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2019 Fiscal Year Annual Research Report

High precision prediction of hydrogen function by advanced simulations

Planned Research

Project AreaHYDROGENOMICS: Creation of Innovative Materials, Devices, and Reaction Processes using Higher-Order Hydrogen Functions
Project/Area Number 18H05519
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

常行 真司  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (90197749)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 志賀 基之  国立研究開発法人日本原子力研究開発機構, システム計算科学センター, 研究主幹 (40370407)
濱田 幾太郎  大阪大学, 工学研究科, 准教授 (80419465)
杉野 修  東京大学, 物性研究所, 教授 (90361659)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2023-03-31
Keywords水素 / ハイドロジェノミクス / 高次水素機能 / 第一原理計算 / データ同化
Outline of Annual Research Achievements

(1)データ同化において、エネルギーとペナルティ関数を足し合わせない新しい同時最適化手法を開発した。また領域内連携により、LiCB9H10 (A01班)、YOxHy(A02班)、AlxCayHz(A01班)の構造探索を行い、データ同化手法改良の方向性を明確化した。 (2)ファンデルワールス密度汎関数を用いて、メタノール合成反応中間体の一つである銅表面上のギ酸(HCOOH)単分子の吸着状態と反応機構を解明し、ファンデルワールス力の重要性を明らかにした。 (3)ロジウム(111)表面上のシクロヘキサン分子の吸着エネルギーに見られる逆同位体効果を説明した。 (4)種々のグラフェン端における白金原子上での吸着状態を系統的に調べ、特定の構造を持つグラフェン端での白金単原子が酸素還元反応に対して白金固体と同程度かより高い触媒能を示唆する結果を得た。 (5)TiH2の第一原理計算とボルツマン輸送方程式により、この系が水素量に応じてp型からn型へ転移すること、結晶格子の対称性がTiH2のキャリア輸送特性に重要であることを明らかにした。 (6)水の第一原理経路積分計算を実施し、原子核の量子効果が水分子の作る水素結合構造に与える影響を解明した。 (7) 生体分子の水溶液のなどの巨大系を扱うため、周期境界系におけるQM/MM 計算手法を新規開発した。また、溶液反応過程を追跡できる第一原理メタダイナミクス計算の高度化を行った。 (8)A05-1と共同で、アモルファス氷のミューオン存在状態の計算、水の計算と中性子実験の比較を進めた。 (9) 白金上の水素の経路積分分子動力学計算により、被覆率が増すにつれて各吸着サイトのエネルギーが変化し、被覆率2/3の時に非局在性が特に強くなること、また被覆率が1に近づくと水素原子間の反発力により状態が局在化するという典型的な量子多体効果が表れることを明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

データ同化手法の高度化により、領域内実験グループが発見した新構造の構造解析が進み始めた。
またファンデールワールス相互作用を高精度で取り入れた密度汎関数理論や、原子核の量子効果を取り入れる経路積分第一原理分子動力学法など、基盤的な計算手法の整備が進み、領域内外の実験グループと連携しつつ、水素を含む様々な系の構造やダイナミクスのシミュレーションが行われた。これらにより多岐にわたる研究成果が上がり、12本の査読付き論文を公表している。

Strategy for Future Research Activity

本研究計画では、計算手法の高度化(ステージⅠ)、水素データ同化技術の本格利用と水素機能発現メカニズムの解明(ステージⅡ)、領域全体での多彩な高次水素機能の誘起に向けた理論予測(ステージⅢ)に順次取り組む。今後は、これまでに明らかになったデータ同化手法の課題を解決しつつ、領域内内外との連携を通してステージII 、III への取り組みをさらに推進する。
(1)本領域の実験グループが対象とする物質のうち、実験だけで構造決定できないものには、熱揺らぎの大きな系やサイト占有率が非整数の系が多い。データ同化により、そのような構造を決定する手法の開発と応用を進める。 (2) 経路積分法を用いて、これまで計算予測が困難だった基礎物性の一つである、酸解離定数の高精度計算手法を確立する。酸解離定数において、軽水と重水での違いや、温度・圧力での違いを理論的に解明する。 (3) アモルファス氷のミューオン存在状態の解明、水の計算と中性子実験の比較を継続する。 (4) ソフトウェアPIMDのさらなる高度化に取り組むとともに、チュートリアルなどを通じて普及活動を行う。領域内でシェアして様々な応用に繋げる。 (5) A04班と連携し、水素燃料電池のための水素貯蔵物質として注目を集めているギ酸の、銅表面上における吸着構造と脱水素化反応過程を明らかにする。また電極電位の効果を有効遮蔽媒質法により取り入れることで、電気化学の最も基礎的な反応である水素吸着および水素発生反応のダイナミクスを明らかにする。 (6)A03-2班と連携してヒドリド伝導の第一原理計算を行う。また、班内+外部連携のもとで、金(111)界面上での水の電気分解を第一原理経路積分法で調べ、プロトン移動が関わる素過程の量子効果に対する理解を深める。 (7) その他、領域内連携により、水素の関与する化学反応のシミュレーションを進める。

  • Research Products

    (31 results)

All 2020 2019

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 3 results) Presentation (20 results) (of which Int'l Joint Research: 10 results,  Invited: 7 results)

  • [Journal Article] X線回折実験とシミュレーションのデータ同化による 結晶構造解析2020

    • Author(s)
      藤堂眞治,常行真司
    • Journal Title

      日本結晶学会誌

      Volume: 62 Pages: 51~55

    • DOI

      https://doi.org/10.5940/jcrsj.62.51

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Atomic and molecular adsorption on single platinum atom at the graphene edge: A density functional theory study2020

    • Author(s)
      Wella Sasfan Arman、Hamamoto Yuji、Iskandar Ferry、Suprijadi、Morikawa Yoshitada、Hamada Ikutaro
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 152 Pages: 104707~104707

    • DOI

      10.1063/5.0002902

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Nanoscale First-Principles Electronic Structure Simulations of Materials Relevant to Organic Electronics2020

    • Author(s)
      Yanagisawa Susumu、Hamada Ikutaro
    • Journal Title

      Theoretical Chemistry for Advanced Nanomaterials - Functional Analysis by Computation and Experiment

      Volume: - Pages: 89~131

    • DOI

      10.1007/978-981-15-0006-0_4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydrogen at Electrochemical Interfaces2020

    • Author(s)
      Sugino Osamu
    • Journal Title

      Journal of the Physical Society of Japan

      Volume: 89 Pages: 051013~051013

    • DOI

      https://doi.org/10.7566/JPSJ.89.051013

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Search for common minima in joint optimization of multiple cost functions2019

    • Author(s)
      Adachi Daiki、Tsujimoto Naoto、Akashi Ryosuke、Todo Synge、Tsuneyuki Shinji
    • Journal Title

      Computer Physics Communications

      Volume: 241 Pages: 92~97

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.cpc.2019.02.004

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Van der Waals density functional study of formic acid adsorption and decomposition on Cu(111)2019

    • Author(s)
      Putra Septia Eka Marsha、Muttaqien Fahdzi、Hamamoto Yuji、Inagaki Kouji、Hamada Ikutaro、Morikawa Yoshitada
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 150 Pages: 154707~154707

    • DOI

      10.1063/1.5087420

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Vibration-driven reaction of CO2 on Cu surfaces via Eley?Rideal-type mechanism2019

    • Author(s)
      Quan Jiamei、Muttaqien Fahdzi、Kondo Takahiro、Kozarashi Taijun、Mogi Tomoyasu、Imabayashi Takumi、Hamamoto Yuji、Inagaki Kouji、Hamada Ikutaro、Morikawa Yoshitada、Nakamura Junji
    • Journal Title

      Nature Chemistry

      Volume: 11 Pages: 722~729

    • DOI

      10.1038/s41557-019-0282-1

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Ab initio quantum mechanics/molecular mechanics method with periodic boundaries employing Ewald summation technique to electron-charge interaction: Treatment of the surface-dipole term2019

    • Author(s)
      Kawashima Y.、Ishimura K.、Shiga M.
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 150 Pages: 124103~124103

    • DOI

      10.1063/1.5048451

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Unraveling anomalous isotope effect on hydrogen diffusivities in fcc metals from first principles including nuclear quantum effects2019

    • Author(s)
      Kimizuka Hajime、Ogata Shigenobu、Shiga Motoyuki
    • Journal Title

      Physical Review B

      Volume: 100 Pages: 024104

    • DOI

      10.1103/PhysRevB.100.024104

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photoabsorption Spectra of Aqueous Oxyluciferin Anions Elucidated by Explicit Quantum Solvent2019

    • Author(s)
      Noguchi Yoshifumi、Hiyama Miyabi、Shiga Motoyuki、Akiyama Hidefumi、Sugino Osamu
    • Journal Title

      Journal of Chemical Theory and Computation

      Volume: 15 Pages: 5474~5482

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.9b00392

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Scaling Relation of Oxygen Reduction Reaction Intermediates at Defective TiO2 Surfaces2019

    • Author(s)
      Yamamoto Yoshiyuki、Kasamatsu Shusuke、Sugino Osamu
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry C

      Volume: 123 Pages: 19486~19492

    • DOI

      10.1021/acs.jpcc.9b03398

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Crystal Structure Prediction of Li(CB9H10) by XRD-assisted molecular dynamic simulation2020

    • Author(s)
      R. Sato
    • Organizer
      "1st International Symposium “Hydrogenomics” combined with 14th International Symposium Hydrogen & Energy"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Heterogeneous catalytic reactions from van der Waals density functional2020

    • Author(s)
      I. Hamada
    • Organizer
      1st Intl. Symposium “Hydrogenomics” combined with 14th Int. Symposium “Hydrogen & Energy”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Nuclear Quantum Effects of Hydrogen in Materials2020

    • Author(s)
      M. Shiga
    • Organizer
      1st International Symposium Hydrogenomics combined with 14th International Symposium Hydrogen & Energy
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Calculating the pKw of subcritical and supercritical H2O and D2O2020

    • Author(s)
      B. Thomsen
    • Organizer
      1st International Symposium Hydrogenomics combined with 14th International Symposium Hydrogen & Energy
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Crystal Structure Prediction by Assimilating Incomplete Powder Diffraction Data2019

    • Author(s)
      S. Tsuneyuki
    • Organizer
      The 18th International Conference on Density Functional Theory and its applications
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 不完全な実験データを用いたデータ同化結晶構造探索2019

    • Author(s)
      常行真司
    • Organizer
      早稲田大学材研オープンセミナー
    • Invited
  • [Presentation] First-principles material simulation and beyond2019

    • Author(s)
      S. Tsuneyuki
    • Organizer
      Materials Research Meeting 2019 (MRM2019)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 計算物質科学の立場からの新物質開発について2019

    • Author(s)
      常行真司
    • Organizer
      第9回電子光技術シンポジウム「機能性マテリアルの設計と実証 ―電子・光デバイスのイノベーション開拓に向けて-」
    • Invited
  • [Presentation] YOxHy系のバンド・構造計算及び励起状態構造の推定2019

    • Author(s)
      佐藤 龍平
    • Organizer
      ハイドロジェノミクス第4回若手育成スクール
  • [Presentation] Crystal structure prediction of Li(CB9H10): an example of XRD-data-assimilated molecular dynamic simulation2019

    • Author(s)
      R. Sato
    • Organizer
      The 22nd Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Crystal Structure Prediction of LiCB9H10 by XRD-data-assimilated Molecular Dynamic Simulation2019

    • Author(s)
      R. Sato
    • Organizer
      ”TIAかけはし”ポスター交流会2019
  • [Presentation] Proton conduction on hydrated oxide surface for “electrolyte” of metal/oxide catalysts2019

    • Author(s)
      R. Sato
    • Organizer
      Materials Research Meeting 2019 (MRM2019)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 水素系の新しい第一原理計算法の開発と応用2019

    • Author(s)
      志賀基之
    • Organizer
      第2回ハイドロジェノミクス研究会
    • Invited
  • [Presentation] 自由エネルギー面上の鞍点探索法の開発2019

    • Author(s)
      志賀基之
    • Organizer
      第22回理論化学討論会
  • [Presentation] Describing Molecular Potential Energy Surfaces Using General Functions2019

    • Author(s)
      B. Thomsen
    • Organizer
      第22回理論化学討論会
  • [Presentation] Understanding the Broadening of the H9O4+ Infra-Red Spectrum Through Clustering of Path Integral Molecular Dynamics Trajectories2019

    • Author(s)
      B. Thomsen
    • Organizer
      XV INTERNATIONAL WORKSHOP ON QUANTUM REACTIVE SCATTERING
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] メタダイナミクス法による高温水中糖アルコール脱水反応機構の解明2019

    • Author(s)
      近藤友美
    • Organizer
      第 13 回分子科学討論会
  • [Presentation] メタダイナミクス法による高温水中糖アルコール脱水反応機構の解明2019

    • Author(s)
      近藤友美
    • Organizer
      第 33 回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] Calculating pKa(H20) and pKa(D2O) using path integral molecular dynamics2019

    • Author(s)
      B. Thomsen
    • Organizer
      ハイドロジェノミクス第4回若手育成スクール
  • [Presentation] Density Functional Approach to Hydrogen on Electrode2019

    • Author(s)
      O. Sugino
    • Organizer
      Asian workshop on first-principles calculation
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2021-01-27  

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