• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2022 Fiscal Year Annual Research Report

生命金属動態の理解と制御のための分子認識素子の開発

Planned Research

Project AreaIntegrated Biometal Science: Research to Explore Dynamics of Metals in Cellular System
Project/Area Number 19H05766
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

津本 浩平  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
Keywords病原性微生物 / 金属取り込み / 低分子化抗体 / 低分子化合物 / 物理化学
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、病原性微生物である化膿レンサ球菌および黄色ブドウ球菌を標的とし、鉄取り込み系で機能するタンパク質群の機能阻害に基づいた抗菌剤開発を目指している。
本年度は、化膿レンサ球菌において機能する3種の鉄取り込み経路のそれぞれに対して、低分子化合物および低分子化抗体を活用した機能阻害分子の解析を行った。MtsAに対しては、単独では阻害機能を持たない複数の低分子化抗体を連結して作製したバイパラトピック抗体による鉄獲得機能の阻害について、その分子機構の解明を行っている。その結果、バイパラトピック抗体がMtsAの動的挙動を制御することによって間接的にリガンド結合を阻害していることが示唆された。また、FtsBに対してもリガンド結合の阻害効果が確認されている低分子化抗体による機能阻害の分子機構を明らかにするとともに、構造解析結果に基づいたさらなる機能阻害剤の設計を試みている。さらに、Shrについても、菌種特異的な抗菌活性が確認されている低分子化合物について、生化学および計算化学を活用して機能阻害の分子機構について解析を進めている。
黄色ブドウ球菌に対する抗菌剤開発に関しては、これまでに取得していたIsdH/IsdBのリガンド結合の阻害に基づく抗菌活性を有する低分子化抗体について、構造解析ならびに分子動力学計算によりその分子機構の理解を進めている。さらに、それらの解析結果に基づき、より高い阻害活性を有する機能阻害分子の設計を試みている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

顕著な成果として、本研究で標的としている化膿レンサ球菌および黄色ブドウ球菌の計4種の鉄取り込み系で機能するタンパク質群に対し、いずれも機能を阻害する分子の取得に成功していることがあげられる。さらに、標的分子に関する機能阻害について、その分子レベルでの機構の記述に成功しており、現在、それらの解析に基づく高機能化が進行中である。前年度にCOVID-19の影響により研究の進展が若干ではあるが遅れていたため、研究費を繰越し、研究計画を後ろ倒ししていたが、当該年度では順調に計画が進展し、遅れを取り戻すだけでなく当初の予定通りの進捗が得られている。以上から本年度は概ね順調に進展している、とした。

Strategy for Future Research Activity

化膿レンサ球菌および黄色ブドウ球菌に関しては、金属取り込みを中心とした各経路に対してこれまでに取得してきた機能阻害分子について、分子機構の解明および高機能化研究を継続する。また、微生物を用いた抗菌活性の評価について解析を進め、in vitroでの機能阻害活性とin vivoでの抗菌活性との相関を明らかにし、抗菌剤創出への礎を築く。さらに、現在得られている化合物および抗体に関する各種知見を基盤とし、他分子種を活用した阻害剤についても設計を進めるとともに、標的分子との相互作用に関する物理化学的解析に基づく合理的な阻害剤設計手法の指針を提案し、本研究を総括する。

  • Research Products

    (40 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 4 results) Presentation (29 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Invited: 9 results) Book (3 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Analytical Method for Experimental Validation of Computer-Designed Antibody2022

    • Author(s)
      Tanabe Aki、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2552 Pages: 409~433

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2609-2_23

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Classification of CDR-H3 in Single-Domain VHH Antibodies2022

    • Author(s)
      Kuroda Daisuke、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2552 Pages: 61~79

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2609-2_2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular basis for thermal stability and affinity in a VHH: Contribution of the framework region and its influence in the conformation of the CDR32022

    • Author(s)
      Kinoshita Seisho、Nakakido Makoto、Mori Chinatsu、Kuroda Daisuke、Caaveiro Jose M.M.、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 31 Pages: 4450

    • DOI

      10.1002/pro.4450

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Biophysical Characterization of the Contribution of the Fab Region to the IgG-FcγRIIIa Interaction2022

    • Author(s)
      Kosuge Hirofumi、Nagatoishi Satoru、Kiyoshi Masato、Ishii-Watabe Akiko、Terao Yosuke、Ide Teruhiko、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 62 Pages: 262~269

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.1c00832

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure and role of the linker domain of the iron surface-determinant protein IsdH in heme transportation in Staphylococcus aureus2022

    • Author(s)
      Valenciano-Bellido Sandra、Caaveiro Jose M.M.、Morante Koldo、Sushko Tatyana、Nakakido Makoto、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 298 Pages: 101995~101995

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.101995

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Development of a high-throughput method to screen novel antiviral materials2022

    • Author(s)
      Nakakido Makoto、Tanaka Naoki、Shimojo Ayako、Miyamae Nobuhiro、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 17 Pages: e0266474

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0266474

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Antibody recognition of complement factor H reveals a flexible loop involved in atypical hemolytic uremic syndrome pathogenesis2022

    • Author(s)
      Yokoo Takanori、Tanabe Aki、Yoshida Yoko、Caaveiro Jose M.M.、Nakakido Makoto、Ikeda Yoichiro、Fujimura Yoshihiro、Matsumoto Masaneori、Entzminger Kevin、Maruyama Toshiaki、Okumura C.J.、Nangaku Masaomi、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 298 Pages: 101962~101962

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.101962

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] A群レンサ球菌の表層蛋白質の機能を阻害する抗体の探索2023

    • Author(s)
      山脇つくし、中木戸 誠、相川 知宏、カアベイロ ホセ、中川 一路、津本 浩平
    • Organizer
      第96回 日本細菌学会総会
  • [Presentation] Development of molecular inhibitors against iron transporters from Streptococcos pyogenes2022

    • Author(s)
      Nakakido M, Asano R, Fernandez P.J., Takeuchi M, Aikawa C, Nakagawa I, Tsumoto K
    • Organizer
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry (AsBIC10)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Search for Small Molecule Ligands That Functionally Regulate Proteins Based on Calorimetric Analysis2022

    • Author(s)
      Nagatoishi S
    • Organizer
      11th Japan-China Joint Symposium on Calorimetry and Thermal Analysis (CATS-2022)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Capturing the Physical Properties of Highly-Concentrated Antibody Solutions from Raman Spectroscopic Analysis2022

    • Author(s)
      Nagatoishi S
    • Organizer
      Pittcon 2022 Virtual Highlights JAIMA Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] VHH抗体の概要と医療応用の可能性2022

    • Author(s)
      津本浩平
    • Organizer
      第32回日本リウマチ学会関東支部学術集会
    • Invited
  • [Presentation] 抗体創薬のための物性解析:これまでとこれから2022

    • Author(s)
      長門石曉
    • Organizer
      第1回 日本抗体学会設立記念学術大会
    • Invited
  • [Presentation] 生命分子に対する多元機能解明のための物理化学的相互作用解析2022

    • Author(s)
      長門石曉
    • Organizer
      第95回 日本生化学会大会
    • Invited
  • [Presentation] モダリティ創薬と抗体2022

    • Author(s)
      津本浩平
    • Organizer
      第72回日本電気泳動学会シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] Commitment to drug development in the center for drug design research(CDDR) 創薬デザイン研究センター(CDDR)の取り組み2022

    • Author(s)
      津本浩平
    • Organizer
      日本組織培養学会 第94回大会
    • Invited
  • [Presentation] 計算科学により強化される 蛋白質のリガンド結合に関する物理化学解析2022

    • Author(s)
      長門石曉
    • Organizer
      第22回 日本蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] Rubredoxin A from M. tuberculosis2022

    • Author(s)
      Sushko T, J.M.M. Caaveiro, Nagatoishi S, Tsumoto K
    • Organizer
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry (AsBIC10)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] FcγRIIIa受容体の固定化系と溶液系における抗体認識機構の解明2022

    • Author(s)
      長門石 曉、木下 清晶, 黒田 大祐, 小菅 啓史, 木吉 真人, 石井 明子, 寺尾 陽介, 井出 輝彦, 津本 浩平
    • Organizer
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 化膿レンサ球菌細胞表面由来金属結合タンパク質に対する機能阻害剤探索2022

    • Author(s)
      中木戸 誠、淺野 梨紗、竹内 美結、伊藤 翔、相川 知宏、中川 一路、津本 浩平
    • Organizer
      第22回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 化膿レンサ球菌由来金属結合蛋白質MtsAに対するバイパラトピック抗体の設計と機能評価2022

    • Author(s)
      淺野 梨紗、中木戸 誠、竹内 美結、相川 知宏、中川 一路、津本 浩平
    • Organizer
      第22回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] CDR-Graftingによるヒト化VHHの物性機能解析に基づくヒト化VHH人工合成ライブラリ構築2022

    • Author(s)
      木下 清晶、中木戸 誠、黒田 大祐、Jose M.M. Caaveiro、津本 浩平
    • Organizer
      第22回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Superchargingデザインは溶媒選択により抗体の物性を制御できる2022

    • Author(s)
      笠原 慶亮、黒田 大祐、河出 来時、田部 亜季、長門石 曉、津本 浩平
    • Organizer
      第22回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Physicochemical analysis of receptor recognition mechanism of anti-OX40 agonist antibodies2022

    • Author(s)
      氏家 寛、田部 亜季,長門石 曉,津本 浩平
    • Organizer
      第22回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Monomer-Dimer Equilibrium of a Tumor Suppressor PRELP Driven by the Hydrophobic Interface Regulates the Multi-Specific Interactions2022

    • Author(s)
      Kosuge H, Nakakido M, Nagatoishi S, Fukuda T, Bando Y, Ohnuma S, Tsumoto K
    • Organizer
      第22回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 化膿レンサ球菌のマルトース/マルトデキストリン結合蛋白質SPs0871の機能を阻害するVHH抗体による基質結合阻害機構の解明2022

    • Author(s)
      山脇 つくし、中木戸 誠、相川 知宏、カアベイロ ホセ、中川 一路、津本 浩平
    • Organizer
      第22回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Development of new antimicrobial strategies against the iron uptake systems of Streptococcus pyogenes2022

    • Author(s)
      Fernandez J, Caaveiro MM J, Nakakido M, Tsumoto K
    • Organizer
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry (AsBIC10)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Functional Evaluation of Molecule-Linked Antibodies against Metal-Binding Protein of Streptococcus pyogenes, MtsA2022

    • Author(s)
      Asano R, Nakakido M, Takeuchi M, Aikawa C, Nakagawa I, Tsumoto K
    • Organizer
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry (AsBIC10)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Identification and validation of multi-specific interactions of a tumor suppressor protein PRELP2022

    • Author(s)
      Kosuge H, Nakakido M, Nagatoishi S, Fukuda T, Bando Y, Ohnuma S, Tsumoto K
    • Organizer
      The 17th International Symposium of the Institute Network for Biomedical Sciences & International Symposium on Tumor Biology in Kanazawa 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular Basis of Contribution of Intramolecular Interactions between Complementarity Determining Region 3 (CDR3) and Framework Region on Biophysical Properties in Camelid Single-Domain Antibody2022

    • Author(s)
      Kinoshita S, Nakakido M, Kuroda D, Jose M. M. Caaveiro, Tsumoto K
    • Organizer
      The Protein Society 36th Annual Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ハイスループットな抗体変異体スクリーニング系の構築2022

    • Author(s)
      稲垣 万優子、松長 遼、奥村 繁、丸山 俊昭、Entzminger K、津本 浩平
    • Organizer
      第95回 日本生化学会大会
  • [Presentation] 表面電荷改変抗体のコロイド安定性・結合親和性とその溶媒依存性の解析2022

    • Author(s)
      笠原 慶亮、黒田 大祐、長門石 曉、津本 浩平
    • Organizer
      第60回 日本生物物理学会年会
  • [Presentation] In silico design of cross-reactive antibodies binding to SARS-CoV and SARS-CoV-2 spike RBDs2022

    • Author(s)
      安田 佳生、黒田 大祐、佐々木 慈英、中木戸 誠、松長 遼、橋口 隆生、津本 浩平
    • Organizer
      第60回 日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 抗OX40アゴニスト小唄の相互作用に関する速度論的研究2022

    • Author(s)
      氏家 寛、田部 亜季、長門石 曉、津本 浩平
    • Organizer
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 抗OX40抗体の受容体機能制御に関わる分子メカニズム解明2022

    • Author(s)
      氏家 寛、田部 亜季、長門石 曉、津本 浩平
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Acquisition of novel VHH antibodies to synaptic organizers for application to molecular imaging2022

    • Author(s)
      横尾 尚典、中木戸 誠、松田 恵子、柚﨑 通介、津本 浩平
    • Organizer
      Neuro2022
  • [Book] 治療の可能性が広がる 抗体医薬2022

    • Author(s)
      津本 浩平
    • Total Pages
      231
    • Publisher
      羊土社
    • ISBN
      978-4-7581-0407-4
  • [Book] 医薬品開発のための分光法2022

    • Author(s)
      津本 浩平、長門石 曉、半沢 宏之
    • Total Pages
      272
    • Publisher
      講談社
    • ISBN
      978-4-06-529582-3
  • [Book] 品質評価のカギをにぎる バイオ医薬品の分析法2022

    • Author(s)
      津本 浩平、石井 明子、内山 進、本田 真也
    • Total Pages
      180
    • Publisher
      じほう
    • ISBN
      978-4840754606
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 金属ナノクラスター2021

    • Inventor(s)
      鈴木 康介, 山口 和也,(中略), 津本 浩平, 中木戸 誠
    • Industrial Property Rights Holder
      鈴木 康介, 山口 和也,(中略), 津本 浩平, 中木戸 誠
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2021-141495

URL: 

Published: 2023-12-25  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi