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2023 Fiscal Year Annual Research Report

生命金属動態の理解に向けた金属イオンConditionalプロテオミクス法の開発

Planned Research

Project AreaIntegrated Biometal Science: Research to Explore Dynamics of Metals in Cellular System
Project/Area Number 19H05764
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

田村 朋則  京都大学, 工学研究科, 講師 (10746639)

Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
Keywords銅イオン / コンディショナルプロテオミクス
Outline of Annual Research Achievements

銅(I)イオン(Cu+)に選択的に応答して反応性が上昇する新規ラベル化剤として、昨年度に引き続きキレーター部位を有する銅イオンコンディショナルプロテオミクスプローブの開発とその原理実証を行った。特に本年度は、A03-1神戸班から供与いただいたATP7Aノックアウト(KO)-Mewo細胞を用いて銅イオンコンディショナルプロテオミクスデータを取得した。その結果、Cu-gtsmを処置したATP7A-KO細胞では、銅の細胞外排出機構が破綻しているため、野生型細胞と比較してよりラベル化反応が進行することが明らかとなった。なお、KO細胞における銅蓄積量の増加はB01-1小椋班と共同で定量解析した。さらに、ラベル化タンパク質を濃縮・精製し、LC-MSMSによる同定を行なったところ、WT細胞ではエンドソームや細胞内ベシクルに局在するタンパク質が多くラベルされるのに対して、KO細胞ではサイトゾルタンパク質がより多くラベルされることがわかった。これはWT細胞では過剰な銅は細胞内ベシクルに隔離され細胞外に排出されるのに対して、KO細胞ではその機能が破綻しているためサイトゾル領域にlabile(易動性)銅が分布することを反映していると推察される。また興味深いことに、KO細胞ではミトコンドリアタンパク質がより多くラベルされるのに加えて、最近報告された新規銅依存性細胞死Cuproptosisの関連タンパク質が多く同定された。この結果は、Cuproptosis過程においてミトコンドリア内でCu+イオン濃度が上昇していることを示唆するものであった。本成果を取りまとめ、本年度に論文を投稿した(現在査読中)。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (10 results)

All 2024 2023

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 7 results)

  • [Journal Article] Bioorthogonal chemical labeling of endogenous neurotransmitter receptors in living mouse brains2024

    • Author(s)
      Nonaka Hiroshi、Sakamoto Seiji、Shiraiwa Kazuki、Ishikawa Mamoru、Tamura Tomonori、Okuno Kyohei、Kondo Takumi、Kiyonaka Shigeki、Susaki Etsuo A.、Shimizu Chika、Ueda Hiroki R.、Kakegawa Wataru、Arai Itaru、Yuzaki Michisuke、Hamachi Itaru
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 121 Pages: e2313887121

    • DOI

      10.1073/pnas.2313887121

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Lysine-Reactive <i>N</i>-Acyl-<i>N</i>-aryl Sulfonamide Warheads: Improved Reaction Properties and Application in the Covalent Inhibition of an Ibrutinib-Resistant BTK Mutant2023

    • Author(s)
      Kawano Masaharu、Murakawa Syunsuke、Higashiguchi Kenji、Matsuda Kenji、Tamura Tomonori、Hamachi Itaru
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 145 Pages: 26202~26212

    • DOI

      10.1021/jacs.3c08740

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 金属イオン応答性タンパク質修飾試薬を用いたコンディショナルプロテオミクス2023

    • Author(s)
      田村 朋則
    • Journal Title

      ファルマシア

      Volume: 59 Pages: 190~195

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.59.3_190

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Screening of genes involved in lipid metabolism using organelle-selective lipid labeling2023

    • Author(s)
      田村朋則
    • Organizer
      蛋白研セミナーBiological Chemistry on Membranes - Understanding and Engineering
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] オルガネラ選択的脂質ラベリングと遺伝子スクリーニング2023

    • Author(s)
      田村朋則
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
    • Invited
  • [Presentation] オルガネラ選択的脂質ラベリング2023

    • Author(s)
      田村朋則
    • Organizer
      東京大学工学系研究科 化学生命工学専攻 講演会
    • Invited
  • [Presentation] ヘムトランスポーター FLVCR1 の未知機能の発見2023

    • Author(s)
      田村朋則
    • Organizer
      メタルバイオサイエンス研究会2023
    • Invited
  • [Presentation] 金属イオン/酸化ストレス応答性タンパク質修飾プローブを用いたコンディショナルプロテオミクス2023

    • Author(s)
      田村朋則
    • Organizer
      第47回日本鉄バイオサイエンス学会学術集会
    • Invited
  • [Presentation] ケミカルバイオロジー分野におけるプロテオフォーム解析の重要性2023

    • Author(s)
      田村朋則
    • Organizer
      日本プロテオーム学会2023年大会
    • Invited
  • [Presentation] オプトケモプロテオミクスによるマウス脳内受容体インタラクトーム解析2023

    • Author(s)
      田村朋則
    • Organizer
      第74回日本電気泳動学会学術大会
    • Invited

URL: 

Published: 2024-12-25  

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