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2021 Fiscal Year Annual Research Report

生命金属動態の理解と制御のための分子認識素子の開発

Planned Research

Project AreaIntegrated Biometal Science: Research to Explore Dynamics of Metals in Cellular System
Project/Area Number 19H05766
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

津本 浩平  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
Keywords病原性微生物 / 金属取り込み / 低分子化抗体 / 低分子化合物 / 物理化学
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、病原性微生物である化膿レンサ球菌および黄色ブドウ球菌を標的とし、鉄取り込み系で機能するタンパク質群の機能阻害に基づいた抗菌剤開発を目指している。
本年度は、化膿レンサ球菌において機能する3種の鉄取り込み経路のうち、遊離金属およびシデロフォアを介した取り込み系に対して、低分子化抗体を活用した機能阻害分子の取得ならびに解析を行った。MtsAに対しては、単独では阻害機能を持たない複数の低分子化抗体を連結したバイパラトピック抗体(BpAb)を設計し、その阻害効果について検証を行った。大腸菌発現系を用いてBpAbを発現精製し、等温滴定型熱量測定によって金属結合阻害について検証したところ、金属結合の阻害が確認された。各種生化学的/物理化学的解析によって複合体の分子状態を精査し、MtsA-BpAbが複数の分子間での相互作用を介した会合体を形成していることが示唆された。さらに、scFvとVHHをつなぐリンカーを改変することにより分子内結合によるヘテロダイマーを形成するようなBpAbの作製にも成功し、さらにそのBpAbによってもMtsAの金属結合が阻害されることが確認された。
FtsBについては、FtsBとFerrichrome複合体の結晶構造を取得し、更にその構造を基にして結晶構造中でリガンドと相互作用している残基に変異を入れた変異体を作製、それぞれの変異体について物理化学的手法によって相互作用解析を行う事により、FtsBによるリガンド認識機構を原子レベルで明らかにすることに成功した。さらに、FtsBをアルパカに免疫し、ファージディスプレイ法を用いてVHH抗体を取得し、FtsBに結合することを確認した後、ITCによってFtsBによるFerrichrome結合の阻害について検証したところ、こちらについても見事リガンド結合を阻害することが明らかとなった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

成果として、本研究で標的としている化膿レンサ球菌の鉄取り込み経路のうち、2種の鉄取り込み系で機能するタンパク質群に対し、いずれも機能を阻害する抗体分子の取得に成功している。さらに、それぞれの機能阻害についてその分子機構を精査しており、それら解析に基づく高機能化を進めている。COVID-19の影響により、当初の計画よりも研究の進展が遅れていたが、研究費を繰越して予定していた実験を次年度に実施し、当初見込まれていた研究計画を遂行することができている。

Strategy for Future Research Activity

化膿レンサ球菌および黄色ブドウ球菌の各経路に対してこれまでに取得してきた機能阻害分子について、引き続き分子機構の解明および高機能化を目指す。また、微生物を用いた抗菌活性の評価についても並行的に解析を進め、in vitroでの機能阻害活性とin vivoでの抗菌活性との相関を明らかにする。さらに、現在得られている化合物および抗体を基盤とし、他分子種を活用した阻害剤についても設計を進め、標的分子の物理化学的解析に基づく合理的な阻害剤設計手法の構築を目指す。

  • Research Products

    (25 results)

All 2022 2021

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 8 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Addition of arginine hydrochloride and proline to the culture medium enhances recombinant protein expression in Brevibacillus choshinensis: The case of RBD of SARS-CoV-2 spike protein and its antibody2022

    • Author(s)
      Matsunaga Ryo、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Protein Expression and Purification

      Volume: 194 Pages: 106075~106075

    • DOI

      10.1016/j.pep.2022.106075

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Delicate balance among thermal stability, binding affinity, and conformational space explored by single-domain VHH antibodies2021

    • Author(s)
      Ikeuchi Emina、Kuroda Daisuke、Nakakido Makoto、Murakami Akikazu、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41598-021-98977-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural and thermodynamical insights into the binding and inhibition of FIH-1 by the N-terminal disordered region of Mint32021

    • Author(s)
      Ten Tensho、Nagatoishi Satoru、Maeda Ryo、Hoshino Masaru、Nakayama Yoshiaki、Seiki Motoharu、Sakamoto Takeharu、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 297 Pages: 101304~101304

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.101304

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Regulation of cadherin dimerization by chemical fragments as a trigger to inhibit cell adhesion2021

    • Author(s)
      Senoo Akinobu、Ito Sho、Nagatoishi Satoru、Saito Yutaro、Ueno Go、Kuroda Daisuke、Yoshida Kouhei、Tashima Takumi、Kudo Shota、Sando Shinsuke、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02575-3

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Microsecond molecular dynamics suggest that a non-synonymous mutation, frequently observed in patients with mild symptoms in Tokyo, alters dynamics of the SARS-CoV-2 main protease2021

    • Author(s)
      Kuroda Daisuke、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 18 Pages: 215~222

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v18.022

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Electrostatic-triggered exothermic antibody adsorption to the cellulose nanoparticles2021

    • Author(s)
      Murakami Keisuke、Nagatoishi Satoru、Kasahara Keisuke、Nagai Hirokazu、Sasajima Yoshiyuki、Sasaki Ryo、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Analytical Biochemistry

      Volume: 632 Pages: 114337~114337

    • DOI

      10.1016/j.ab.2021.114337

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mechanism of dimerization and structural features of human LI-cadherin2021

    • Author(s)
      Yui Anna、Caaveiro Jose M.M.、Kuroda Daisuke、Nakakido Makoto、Nagatoishi Satoru、Goda Shuichiro、Maruno Takahiro、Uchiyama Susumu、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 297 Pages: 101054~101054

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.101054

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Characterization of a putative maltodextrin-binding protein of Streptococcus pyogenes, SPs0871 and the development of a VHH inhibitor2021

    • Author(s)
      Yamawaki Tsukushi、Nakakido Makoto、Ujiie Kan、Aikawa Chihiro、Nakagawa Ichiro、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 565 Pages: 1~7

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.05.056

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Anion solvation enhanced by positive supercharging mutations preserves thermal stability of an antibody in a wide pH range2021

    • Author(s)
      Kasahara Keisuke、Kuroda Daisuke、Tanabe Aki、Kawade Raiji、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 563 Pages: 54~59

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.05.053

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Heme controls the structural rearrangement of its sensor protein mediating the hemolytic bacterial survival2021

    • Author(s)
      Nishinaga Megumi、Sugimoto Hiroshi、Nishitani Yudai、Nagai Seina、Nagatoishi Satoru、Muraki Norifumi、Tosha Takehiko、Tsumoto Kouhei、Aono Shigetoshi、Shiro Yoshitsugu、Sawai Hitomi
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s42003-021-01987-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Development of biparatopic bispecific antibody possessing tetravalent scFv-Fc capable of binding to ROBO1 expressed in hepatocellular carcinoma cells2021

    • Author(s)
      Watanabe Yuji、Tanabe Aki、Hamakubo Takao、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 170 Pages: 307~315

    • DOI

      10.1093/jb/mvab049

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 抗体工学のモダリティ創薬への貢献2021

    • Author(s)
      津本浩平
    • Organizer
      日本プロテオーム学会 2021年大会
    • Invited
  • [Presentation] モダリティ創薬研究におけるITC2021

    • Author(s)
      津本浩平
    • Organizer
      MicroCal ITCワークショップ2021、WEBセミナー
    • Invited
  • [Presentation] 化膿連鎖球菌由来金属トランスポーターに対する機能阻害剤探索2021

    • Author(s)
      中木戸 誠、竹内 美結、伊藤 翔、相川 知宏、長門石 曉、中川 一路、津本 浩平
    • Organizer
      第21回 日本蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] A novel homodimerization mechanism of LI-cadherin2021

    • Author(s)
      Anna yui, Jose M. M. Caaveiro, Daisuke Kuroda, Makoto Nakakido, Satoru Nagatoishi, Takahiro Maruno, Susumu Uchiyama, and Kouhei Tsumoto
    • Organizer
      The Protein Society 35th Annual Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Acquisition of novel VHH antibodies to synaptic organizers for application to molecular imaging2021

    • Author(s)
      横尾 尚典、中木戸 誠、柚﨑 通介、津本 浩平
    • Organizer
      第44回 日本神経科学大会 CJK 第1回国際会議
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 化膿レンサ球菌のマルトース/マルトデキストリン結合蛋白質SPs0871の特性評価及びその機能を阻害するVHH抗体の探索2021

    • Author(s)
      山脇 つくし、中木戸 誠、相川 知宏、中川 一路、津本 浩平
    • Organizer
      第21回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] aHUSに関連する補体抑制因子CFHと診断薬取得に向けた特異的抗体の機能解析2021

    • Author(s)
      横尾 尚典、田部 亜季、中木戸 誠、長門石 曉、吉田 瑶子、池田 洋一郎、南学 正臣、津本 浩平
    • Organizer
      第21回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 抗OX40抗体の受容体機能制御に関わる分子メカニズム解明2021

    • Author(s)
      氏家 寛、田部 亜季、長門石 曉、津本 浩平
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 膜蛋白質の膜外領域を認識する抗体の取得2021

    • Author(s)
      住川 太一、中木戸 誠、黒田 大祐、津本 浩平
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Proteomic Identification and Validation of Novel Interactions of a Tumor Suppressor PRELP with the Growth Factor Receptors IGFI-R and p75NTR2021

    • Author(s)
      Hirofumi Kosuge, Makoto Nakakido, Satoru Nagatoishi, Tetsuya Fukuda, Yasuhiko Bando, Shin-ichi Ohnuma, Kouhei Tsumoto
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] VHHにおけるCDR3-Framework region間分子内相互作用に着目したフレームワーク改変の物理化学的解析2021

    • Author(s)
      木下 清晶、中木戸 誠、黒田 大祐、カアベイロ ホセ、 津本 浩平
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] VHH抗体の構造特徴を利用したβ-hairpin型ペプチド設計手法の探索2021

    • Author(s)
      山本 晃一、中木戸 誠、黒田 大祐、長門石 曉、森本 淳平、山東 信介、津本 浩平
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
  • [Book] 医用工学ハンドブック2022

    • Author(s)
      佐久間 一郎、秋吉 一成、津本 浩平
    • Total Pages
      544
    • Publisher
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      978-4-86043-735-0
  • [Book] 創薬研究のための相互作用解析パーフェクト2021

    • Author(s)
      津本 浩平、前仲 勝実
    • Total Pages
      368
    • Publisher
      羊土社
    • ISBN
      978-4-7581-2256-6

URL: 

Published: 2023-12-25  

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