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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Chemical synthesis of ubiquitin codes

Planned Research

Project AreaNew frontier for ubiquitin biology driven by chemo-technologies
Project/Area Number 18H05504
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

岡本 晃充  東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (60314233)

Project Period (FY) 2018-06-29 – 2023-03-31
Keywordsユビキチン / 化学合成
Outline of Annual Research Achievements

ユビキチンコードとスーパーユビキチンを創り、それらを利用することでユビキチンコードの作動機構を解明することを目的としている。その一つとして、ユビキチンの化学合成法を確立し、様々なユビキチン鎖と人工機能化ユビキチンの合成に展開することを目指した。当初の予定に従って、今年度はユビキチン鎖の合成法の検討を進めた。その結果、光脱保護法と酵素連結法を組み合わせることによって、直鎖のユビキチン鎖だけでなく、混合鎖や分岐鎖もワンポットで合成することができた。ここでは光脱保護基としてNVOC基を選択した。400 nm近辺の光照射で効率的に脱保護することができた。また、反応に参加しないリジンはあらかじめアルギニンへ差し替えておくことが合成の効率化において望ましかった。K48鎖やK63鎖を作成するための合成酵素を順次活用することでステップワイズに鎖を伸長した。また、インテイン法を用いることによりC末端にビオチンを導入したユビキチン鎖や、光親和性標識ジアジリンを含むユビキチンを合成鎖の最後(ディスタルユビキチン)に付加したユビキチン鎖など、非天然の機能性ユビキチン鎖の合成も達成した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

この計画研究はユビキチン鎖の合成が期待されており、その期待に応えられる成果を出すことができた。収量にまだ難があるが、合成反応の最適化を行うことによって解決できると期待している。

Strategy for Future Research Activity

上述の通り、ユビキチン鎖の合成法については、最適化を図ることによって合成収量の増大を図る。また、その成果物は、領域内の他の研究者に供給して、ユビキチン研究のさらなる進展を支援するのに用いられる。
また、並行して進めている間接的ユビキチン化法について、様々な角度からタンパク質を間接的にユビキチン化する方法を試みており、標的タンパク質を効率的にノックダウンする方法を来年度中に確立したい。

  • Research Products

    (15 results)

All 2022 2021

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Silyl-Protected Propargyl Glycine for Multiple Labeling of Peptides by Chemoselective Silyl-Deprotection2021

    • Author(s)
      Kamo, N.; Hayashi, G.; Okamoto, A.
    • Journal Title

      Tetrahedron Lett.

      Volume: 73 Pages: 153093

    • DOI

      10.1016/j.tetlet.2021.153093

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Poly(A)+ Sensing of Hybridization-Sensitive Fluorescent Oligonucleotide Probe Characterized by Fluorescence Correlation Methods2021

    • Author(s)
      Paulson, B.; Shin, Y.; Okamoto, A.; Oh, Y.-M.; Kim, J. K.; Pack, C.-G.
    • Journal Title

      Int. J. Mol. Sci.

      Volume: 22 Pages: 6433

    • DOI

      10.3390/ijms22126433

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Base-Resolution Analysis of 5-Hydroxymethylcytidine by Selective Oxidation and Reverse Transcription Arrest2021

    • Author(s)
      Koyama, K.; Hayashi, G.; Ueda, H.; Ota, S.; Nagae, G.; Aburatani, H.; Okamoto, A.
    • Journal Title

      Org. Biomol. Chem.

      Volume: 19 Pages: 6478-6486

    • DOI

      10.1039/D1OB00995H

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sterically Bulky Caging of Transferrin for Photoactivatable Intracellular Delivery2021

    • Author(s)
      Yamaguchi, S.; Takamori, S.; Yamamoto, K.; Ishiwatari, A.; Minamihata, K.; Yamada, E.; Okamoto, A.; Nagamune, T.
    • Journal Title

      Bioconjugate Chem.

      Volume: 32 Pages: 1535-1540

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.1c00159

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] anti-syn Unnatural Base Pair Enables Alphabet-Expanded DNA Self-Assembly2021

    • Author(s)
      Morihiro, K.; Moriyama, Y.; Nemoto, Y.; Osumi, H.; Okamoto, A.
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 143 Pages: 14207-14217

    • DOI

      10.1021/jacs.1c05393

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Changes of C≡C Triple Bond Vibration that Disclosed Non-Canonical Cytosine Protonation in i-Motif-Forming Oligodeoxynucleotides2021

    • Author(s)
      Itaya, R.; Idei, W.; Nakamura, T.; Nishihara, T.; Kurihara, R.; Okamoto, A.; Tanabe, K.
    • Journal Title

      ACS Omega

      Volume: 6 Pages: 31595-31604

    • DOI

      10.1021/acsomega.1c04074

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 光応答性基板を用いた免疫細胞の細胞傷害性のシングルセル解析2022

    • Author(s)
      小阪 高広、山口 哲志、山平 真也、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] Enzymatic branched ubiquitin chain formation on K63 homotypic chain with branched points defined by photo-induced stepwise poly-ubiquitin synthesis2022

    • Author(s)
      Phebee Angeline Devadasan Racheal、Takafumi Furuhata、Iori Murayama、Usano Toyoda、Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] Evaluation of nucleosome structure alteration and accessibility change caused by platinum-based antineoplastics2022

    • Author(s)
      Xuanyu LIAO、Takafumi Furuhata、Akimitsu Okamoto、Ikuma Arakaki
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] 低分子リガンド-ユビキチンキメラを用いたタンパク質の間接的ユビキチン化法2022

    • Author(s)
      宇野 大輝、藤田 涼香、古畑 隆史、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] 刺激分解性ビオチン化試薬を用いた細胞内タンパク質送達2022

    • Author(s)
      山本 一穂、山口 哲志、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] 2-aminobenzamide誘導体によるチアゾリジン開環とone-potペプチド連結法への応用2022

    • Author(s)
      中津 幸輝、村上 裕、林 剛介、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] ユビキチンキメラ分子による転写因子のケミカルノックダウン2022

    • Author(s)
      吉田 和生、藤田 涼香、古畑 隆史、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] Indirect ubiquitination for targeted degradation of the transcription factor2022

    • Author(s)
      Ryoka Fujita、Takafumi Furuhata、Yuto Matsumura、Tokiha Ozawa、Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      第48回国際核酸化学シンポジウム
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 細胞膜のマイクロ流体剥離技術を用いた細胞内1細胞解析2022

    • Author(s)
      山口 哲志・ 梅田 侑生・山平 真也・ 岡本 晃充
    • Organizer
      化学工学会第87年会

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Published: 2022-12-28  

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