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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Mechanisms of basic mechanisms and diverity in leaf development

Planned Research

Project AreaIntrinsic periodicity of cellular systems and its modulation as the driving force behind plant development
Project/Area Number 19H05672
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

塚谷 裕一  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (90260512)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 堀口 吾朗  立教大学, 理学部, 教授 (70342847)
Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
Keywords葉 / 輪郭形状 / 数理 / 動的挙動 / 多様化
Outline of Annual Research Achievements

水環境によって葉の形態を大きく変えるミズハコベ (2020 Front Plant Sci.; 2021 Plant Cell)を含むアワゴケ属の種間で、気孔系譜における増幅分裂の有無が生態型と連関することを発見し、遺伝子発現変化がこの多様性をもたらしたという仮説を立てた(Doll et al. 2021 PNAS)。さらにシロイヌナズナ形質転換系統によってこれを検証し、妥当性を示した(2023 J. Exp. Bot.)。
モノフィレアについては、無限成長する葉の基部にあるメリステムで、AN3とSTMが共発現する現象(2020 Front. Plant Sci.)や、植物ホルモンによる一葉性の制御の知見を得た(2022 Front. Plant Sci)。さらに通常の植物でSAMと葉原基を切り分けるCUC遺伝子群の発現を解析した結果、栄養成長期メリステムではCUCとSTMの発現が空間的に重複していることから、SAMがネオテニー現象を示していると解釈できた(2024 Sci. Rep.)。
また複葉でありながら先端で繰り返し小葉を作る無限成長性のGuarea属については、その葉の頂端メリステムについて、SAMや小葉原基との間でRNAプロファイルを比較解析した。その結果、葉頂端メリステムではこれまで解析例のほとんどないサブクラスのKNOX I遺伝子が特異発現していることを見出した(2023 Sci. Rep.)。
望月班との共同研究になる数理解析では、シロイヌナズナにおける萼片と花弁の形状の違いが、それぞれの原基における分裂組織の位置の違いだけで説明できることを示した(2022 Development)。また葉の輪郭形状と動的な細胞挙動の関係性について、数理的な解析をすることで、葉の先端が尾状に伸びる形態を実現する葉原基の動的条件を絞り込むことに成功した(投稿準備中)。
さらに当初予想外の知見として、ヤブカラシの花が3回周期的に色を変える現象を見つけ、2回以上周期変化する初の例として報告した(2022 Sci. Rep)。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (54 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 5 results) Presentation (44 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Lyon(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      University of Lyon
  • [Int'l Joint Research] Universidad Miguel Hernandez(スペイン)

    • Country Name
      SPAIN
    • Counterpart Institution
      Universidad Miguel Hernandez
  • [Journal Article] First records of non-native species Callitriche deflexa (Plantaginaceae), which was previously misidentified as C. terrestris in Japan2024

    • Author(s)
      Koga Hiroyuki、Doll Yuki、Ohnishi Wataru、Tsukaya Hirokazu
    • Journal Title

      Biodiversity Data Journal

      Volume: 12 Pages: e115142

    • DOI

      10.3897/BDJ.12.e115142

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Decoding the leaf apical meristem of Guarea glabra Vahl (Meliaceae): insight into the evolution of indeterminate pinnate leaves2024

    • Author(s)
      Moriyama Yasutake、Koga Hiroyuki、Tsukaya Hirokazu
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 14 Pages: 5166

    • DOI

      10.1038/s41598-024-55882-0

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Precocious cell differentiation occurs in proliferating cells in leaf primordia in Arabidopsis angustifolia3 mutant2024

    • Author(s)
      Ezaki Kazune、Koga Hiroyuki、Takeda-Kamiya Noriko、Toyooka Kiminori、Higaki Takumi、Sakamoto Shingo、Tsukaya Hirokazu
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 15 Pages: 1322223

    • DOI

      10.3389/fpls.2024.1322223

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Contribution of vasculature to stem integrity in Arabidopsis thaliana2023

    • Author(s)
      Asaoka Mariko、Sakamoto Shingo、Gunji Shizuka、Mitsuda Nobutaka、Tsukaya Hirokazu、Sawa Shinichiro、Hamant Olivier、Ferjani Ali
    • Journal Title

      Development

      Volume: 150 Pages: dev201156

    • DOI

      10.1242/dev.201156

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Experimental validation of the mechanism of stomatal development diversification2023

    • Author(s)
      Doll Yuki、Koga Hiroyuki、Tsukaya Hirokazu
    • Journal Title

      Journal of Experimental Botany

      Volume: 74 Pages: 5667~5681

    • DOI

      10.1093/jxb/erad279

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cavity and entrance pore development in ant plant hypocotyls2023

    • Author(s)
      Tsukaya Hirokazu、Ohtake Yutaka
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 14 Pages: 1234650

    • DOI

      10.3389/fpls.2023.1234650

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] A cell-based theory of tip growth and negative curvature formation: case study of Triadica sebifera and its generalization "2024

    • Author(s)
      Wang Z., Inoue Y., Mochizuki A., Tsukaya H.
    • Organizer
      日本植物生理学会第65回年会
  • [Presentation] 一葉植物モノフィレアの特異的な分裂組織における細胞レベルの遺伝子発現解析2024

    • Author(s)
      中村 駿志、古賀 皓之、木下 綾華、塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物生理学会第65回年会
  • [Presentation] 水陸両生植物2 種における根の表現型可塑性の発生的収斂進化2024

    • Author(s)
      佐藤 友、古賀 皓之、塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物生理学会第65回年会
  • [Presentation] Amborella trichopodaとシロイヌナズナのトランスクリプトーム/ ゲノムデータを用いた被子植物の葉の獲得に関する進化発生学的研究2024

    • Author(s)
      中山 北斗、塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物生理学会第65回年会
  • [Presentation] Role of pre-mRNA splicing in lateral root morphogenesis regulated by plastid signal2023

    • Author(s)
      Takayanagi N., Arae T., Takahashi H., Shimizu T., Horiguchi G., Aida M., Fukaki H., Masuda T., Notaguchi M., Hirayama T., Ohtani M.
    • Organizer
      The 33rd International Conference on Arabidopsis Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Contribution of epidermis and vasculature to the mechanical integrity of Arabidopsis inflorescence stem2023

    • Author(s)
      Asaoka M., Sakamoto S., Gunji S., Mitsuda N., Tsukaya H., Sawa S., Hamant O., Ferjani A.
    • Organizer
      The 33rd International Conference on Arabidopsis Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cloning and functional analyses of SET gene whose loss-of-function suppresses de-etiolatedt3-1 Inflorescence stem dwarfism2023

    • Author(s)
      Gunji S., Kizu R., Kimura H., Hashimoto R., Ishizuki N., Ichikawa M., Motoike T., Koga H., Hanai K., Hirano T., Kazama Y., Abe T., Mitsuda N., Sakamoto S., Horiguchi G., Sawa S., Tsukaya H., Ferjani A.
    • Organizer
      The 33rd International Conference on Arabidopsis Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Genetics and Multi-Omics Integration Analyses Identified Cell Differentiation state maintenance mechanisms in hope-1 mutant hypocotyls2023

    • Author(s)
      Ferjani A., Shiratori M., Takahashi K., Tabeta H., Koga H., Gunji S., Sato M., Horiguchi G., Yokota Hirai M., Tsukaya H.
    • Organizer
      The 33rd International Conference on Arabidopsis Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Multi-platform metabolomics identified key metabolites that coordinate cell number and size during leaf morphogenesis2023

    • Author(s)
      Tabeta H., Koga H., Sato M., Tsukaya H., Hirai MY., Ferjani A.
    • Organizer
      The 33rd International Conference on Arabidopsis Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Analysis of gene expression patterns in specific meristems of one-leaf plant Monophyllaea glabra by whole-mount in situ hybridization2023

    • Author(s)
      Nakamura S., Kinoshita A., Koga H., Tsukaya H.
    • Organizer
      The 33rd International Conference on Arabidopsis Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Experimental validation of the mechanism of stomatal development diversification2023

    • Author(s)
      Doll Y., Koga H., Tsukaya H.
    • Organizer
      The 33rd International Conference on Arabidopsis Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] From tropical forests to our laboratory2023

    • Author(s)
      Tsukaya H.
    • Organizer
      【植物の周期と変調】国際若手ワークショップ
  • [Presentation] Analysis of gene expression patterns in specific meristems of one-leaf plant Monophyllaea glabra by whole-mount in situ hybridization2023

    • Author(s)
      Nakamura S., Kinoshita A., Koga H., Tsukaya H.
    • Organizer
      【植物の周期と変調】国際若手ワークショップ
  • [Presentation] Genomic perspectives in the control of dimorphic leaf morphogenesis in an amphibious plant Callitriche palustris2023

    • Author(s)
      Koga H.
    • Organizer
      【植物の周期と変調】国際若手ワークショップ
  • [Presentation] 細胞の動的挙動にもとづく葉の発生堅牢性とその多様化の機構2023

    • Author(s)
      塚谷 裕一
    • Organizer
      新学術領域研究「植物の周期と変調」令和5年度第1回領域会議
  • [Presentation] 一葉植物モノフィレアにおける一葉性の分子機構の解明に向けて2023

    • Author(s)
      中村 駿志
    • Organizer
      新学術領域研究「植物の周期と変調」令和5年度第1回領域会議
  • [Presentation] Regulating lateral organ shape uniqueness: influence of meristem position and cell division angles2023

    • Author(s)
      王 子寧
    • Organizer
      新学術領域研究「植物の周期と変調」令和5年度第1回領域会議
  • [Presentation] 水草ミズハコベのゲノム解析2023

    • Author(s)
      古賀 皓之
    • Organizer
      新学術領域研究「植物の周期と変調」令和5年度第1回領域会議
  • [Presentation] Analysis of gene expression patterns in the groove meristem involved in new organ formation in the one leaf plant Monophyllaea2023

    • Author(s)
      Nakamura S., Kinoshita A., Koga H., Tsukaya H.
    • Organizer
      日本進化学会第25回大会
  • [Presentation] Comparative genome analysis of amphibious and terrestrial species in Callitriche (Plantginaceae)2023

    • Author(s)
      古賀 皓之、ドル 有生、 塚谷 裕一
    • Organizer
      日本進化学会第25回大会
  • [Presentation] メタボロミクスによる細胞数と細胞サイズの協調を担う代謝産物群の探索2023

    • Author(s)
      多部田 弘光、佐藤 心郎、郡司 玄、塚谷 裕一、平井 優美、Ferjani Ali
    • Organizer
      日本植物形態学会第35回大会
  • [Presentation] Investigation of the relationship between petiole formation and the adaxial-abaxial patterning in Arabidopsis2023

    • Author(s)
      Yujie Zhao、中山 北斗、塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物形態学会第35回大会
  • [Presentation] 水陸両生植物ミズハコベにおける「異形根性」の発見とその発生制御機構の解析2023

    • Author(s)
      佐藤 友、ドル 有生、古賀 皓之、塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物形態学会第35回大会
  • [Presentation] モノフィレア特異的な分裂組織における境界領域遺伝子CUP-SHAPED COTYLEDON(CUC)オーソログの役割について2023

    • Author(s)
      中村 駿志、木下 綾華、古賀 皓之、塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物形態学会第35回大会
  • [Presentation] 水草アワゴケ属のユニークな自家受精様式「内性隣花受精」の形態学的観察2023

    • Author(s)
      八廣 遥斗、塚谷 裕一、古賀 皓之
    • Organizer
      日本植物形態学会第35回大会
  • [Presentation] イチョウの葉原基における形態形成過程の解析手法2023

    • Author(s)
      砂川 勇太、江崎 和音、塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物形態学会第35回大会
  • [Presentation] アワゴケ属陸生種のシュート再生の条件検討2023

    • Author(s)
      上村 智稀、古賀 皓之、塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物形態学会第35回大会
  • [Presentation] ピロリン酸の過剰蓄積は子葉の初期発生において細胞自律的に影響する2023

    • Author(s)
      郡司 玄、川出 健介、多部田 弘光、堀口 吾朗、浅岡 真理子、及川 彰、平井 優美、塚谷 裕一、Ferjani Ali
    • Organizer
      日本植物形態学会第35回大会
  • [Presentation] de-etiolated3の矮化を抑圧する変異体の遺伝学的解析2023

    • Author(s)
      木津 亮介、郡司 玄、古賀 晧之、堀口 吾朗、光田 展隆、塚谷 裕一、Ferjani Ali
    • Organizer
      日本植物形態学会第35回大会
  • [Presentation] 多部田 弘光、郡司 玄、塚谷 裕一、平井 優美、Ferjani Ali2023

    • Author(s)
      fugu5の補償的細胞肥大を特異的に促進する鍵代謝産物の特定
    • Organizer
      日本植物形態学会第35回大会
  • [Presentation] hope-1の胚軸に自発的に生じるカルスの遺伝学的およびオミクス解析を駆使した形成メカニズムの解明2023

    • Author(s)
      白鳥 みづき、高橋 和希、多部田 弘光、古賀 皓之、郡司 玄、佐藤 心朗、堀口 吾朗、平井 優美、塚谷 裕一、Ferjani Ali
    • Organizer
      日本植物形態学会第35回大会
  • [Presentation] アワゴケ属(オオバコ科)植物の葉における気孔分布の多様性2023

    • Author(s)
      ドル 有生、古賀 皓之、塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物形態学会第35回大会
  • [Presentation] 水草ミズハコベに近縁な陸生種ナガエアワゴケにおける異形葉性遺伝子の解析2023

    • Author(s)
      上村 智稀、古賀 皓之、塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物学会 第87回大会
  • [Presentation] ワイドターゲットメタボロミクスによる葉面積制御に資する機能性代謝産物群の探索2023

    • Author(s)
      多部田 弘光、古賀 皓之、佐藤 心郎、塚谷 裕一、フェルジャニ アリ、平井 優美
    • Organizer
      日本植物学会 第87回大会
  • [Presentation] アワゴケ属(オオバコ科)陸生種と水陸両生種の比較ゲノム解析2023

    • Author(s)
      古賀 皓之、ドル 有生、塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物学会 第87回大会
  • [Presentation] 花序・花芽形成過程におけるモノフィレア特有の分裂組織での遺伝子発現パターンの解析2023

    • Author(s)
      中村 駿志、木下 綾華、古賀 皓之、塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物学会 第87回大会
  • [Presentation] シロイヌナズナAN3-GRFモジュールにおけるシュート/地下部境界制御2023

    • Author(s)
      水流 諒花、保田 歩 塚谷 裕一、堀口 吾朗
    • Organizer
      日本植物学会 第87回大会
  • [Presentation] 染色体部分重複により小型葉を形成するoli6-DにおけるCRISPR/Cas9 法による原因遺伝子の探索2023

    • Author(s)
      武田 理沙、宇井 拓海、塚谷 裕一、佐藤 翔紀、堀口 吾朗
    • Organizer
      日本植物学会 第87回大会
  • [Presentation] Crassothonna属(キク科)の多肉葉に見られる細胞サイズの増加は核内倍化と関連する2023

    • Author(s)
      中山 北斗、澤﨑 賢斗、ドル 有生、古賀 皓之、森山 安武、塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物学会 第87回大会
  • [Presentation] 植物リボソームストレスシグナル伝達因子SZK2 の細胞内局在性の解析2023

    • Author(s)
      岩瀬 七子、五十嵐 幹太、飛田 祥吾、前川 修吾、塚谷 裕一、堀口 吾朗
    • Organizer
      日本植物学会 第87回大会
  • [Presentation] Deciphering the relationship between cell division patterns and plant organ shapes2023

    • Author(s)
      Wang Z., Inoue Y., Mochizuki A., Tsukaya H.
    • Organizer
      日本植物学会 第87回大会
  • [Presentation] マイクロCT 観察により判明したアカネ科アリ植物の内部空孔形成過程の新知見2023

    • Author(s)
      塚谷 裕一
    • Organizer
      日本植物学会 第87回大会
  • [Presentation] Photosynthetic activity regulates lateral root morphogenesis via pre-mRNA spicing2023

    • Author(s)
      Takayanagi N., Arae T., Takahashi H., Shimizu T., Horiguchi G., Aida M., Fukaki H., Masuda T., Notaguchi M., Hirayama T., Ohtani M.
    • Organizer
      Taiwan-Japan Plant Biology 2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] UJA留学のすゝめ2023 (パネリスト)2023

    • Author(s)
      中山 北斗
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
  • [Remarks] 東京大学大学院理学系研究科 生物科学専攻 発生進化研究室:塚谷研

    • URL

      https://www.bs.s.u-tokyo.ac.jp/~bionev2/

  • [Remarks] 立教大学 理学部 生命理学科 分子植物発生学研究室

    • URL

      https://sites.google.com/rikkyo.ac.jp/rikkyo-horiguchi-lab/home

URL: 

Published: 2024-12-25  

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