2022 Fiscal Year Final Research Report

Inference of human migration to Yaponesia based on animal and plant genome sequence analyses.

Planned Research

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Project Area	Deciphering Origin and Establishment of Japonesians mainly based on genome sequence data
Project/Area Number	18H05508
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
Allocation Type	Single-year Grants
Review Section	Complex systems
Research Institution	Hokkaido University
Principal Investigator	Suzuki Hitoshi 北海道大学, 地球環境科学研究院, 名誉教授 (40179239)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	遠藤俊徳北海道大学, 情報科学研究院, 教授 (00323692) 坂井寛章国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度分析研究センター, ユニット長 (20455322) 増田隆一北海道大学, 理学研究院, 教授 (80192748) 伊藤剛国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度解析センター, チーム長 (80356469)
Project Period (FY)	2018-06-29 – 2023-03-31
Keywords	ハツカネズミ / クマネズミ / ジャコウネズミ / イネ / ヒグマ / ゲノム / 先史時代 / 縄文・弥生時代
Outline of Final Research Achievements	Genomic analysis of commensal small mammals, specifically focusing on the Japanese house mouse, has provided valuable insights into the historical expansion of rice and millet cultivation in mainland Asia over the past 10,000 years. Based on extensive genomic data analysis of rice, it was possible to infer the population structure within the Japanese archipelago, genetic relationships in the East Asian region, and even trace the origins of ancient rice. Molecular phylogenetic network analysis using NGS data from gourd samples proposed hypotheses regarding the geographic routes of gourd dispersion in prehistoric times. Analyzing the population structure of Hokkaido brown bears has yielded two significant findings: a distinctive geographic structure that deviates from previously reported mitochondrial DNA patterns, and the potential occurrence of gene flow from polar bears into the populations of Hokkaido and Etorofu Island.
Free Research Field	系統地理学
Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements	本研究では、先史時代にヒトの移動と共に日本列島に導入された動植物に関し、高精度なゲノムデータを提供した。ヤポネシア人の起源や集団動態に関する研究に有益な情報を提供するだけでなく、考古学、古気候学、生物医学（特にマウス）、獣医学（特にラット）、農学（特にイネ）などの研究において今後とも重要な情報資源基盤の構築を行うことができた。さらに、北海道を含む新旧大陸において北方文化（クマ送り儀礼など）に深く関わったヒグマのゲノム解析から、その移動の歴史や個体群動態を明らかにすることができた。この研究の成果は、人間の精神文化と自然の相互作用を深く理解するために重要な示唆を与えていくと期待される。