroscience

      Volume: 35 Pages: 1443-1448

  • [Journal Article] Differential binding of tetrodotoxin and its derivatives to voltage-sensitive sodium channel subtypes (Nav1.1 to Nav1.7).2017

    • Author(s)
      Tadaaki Tsukamoto, Yukie Chiba, Minoru Wakamori, Tomoshi Yamada1, Shunsuke Tsunogae, Yuko Cho, Ryo Sakakibara, Takuya Imazu, Shouta Tokoro, Yoshiki Satake, Masaatsu Adachi, Toshio Nishikawa, Mari Yotsu-Yamashita, Keiichi Konoki.
    • Journal Title

      British Journal of Pharmacology

      Volume: 74 Pages: 3881-3892

    • DOI

      10.1111/bph.13985

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Inhibition of veratridine-induced delayed inactivation of the voltage-sensitive sodium channel by synthetic analogs of crambescin B.2017

    • Author(s)
      Tadaaki Tsukamoto, Yukie Chiba, Atsuo Nakazaki, Yuki Ishikawa, Yoshiki Nakane, Yuko Cho, Mari Yotsu-Yamashita, Toshio Nishikawa, Minoru Wakamori, Keiichi Konoki.
    • Journal Title

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

      Volume: 27 Pages: 1247-1251

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2017.01.054

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Synthesis and biological evaluation of natural product-mimicking 7,6-spirocyclic imine compounds toward a specific inhibitor of neuronal nicotinic acetylcholine receptor.2018

    • Author(s)
      MINAMINO, Kou; TSUCHIKAWA, Hiroshi; MURATA, Michio; KONOKI, Keiichi.
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会(2018)
  • [Presentation] Stereoselective construction of spiroacetal framework and evaluation of its thermodynamic/kinetic stability.2018

    • Author(s)
      YASUKAWA, Yoshifumi; TSUCHIKAWA, Hiroshi; MURATA, Michio.
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会(2018)
  • [Presentation] Elucidation of Bafilomycin-Vacuolar-type ATPase interaction based on solid-state NMR.2018

    • Author(s)
      HAYASHI, Tatsuru; TSUCHIKAWA, Hiroshi; UMEGAWA, Yuichi; MURATA, Michio; NAGUMO, Yoko; USUI, Takeo.
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会(2018)
  • [Presentation] 脂肪酸結合タンパク質FABP7の選択的阻害剤の開発を目指した環状脂肪酸誘導体の合成と親和性評価2018

    • Author(s)
      永安 麻優・土川 博史・杉山 成・松岡 茂・原 利明・村田 道雄・島本 知英・吉川 武男
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会(2018)
  • [Presentation] 梯子状ポリエーテル化合物のアミロイドβ凝集阻害活性および相互作用の評価2018

    • Author(s)
      Xiong Weiqi・原 利明・土川 博史・村田 道雄・佐竹 真幸
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会(2018)
  • [Presentation] 網羅合成を目指した連続反応による天然物合成2018

    • Author(s)
      西川俊夫
    • Organizer
      有機合成2月セミナー“有機合成のニュートレンド2018”
    • Invited
  • [Presentation] Oscillatoxin DとAplysiatoxinの統一的合成法の開発2018

    • Author(s)
      新木悠介、野倉吉彦、中崎敦夫、西川俊夫
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] セスペンドールの合成研究2018

    • Author(s)
      小野義貴、植木佳織、Jittra Suthiwong、西川俊夫
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] テトロドトキシンのフグ誘引活性の解明を目的とした類縁体の合成研究2018

    • Author(s)
      中東亮太、安立昌篤、野口能寿、山本直之、阿部秀樹、西川俊夫
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] クランベシン類縁体の合成研究2018

    • Author(s)
      毛利春輔、中崎敦夫、西川俊夫
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] クサフグ(Takifugu niphobles)におけるフグ毒類縁体に対する嗅覚感知機構2018

    • Author(s)
      野口能寿、榊原良、佐竹佳樹、安立昌篤、西川俊夫、山本直之、阿部秀樹
    • Organizer
      平成30年度日本水産学会
  • [Presentation] 紅藻ハナヤナギ(Chondria armata)から同定したドウモイ酸の推定生合成中間体のLC-MS分析法の検討2018

    • Author(s)
      前野優香理,山下まり,長由扶子,此木敬一,小瀧裕一,寺田竜太
    • Organizer
      平成30年度日本水産学会春季大会
  • [Presentation] 海洋生物における新規テトロドトキシン関連化合物の探索2018

    • Author(s)
      上山望,杉本敬太,長由扶子,此木敬一,山下まり
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] クロイソカイメン共生菌が生産する新規有毒二次代謝産物の構造決定2018

    • Author(s)
      菊池颯、岡田華弥、長由扶子、吉田慎一朗、權 垠相、山下まり、此木敬一
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] 記憶喪失性貝毒ドウモイ酸の生合成経路に関する研究2018

    • Author(s)
      前野優香理,小瀧裕一,長由扶子,此木敬一,山下まり
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] 15N同位体標識培地による渦鞭毛藻の麻痺性貝毒及び生合成中間体への15N取り込み挙動の解析2018

    • Author(s)
      長由扶子,土屋成輝,此木敬一,大島泰克,山下まり
    • Organizer
      平成30年度日本水産学会春季大会
  • [Presentation] Synthesis of Natural Products in Bioagricultural Sciences.2017

    • Author(s)
      Toshio Nishikawa
    • Organizer
      Joint Degree Conference on “ Science and Technology Cooperation relationshio in Agriculture for Next generation”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Syntheses of Biologically Active Natural Products by Means of Cascade Reactions.2017

    • Author(s)
      Toshio Nishikawa
    • Organizer
      Seminar at CRI
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] カスケード反応による天然物合成2017

    • Author(s)
      西川俊夫
    • Organizer
      九州大学公開講演会 最新化学談話シリーズ
    • Invited
  • [Presentation] Inagami-Tamura EDLF(内因性ジギタリス様物質)の候補化合物の化学合成2017

    • Author(s)
      中崎敦夫、橋本圭古、池田藍、柴田貴広、西川俊夫
    • Organizer
      第59回天然有機化合物討論会
  • [Presentation] 蛍光デキストランを利用した匂い刺激に応答するクサフグ嗅上皮細胞の同定2017

    • Author(s)
      野口能寿、榊原良、佐竹佳樹、安立昌篤、西川俊夫、山本直之、阿部秀樹
    • Organizer
      日本動物学会第88回富山大会
  • [Presentation] フグ毒テトロドトキシンの推定生合成中間体の化学合成研究2017

    • Author(s)
      宮坂忠親、安立昌篤、西川俊夫
    • Organizer
      日本農芸化学会中部支部180回例会
  • [Presentation] Oscillatoxin D類の新規合成法の開発2017

    • Author(s)
      新木悠介、野倉吉彦、中崎敦夫、西川俊夫
    • Organizer
      第35回メディシナルケミストリーシンポジウム
  • [Presentation] Oscillatoxin DとAplysiatoxinの網羅的合成法の開発2017

    • Author(s)
      新木悠介、野倉吉彦、中崎敦夫、西川俊夫
    • Organizer
      ITbM/IGER Chemistry Workshop 2017
  • [Presentation] Concise Synthesis of Oscillatoxin D and its analogues.2017

    • Author(s)
      Toshio Nishikawa
    • Organizer
      The Second A3 Roundtable Meeting on Chemical Probe Research Hub
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] カスケード型環化反応によるグアニジン系天然物の合成2017

    • Author(s)
      西川俊夫
    • Organizer
      東北大学天然物生命化学セミナー
    • Invited
  • [Presentation] フグ毒の生合成経路解明へのアプローチ2017

    • Author(s)
      山下まり
    • Organizer
      日本農芸化学会創立100周年に向けたシンポジウム、Visionary農芸化学100シンポジウム、天然物化学領域 第一回 生命現象に介在する天然物の化学
    • Invited
  • [Presentation] 化学的手法による天然毒の生合成研究2017

    • Author(s)
      山下まり
    • Organizer
      第34回有機合成化学セミナー
    • Invited
  • [Presentation] 食中毒を引き起こす海洋生物毒と対応策の進展2017

    • Author(s)
      山下まり
    • Organizer
      5大学共同開催フォーラム第7回食の安全研究ホットトピックス
    • Invited
  • [Presentation] Prediction of Biosynthetic Pathways of Tetrodotoxin and Saxitoxin Based on the Structures of Intermediates.2017

    • Author(s)
      Mari Yotsu-Yamashita
    • Organizer
      The 5th Tohoku University (TU)-Dalian University of Technology (DUT) Joint Symposium on Chemistry.
    • Invited
  • [Presentation] Biosynthetic pathway of saxitoxin based on the structures of its intermediate.2017

    • Author(s)
      Mari Yotsu-Yamashita
    • Organizer
      The JSFS 85th Anniversary-Commemorative International Symposium “Fisheries Science for Future Generations”
    • Invited
  • [Presentation] 化学的手法による天然毒の生合成研究2017

    • Author(s)
      山下まり
    • Organizer
      名古屋大学大学院生命農学研究科セミナー
    • Invited
  • [Presentation] フグのテトロドトキシン関連化合物の構造と推定生合成経路2017

    • Author(s)
      上山望、杉本敬太、西川俊夫、長由扶子、此木敬一、山下まり
    • Organizer
      第28回万有仙台シンポジウム
  • [Presentation] フグの新規スピロ環状グアニジノ化合物の単離,構造決定と海産テトロドトキシンの生合成経路の推定2017

    • Author(s)
      前野優香理,山下まり,長由扶子,此木敬一,小瀧裕一,寺田竜太
    • Organizer
      第59回天然有機化合物討論会
  • [Presentation] フグ由来のテトロドトキシン関連化合物の合成2017

    • Author(s)
      杉本敬太,上山望,長由扶子,此木敬一,西川俊夫,山下まり
    • Organizer
      日本農芸化学会東北支部第152回大会
  • [Presentation] Screening of biosynthetic intermediates of domoic acid, the causative toxin of amnesic shellfish poisoning.2017

    • Author(s)
      Yukari Ebine, Yuichi Kotaki, Ryuta Terada, Yuko Cho, Keiichi Konoki, Mari Yotsu-Yamashita
    • Organizer
      Tohoku University's Chemistry Summer School 2017
  • [Remarks] 村田研究室・研究紹介(日本語)

    • URL

      http://www.chem.sci.osaka-u.ac.jp/lab/murata/research.html

URL: 

Published: 2019-12-27  

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