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2010 Fiscal Year Final Research Report

Genomic barriers during endosperm development

Planned Research

  • PDF
Project AreaGenome Barriers in Plant Reproduction
Project/Area Number 18075010
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology (2007-2010)
National Institute of Genetics (2006)

Principal Investigator

KINOSHITA Tetsu  奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 特任准教授 (60342630)

Project Period (FY) 2006 – 2010
Keywords生殖 / エピジェネティクス / 胚乳 / DNA メチル化 / ゲノム障壁 / シロイヌナズナ
Research Abstract

In plants, interspecific cross often display hybrid incompatibility in the endosperm. We speculated that epigenetic mechanisms such as genomic imprinting contribute to this phenomena (GGS 2007). In this project, we identified the fact that SSRP1, know as a component of FACT histone chaperon component, is required for DNA demethylation and activation of imprinted genes (Dev. Cell 2011). We also investigated endosperm development in the hybrid endosperm in rice, and identified that developmental alteration is the cause of hybrid incompatibility (Plant J. 2011).

  • Research Products

    (48 results)

All 2012 2011 2010 2009 2008 2007 2006 Other

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (26 results) Book (4 results) Remarks (8 results)

  • [Journal Article] HMG domain containing SSRP1 is required for DNA demethylation and genomic imprinting in Arabidopsis Dev2011

    • Author(s)
      Ikeda,Y., Kinoshita, Y., Susaki, D., Ikeda, Y., Iwano, M., Takayama, S., Higashiyama, T., Kakutani, T., and Kinoshita, T.
    • Volume
      Cell 13
    • Pages
      589-596
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rice interspecies hybrids show precocious or delayed developmental transitions in the endosperm without change to the rate of syncytial nuclear division2011

    • Author(s)
      Ishikawa, R., Ohnishi, T., Kinoshita, Y., Eiguchi, M., Kurata, N., Kinoshita, T.
    • Journal Title

      Plant J

      Volume: 65 Pages: 798-806

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Epigenetic programming; The challenge to speceis hybridization2009

    • Author(s)
      Ishikawa, R.,and Kinoshita, T.
    • Journal Title

      Moleculra Plant

      Volume: 2 Pages: 589-599

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DNA demethylation: a lesson from the garden2009

    • Author(s)
      Ikeda, Y., and Kinoshita, T.
    • Journal Title

      Chromosoma

      Volume: 118 Pages: 37-41

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evolution and control of imprinted FWA genes in the genus Apabidopsis2008

    • Author(s)
      Fujimoto, R., Kinoshita, Y., Kawabe, A., Kinoshita, T., Takashima, K., Nordborg, M., Masrallah, ME., Shimizu, KK., Kudoh, H., and Kakutani, T.
    • Journal Title

      Plos Genetics

      Volume: 4 Pages: e100048

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genomic Imprinting: A balance between antagonistic roles of parental chromosomes2008

    • Author(s)
      Kinoshita, T., Ikeda, Y., and Ishikawa, R.
    • Journal Title

      Seminars in Cell and Dev

      Volume: Biol.19 Pages: 574-579

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] MATERNALLY EXPRESSED PAB C-TERMINAL, a Novel Imprinted Gene in Arabidopsis, Encodes the Conserved C-Terminal Domain of Polyadenylate Bindeing Proteins2008

    • Author(s)
      Tiwari, S., Schulz, R., Ikeda, Y., Dytham, L., Bravo, J., Mathers, L., Spielman, M., Guzman, P., Oakey, RJ., Kinoshita, T., and Scott, RJ.
    • Journal Title

      Plant Cell

      Volume: 20 Pages: 2387-2398

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reproductive Barrier and Genomic Imprinting in the Endosperm of Flowering Plants2007

    • Author(s)
      Kinoshita,T.
    • Journal Title

      Gene & Genetics System

      Volume: 82 Pages: 177-186

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Control of FWA gene silencing in Arabidopsis thaliana by SINE-related direct repeats2007

    • Author(s)
      Kinoshita, Y., Saze, H., Kinoshita, T., Miura, A., Soppe, WJ., Koorneef, M., and Kakutani, T.
    • Journal Title

      Plant J

      Volume: 49 Pages: 38-45

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Maintenance of DNA methylation during the life cycle is essential for parental imprinting2006

    • Author(s)
      Jullien, PE., Kinoshita,T., Ohad, N., and Berger, F.
    • Journal Title

      Plant Cell

      Volume: 18 Pages: 1360-72

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] イネの胚乳発生・サイズを制御する父・母ゲノムの効果2012

    • Author(s)
      関根大輔, 大西孝幸, 古海弘康, 倉田のり, 木下哲
    • Organizer
      日本育種学会第121回講演会
    • Place of Presentation
      栃木
    • Year and Date
      2012-03-29
  • [Presentation] 一過的な高温処理による胴割れ米の発生機構2012

    • Author(s)
      大西 孝幸, 関根 大輔, 木下哲
    • Organizer
      日本育種学会第121 回講演会
    • Place of Presentation
      栃木
    • Year and Date
      2012-03-29
  • [Presentation] Epigenetic Control of Species Hybridization in Plant Endosperm Speciation and Adaptation II - Environment and Epigenetics2012

    • Author(s)
      Ishikawa, R., Ohnishi, T., Kinoshita, Y., Eiguchi, M., Kurata, N., and Kinoshita, T.
    • Place of Presentation
      愛知 岡崎カンファレンスセンター
    • Year and Date
      2012-03-22
  • [Presentation] イネの倍数体間交雑における胚乳発生異常の解析2012

    • Author(s)
      関根大輔, 大西孝幸, 古海弘康, 吉野みほ子, 倉田のり, 木下哲
    • Organizer
      第53回植物生理学会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2012-03-16
  • [Presentation] 細胞質性鉄硫黄クラスタアセンブリ経路の因子は正常な種子形成に必須である2012

    • Author(s)
      中村みゆき, 木下由紀, 木下哲
    • Organizer
      第53回植物生理学会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2012-03-16
  • [Presentation] イネ屋内栽培系の開発2011

    • Author(s)
      大西 孝幸, 山川 博幹, 木下哲
    • Organizer
      日本遺伝学会第83回大
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2011-09-20
  • [Presentation] Initial Characterization of Alarm Clock for FWA imprinting 42011

    • Author(s)
      Buzas, D., Kinoshita, Y., Sugimoto,  Y., and Kinoshita, T.
    • Organizer
      Gordon Research Conference
    • Place of Presentation
      Boston U.S.A.
    • Year and Date
      2011-08-08
  • [Presentation] Cytosolic electron transfer component-like protein deficiency impaired expression of imprinted gene FWA in the endosperm2011

    • Author(s)
      Nakamura, M., Kinoshita, Y., and Kinoshita, T.
    • Organizer
      International Conference on Arabidopsis research
    • Place of Presentation
      Wisconsin U.S.A.
    • Year and Date
      2011-06-24
  • [Presentation] ゲノムの要素が重なる時に何が起きるのか―植物科学からのアプローチ2010

    • Author(s)
      塚谷裕一, 木下哲
    • Organizer
      第33 回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫 神戸ポートピアランド
    • Year and Date
      2010-12-09
  • [Presentation] イネのバイオトロンBreeding System;年6度の戻し交配法2010

    • Author(s)
      大西孝幸, 石川亮, 山川博幹, 木下哲
    • Organizer
      日本育種学会第118 回講演会
    • Place of Presentation
      秋田大学
    • Year and Date
      2010-09-25
  • [Presentation] ゲノム間の軋轢と調和が生物多様性を生みだす分子機構2010

    • Author(s)
      渡辺正夫, 木下哲
    • Organizer
      日本遺伝学会第82回大会
    • Place of Presentation
      札幌 北海道大学(シンポジウム主催)
    • Year and Date
      2010-09-20
  • [Presentation] 胚乳におけるエピジェネティック制御を介した生殖隔離2009

    • Author(s)
      石川亮, 大西孝幸, 永口貢, 倉田のり, 木下哲
    • Organizer
      第32回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2009-12-11
  • [Presentation] Critical role of ALAC1 chromatin related gene in establishment of genomic imprinting and DNA demethylation in Arabidopsis2009

    • Author(s)
      Ikeda, Y., Kinoshita, Y., Ikeda, Y., Kakutani, T., and Kinoshita, T.
    • Organizer
      ISPMB
    • Place of Presentation
      St Louis, U.S.A
    • Year and Date
      2009-10-25
  • [Presentation] シロイヌナズナにおけるアラームクロック遺伝子によるゲノムインプリンティングとDNA 脱メチル化の制御2009

    • Author(s)
      木下哲
    • Organizer
      第82回日本生化学会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      2009-10-24
  • [Presentation] アラームクロック遺伝子によるゲノムインプリンティングの覚醒2009

    • Author(s)
      木下哲
    • Organizer
      日本植物学会73回大会
    • Place of Presentation
      山形
    • Year and Date
      2009-09-19
  • [Presentation] マイクロアレイを用いた新規インプリント遺伝子の探索2009

    • Author(s)
      池田陽子, 木下由紀, 池田有理子, 木下哲
    • Organizer
      日本植物学会73回大会
    • Place of Presentation
      山形
    • Year and Date
      2009-09-18
  • [Presentation] シロイヌナズナにおけるインプリント遺伝子FWA のDNA脱メチル化と転写活性化2009

    • Author(s)
      池田陽子, 木下由紀, 池田有理子, 角谷徹仁, 木下哲
    • Organizer
      第三回エピジェネティクス研究会
    • Place of Presentation
      東京医科歯科大学(年会長賞受賞講演)
    • Year and Date
      2009-05-23
  • [Presentation] シロイヌナズナALARMCLOCK1 はゲノムインプリンティングの確立に関与する2009

    • Author(s)
      木下哲
    • Organizer
      第三回エピジェネティクス研究会
    • Place of Presentation
      東京医科歯科大学
    • Year and Date
      2009-05-22
  • [Presentation] Control of genomic imprinting by ALARM CLOCK1 gone in Arabidopsis2008

    • Author(s)
      Ikeda, Y., Kinoshita, Y., Kakutani, T., and Kinoshita, T.
    • Organizer
      Frontiers of Sexual Plant ReproductionIII
    • Place of Presentation
      Arizona
    • Year and Date
      2008-10-17
  • [Presentation] Establishment of genomic imprinting by ALARM CLOCK genes in Arabidopsis2008

    • Author(s)
      Kinoshita, T.
    • Organizer
      EMBO Workshop
    • Place of Presentation
      Singapore
    • Year and Date
      2008-09-22
  • [Presentation] Mechanism of Genomic Imprinting in Arabidopsis2007

    • Author(s)
      Kinoshita T.
    • Organizer
      Global COE Symposium at NAIST
    • Year and Date
      2007-10-19
  • [Presentation] 植物におけるゲノムインプリンティングの同定とその制御機構に関する研究2007

    • Author(s)
      木下哲
    • Organizer
      第48回日本植物生理学会
    • Place of Presentation
      愛媛大学
    • Year and Date
      2007-03-29
  • [Presentation] 植物のゲノムインプリンティングと胚乳の生殖隔離機構2006

    • Author(s)
      木下哲
    • Organizer
      インターゲノミクス研究会
    • Place of Presentation
      神戸大学
    • Year and Date
      2006-12-18
  • [Presentation] 植物のゲノムインプリンティング機構2006

    • Author(s)
      木下哲
    • Organizer
      日本植物学会フォーラム
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2006-12-06
  • [Presentation] ゲノムインプリンティングと生殖隔離機構2006

    • Author(s)
      木下哲
    • Organizer
      日本進化学会2006年大会シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2006-08-30
  • [Presentation] Control of imprinted FWA gene in Arabidopsis endosperm

    • Author(s)
      Kinoshita T., Kinoshita Y., and Kakutani T.
    • Organizer
      Genomic Imprinting Workshop
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      00001131
  • [Book] ゲノムに刷り込まれた生殖隔離機構 ゲノムが開く生態学 種生物学研究2011

    • Author(s)
      木下哲
    • Total Pages
      141-155
    • Publisher
      文一出版
  • [Book] エピジェネティクス ゲノムが開く生態学 種生物学研究2011

    • Author(s)
      木下哲, 中村みゆき
    • Total Pages
      109-122
    • Publisher
      文一出版
  • [Book] HMG 遺伝子SSRP1 はシロイヌナズナにおけるDNA 脱メチル化およびゲノムインプリンティングに必要である 細胞工学2011

    • Author(s)
      池田陽子, 木下哲
    • Publisher
      学研メディカル秀順社
  • [Book] 反復配列 DNA メチル化により制御される植物の生命現象 化学と生物 452007

    • Author(s)
      星野敦, 木下哲
    • Total Pages
      119-125
  • [Remarks]

    • URL

      http://bsgcoe.naist.jp/special-grp02.html

  • [Remarks] 科学新聞 ロックされた遺伝子の活性化の必要な因子同定 20110916

  • [Remarks] 日経産業新聞 DNAのメチル化制御物質、植物で特定 20110913

  • [Remarks] 日刊工業新聞 脱メチル化で遺伝子活性化関与たんぱく質特定 20110913

  • [Remarks] 科学工業日報 遺伝子活性化で新因子 20110913

  • [Remarks] 日経産業新聞 イネの室内栽培期間半減 20110120

  • [Remarks] 化学新聞 イネの1世代あたり2カ月の促進栽培法 20101001

  • [Remarks] 読売新聞 イネの1世代あたり2カ月の促進栽培法 20100925

URL: 

Published: 2013-07-31  

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