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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Understanding of non-genome replication during hematopoietic cell differentiation

Planned Research

Project AreaMechanisms underlying replication of non-genomic codes that mediate plasticity and robustness for cellular inheritance
Project/Area Number 19H05747
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

谷内 一郎  国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (20284573)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 河本 宏  京都大学, 医生物学研究所, 教授 (00343228)
Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
Keywords非ゲノム情報 / T細胞 / エピジェネティクス
Outline of Annual Research Achievements

細胞分裂を超えた細胞形質の継承過程ではゲノム情報の正確な複製に加え、DNAメチル化やヒストン翻訳後修飾などの化学修飾性コード、高次クロマチン構造、非コードRNAを含めた非ゲノム情報の継承が必須である。一方でこのような非ゲノム情報は可塑性を有し、それ故に書き換えによる細胞形質の改変が可能であり、多細胞生物に於いて同じゲノム情報を持ちながら多様な細胞種を生み出す基本原理として機能する。即ち、状況に応じた非ゲノム情報の改変と精密な複製を制御する分子機構の解明は医学・生物学の重要な課題である。本研究課題では、血球系細胞分化を研究対象におき、細胞形質の継承と改変を制御する非ゲノム情報複製機構を解明することを目的とした研究計画を構築した。2023年度はCrispr/Cas9 gRNAライブラリーのスクリーニングにより得られたCd8遺伝子発現維持に必須の分子候補であるDot1L、Runx3、Ambra1の3分子の機能解析、作用機序の解明を目的とした研究を実施した。またT細胞からのPax5の脱抑制的発現を指標にしたスクリーニングを行う為にPax5遺伝子座にDsRed蛍光タンパク質を挿入したレポーターTgマウスを樹立し、その発現パターンを確認した後に、研究分担者の河本に供与した。
また公募班の鐘巻との共同研究により、高次クロマチン構造の形成と維持に関わる核タンパクの同定とその機能解析を実施する為の新たな研究手法として薬剤依存的に一過性に標的タンパク質をマウス生体内で分解するマウス生体内AID2法を構築した。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (16 results)

All 2024 2023 Other

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 7 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Threonine phosphorylation of STAT1 restricts interferon signaling and promotes innate inflammatory responses2024

    • Author(s)
      Metwally Hozaifa、Elbrashy Maha M.、Ozawa Tatsuhiko、Okuyama Kazuki、White Jason T.、Tulyeu Janyerkye、Sondergaard Jonas Norskov、Wing James Badger、Muratsu Arisa、Matsumoto Hisatake、Ikawa Masahito、Kishi Hiroyuki、Taniuchi Ichiro、Kishimoto Tadamitsu
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 121 Pages: -

    • DOI

      10.1073/pnas.2402226121

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Bcl11bN797K variant isolated from an immunodeficient patient inhibits early thymocyte development in mice2024

    • Author(s)
      Matsumoto Kazuaki、Okuyama Kazuki、Sidwell Tom、Yamashita Motoi、Endo Takaho、Satoh-Takayama Naoko、Ohno Hiroshi、Morio Tomohiro、Rothenberg Ellen V.、Taniuchi Ichiro
    • Journal Title

      Frontiers in Immunology

      Volume: 15 Pages: -

    • DOI

      10.3389/fimmu.2024.1363704

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Zeb2 regulates differentiation of long-lived effector of invariant natural killer T cells2023

    • Author(s)
      Iyoda Tomonori、Shimizu Kanako、Endo Takaho、Watanabe Takashi、Taniuchi Ichiro、Aoshima Honoka、Satoh Mikiko、Nakazato Hiroshi、Yamasaki Satoru、Fujii Shin-ichiro
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 6 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s42003-023-05421-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The guanine nucleotide exchange factor Rin-like controls Tfh cell differentiation via CD28 signaling2023

    • Author(s)
      Sandner Lisa、Alteneder Marlis、Rica Ramona、Woller Barbara、Sala Eleonora、Frey Tobias、Tosevska Anela、Zhu Ci、Madern Moritz、Khan Matarr、Hoffmann Pol、Taniuchi Ichiro、Bonelli Michael、Schmetterer Klaus、Iannacone Matteo、Kuka Mirela、Ellmeier Wilfried、Sakaguchi Shinya、Herbst Ruth、Boucheron Nicole
    • Journal Title

      Journal of Experimental Medicine

      Volume: 220 Pages: -

    • DOI

      10.1084/jem.20221466

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Impaired tissue homing by the Ikzf3N159S variant is mediated by interfering with Ikaros function2023

    • Author(s)
      Chang Jingjie、Yamashita Motoi、Padhi Aditya K.、Zhang Kam Y. J.、Taniuchi Ichiro
    • Journal Title

      Frontiers in Immunology

      Volume: 14 Pages: -

    • DOI

      10.3389/fimmu.2023.1239779

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Downregulation of chemokine receptor 9 facilitates CD4+CD8αα+ intraepithelial lymphocyte development2023

    • Author(s)
      Ono Keiko、Sujino Tomohisa、Miyamoto Kentaro、、Kojo Satoshi、Koda Yuzo、Zheng Jiawen、Sayama Kazutoshi、Koide Tsuyoshi、Teratani Toshiaki、Mikami Yohei、Takabayashi Kaoru、Nakamoto Nobuhiro、Hosoe Naoki、London Mariya、Ogata Haruhiko、Mucida Daniel、Taniuchi Ichiro、Kanai Takanori
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41467-023-40950-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identification of a novel enhancer essential for<i>Satb1</i>expression in T<sub>H</sub>2 cells and activated ILC2s2023

    • Author(s)
      Nomura Aneela、Kobayashi Tetsuro、Seo Wooseok、Ohno-Oishi Michiko、Kakugawa Kiyokazu、Muroi Sawako、Yoshida Hideyuki、Endo Takaho A、Moro Kazuyo、Taniuchi Ichiro
    • Journal Title

      Life Science Alliance

      Volume: 6 Pages: -

    • DOI

      10.26508/lsa.202301897

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Majority of the Serine/Threonine Phosphorylation Sites in Bcl11b Protein Are Dispensable for the Differentiation of T Cells2023

    • Author(s)
      Okuyama Kazuki、Nomura Aneela、Nishino Kohei、Tanaka Hirokazu、Harly Christelle、Chihara Risa、Harada Yasuyo、Muroi Sawako、Kubo Masato、Kosako Hidetaka、Taniuchi Ichiro
    • Journal Title

      The Journal of Immunology

      Volume: 210 Pages: 1728~1739

    • DOI

      10.4049/jimmunol.2200101

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] TIGIT mediates activation-induced cell death of ILC2s during chronic airway allergy2023

    • Author(s)
      Yamada Toshiki、Tatematsu Megumi、Takasuga Shunsuke、Fuchimukai Akane、Yamagata Kenki、Seki Shinsuke、Kuba Keiji、Yoshida Hideyuki、Taniuchi Ichiro、Bernhardt Gunter、Shibuya Kazuko、Shibuya Akira、Yamada Takechiyo、Ebihara Takashi
    • Journal Title

      Journal of Experimental Medicine

      Volume: 220 Pages: -

    • DOI

      10.1084/jem.20222005

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Roles of Runx transcription factors during immune system development2024

    • Author(s)
      Taniuchi Ichiro
    • Organizer
      The 52nd Annual Meeting of the Japanese Society for Immunology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Pathogenesis of immune disorders by dysregulation of the transcription factor function2023

    • Author(s)
      Taniuchi Ichiro
    • Organizer
      The 2nd International Symposium of Clinical Immunology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] マウス生体内近接ビオチン標識法の開発と応用2023

    • Author(s)
      谷内 一郎
    • Organizer
      日本生化学会九州支部例会
    • Invited
  • [Presentation] Toward development of improved anti-cancer immunotherapy2023

    • Author(s)
      Taniuchi Ichiro
    • Organizer
      14th annual scientific meeting of SGCC
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Roles of Runx transcription factors during thymocytes cell fate decision2023

    • Author(s)
      Taniuchi Ichiro
    • Organizer
      FASEB conference, the Molecular Mechanisms of Immune Cell Development and Function
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 免疫転写制御研究チーム

    • URL

      https://www.riken.jp/research/labs/ims/transcript_reg/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 遺伝子改変マウス(Rosa26OsTIR1(F74G)マウス)2023

    • Inventor(s)
      谷内 一郎、鐘巻 将人、林 謙一郎
    • Industrial Property Rights Holder
      谷内 一郎、鐘巻 将人、林 謙一郎
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2023-036211

URL: 

Published: 2024-12-25  

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