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2020 Fiscal Year Annual Research Report

生命金属動態の理解と制御のための分子認識素子の開発

Planned Research

Project AreaIntegrated Biometal Science: Research to Explore Dynamics of Metals in Cellular System
Project/Area Number 19H05766
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

津本 浩平  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
Keywords病原性微生物 / 金属取り込み / 低分子化抗体 / 低分子化合物 / 物理化学
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、病原性微生物である化膿レンサ球菌および黄色ブドウ球菌を標的とし、鉄取り込み系の阻害に基づいた抗菌剤開発を目指している。
本年度は、化膿レンサ球菌に存在する3種の鉄取り込み経路のそれぞれについて、低分子化合物および低分子化抗体を活用した機能阻害分子取得のスクリーニング系を構築し、ShrおよびMtsAについてはin vitroでリガンド結合を阻害し、かつ抗菌活性を有する低分子化合物の取得に成功した。また、単独ではリガンド結合の阻害が確認されなかった複数の低分子化抗体を連結させたバイパラトピック抗体を作製することにより、リガンド結合の阻害能を有する改変抗体の開発に成功し、各種生化学/物理化学的解析を行うことにより、その作用機序についても明らかにしつつある。さらに、FtsBについても結晶構造解析によってリガンド結合の分子認識機構を明らかにするとともに、リガンドの結合を阻害する低分子化抗体の取得に成功し、複合体の構造解析によってその分子機構も明らかにしている。
黄色ブドウ球菌に対する抗菌剤開発として。前年度までに見出していた、IsdHによるヘモグロビンからのヘム鉄奪取におけるドメイン間リンカーの役割についての精密解析を完了し、原著論文として発表した。さらに、前年度取得したIsdHおよびIsdBとヘム鉄の相互作用を阻害する低分子化抗体について、抗原との複合体構造を決定し、機能阻害の分子機構を明らかにした。微生物を用いた解析により、この抗体が抗菌活性を有することを示しており、今後抗菌剤としての開発を目指す。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

COVID-19の影響により当初の計画よりも研究の進展が遅れていたが、研究費を繰り越し、予定していた実験を次年度に実施することにより、当初見込まれていた研究計画を遂行することができているため。

Strategy for Future Research Activity

COVID-19により当初計画よりも遅れが生じたものの、その後研究計画を繰り下げて実施しており、順調に研究が進展している。今後の推進方策として、すでに抗菌活性を有する阻害分子については分子機構の解明および更なる高機能化を目指す。また、in vitroにおいて機能阻害効果が見られている阻害分子については、微生物を用いた抗菌活性について評価を進め、引き続き抗菌活性を有する阻害分子の取得を目指す。

  • Research Products

    (36 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (13 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 13 results,  Open Access: 8 results) Presentation (21 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 7 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Structure and role of the linker domain of the iron surface-determinant protein IsdH in heme transportation in Staphylococcus aureus.2022

    • Author(s)
      Valenciano-Bellido Sandra、Caaveiro Jose M.M.、Morante Koldo、Sushko Tatyana、Nakakido Makoto、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: - Pages: 101995~101995

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.101995

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Antibody recognition of complement Factor H reveals a flexible loop involved in Atypical Hemolytic Uremic Syndrome pathogenesis2022

    • Author(s)
      Yokoo Takanori、Tanabe Aki、Yoshida Yoko、Caaveiro Jose M.M.、Nakakido Makoto、Ikeda Yoichiro、Fujimura Yoshihiro、Matsumoto Masanori、Entzminger Kevin、Maruyama Toshiaki、Okumura C.J.、Nangaku Masaomi、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: - Pages: 101962~101962

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.101962

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Delicate balance among thermal stability, binding affinity, and conformational space explored by single-domain VHH antibodies2021

    • Author(s)
      Ikeuchi Emina、Kuroda Daisuke、Nakakido Makoto、Murakami Akikazu、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41598-021-98977-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural and thermodynamical insights into the binding and inhibition of FIH-1 by the N-terminal disordered region of Mint32021

    • Author(s)
      Ten Tensho、Nagatoishi Satoru、Maeda Ryo、Hoshino Masaru、Nakayama Yoshiaki、Seiki Motoharu、Sakamoto Takeharu、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 297 Pages: 101304~101304

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.101304

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Regulation of cadherin dimerization by chemical fragments as a trigger to inhibit cell adhesion2021

    • Author(s)
      Senoo Akinobu、Ito Sho、Nagatoishi Satoru、Saito Yutaro、Ueno Go、Kuroda Daisuke、Yoshida Kouhei、Tashima Takumi、Kudo Shota、Sando Shinsuke、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02575-3

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mechanism of dimerization and structural features of human LI-cadherin2021

    • Author(s)
      Yui Anna、Caaveiro Jose M.M.、Kuroda Daisuke、Nakakido Makoto、Nagatoishi Satoru、Goda Shuichiro、Maruno Takahiro、Uchiyama Susumu、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 297 Pages: 101054~101054

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.101054

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Characterization of a putative maltodextrin-binding protein of Streptococcus pyogenes, SPs0871 and the development of a VHH inhibitor2021

    • Author(s)
      Yamawaki Tsukushi、Nakakido Makoto、Ujiie Kan、Aikawa Chihiro、Nakagawa Ichiro、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 565 Pages: 1~7

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.05.056

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Anion solvation enhanced by positive supercharging mutations preserves thermal stability of an antibody in a wide pH range2021

    • Author(s)
      Kasahara Keisuke、Kuroda Daisuke、Tanabe Aki、Kawade Raiji、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 563 Pages: 54~59

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.05.053

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of biparatopic bispecific antibody possessing tetravalent scFv-Fc capable of binding to ROBO1 expressed in hepatocellular carcinoma cells2021

    • Author(s)
      Watanabe Yuji、Tanabe Aki、Hamakubo Takao、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 170 Pages: 307~315

    • DOI

      10.1093/jb/mvab049

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermodynamic Dissection of Potency and Selectivity of Cytosolic Hsp90 Inhibitors2021

    • Author(s)
      Yoshimura Chihoko、Nagatoishi Satoru、Kuroda Daisuke、Kodama Yasuo、Uno Takao、Kitade Makoto、Chong-Takata Khoontee、Oshiumi Hiromi、Muraoka Hiromi、Yamashita Satoshi、Kawai Yuichi、Ohkubo Shuichi、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Medicinal Chemistry

      Volume: 64 Pages: 2669~2677

    • DOI

      10.1021/acs.jmedchem.0c01715

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Proteomic identification and validation of novel interactions of the putative tumor suppressor PRELP with membrane proteins including IGFI-R and p75NTR2021

    • Author(s)
      Kosuge Hirofumi、Nakakido Makoto、Nagatoishi Satoru、Fukuda Tetsuya、Bando Yasuhiko、Ohnuma Shin-ichi、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 296 Pages: 100278~100278

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.100278

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural basis for antigen recognition by methylated lysine?specific antibodies2021

    • Author(s)
      Ishii Misaki、Nakakido Makoto、Caaveiro Jose M.M.、Kuroda Daisuke、Okumura C.J.、Maruyama Toshiaki、Entzminger Kevin、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 296 Pages: 100176~100176

    • DOI

      10.1074/jbc.RA120.015996

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Highly sensitive <scp>HPLC</scp> analysis and biophysical characterization of N‐glycans of <scp>IgG‐Fc</scp> domain in comparison between <scp>CHO</scp> and 293 cells using <scp>FcγRIIIa</scp> ligand2020

    • Author(s)
      Kosuge Hirofumi、Nagatoishi Satoru、Kiyoshi Masato、Ishii‐Watabe Akiko、Tanaka Toru、Terao Yosuke、Oe Seigo、Ide Teruhiko、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Biotechnology Progress

      Volume: 36 Pages: -

    • DOI

      10.1002/btpr.3016

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 抗体工学のモダリティ創薬への貢献2021

    • Author(s)
      津本浩平
    • Organizer
      日本プロテオーム学会 2021年大会
    • Invited
  • [Presentation] 化膿連鎖球菌由来金属トランスポーターに対する機能阻害剤探索2021

    • Author(s)
      中木戸 誠、竹内 美結、伊藤 翔、相川 知宏、長門石 曉、中川 一路、津本 浩平
    • Organizer
      第21回 日本蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] Acquisition of novel VHH antibodies to synaptic organizers for application to molecular imaging2021

    • Author(s)
      横尾 尚典、中木戸 誠、柚﨑 通介、津本 浩平
    • Organizer
      第44回 日本神経科学大会 CJK 第1回国際会議
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 化膿レンサ球菌のマルトース/マルトデキストリン結合蛋白質SPs0871の特性評価及びその機能を阻害するVHH抗体の探索2021

    • Author(s)
      山脇 つくし、中木戸 誠、相川 知宏、中川 一路、津本 浩平
    • Organizer
      第21回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 化膿連鎖球菌由来金属獲得蛋白質MtsAに対する機能阻害剤の探索2021

    • Author(s)
      中木戸 誠、竹内 美結、長門石 曉、相川 知宏、中川 一路、津本 浩平
    • Organizer
      第94回 日本細菌学会総会
    • Invited
  • [Presentation] モダリティ創薬研究におけるITC2021

    • Author(s)
      津本浩平
    • Organizer
      MicroCal ITCワークショップ2021
    • Invited
  • [Presentation] 抗体表面への正荷電残基変異導入による抗体のpH非依存的な熱安定性獲得機構2021

    • Author(s)
      笠原 慶亮、黒田 大祐、河出 来時、田部 亜季、長門石 曉、津本 浩平
    • Organizer
      第59回 日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Physicochemical studies of mutations in framework regions of VHH focusing on intramolecular interactions with CDR32021

    • Author(s)
      木下 清晶、中木戸 誠,、黒田 大祐、 カアベイロ ホセ、 津本 浩平
    • Organizer
      第59回 日本生物物理学会年会
  • [Presentation] aHUSに関連する補体抑制因子CFHと診断薬取得に向けた特異的抗体の機能解析2021

    • Author(s)
      横尾 尚典、田部 亜季、中木戸 誠、長門石 曉、カアベイロ ホセ、吉田 瑶子、池田 洋一郎、南学 正臣、津本 浩平
    • Organizer
      第21回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 膜蛋白質の膜外領域を認識する抗体の取得2021

    • Author(s)
      住川 太一、中木戸 誠、黒田 大祐、津本 浩平
    • Organizer
      第21回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] VHHにおけるCDR3-Framework region間分子内相互作用に着目したフレームワーク改変の物理化学的解析2021

    • Author(s)
      木下 清晶、中木戸 誠、黒田 大祐、カアベイロ ホセ、 津本 浩平
    • Organizer
      第21回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 膜蛋白質Glut1の細胞外領域を認識する抗体取得法の提案2021

    • Author(s)
      住川 太一、中木戸 誠、黒田 大祐、津本 浩平
    • Organizer
      第94回 日本生化学会大会
  • [Presentation] バイオスペリア時代の抗体エンジニアリング2020

    • Author(s)
      津本浩平
    • Organizer
      BioJapan 2020
    • Invited
  • [Presentation] 抗体医薬と蛋白質物性:製剤技術研究への期待2020

    • Author(s)
      津本浩平
    • Organizer
      製剤機械技術学会30周年記念大会
    • Invited
  • [Presentation] 病原性微生物における金属動態の分子機構解析2020

    • Author(s)
      津本浩平
    • Organizer
      2020年度iBIX-JAXA-KEK物構研-QST合同研究会
    • Invited
  • [Presentation] 蛋白質-蛋白質間相互作用の速度論的制御に基づくP-カドヘリンの細胞接着形成阻害2020

    • Author(s)
      妹尾 暁暢、長門石 曉、黒田 大祐、伊藤 翔、上野 剛、齋藤 雄太朗、吉田 浩平、田島 卓実、工藤 翔太、山東 信介、津本 浩平
    • Organizer
      第14回 バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] aHUSに関連する補体抑制因子CFHと特異的抗体の機能解析2020

    • Author(s)
      横尾 尚典、田部 亜季、中木戸 誠、長門石 曉、吉田 瑶子、池田 洋一郎、南学 正臣、津本 浩平
    • Organizer
      第93回 日本生化学会大会
  • [Presentation] 化膿連鎖球菌の金属獲得蛋白質MtsAに対する機能阻害剤の探索2020

    • Author(s)
      竹内 美結、中木戸 誠、長門石 曉、河出 来時、相川 知宏、中川 一路、津本 浩平
    • Organizer
      第20回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Inhibition of P-cadherin-mediated cell contact formation through the kinetic effect of chemical fragment2020

    • Author(s)
      妹尾 暁暢、齋藤 雄太朗、伊藤 翔、長門石 曉、上野 剛、吉田 浩平、田島 卓実、工藤 翔太、山東 信介、津本 浩平
    • Organizer
      第20回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションを用いたCDR-Graftingによる合成VHHにおける分子挙動の解析2020

    • Author(s)
      木下 清晶、中木戸 誠、黒田 大祐、カアベイロ ホセ、津本 浩平
    • Organizer
      第58回 日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 計算デザイン Supercharging 抗体の物性機能解析2020

    • Author(s)
      笠原 慶亮、黒田 大祐 、河出 来時 、田部 亜季 、長門石 曉 、 津本 浩平
    • Organizer
      第48回 構造活性相関シンポジウム
  • [Book] 創薬研究のための相互作用解析パーフェクト2021

    • Author(s)
      津本 浩平、前仲 勝実
    • Total Pages
      368
    • Publisher
      羊土社
    • ISBN
      978-4-7581-2256-6
  • [Book] 生命金属ダイナミクス ~生体内における金属の挙動と制御~2021

    • Author(s)
      城 宜嗣、津本 浩平
    • Total Pages
      564
    • Publisher
      エヌ・ティー・エス

URL: 

Published: 2022-12-28  

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