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2023 Fiscal Year Annual Research Report

ポリコム群による抑制ドメインの複製機構の解明

Planned Research

Project AreaMechanisms underlying replication of non-genomic codes that mediate plasticity and robustness for cellular inheritance
Project/Area Number 19H05745
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

古関 明彦  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (40225446)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 遠藤 高帆  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 技師 (40384862)
Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
Keywordsポリコム群 / クロマチン複製 / DNA複製 / 細胞運命決定
Outline of Annual Research Achievements

ヌクレオソーム再構築メカニズム、ヴァリアントヒストン、及び、ポリコム群再構築過程の間の機能的なリンクがあるかという点について、Enhancer of Polycomb複合体とPCGF1-PRC1複合体に焦点を絞った研究を継続した。Enhancer of Polycomb複合体は、複製フォークにPCNAと結合しながら存在し、ポリコム群が機能する領域を保護している可能性を明らかにした。また、PCGF1-PRC1については複製フォーク近傍に局在し、血球系前駆細胞(HPC)においてPCGF1-PRC1が複製フォーク近傍へのクロマチンリモデリング因子SWI/SNF複合体の接近を阻害することで、複製フォーク通過直後のクロマチン複製を最適化し、ミエロイド関連遺伝子の異常発現を抑制する結果、血球前駆細胞の多分化能を維持する事を見出していたが(Takano J et al. Nature Communications. 2022)、本年はSWI/SNF複合体とPRC1の複製フォーク近傍での競合メカニズムの分子生物学的詳細を明らかにするために胚性幹細胞 (ESC)を用いた解析を開始した。また、これまでのPcgf1欠損法は遺伝子切断によるものであり、PCGF1タンパクを枯渇させるまでに数日間の培養が必要であったのだが、その際に起こり得る、細胞増殖による影響を最小限にするために、PRC1タンパクの急性分解のシステムを採用する事とした。そして、HPCと同様の現象がESCでも起こっていることを確認した。すなわち、ESCにおいてもPRC1が複製フォーク近傍に局在する事、PRC1の急激な枯渇により、複製フォーク通過後成熟過程にあるDNAにSWI/SNF複合体が過剰集積する事、またヌクレオソーム密度が低下する事を確認し、ESCの系が妥当であると判断した。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (17 results)

All 2024 2023

All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 9 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 7 results)

  • [Journal Article] Polycomb-mediated histone modifications and gene regulation2024

    • Author(s)
      Ito Shinsuke、Umehara Takashi、Koseki Haruhiko
    • Journal Title

      Biochemical Society Transactions

      Volume: 52 Pages: 151~161

    • DOI

      10.1042/BST20230336

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] PCGF6 controls murine Tuft cell differentiation via H3K9me2 modification independently of Polycomb repression2024

    • Author(s)
      Del Vecchio A, Mule P, Fernandez-Perez D, Amato S, Lattanzi G, Zanotti M, Rustichelli S, Pivetti S, Oldani P, Mariani A, Iommazzo F, Koseki H, Facciotti F, Tamburri S, Ferrari KJ, Pasini D.
    • Journal Title

      Developmental Cell

      Volume: 59 Pages: 368~383.e7

    • DOI

      10.1016/j.devcel.2023.12.015

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] UHRF1 is essential for proper cytoplasmic architecture and function of mouse oocytes and derived embryos2023

    • Author(s)
      Uemura Shuhei、Maenohara Shoji、Inoue Kimiko、Ogonuki Narumi、Matoba Shogo、Ogura Atsuo、Kurumizaka Mayuko、Yamagata Kazuo、Sharif Jafar、Koseki Haruhiko、Ueda Koji、Unoki Motoko、Sasaki Hiroyuki
    • Journal Title

      Life Science Alliance

      Volume: 6 Pages: -

    • DOI

      10.26508/lsa.202301904

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Polycomb repressive complex 1.1 coordinates homeostatic and emergency myelopoiesis2023

    • Author(s)
      Nakajima-Takagi Yaeko、Oshima Motohiko、Takano Junichiro、Koide Shuhei、Itokawa Naoki、Uemura Shun、Yamashita Masayuki、Andoh Shohei、Aoyama Kazumasa、Isshiki Yusuke、Shinoda Daisuke、Saraya Atsunori、Arai Fumio、Yamaguchi Kiyoshi、Furukawa Yoichi、Koseki Haruhiko、Ikawa Tomokatsu、Iwama Atsushi
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 12 Pages: -

    • DOI

      10.7554/eLife.83004

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] SETBP1 is dispensable for normal and malignant hematopoiesis2023

    • Author(s)
      Tanaka A, Nishimura K, Saika W, Kon A, Koike Y, Tatsumi H, Takeda J, Nomura M, Zang W, Nakayama M, Matsuda M, Yamazaki H, Fukumoto M, Ito H, Hayashi Y, Kitamura T, Kawamoto H, Takaori-Kondo A, Koseki H, Ogawa S, Inoue D.
    • Journal Title

      Leukemia

      Volume: 37 Pages: 1802~1811

    • DOI

      10.1038/s41375-023-01970-5

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Phase-separated nuclear bodies of nucleoporin fusions promote condensation of MLL1/CRM1 and rearrangement of 3D genome structure2023

    • Author(s)
      Oka Masahiro、Otani Mayumi、Miyamoto Yoichi、Oshima Rieko、Adachi Jun、Tomonaga Takeshi、Asally Munehiro、Nagaoka Yuya、Tanaka Kaori、Toyoda Atsushi、Ichikawa Kazuki、Morishita Shinichi、Isono Kyoichi、Koseki Haruhiko、Nakato Ryuichiro、Ohkawa Yasuyuki、Yoneda Yoshihiro
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 42 Pages: 112884~112884

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2023.112884

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] PRC1 suppresses a female gene regulatory network to ensure testicular differentiation2023

    • Author(s)
      Maezawa So、Yukawa Masashi、Hasegawa Kazuteru、Sugiyama Ryo、Iizuka Mizuho、Hu Mengwen、Sakashita Akihiko、Vidal Miguel、Koseki Haruhiko、Barski Artem、DeFalco Tony、Namekawa Satoshi H.
    • Journal Title

      Cell Death Dis

      Volume: 14 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41419-023-05996-6

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Defining super-enhancers by highly ranked histone H4 multi-acetylation levels identifies transcription factors associated with glioblastoma stem-like properties2023

    • Author(s)
      Das Nando D.、Chang Jen-Chien、Hon Chung-Chau、Kelly S. Thomas、Ito Shinsuke、Lizio Marina、Kaczkowski Bogumil、Watanabe Hisami、Katsushima Keisuke、Natsume Atsushi、Koseki Haruhiko、Kondo Yutaka、Minoda Aki、Umehara Takashi
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 24 Pages: -

    • DOI

      10.1186/s12864-023-09659-w

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The USP7-STAT3-granzyme-Par-1 axis regulates allergic inflammation by promoting differentiation of IL-5-producing Th2 cells2023

    • Author(s)
      Kumagai Jin、Kiuchi Masahiro、Kokubo Kota、Yagyu Hiroyuki、Nemoto Masahiro、Tsuji Kaori、Nagahata Ken、Sasaki Atsushi、Hishiya Takahisa、Onoue Miki、Shinmi Rie、Sonobe Yuri、Iinuma Tomohisa、Yonekura Syuji、Shinga Jun、Hanazawa Toyoyuki、Koseki Haruhiko、Nakayama Toshinori、Yokote Koutaro、Hirahara Kiyoshi
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 120 Pages: -

    • DOI

      10.1073/pnas.2302903120

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ポリコム群によるCpGアイランドの機能制御2024

    • Author(s)
      古関 明彦
    • Organizer
      北海道大学 化学反応創成研究拠点 (ICReDD) 第6回ゲノム生物物理学セミナー
    • Invited
  • [Presentation] SKP1A links Polycomb-repressed genes with proteasome2023

    • Author(s)
      Haruhiko Koseki
    • Organizer
      EMBL Conference Chromatin and epigenetics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] SKP1A links Polycomb-repressed genes with proteasome2023

    • Author(s)
      Haruhiko Koseki
    • Organizer
      Cambridge epigenetics club (University of Cambridge)
    • Invited
  • [Presentation] SKP1A links Polycomb-repressed genes with proteasome2023

    • Author(s)
      Haruhiko Koseki
    • Organizer
      University of Oxford
    • Invited
  • [Presentation] SKP1A links Polycomb-repressed genes with proteasome2023

    • Author(s)
      Haruhiko Koseki
    • Organizer
      Trinity College Dublin
    • Invited
  • [Presentation] SKP1A links Polycomb-repressed genes with proteasome2023

    • Author(s)
      Haruhiko Koseki
    • Organizer
      University of Dundee
    • Invited
  • [Presentation] CpG Island-Bound SKP1A Links EED with Proteasomal Degradation and Gene Activation of Polycomb Target Genes2023

    • Author(s)
      Haruhiko Koseki
    • Organizer
      2023 Epigenetics Gordon Research Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Polycomb Repressive Complex in Development and Homeostasis2023

    • Author(s)
      Haruhiko Koseki
    • Organizer
      Research Team Promoting Grant Annual Meeting 2023
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2024-12-25  

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