2022 Fiscal Year Annual Research Report
Development of Informatics technologies for identification and analysis of singularity cells
| Project Area | Singularity biology |
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| Project/Area Number |
18H05412
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
大浪 修一 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー (50348843)
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| Project Period (FY) |
2018-06-29 – 2023-03-31
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| Keywords | バイオイメージ・インフォマティクス / データプラットフォーム / 深層学習 / ビッグデータ / データ統合 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1.シンギュラリティ細胞を同定するインフォマティクス技術の開発
【1-1】 オブジェクト認識依存型のシンギュラリティ細胞同定法の開発：昨年度に引き続き、細胞核および細胞膜の認識アルゴリズム、および認識されたオブジェクトのデータを用いた細胞の時空間ダイナミクスの解析アルゴリズムを開発した。開発したアルゴリズムを線虫胚、ニワトリ胚、免疫系細胞培養系に適用し、生命科学的解析を行った。線虫胚については、解析結果およびデータを公開した。【1-2】 オブジェクト認識非依存型のシンギュラリティ細胞同定法の開発：昨年度に引き続き、ライブイメージングデータから細胞特徴の時空間ダイナミクスが特異な細胞を同定するアルゴリズムを開発した。マウス受精卵の個々の染色体を高精度に識別するアルゴリズムの開発に成功した。
2.シンギュラリティ生物学のためのデータプラットフォームの開発
【2-1】 データ保管プラットフォームの開発：領域全体からのフィードバックを受け、システムを改良した。開発したプラットフォームを領域終了後も維持し、発展させる仕組みを構築した。【2-2】 データ活用プラットフォームの開発。クラウド環境に適応したバイオイメージングデータの次世代型のフォーマットの開発をOME等と協力して実施した。世界規模の開発グループと連携し、SSBDから公開されている日本の特徴的なイメージングデータを次世代型フォーマットで公開した。SSBD:repositoryおよびSSBD:databaseとの連携を強化し、当領域の成果として発表されたデータの利活用を促進した。
3. シンギュラリティ現象を解析するインフォマティクス技術の開発
堀川班の粘菌の自己組織化のデータ、岡崎研のT細胞と抗原提示細胞との相互作用データ、公募班のニワトリ胚の細胞動態のデータを対象に、シンギュラリティ現象の解明を目指したデータ解析を行った。
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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