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2018 Fiscal Year Annual Research Report

機能解析による光合成タンパク質における電子移動制御の分子機構解明

Planned Research

Project AreaCreation of novel light energy conversion system through elucidation of the molecular mechanism of photosynthesis and its artificial design in terms of time and space
Project/Area Number 17H06435
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

野口 巧  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (60241246)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 杉浦 美羽  愛媛大学, プロテオサイエンスセンター, 准教授 (80312255)
Project Period (FY) 2017-06-30 – 2022-03-31
Keywords光合成 / 水分解 / 酸素発生 / 電子移動 / プロトン移動 / 赤外分光 / 部位特異的変異
Outline of Annual Research Achievements

植物およびシアノバクテリアの光化学系Ⅱの電子移動・水分解反応について、変異体作製および分光解析により、以下の成果を得た。
1.ホウレンソウのチラコイド膜をにおいて、光化学系Ⅱの水分解反応およびキノン還元反応の量子効率、光化学系Iにおける電子移動反応、および、光化学系Ⅱと光化学系Iの量比を光誘起フーリエ変換赤外(FTIR)差分光法を用いて 調べる手法を確立した。
2.全反射吸収法(ATR)法を用いて光化学系Ⅱ微結晶の水分解反応における各S状態遷移のFTIR差スペクトルを測定した。その結果、結晶中においても、S状態サイクルは十分に高い効率で進行すること、各S状態は基本的に溶液中の構造と同じであることが明らかとなった。
3.第二キノン受容体QBの一電子還元状態(QB-)の緩和速度のpH依存性を光誘起FTIR差分光法を用いて調べ、QB-は高いpHにおいてその酸化還元電位が低下し、緩和が促進される機構が存在することが示された。これは、光化学系Ⅱの電子伝達系が持つ、過剰な光反応を抑制するための光保護機構の一つであると考えられる。
4.光化学系Ⅱにおける4つの反応中心クロロフィルの一つであるモノマークロロフィルChlD1の軸配位子を部位特異的に別のアミノ酸に置換した組換え体を作製し、時間分解吸収、熱発光、電子スピン共鳴、FTIR差分光など、様々な解析を施すことにより、ChlD1が最初に電荷分離を起こすクロロフィルであることを示した。
5.Cytb559の軸配位子にアミノ酸置換を施した変異体を作製し解析した結果、変異によって酸化還元電位の低下、或いは、ヘムの欠損による非ヘム鉄の生成とレドックス不活性化が引き起こされることを示した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

光化学系Ⅱ微結晶のFTIR解析により、その水分解反応の詳細を調べることができたことは大きな成果である。結晶内でも高い遷移効率を維持していることは、領域内で行っている光化学系Ⅱ微結晶を用いた水分解系中間状態の連続フェムト秒X線結晶解析に大きく貢献する結果であり、また、溶液中と同じ中間状態構造を持つことは、X線結晶解析によって得られた構造が生理的に意味を持つことを保証する。また、光化学系におけるpHに依存した電子移動制御の機構を明らかにしたことは、これまで主にアンテナ系で行われると考えられていた過剰光エネルギーへの保護機構が、電子伝達系においても存在することを示した重要な結果である。

Strategy for Future Research Activity

1.光化学系Ⅱ微結晶のFTIR解析をさらに進め、顕微赤外分光を用いた、単一微結晶の光誘起FTIR差スペクトル測定を行う。前年度に行ったATR法での解析では、主に結晶表面に近い部分の光化学系Ⅱの反応を調べていたが、透過法による顕微赤外測定では、結晶内部での反応を観測することができる。この手法により、前年度で得られた結論が、結晶内部においても成り立つかどうかを調べる。
2.第一電子受容体QAの酸化還元電位をFTIR分光電気化学測定により測定する。これまでは、蛍光法を用いて間接的に測定してきたが、FTIR法を用いることにより、直接的にQAの還元状態を観測し、その酸化還元電位を測定することができる。さらにMnクラスター除去による酸化還元電位への効果を調べ、光化学系Ⅱの酸化側と還元側の長距離相互作用の有無を調べる。
3.光化学系ⅡにおけるChlD2近傍に存在するアミノ酸残基の組換え体、および、ChlD1とChlD2の両方の組換え体を作製して、反応中心クロロフィルの励起と電荷分離の詳細な機構について明らかする。
4.Mn4CaO5クラスターのアミノ酸配位子や、水分子を介して相互作用するアミノ酸残基を改変し、それらのアミノ酸水分解反応における役割を明らかにする。

  • Research Products

    (47 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 1 results) Presentation (36 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 9 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Redox-state dependent blinking of single photosystem I trimers at around liquid-nitrogen temperature2019

    • Author(s)
      S. Jana, T. Du, R. Nagao, T. Noguchi, and Y. Shibata
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta Bioenergetics

      Volume: 1860 Pages: 30-40

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2018.11.002

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] New insights on ChlD1 function in Photosystem II from site-directed mutants of D1/T179 in Thermosynechococcus elongatus2019

    • Author(s)
      Y. Takegawa, M. Nakamura, S. Nakamura, T. Noguchi, J. Sells, A. W. Rutherford, A. Boussac, and M. Sugiura
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta Bioenergetics

      Volume: 1860 Pages: 297-309

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2019.01.008

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Initial Mn2+ binding site in photoassembly of the water-oxidizing Mn4CaO5 cluster in photosystem II as studied by quantum mechanics/molecular mechanics calculations2019

    • Author(s)
      S. Nakamura, and T. Noguchi
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett.

      Volume: 721 Pages: 62-67

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2019.02.029

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Consequences of structural modifications in cytochrome b559 on the electron acceptor side of Photosystem II2019

    • Author(s)
      M. Nakamura, A. Boussac, and M. Sugiura
    • Journal Title

      Photosynth. Res.

      Volume: 139 Pages: 475-486

    • DOI

      10.1007/s11120-018-0521-0

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Fourier transform infrared analysis of the S-state cycle of water oxidation in the microcrystals of photosystem II2018

    • Author(s)
      Y. Kato, F. Akita, Y. Nakajima, M. Suga, Y. Umena, J.-R. Shen, and T. Noguchi
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. Lett.

      Volume: 9 Pages: 2121-2126

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.8b00638

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] pH-Dependent regulation of the relaxation rate of the radical anion of the secondary quinone electron acceptor QB in photosystem II as revealed by Fourier transform infrared spectroscopy2018

    • Author(s)
      Y. Nozawa, and T. Noguchi
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 57 Pages: 2828-2836

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00263

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of methanol inhibition of photosynthetic water oxidation as studied by Fourier transform infrared difference and time-resolved infrared spectroscopies2018

    • Author(s)
      H. Yata, and T. Noguchi
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 57 Pages: 4803-4815

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00596

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thylakoid membrane lipid sulfoquinovosyl-diacylglycerol (SQDG) is required for full functioning of photosystem II in Thermosynechococcus elongatus2018

    • Author(s)
      Y. Nakajima, Y. Umena, R. Nagao, K. Endo, K. Kobayashi, F. Akita, M. Suga, H. Wada, T. Noguchi, and J.-R. Shen
    • Journal Title

      J. Biol. Chem.

      Volume: 293 Pages: 14786-14797

    • DOI

      10.1074/jbc.RA118.004304

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of proton-coupled electron transfer in the S0-to-S1 transition of photosynthetic water oxidation as revealed by time-resolved infrared spectroscopy2018

    • Author(s)
      T. Shimizu, M. Sugiura, and T. Noguchi
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B.

      Volume: 122 Pages: 9460-9470

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.8b07455

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Probing the role of Valine 185 of the D1 protein in the Photosystem II oxygen evolution2018

    • Author(s)
      M. Sugiura, T. Tibiletti, I. Takachi, Y. Hara, S. Kanawaku, J. Selles, and A. Boussac
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta Bioenergetics

      Volume: 1859 Pages: 1259-1273

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2018.10.003

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 光化学系Ⅱにおける電子・プロトン移動反応の赤外分光解析2019

    • Author(s)
      野口 巧
    • Organizer
      水和ナノ構造研究会
    • Invited
  • [Presentation] Infrared analyses of photoreactions in photosystem II2019

    • Author(s)
      Takumi Noguchi
    • Organizer
      10th OCARINA International Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光化学系II微結晶の水分解系における中間状態遷移の赤外分光解析2019

    • Author(s)
      加藤 祐樹、埴生 悟史、秋田 総理、中島 芳樹、菅 倫寛、梅名 泰史、沈 建仁、野口 巧
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] 光化学系IIの単一微結晶における水分解反応の顕微赤外分光解析2019

    • Author(s)
      加藤 祐樹、埴生 悟史、中島 芳樹、秋田 総理、沈 建仁、野口 巧
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 光化学系IIのD1-S169A変異体を用いた水分解機構の解析2019

    • Author(s)
      嶋田 友一郎、北島(井原) 智美、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 光化学系Ⅱにおける水分解Mn4CaO5クラスターのS2構造異性体平衡の種依存性の要因2019

    • Author(s)
      田口 翔太、Shen Liangliang、Han Guangye、沈 建仁、野口 巧、三野 広幸
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
  • [Presentation] FTIR分光電気化学法による光化学系II第一キノン電子受容体QAの酸化還元特性の解明2019

    • Author(s)
      加藤 祐樹、大平 彩花、長尾 遼,、野口 巧
    • Organizer
      生物物理学会中部支部講演会
  • [Presentation] 光化学系IIのD1-S169A変異体を用いた光合成水分解機構の赤外分光解析2019

    • Author(s)
      嶋田 友一郎、北島(井原) 智美、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      生物物理学会中部支部講演会
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡を用いた光化学系IIの観察2019

    • Author(s)
      戸叶 貴也、加藤 祐樹、杉山 翔吾、野口 巧、内橋 貴之
    • Organizer
      生物物理学会中部支部講演会
  • [Presentation] 光合成光化学系IIにおける第一キノン電子受容体QAの酸化還元特性2019

    • Author(s)
      加藤 祐樹、大平 彩花、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      電気化学会第86回大会
  • [Presentation] New Insights on ChlD1?Function in PhotosystemⅡ?from Site-Directed Mutants2019

    • Author(s)
      M. Sugiura
    • Organizer
      10th OCARINA International Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光化学系IIのP680クロロフィルのリガンド環境と光合成機能との関係2019

    • Author(s)
      中村 誠、竹川 裕紀、中村 伸、野口 巧、Alain Boussac、杉浦 美羽
    • Organizer
      第2回新学術領域「革新的光-物質変換」公開シンポジウム
  • [Presentation] 光化学系II複ヘムタンパク質Cytb559の異なるリガンドが及ぼす機能と構造への影響2019

    • Author(s)
      杉浦 美羽、中村 誠、Alain Boussac、梅名 康史、沈 建仁
    • Organizer
      第2回新学術領域「革新的光-物質変換」公開シンポジウム
  • [Presentation] 光化学系IIのP680クロロフィルのリガンド環境と光合成機能との関係2019

    • Author(s)
      杉浦 美羽
    • Organizer
      第2回新学術領域「革新的光-物質変換」公開シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 光化学系IIにおける非ヘム鉄の酸化還元電位のpH依存性:FTIR分光電気化学法を用いた解析2018

    • Author(s)
      渡邊 大貴、野口 巧、加藤 祐樹
    • Organizer
      日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [Presentation] 光合成水分解反応のS2→S3遷移におけるプロトン共役電子移動の時間分解赤外分光解析2018

    • Author(s)
      竹本 寛、野口 巧
    • Organizer
      日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [Presentation] 光化学系IIにおけるMn4CaO5クラスター近傍に位置する D1-Ser169の水分解反応への関与2018

    • Author(s)
      嶋田 友一郎、北島 智美、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      日本光合成学会年会およびシンポジウム
  • [Presentation] FTIR分光法で明らかになった光化学系II第一キノン電子受容体QAの酸化還元特性2018

    • Author(s)
      加藤 祐樹、大平 彩花、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      生体分子科学討論会
  • [Presentation] 光化学系Ⅱにおける電子・プロトン移動反応の赤外分光解析2018

    • Author(s)
      野口 巧
    • Organizer
      新学術領域研究「革新的光物質変換」班会議
  • [Presentation] 光化学系II非ヘム鉄の酸化還元電位のpH依存性2018

    • Author(s)
      渡邊 大貴、野口 巧、加藤 祐樹
    • Organizer
      第26回光合成セミナー
  • [Presentation] 光化学系Iの単一分子分光2018

    • Author(s)
      柴田 穣、小林 誉宗、Jana Sankar、長尾 遼、野口 巧
    • Organizer
      第26回光合成セミナー
  • [Presentation] 単一分子励起スペクトル測定による光化学系Ⅰの光捕集過程の研究2018

    • Author(s)
      小林 誉宗、Jana Sankar、長尾 遼、野口 巧、柴田 穣
    • Organizer
      第12回分子科学討論会
  • [Presentation] Regulation mechanism of electron and proton transfer reactions in photosystem II2018

    • Author(s)
      Takumi Noguchi
    • Organizer
      1st Asia-Oceania International Congress on Photosynthesis
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Infrared analyses of proton-coupled electron transfer in photosynthetic light-energy conversion2018

    • Author(s)
      Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] FTIR study on the S-state cycle of water oxidation in the microcrystals of photosystem II2018

    • Author(s)
      Yuki Kato, Fusamichi Akita, Yoshiki Nakajima, Michihiro Suga, Yasufumi Umena, Jian-Ren Shen, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Effect of replacement of Cl? with NO3? on photosynthetic water oxidation as studied by time-resolved infrared spectroscopy2018

    • Author(s)
      Yasutada Okamoto, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] QM/MM analysis of the DOD vibrations of water molecules around the Mn4CaO5 cluster in photosystem II2018

    • Author(s)
      Masao Yamamoto, Shin Nakamura, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Mechanism of proton-coupled electron transfer in the S2→S3 transition of photosynthetic water oxidation revealed by TRIR analysis2018

    • Author(s)
      Hiroshi Takemoto, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] FTIR-spectroelectrochemical study on the pH dependence of the redox potential of the non-heme iron in photosystem II2018

    • Author(s)
      Hiroki Watanabe, Takumi Noguchi, Yuki Kato
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Role of D1-Ser169 near O4 of the Mn4CaO5 cluster in photosynthetic water oxidation2018

    • Author(s)
      Yuichio Shimada, Tomomi Kitajima-Ihara, Ryo Nagao, Takumi Noguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Molecular Mechanisms of Efficient Electron Transfer and Water Oxidation in Photosystem II2018

    • Author(s)
      M. Sugiura
    • Organizer
      1st Evolutionary Materials Workshop in Seoul National University
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光合成による高効率エネルギー変換機構の理解と応用研究はどこまで進んだか?2018

    • Author(s)
      杉浦 美羽
    • Organizer
      平成30年度日本農芸化学会西日本支部大会シンポジウム「限りある資源、地球環境への農芸化学からの取り組み」
    • Invited
  • [Presentation] 光化学系IIの水の酸化反応におけるD1/V185の役割について2018

    • Author(s)
      高智 五輝、原 侑也、Alain Boussac、杉浦 美羽
    • Organizer
      第56回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Role of accessory chlorophyll ChlD1 as P680 in Photosystem II2018

    • Author(s)
      M. Sugiura
    • Organizer
      1st Asia-Oceania International Congress on Photosynthesis
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光化学系IIの水の酸化反応におけるD1-V185の役割の解明2018

    • Author(s)
      高智 五輝、原 侑也、Alain Boussac、杉浦 美羽
    • Organizer
      第9回日本光合成学会年会
  • [Presentation] 光化学系IIを構成するCyb559のヘム周辺構造の変化がアクセプター側へ及ぼす影響2018

    • Author(s)
      中村 誠、Alain Boussac、杉浦 美羽
    • Organizer
      第9回日本光合成学会年会
  • [Remarks] 名古屋大学理学研究科光生体エネルギー研究室ホームページ

    • URL

      https://www.bio.phys.nagoya-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2019-12-27  

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