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2019 Fiscal Year Annual Research Report

バクテリオファージに学ぶ発動分子システムの創成

Planned Research

Project AreaMolecular Engine: Design of Autonomous Functions through Energy Conversion
Project/Area Number 18H05421
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

上野 隆史  東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (70332179)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 金丸 周司  東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (50376951)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2023-03-31
Keywordsバクテリオファージ / 生体超分子 / 分子機械
Outline of Annual Research Achievements

本計画研究では、巨大生体超分子の部品からなる蛋白質が集合化した分子針を基盤とし、発動分子の系統的な機能解析システムの構築から、ナノ-マイクロサイズ領域のハイブリッド発動分子・生体発動分子の合理的設計指針を確立することが目的である。発動分子としてのタンパク質針精密設計は基盤となる分子針の結晶構造や高速AFMの実験結果を元に、異種蛋白質の融合を用い各種機能が制御された生体発動分子の合理的設計指針を確立した。特に、細胞膜貫通の詳細な検討は、研究計画より前倒しで成果を得るに至った。さらなる、針機能の精密合理設計へのフィードバックをすすめた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

バクテリオファージT4には、分子針として知られるタンパク質があり、感染プロセス初期の膜貫通反応に使用される。このタンパク質針のエンジニアリングによって構築された「人工タンパク質針」の膜貫通反応メカニズムを、高速原子間力顕微鏡(HS-AFM)による単一分子の観察と分子動力学シミュレーションによって解明した。

Strategy for Future Research Activity

(1-1) ハイブリッド発動分子機能の1分子計測をもとに針機能の精密合理設計へのフィードバックをすすめる。
(1-2) ハイブリッド発動分子の機能評価:外来タンパク質を融合した各種分子針を作成し、各種測定による動態追跡を行う。
(1-3)巨大生体発動分子としてのシース部位の1分子計測:T4のシース部位は幾つかの蛋白質が集合し収縮を実現している。この挙動を理論・物理学的観点から解明する。
(1-4)ハイブリッド発動分子のT4への融合:T4の生合成プロセスを利用し、発動分子化した分子針の再融合をおこなう。

  • Research Products

    (39 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 5 results) Presentation (28 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results,  Invited: 7 results) Book (2 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] 清華大学(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      清華大学
  • [Int'l Joint Research] マサチューセッツ工科大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      マサチューセッツ工科大学
  • [Int'l Joint Research] TATA基礎科学研究所(インド)

    • Country Name
      INDIA
    • Counterpart Institution
      TATA基礎科学研究所
  • [Journal Article] Design of Multinuclear Gold Binding Site at the Two-fold Symmetric Interface of the Ferritin Cage2020

    • Author(s)
      Hishikawa, Yuki; Maity, Basudev; Ito, Nozomi; Abe, Satoshi; Lu, Diannan; Ueno, Takafumi
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1246/cl.200217

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Dynamic behavior of an artificial protein needle contacting a membrane observed by high-speed atomic force microscopy2020

    • Author(s)
      Ueno Takafumi、Niwase Kento、Tsubokawa Daisho、Kikuchi Kosuke、Takai Natsumi、Furuta Tadaomi、Kawano Ryuji、Uchihashi Takayuki
    • Journal Title

      Nanoscale

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1039/D0NR01121E

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Site-Selective Protein Chemical Modification of Exposed Tyrosine Residues Using Tyrosine Click Reaction2020

    • Author(s)
      Sato Shinichi、Matsumura Masaki、Kadonosono Tetsuya、Abe Satoshi、Ueno Takafumi、Ueda Hiroshi、Nakamura Hiroyuki
    • Journal Title

      Bioconjugate Chemistry

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.0c00120

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Coordination design of cadmium ions at the 4-fold axis channel of the apo-ferritin cage2019

    • Author(s)
      Abe Satoshi、Ito Nozomi、Maity Basudev、Lu Chenlin、Lu Diannan、Ueno Takafumi
    • Journal Title

      Dalton Transactions

      Volume: 48 Pages: 9759~9764

    • DOI

      10.1039/C9DT00609E

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Recent progresses in the accumulation of metal ions into the apo-ferritin cage: Experimental and theoretical perspectives2019

    • Author(s)
      Maity Basudev、Hishikawa Yuki、Lu Diannan、Ueno Takafumi
    • Journal Title

      Polyhedron

      Volume: 172 Pages: 104~111

    • DOI

      10.1016/j.poly.2019.03.048

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Construction of Fibril Protein Assembly From Protein Crystals2020

    • Author(s)
      Thuc Toan PHAM,Satoshi Abe,Hashiru Negishi,Takafumi Ueno
    • Organizer
      The 100th CSJ Annual Meeting
  • [Presentation] ミニタンパク質融合多角体タンパク質の細胞内結晶化2020

    • Author(s)
      小島摩利子,安部聡,上野隆史
    • Organizer
      日本化学会第100春季年会
  • [Presentation] Design of the Two-dimensional Protein Assembly Patterns by Modifying the Tip of β-helical Protein Needle2020

    • Author(s)
      Kosuke Kikuchi,Takafumi Ueno
    • Organizer
      The 100th CSJ Annual Meeting
  • [Presentation] タンパク質の迅速構造解析を目指した多角体の結晶化設計2020

    • Author(s)
      安部 聡,小島摩利子,小暮遼河,上野隆史
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会(2020)
  • [Presentation] 細胞内結晶化の最適化2020

    • Author(s)
      小暮遼河,安部 聡,上野隆史
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会(2020)
  • [Presentation] Disassembly reaction of the ferritin cage observed by high-speed AFM2020

    • Author(s)
      MAITY Basudev,Zhipeng LI,Kento NIWASE,Diannan LU,Takafumi UENO,Takafumi
    • Organizer
      The 100th Annual Meeting 2020 of CSJ
  • [Presentation] Artifical enzymes Artifical enzymes using protein assemblies2020

    • Author(s)
      Takafumi Ueno
    • Organizer
      8th ELSI SYMPOSIUM EXTENDING VIEWS OF CATALYSIS
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 外来タンパク質固定化のための細胞内タンパク質結晶の空間設計2019

    • Author(s)
      安部 聡,上野隆史
    • Organizer
      日本結晶学会令和元年(2019年度)年会
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡による針状タンパク質の集合体構造の解析2019

    • Author(s)
      菊池幸祐,上野隆史
    • Organizer
      第9回CSJ化学フェスタ2019
  • [Presentation] Engineering of Protein Assembly? for Coordination Chemistry2019

    • Author(s)
      Takafumi Ueno
    • Organizer
      12th CJJSMCC 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] アミロイドβ融合蛋白質ケージの設計とその動的挙動解析2019

    • Author(s)
      亀山志織,MAITYBASUDEV,安部聡,上野隆史
    • Organizer
      第9回CSJ化学フェスタ
  • [Presentation] 多角体タンパク質の結晶化設計2019

    • Author(s)
      安部 聡,小島摩利子,上野隆史
    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 原子、分子そして生命へ2019

    • Author(s)
      上野隆史
    • Organizer
      錯体化学会第69回討論会
    • Invited
  • [Presentation] ミニタンパク質融合多角体タンパク質の結晶設計2019

    • Author(s)
      小島摩利子,安部聡,上野隆史
    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡による針状タンパク質の集合体観察2019

    • Author(s)
      菊池幸祐,上野隆史
    • Organizer
      第68回高分子討論会
  • [Presentation] アミロイドβオリゴマー形成機序の解明に向けた融合蛋白質ケージの設計2019

    • Author(s)
      亀山志織,MAITYBASUDEV,安部聡,上野隆史
    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 球状タンパク質フェリチンを用いたアミロイドβオリゴマーの動的挙動追跡2019

    • Author(s)
      亀山志織,MAITYBASUDEV,安部聡,上野隆史
    • Organizer
      第68回高分子討論会
  • [Presentation] Construction of Supramolecular Structures from Protein Crystals2019

    • Author(s)
      Takafumi Ueno
    • Organizer
      10th International Conference on Materials for Advanced Technologies
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Construction of Protein Needle with Cargo Protein from Norovirus2019

    • Author(s)
      Que Dan NGUYEN,Kazuhiko Katayama,Takafumi Ueno
    • Organizer
      10th International Conference on Materials for Advanced Technologies
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Assembly Formation of Needle-Like Protein from Bacteriophage T4 Observed by High Speed Atomic Force Microscopy2019

    • Author(s)
      Kosuke Kikuchi,Kento Niwase,Takafumi Ueno
    • Organizer
      10th International Conference on Materials for Advanced Technologies
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In Cell Protein Crystals Containing Organometallic Complexes2019

    • Author(s)
      Satoshi Abe,Takafumi Ueno
    • Organizer
      15th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Creation of functional materials using in vivo protein crystals2019

    • Author(s)
      Satoshi Abe,Makoto Kasamatsu,Takafumi Ueno
    • Organizer
      第68回高分子年次大会
  • [Presentation] In vivo crystallization of polyhedra protein fused with metal binding peptide”2019

    • Author(s)
      Mariko Kojima,Satoshi Abe,Takafumi Ueno
    • Organizer
      第68回高分子学会年次大会
  • [Presentation] Protein Crystal Engineering for Coordination Chemistry2019

    • Author(s)
      Takafumi Ueno
    • Organizer
      China-Japan Symposium of Functional Coordination Chemistry
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] In cell design of protein assembly materials2019

    • Author(s)
      Takafumi Ueno
    • Organizer
      Japan-BIOCEV conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Solid-biocatalysts constructed from immobilized enzymes within in vivo protein crystals2019

    • Author(s)
      Tien Khanh Nguyen,Satoshi Abe,Takafumi Ueno
    • Organizer
      13th Biofunctioned conference
  • [Presentation] Solid biocatalysts designed from in vivo protein crystals2019

    • Author(s)
      Tien Khanh Nguyen,Satoshi Abe,Takafumi Ueno
    • Organizer
      68th Symposium on Macromolecules
  • [Presentation] タンパク質結晶工学による新機能材料2019

    • Author(s)
      上野隆史
    • Organizer
      第28回ポリマー材料フォーラム
    • Invited
  • [Book] 機能性高分子金属錯体2020

    • Author(s)
      安部 聡、上野隆史
    • Total Pages
      印刷中
    • Publisher
      三共出版
  • [Book] 光エネルギー変換における分子触媒の新展開2020

    • Author(s)
      安部 聡、上野隆史
    • Total Pages
      印刷中
    • Publisher
      化学同人
  • [Remarks] Ueno Lab

    • URL

      http://www.ueno.bio.titech.ac.jp/

URL: 

Published: 2021-01-27  

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