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2023 Fiscal Year Annual Research Report

生命金属動態の理解と制御のための分子認識素子の開発

Planned Research

Project AreaIntegrated Biometal Science: Research to Explore Dynamics of Metals in Cellular System
Project/Area Number 19H05766
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

津本 浩平  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
Keywords病原性微生物 / 金属取り込み / 低分子化抗体 / 低分子化合物 / 物理化学
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、病原性微生物である化膿レンサ球菌および黄色ブドウ球菌を標的とし、鉄取り込み系で機能するタンパク質群の機能阻害に基づいた抗菌剤開発を目指している。
本年度は、化膿レンサ球菌において機能する3種の鉄取り込み経路のそれぞれに対する低分子化合物および低分子化抗体を活用した機能阻害分子を設計し、その設計指針について総括した。MtsAに対しては、先端技術を駆使することにより金属結合に伴う構造変化について新たな知見を得るとともに、単独では阻害機能を持たない複数の低分子化抗体を連結して作製したバイパラトピック抗体による標的分子の機能制御について、その分子機構の解明を行った。その結果、2つの低分子化抗体をつなぐリンカーのデザイン依存的に標的分子との複合体構造が大きく変化することが明らかとなった。これは今後の低分子化抗体を活用した機能制御分子のデザイン指針の礎となるものである。また、FtsBに対してはリガンド結合の分子認識についてより詳細な解析を進め、標的の機能を阻害する分子や標的の機能を活用することによってより高活性な抗菌活性を発揮する分子など、様々な機能制御分子の設計指針を構築した。さらに、Shrについても、リガンドとの複合体の構造解析によりリガンド認識機構を詳細に明らかとし、複数モダリティから成る機能制御分子の設計指針を得た。これらの成果について、いずれも論文として発表もしくは投稿しており、金属結合タンパク質に対する機能制御分子の設計について、そのデザイン指針の基盤を構築・提案することに成功した。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (45 results)

All 2024 2023 Other

All Journal Article (18 results) (of which Peer Reviewed: 18 results,  Open Access: 15 results) Presentation (23 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 5 results) Book (1 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] Functional insights of Tyr37 in framework region 2 directly contributing to the binding affinities and dissociation kinetics in single-domain VHH antibodies2024

    • Author(s)
      Yamamoto Koichi、Nagatoishi Satoru、Nakakido Makoto、Kuroda Daisuke、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 709 Pages: 149839~149839

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2024.149839

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for the recognition of human hemoglobin by the heme-acquisition protein Shr from Streptococcus pyogenes2024

    • Author(s)
      Senoo Akinobu、Hoshino Masato、Shiomi Toshiki、Nakakido Makoto、Nagatoishi Satoru、Kuroda Daisuke、Nakagawa Ichiro、Tame Jeremy R. H.、Caaveiro Jose M. M.、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 14 Pages: 5374

    • DOI

      10.1038/s41598-024-55734-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Unveiling the affinity-stability relationship in anti-measles virus antibodies: a computational approach for hotspots prediction2024

    • Author(s)
      Paul Rimpa、Kasahara Keisuke、Sasaki Jiei、Perez Jorge Fernandez、Matsunaga Ryo、Hashiguchi Takao、Kuroda Daisuke、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Frontiers in Molecular Biosciences

      Volume: 10 Pages: 1302737

    • DOI

      10.3389/fmolb.2023.1302737

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Generation of antibodies to an extracellular region of the transporters Glut1/Glut4 by immunization with a designed antigen2024

    • Author(s)
      Sumikawa Taichi、Nakakido Makoto、Matsunaga Ryo、Kuroda Daisuke、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 300 Pages: 105640~105640

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2024.105640

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Experimental modification in thermal stability of oligomers by alanine substitution and site saturation mutagenesis of interfacial residues2024

    • Author(s)
      Hoya Megumi、Matsunaga Ryo、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 691 Pages: 149316~149316

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2023.149316

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] High-throughput analysis system of interaction kinetics for data-driven antibody design2023

    • Author(s)
      Matsunaga Ryo、Ujiie Kan、Inagaki Mayuko、Fernandez Perez Jorge、Yasuda Yoshiki、Mimasu Shinya、Soga Shinji、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Pages: 19417

    • DOI

      10.1038/s41598-023-46756-y

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Conformational features and interaction mechanisms of VH H antibodies with β-hairpin CDR3: A case of Nb8-HigB2 interaction2023

    • Author(s)
      Yamamoto Koichi、Nagatoishi Satoru、Matsunaga Ryo、Nakakido Makoto、Kuroda Daisuke、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 32 Pages: e4827

    • DOI

      10.1002/pro.4827

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Biophysical insight into protein-protein interactions in the Interleukin-11/Interleukin-11Rα/glycoprotein 130 signaling complex2023

    • Author(s)
      Mori Chinatsu、Nagatoishi Satoru、Matsunaga Ryo、Kuroda Daisuke、Nakakido Makoto、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 682 Pages: 174~179

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2023.10.010

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Quantitative analysis of antibody aggregates by combination of pinched-flow fractionation and coulter method2023

    • Author(s)
      Nagatoishi Satoru、Toyoshima Toshinobu、Furukawa Kotohiro、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Analytical Biochemistry

      Volume: 681 Pages: 115331~115331

    • DOI

      10.1016/j.ab.2023.115331

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of a 1:1-binding biparatopic anti-TNFR2 antagonist by reducing signaling activity through epitope selection2023

    • Author(s)
      Akiba Hiroki、Fujita Junso、Ise Tomoko、Nishiyama Kentaro、Miyata Tomoko、Kato Takayuki、Namba Keiichi、Ohno Hiroaki、Kamada Haruhiko、Nagata Satoshi、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 6 Pages: 987

    • DOI

      10.1038/s42003-023-05326-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Anti-InlA single-domain antibodies that inhibit the cell invasion of Listeria monocytogenes2023

    • Author(s)
      Yamazaki Taichi、Nagatoishi Satoru、Yamawaki Tsukushi、Nozawa Takashi、Matsunaga Ryo、Nakakido Makoto、Caaveiro Jose M.M.、Nakagawa Ichiro、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 299 Pages: 105254~105254

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.105254

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Arginine cluster introduction on framework region in anti‐lysozyme antibody improved association rate constant by changing conformational diversity of CDR loops2023

    • Author(s)
      Maeta Shingo、Nakakido Makoto、Matsuura Hiroaki、Sakai Naoki、Hirata Kunio、Kuroda Daisuke、Fukunaga Atsushi、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 32 Pages: e4745

    • DOI

      10.1002/pro.4745

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Modulation of a conformational ensemble by a small molecule that inhibits key protein-protein interactions involved in cell adhesion2023

    • Author(s)
      Senoo Akinobu、Nagatoishi Satoru、Kuroda Daisuke、Ito Sho、Ueno Go、Caaveiro Jose M. M.、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 32 Pages: e4744

    • DOI

      10.1002/pro.4744

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Group A Streptococcus cation diffusion facilitator proteins contribute to immune evasion by regulating intracellular metal concentrations2023

    • Author(s)
      Aikawa Chihiro、Shimizu Akihide、Nakakido Makoto、Murase Kazunori、Nozawa Takashi、Tsumoto Kouhei、Nakagawa Ichiro
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 676 Pages: 141~148

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2023.07.052

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Targeting hemoglobin receptors IsdH and IsdB of Staphylococcus aureus with a single VHH antibody inhibits bacterial growth2023

    • Author(s)
      Valenciano-Bellido Sandra、Caaveiro Jose M.M.、Nakakido Makoto、Kuroda Daisuke、Aikawa Chihiro、Nakagawa Ichiro、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 299 Pages: 104927~104927

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.104927

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dispersion Function of a Protein, DP‐1, Identified in Collimonas sp. D‐25, for the Synthesis of Gold Nanoparticles2023

    • Author(s)
      Tang Donglin、Kato Yugo、Zhang Dingkun、Negishi Lumi、Kurumizaka Hitoshi、Hirata Takafumi、Nakakido Makoto、Tsumoto Kouhei、Shuji Fujisawa、Tsuguyuki Saito、Okumura Taiga、Nagata Koji、Suzuki Michio
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 24 Pages: e202300221

    • DOI

      10.1002/cbic.202300221

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Design of single-domain VHH antibodies to increase the binding activity in SPR amine coupling2023

    • Author(s)
      Hirao Atsunori、Nagatoishi Satoru、Ikeuchi Emina、Yamawaki Tsukushi、Mori Chinatsu、Nakakido Makoto、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 663 Pages: 54~60

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2023.04.048

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular mechanism underlying the increased risk of colorectal cancer metastasis caused by single nucleotide polymorphisms in LI-cadherin gene2023

    • Author(s)
      Yui Anna、Kuroda Daisuke、Maruno Takahiro、Nakakido Makoto、Nagatoishi Satoru、Uchiyama Susumu、Tsumoto Kouhei
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Pages: 6493

    • DOI

      10.1038/s41598-023-32444-4

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] THERODYNAMICS FOR DRUG DISCOVERY AND VALIDATION: ENGINEERING PROTEIN INTERACTIONS.2023

    • Author(s)
      Nagatoishi S
    • Organizer
      The 26th International Conference on Chemical Thermodynamics (ICCT-2023)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Creation of Small Ligands to Regulate Proteins Based on Thermodynamics and Kinetics2023

    • Author(s)
      Nagatoishi S
    • Organizer
      International Congress on Pure & Applied Chemistry (ICPAC) Bali 2023
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 腫瘍抑制蛋白質PRELPのマルチバレント相互作用を介した機能制御2023

    • Author(s)
      中木戸 誠, 小菅 啓史, 長門石 曉, 福田 哲也, 板東 泰彦, Susana de Vega, 大沼 信一, 津本 浩平
    • Organizer
      第96回 日本生化学会大会
    • Invited
  • [Presentation] 蛋白質の物理化学解析に関する基礎と近年の動向2023

    • Author(s)
      長門石曉
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学年会
    • Invited
  • [Presentation] トランスフェリン受容体に対する機能性抗体開発を指向した物理化学的解析2023

    • Author(s)
      中木戸誠
    • Organizer
      第450回CBI学会講演会
    • Invited
  • [Presentation] Characterization of modulation system of multi-specific interactions of PRELP with intrinsically weak affinity through ECM localization2023

    • Author(s)
      小菅 啓史、中木戸 誠、スサーナ デ ベガ、長門石 曉、福田 哲也、板東 泰彦、大沼 信一、津本 浩平
    • Organizer
      第23回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 細胞外マトリクスへの局在を介した多重特異性蛋白質PRELPの弱い相互作用の制御機構の解析2023

    • Author(s)
      小菅 啓史、中木戸 誠、スサーナ デ ベガ、長門石 曉、福田 哲也、板東 泰彦、大沼 信一、津本 浩平
    • Organizer
      第96回 日本生化学会大会
  • [Presentation] Thermodynamic analysis of Fv-supercharged antibody-antigen interactions and control of interaction parameters2023

    • Author(s)
      笠原 慶亮、黒田 大祐、カアベイロ ホセ、長門石 曉、津本 浩平
    • Organizer
      第61回 日本生物物理学会年会
  • [Presentation] ハイスループット蛋白質熱安定性データ収集系の開発2023

    • Author(s)
      伊藤 沙衣、松長 遼、中木戸 誠、河村 大輔、加藤 洋人、石川 俊平、津本 浩平
    • Organizer
      第61回 日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Fab抗体とNanobodyのスーパーチャージによる物性・機能改質2023

    • Author(s)
      笠原 慶亮、黒田 大祐、カアベイロ ホセ、山脇 つくし、氏家 寛、中木戸 誠、長門石 曉、津本 浩平
    • Organizer
      第2回 日本抗体学会学術大会
  • [Presentation] An Endothelial Cell-Pericytes Coculture to Model Abnormal Angiogenesis in vitro2023

    • Author(s)
      Susana de Vega, Tsumoto K, Okada Y
    • Organizer
      3D Cell Culture and Organoid Modeling 2023_Oxford Global
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Elucidation and control of physicochemical properties of antibodies by supercharging of variable regions2023

    • Author(s)
      Kasahara K, Kuroda D, Nagatoishi S, Tsumoto K
    • Organizer
      The 37th Annual Symposium of the Protein Society
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Proposal for the model of aHUS pathogenesis caused by anti-CFH autoantibodies based on the functional analysis of novel antibodies2023

    • Author(s)
      Yokoo T, Tanabe A, Nakakido M, Nagatoishi S, Jose M. M. Caaveiro, Yoshida Y, Ikeda Y, Nangaku M, Tsumoto K
    • Organizer
      The 37th Annual Symposium of the Protein Society
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Unique molecular recognition mechanisms of β-hairpin CDR3 of an anti-HigB2 VHH antibody2023

    • Author(s)
      Yamamoto K, Nakakido M, Kuroda D, Nagatoishi S, Tsumoto K
    • Organizer
      The 37th Annual Symposium of the Protein Society
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Generation of Site-specific Antibodies to a Membrane Protein by Using a Scaffold Protein2023

    • Author(s)
      Sumikawa T, Nakakido M, Kuroda D, Tsumoto K
    • Organizer
      The 37th Annual Symposium of the Protein Society
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 化膿レンサ球菌の糖結合蛋白質SPs1696の機能を阻害する抗体の探索2023

    • Author(s)
      山脇つくし、中木戸 誠、木下 清晶、相川 知宏、カアベイロ ホセ、中川 一路、津本 浩平
    • Organizer
      第23回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] シナプスオーガナイザーMDGA1に対するナノボディの取得と 人工シナプスコネクターへの応用2023

    • Author(s)
      横尾 尚典、中木戸 誠、松田 恵子、木下 清晶、柚﨑 通介、津本 浩平
    • Organizer
      第23回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] VHHのβ-hairpin型CDR3解明のためのNb8抗体に関する精密解析2023

    • Author(s)
      山本 晃一、中木戸 誠、黒田 大祐、長門石 曉、津本 浩平
    • Organizer
      第23回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 膜蛋白質Glut1の動態解明を指向した部位特異的抗体の開発2023

    • Author(s)
      住川 太一、中木戸 誠、黒田 大祐、津本 浩平
    • Organizer
      第23回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 可変領域の表面電荷改変による抗体の安定性・結合親和性制御メカニズムの解明2023

    • Author(s)
      笠原 慶亮、黒田 大祐、長門石 曉、津本 浩平
    • Organizer
      第23回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] In silico design of cross-reactive antibodies which incorporates antigen & dynamics2023

    • Author(s)
      安田 佳生、黒田 大祐、佐々木 慈英、中木戸 誠、松長 遼、橋口 隆生、津本 浩平
    • Organizer
      第23回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 抗OX40アゴニスト抗体の受容体認識およびシグナル制御機構に関する速度論的特性2023

    • Author(s)
      氏家 寛、田部 亜季、長門石 曉、津本 浩平
    • Organizer
      第23回 日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 抗OX40抗体のエピトープと速度論的性質に基づくアゴニスト活性デザイン2023

    • Author(s)
      氏家 寛、田部 亜季、長門石 曉、津本 浩平
    • Organizer
      第17回 バイオ関連化学シンポジウム
  • [Book] 炎症と免疫 vol.31no.4(2023-7月号)2023

    • Author(s)
      「炎症と免疫」編集委員会
    • Total Pages
      91
    • Publisher
      先端医学社
    • ISBN
      978-4-86550-600-6
  • [Remarks] プレスリリース

    • URL

      https://www.t.u-tokyo.ac.jp/press/pr2023-06-14-002

  • [Remarks] プレスリリース

    • URL

      https://www.t.u-tokyo.ac.jp/press/pr2023-11-01-001

  • [Remarks] プレスリリース

    • URL

      https://www.t.u-tokyo.ac.jp/press/pr2023-11-22-001

URL: 

Published: 2024-12-25  

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